Data/hora: 09/06/2024 10:30:49

Provedor de dados: | Journal of Basic and Applied Genetics (BAG)
País: | Argentina
Título: | Comparación de ordenaciones de muestras a nivel de secuencias de aminoácidos, nucleótidos y marcadores RFLP
Autores: | Bruno,C.; Arroyo,A.; Giménez Pecci,M. P.; Balzarini,M.
Data: | 2007-06-01
Ano: | 2007
Palavras-chave: | Distancia euclídea; Escalamiento multidimensional métrico; Rotación procrustes; Virus del Mal de Río Cuarto.
Resumo: | Las distancias entre muestras obtenidas a partir de datos de secuencias de nucleótidos, aminoácidos y de marcadores moleculares son frecuentes en Biología Molecular. El Escalamiento Multidimensional (MDS) es una técnica estadística que permite conocer la estructura subyacente entre muestras vía representación gráfica de su matriz de distancias. Con m muestras evaluadas en p nucleótidos, p aminoácidos o p marcadores, el MDS comienza con una matriz de distancia Dm×m y obtiene un nuevo sistema de coordenadas para ordenar las muestras en un plano. En este trabajo se ordenan muestras de cDNA viral mediante MDS aplicado sobre distintas matrices de distancia: Jones-Taylor-Thornton (distancia entre secuencias de proteínas), Felsenstein84 (distancia entre secuencias de nucleótidos), raíz cuadrada del complemento a uno de los valores de identidad obtenidos durante el alineamiento múltiple de secuencias de aminoácidos y nucleótidos y raíz cuadrada del complemento a uno de los coeficientes de similitud de Dice y Emparejamiento Simple entre perfiles de datos de marcadores RFLP. Una nueva versión de MDS es propuesta para mostrar simultáneamente ordenaciones de diferentes tipos de datos genómicos. Las ordenaciones bidimensionales de las muestras virales, obtenidas bajo diferentes modelos de distancia, fueron comparadas por rotación procrustes y se obtuvo una ordenación de consenso.
Tipo: | Info:eu-repo/semantics/article
Idioma: | Espanhol
Identificador: | http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332007000100008
Editor: | Sociedad Argentina de Genética
Formato: | text/html
Fonte: | BAG. Journal of basic and applied genetics  v.18 n.1 2007
Fonte: | info:eu-repo/semantics/openAccess