Data/hora: 10/06/2024 02:44:52

Provedor de dados: | 14
País: | Brazil

Título:

Combinação de abordagens de análises de novo e guiadas pelo genoma para explorar dados de RNA-Seq de sementes oleaginosas para anotação de vias de ácidos graxos.

Analysis of the de novo and genome-guided approaches in combination to explore RNA-Seq data from oilseeds for fatty acid pathways annotation.

Autores: | LEMOS, V. N. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; RECH FILHO, E. L.; GRYNBERG, P.
Data: | 2021-05-04
Ano: | 2021
Palavras-chave: | Pinhão-manso; RNA-Seq; Vias metabólicas; Dendê; Mamona; Elaeis Guineensis; Jatropha Curcas; Ricinus Communis.
Resumo: | Elaeis guineensis (dendê), Jatropha curcas (pinhão-manso) e Ricinus communis (mamona) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado. Os transcritomas foram montados utilizando abordagens de novo e guiados pelo genoma e filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Uma base de dados contendo 527 sequências de 170 códigos de enzimas únicos de 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foi gerada. Um total de 152, 156 e 150 transcritos de E. guineensis, J. curcas e R. communis referentes às proteínas pertencentes à 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foram encontradas respectivamente, sendo 135 em comum. Os resultados ainda sugerem que há proteínas com expressão tecido-específicos pois 23, 6 e 11 proteínas de interesse de E. guineensis, J. curcas e R. communis não foram encontradas nos transcritomas, respectivamente. A estratégia desenvolvida neste trabalho mostrou ser eficiente para a mineração de dados de interesse em dados de RNA-Seq com baixa cobertura pois o uso de diferentes programas de montagem potencializou a identificação das proteínas.
Tipo: | Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Idioma: | Português

Identificador:

38522

http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1131672

Editor: | Brasília, DF: Embrapa, 2021.

Relação:

Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia - Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

(Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletem de Pesquisa e Desenvolvimento, 369.)

Formato: | 33 p.