| Registro completo |
| Provedor de dados: |
Repositório Alice
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| País: |
Brazil
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| Título: |
Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico.
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| Autores: |
ANDRADE, F. T.
CAIXETA, E. T.
MACIEL, B. H.
ALVARENGA, S. M.
ZAMBOLIM, E. M.
SAKIYAMA, N. S.
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| Data: |
2011-11-18
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| Ano: |
2007
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| Palavras-chave: |
Mineração de dados
Bioinformática
Genômica.
Café.
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| Resumo: |
A partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como ?iscas? para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças já publicadas com as seqüências do PBGC, por meio do algoritmo BLAST. Utilizou-se, também, o ?Electronic Northern?, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 8.968 seqüências do PBGC. O envolvimento ou ligação destas seqüências com genes de resistência à ferrugem do cafeeiro será confirmado, em trabalhos futuros, utilizando marcadores moleculares e técnicas de genômica funcional.
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| Tipo: |
Anais e Proceedings de eventos
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| Idioma: |
Português
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| Identificador: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.
http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906362
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| Direitos: |
openAccess
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