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Registro completo
Provedor de dados:  Repositório Alice
País:  Brazil
Título:  Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.
Autores:  GUERRA, R. L.
ALVARENGA, S. M.
CAIXETA, E. T.
GOULART, C. de C.
Data:  2011-10-27
Ano:  2011
Palavras-chave:  Programação Script
Genoma café
ESTs
Resumo:  Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformática

2011
Tipo:  Artigo em anais de congresso (ALICE)
Idioma:  Português
Identificador:  385

http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904264

http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/44673/1/Um-software-par-extracao.pdf
Editor:  In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.
Relação:  Embrapa Café - Artigo em anais de congresso (ALICE)
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