Data/hora: 05/06/2024 01:51:04

Provedor de dados: | 86
País: | Brazil
Título: | Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos
Autores: | Mollinari,Marcelo; Margarido,Gabriel Rodrigues Alves; Garcia,Antonio Augusto Franco.
Data: | 2008-04-01
Ano: | 2008
Palavras-chave: | Algoritmo ripple; Dados perdidos; Marcadores dominantes e co-dominantes; Método Monte Carlo; QTL.
Resumo: | O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros " ripple" . Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50% co-dominantes e 50% dominantes). Foi, também, simulada a perda de 25, 50 e 75% dos dados. Observou-se que os dois algoritmos avaliados tiveram desempenho semelhante e foram sensíveis à presença de dados perdidos e à presença de marcadores dominantes; esta última dificultou a obtenção de estimativas com boa acurácia, tanto da ordem quanto da distância. Além disso, observou-se que o algoritmo " ripple" geralmente aumenta o número de ordens corretas e pode ser combinado com os critérios soma mínima das frações de recombinação adjacentes e produto mínimo das frações de recombinação adjacentes.
Tipo: | Info:eu-repo/semantics/article
Idioma: | Português
Identificador: | http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000400009

Editor:

Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento

Pesquisa Agropecuária Brasileira

Relação: | 10.1590/S0100-204X2008000400009
Formato: | text/html
Fonte: | Pesquisa Agropecuária Brasileira  v.43 n.4 2008
Fonte: | info:eu-repo/semantics/openAccess