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Provedor de dados:  Repositório Alice
País:  Brazil
Título:  BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos.
Autores:  VIEIRA, F. D.
MOURA, D. G. de
SILVA, D. F.
HIGA, R. H.
ZERLOTINI NETO, A.
Data:  2017-12-22
Ano:  2017
Palavras-chave:  Tecnologias Java EE
Sistema Gerenciador de Banco de Dados
PostgreSQL
JavaScript Object Notation
JSON
Polimorfismo de nucleotídeo único
Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos
Databases
Single nucleotide polymorphism
Genotype
Phenotype
Resumo:  Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de modelagem de banco de dados, pois isso terá um impacto direto na usabilidade e na experiência do usuário. Buscando resolver esse problema de armazenamento eficiente e consultas rápidas num grande volume de dados, este trabalho apresenta o sistema BDGF (Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos). Seu modelo de dados permite a implementação do tipo JSON em campos de tabelas relacionadas a fenótipos e do tipo texto em campos da tabela genótipos. BDGF foi projetado para dar suporte a projetos de criação de animais da Embrapa, mas pode ser facilmente ajustado para armazenar dados de diversas fontes, tais como dados de plantas. Além disso, o sistema implementa políticas de acesso e segurança para fenótipos, genótipos e pedigree dos animais.

SBIAgro 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini.
Tipo:  Anais e Proceedings de eventos
Idioma:  Português
Identificador:  In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 11., 2017, Campinas. Ciência de dados na era da agricultura digital: anais. Campinas: Editora da Unicamp: Embrapa Informática Agropecuária, 2017.

978-85-85783-75-4

http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083373
Formato:  p. 429-438.
Direitos:  openAccess
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