Consulta: creatorFacets:"HIGA, R. H."
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Data/hora: 02/06/2024 07:13:33

Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G.
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8641

Análise da viabilidade da utilização de polinômios para aproximação da trajetória de ganho de peso de bovinos de corte na fase de recria.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; CARROMEU, C.; OLIVEIRA, C. C. de; ALMEIDA, R. G. de; SPERANZA, E. A.
Este trabalho contempla a análise de um conjunto de dados compreendendo 13 pesagens de 48 animais da raça Nelore, coletados entre 9/7/2016 a 4/6/2017 e avalia a viabilidade da aproximação da curva de ganho de peso de cada animal durante a fase de recria por polinômios de grau 2.
Tipo: Folhetos
Palavras-chave: Bovino de corte; Gado Nelore; Peso; Ganho de Peso.
Ano: 2022
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1151154

Utilização do software GRASP para gerar arquivo de coordenadas com valores de potencial eletrostático.
Provedor de dados: 14
Autores: FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; NESHICH, G.
Com o intuito de disponibilizar um banco de dados de valores de potencial eletrostático para todas as estruturas de proteínas depositadas no PDB, foi utilizado o programa GRASP (Graphical Representation and Analysis of Structural Properties) (Nicholls et al., 1991) para geração deste banco de dados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: GRASP; Software; Graphical Representation and Analysis of Structural Properties.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8625

Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/5069

Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos (BDGF) para suporte a estudos de associação genômica ampla e seleção genômica em programas de melhoramento animal.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento complementa os trabalhos previamente desenvolvidos, apresentando um modelo de dados para armazenamento de dados de genótipos, fenótipos e pedigree de animais de interesse agropecuário para suporte tanto a experimentos de GWAS quanto a programas de melhoramento genético animal, Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos(BDGF).
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Associação genômica; Genome-wide association studies.; Genótipo; Fenótipo; Melhoramento Animal.; Genotype; Phenotype; Genetic improvement.
Ano: 2015
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1022327

SMSLib - biblioteca C++ do Sting Millennium Suite.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; MATTIUZ, A. R.; FREITAS, E. M. de; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G.
Organização lógica do SMS. Descrição da SMSLib. Leitura de arquivos PDB. Leitura de arquivos HSSP. Leitura de arquivos com parâmetros simples. Cálculo e leitura de contatos. Cálculo e leitura de Dihedral Angels.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Sting Milleninum Suite; SMS; SMSLib; Biblioteca C++.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8637

Entendendo e interpretando os parâmetros utilizados por BLAST.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.
O método BLAST para determinação de similaridades entre sequências biológicas. Score e matrizes de substituição. Determinação de matrizes de substituição BLOSUM. Determinação de matrizes de substituição PAM. Resultados da teoria Estatística de comparação local de sequências. O Algoritmo usado por BLAST. NCBI-BLAST. Exemplo de busca.
Tipo: Séries anteriores (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Algoritmo; Banco de dados; Parâmetros; BLAS; Basic Local Alignment Search Tool.
Ano: 2001
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8302

Incorporação das propriedades rotâmeros e ocupância em métodos de análise estrutural de proteínas.
Provedor de dados: 14
Autores: FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G.
Conformação das cadeias laterais (rotâmeros); Dupla ocupância; Java Protein Dossier.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Proteínas; Análise estrutural de proteínas; Propriedades rotâmeros e ocupância; Cadeias laterais.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8636

Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCÃO, P. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8643

Predição da resistência genética ao carrapato de bovinos Braford e Hereford a partir de um painel denso de marcadores moleculares.
Provedor de dados: 14
Autores: CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M. de; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I.
O problema do carrapato bovino; A alternativa da seleção genômica; Resultados experimentais; Procedimentos para aplicação prática; Considerações finais.
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Boophilus microplus; Gado de corte.
Ano: 2011
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/950709

Experiência de utilização de XML no SMS.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G.
XML e sua utilização em aplicações de bioinformática. Utilização de XML no módulo JPD do SMS. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: XML; SMS; Extensible Markup Language; Experiência de utilização de XML no SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8633

Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
bitstream/CNPTIA/10613/1/comtec61.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Aminoácidos de proteínas.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8601

Metodologias para estimativa de peso de bovinos Nelore em sistemas extensivos a partir de pesagens diárias.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; VAZ, G. J.; MANCINI, A. L.; OLIVEIRA, C. C. de; SOUZA, K. X. S. de; VECHINI, G. C.; SPERANZA, E. A.
As principais contribuições deste documento estão relacionadas ao uso de diferentes abordagens presentes na literatura para estimar o peso futuro dos animais. Os resultados ainda são preliminares, mas mostram que é possível estimar o peso futuro dos bovinos com boa acurácia, desde que os dados fornecidos sejam confiáveis e representem a realidade que ocorre em campo.
Tipo: Folhetos
Palavras-chave: Bovino de corte; Peso de animais; Gado Nelore; Pesagem.
Ano: 2022
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1151152

Sistema de Informação da Rede Genômica Animal - Sirga: manual do usuário.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; LONG, C. K.
O software Sirga baseia-se em uma plataforma de banco de dados relacional e acesso via web, tal que o sistema pode ser acessado de qualquer local que tenha acesso à internet. Este documento apresenta os pré-requisitos necessários para utilização do sistema e uma descrição de suas funcionalidades.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Software Sirga; Microarranjos.; Biotecnologia.; Computer software; Microarray technology; Biotechnology.
Ano: 2011
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920174

Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G.
Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Área acessível por solvente; Interface intramolecular; SURFV; SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8640

Eutils-search - manual do usuário.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; YASUDA, R. S.
O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Software eutils-search; Mineração de textos; Software.; Biologia Molecular; Biotecnologia.; Biotechnology; Information retrieval.
Ano: 2010
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883643

Primeiro curso STING Millennium Suite Chemogenomics: ferramentas para analisar estruturas macromoleculares e aplicações em chemogenomics.
Provedor de dados: 14
Autores: FALCÃO, P. K.; SIQUEIRA NETO, J. L. de; HERNANDEZ FERNANDEZ, J.; HIGA, R. H.; BAUDET, C.; NESHICH, G.
O objetivo do curso foi familiarizar pesquisadores de áreas de biotecnologia, como genética, bioquímica, biologia molecular e bioinformática, com as novas ferramentas disponíveis para a análise de estruturas macromoleculares, juntamente com a explificação de novas abordagens e metodologias para o estudo das macromoléculares.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8680

Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural.
Provedor de dados: 14
Autores: FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8679

Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD.
Provedor de dados: 14
Autores: YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
bitstream/CNPTIA/10852/1/comtec67.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/9102

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.
Ano: 2010
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652

Proposta de adaptação do processo de construção de roadmap para uso na gestão do arranjo de projetos DataExp.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; BAMBINI, M. D.; SANTOS, A. D. dos; ALENCAR, J. R. de; PESSOA, J. D. C.
Considerações sobre a metodologia de construção de roadmaps e gestão de arranjos. Processo adaptado para construção de roadmap. Fase de Preparação. Fase de Construção. Camada de Mercado/Negócio. Camada de Produtos/Serviços. Camada de Tecnologia/Recursos.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Arranjo de projetos; Tecnologia roadmap; Planejamento estratégico; Adoção de inovações; Innovation adoption.
Ano: 2017
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1084309

Banco de dados de genótipos para suporte à seleção genômica em programas de melhoramento animal.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; DIAS, V. F.; CORREA, J. L.; OLIVEIRA, G. B. de.
Escopo. Modelo de dados. Descrição de genótipos. Descrição das tabelas. Entrada e saída de dados. Análise de desempenho. Análise de desempenho.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Melhoramento genético; Genótipos; Banco de dados; Genotype; Genetic improvement.
Ano: 2013
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/980977

Uso de Filtro de Kalman para processamento de dados de pesagem diária para bovinos de corte.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; CARROMEU, C.; OLIVEIRA, C. C. de; ALMEIDA, R. G. de; SPERANZA, E. A.
Resumo - O presente estudo analisa a utilização de Filtros de Kalman (FK) para processamento de dados de pesagem diária de bovinos de corte utilizando um conjunto composto por pesagens diárias de 36 animais, coletados por 209 dias. Os resultados demonstram que o processamento de dados de pesagem diária com o Filtro de Kalman Polinomial (FKP) reduz o nível de ruído presente nos dados, viabiliza a extração do ganho de peso diário por animal, bem como torna factível a realização de predições do peso, por animal, 30 dias à frente. Adicionalmente, a utilização do FK não impacta a tomada de decisão no contexto do lote, uma vez que o peso médio dos animais no lote também não é afetado pelo FK.
Tipo: Folhetos
Palavras-chave: Bovino de corte; Bovinos de corte; Filtro de Kalman; Pecuária de precisão; Ganho de peso diário; Kalman filter; Precision livestock farming; Daily weight gain; Gado Nelore; Peso; Beef cattle.
Ano: 2022
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1150330

Tutorial: introdução ao software brblup.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.
Este tutorial apresenta uma parte do resultado obtido até o presente momento no desenvolvimento do brbv e seus aplicativos. Trata-se de um passo a passo para iniciantes com a apresentação de diversos exemplos que ilustram tanto a forma de especificar uma gama de modelos utilizados na avaliação genética de animais como a utilização brblup para obtenção dos correspondentes valores genéticos.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Tutorial; Software; Software brblup; Computer software.
Ano: 2020
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1127935

AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento apresenta o manual do software anotaSNP, que tem por objetivo apoiar pesquisadores na análise de experimentos envolvendo estudos de associação genótipo-fenótipo.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Anotação de SNP; Computer software; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1009333

Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Algorithms.
Ano: 2010
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885589

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623

Um modelo orientado a objetos para o cálculo da estimativa da área acessível a solvente.
Provedor de dados: 14
Autores: MOURA, M. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.
Estimativa da ASA. Descrição do método utilizado. Modelo orientado a objetos proposto.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Bioinformática; Área acessível a solvente; Modelo orientado a objeto; Análise da estrutura de proteínas; Grid cúbico.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1706

Metodologia para estimativa de conforto térmico bovino utilizando dados de cabresto inteligente e estações agrometeorológicas.
Provedor de dados: 14
Autores: LIMA, H. P. de; OLIVEIRA, C. C. de; HIGA, R. H.; SPERANZA, E. A.; CARROMEU, C.
Este trabalho explora um dos aspectos ainda pouco manejados, mas com influência tanto na produtividade quanto na qualidade: o conforto térmico animal na pecuária de corte extensiva, onde o ambiente não é controlado. É proposta uma metodologia para avaliação de conforto térmico animal por meio de dispositivos conectados à internet, que monitoram variáveis fisiológicas e meteorológicas.
Tipo: Folhetos
Palavras-chave: Selo ODS 8; Bovino de corte; Conforto térmico; Gado Nelore.
Ano: 2022
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1149714

Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa.
Provedor de dados: 14
Autores: FALCÃO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGHISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G.
Este documento descreve o modelo molecular da proteína XF2234 e a análise preliminar da sua estrutura. O modelo foi construído por modelagem por homologia (ou modelagem comparativa) com a estrutura cristalográfica de uma proteína small heat shock de Triticum aestivum (trigo). A análise da estrutura tridimensional da proteína XF2234 tem o objetivo de contribuir para aumentar o conhecimento sobre o papel biológico das smHSPs, necessário para o combate à CVC.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Modelagem molecular; Heat shock; Proteínas celulares.; Proteína; Xylella Fastidiosa.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1372

Eutils-search versão 2.0 - manual do usuário.
Provedor de dados: 14
Autores: TANAKA, R. S.; HIGA, R. H.
O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Software eutils-search; Mineração de texto; Text mining; Software.; Biotecnologia.; Biologia Molecular; Biotechnology; Molecular biology.
Ano: 2011
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920856

Sistema de gerenciamento de campos experimentais - SiCamp.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; FARIA, C. M.
O mapa do campo experimental. Principais funcionalidades do sistema. Resultados parciais e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Gerenciamento de campos experimentais; Software para Windows; Experimental fields; Computer software.
Ano: 1999
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/7515

Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS.
Provedor de dados: 14
Autores: MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Software SMS.; Proteína.
Ano: 2003
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8835

Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A.
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185

Sistema de gerenciamento de informações laboratoriais Infolab.
Provedor de dados: 14
Autores: CUNHA, L. M. S.; HIGA, R. H.; FERREIRA, J. R.; SPOSITO, G.
Requisitos do sistema InfoLab. Principais funcionalidades do InfoLab. Resultados e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Gerenciamento de informação laboratorial; Laboratory information system; Laboratory management information systems; Information systems.
Ano: 1999
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/7519

Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier.
Provedor de dados: 14
Autores: FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G.
Definição de superfície. Cálculo dos valores de curvatura com SurfRace.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Proteínas; Curvatura da superfície; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2002
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8642

Análise de uso de padrões de metadados em projetos de pesquisa e desenvolvimento na Embrapa Informática Agropecuária.
Provedor de dados: 14
Autores: MACÁRIO, C. G. N.; SPERANZA, E. A.; PIEROZZI JÚNIOR, I.; QUEIRÓS, L. R.; VISOLI, M. C.; HIGA, R. H.; MASSRUHÁ, S. M. F. S.
A Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) produz uma grande quantidade de dados como resultado das pesquisa que realiza. Os dados gerados abrangem diferentes domínios: solos, clima, coleções, dados de animais, dados bibliográficos, entre outros. Muitas vezes os projetos trocam ou reúsam a informação produzidas. Apesar disso, muitos deles ainda são armazenados de diferentes formas e usando diferentes formatos, como planilhas, sistemas de banco de dados, papel, entre outros. A necessidade ou possibilidade de integração/compartilhamento de informação entre esses sistemas ou mesmo com outras instituições de pesquisa, desencadeou ações para a incorporação de novas estruturas e conceitos aos sistemas desenvolvidos, no sentido de facilitar a...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Metadados; Interoperabilidade; Padrões de metadados; Metadata; Interoperability; Metadata standard.
Ano: 2011
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920501

Rotâmeros raros no Java Protein Dossier.
Provedor de dados: 14
Autores: YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3002