Consulta: creatorFacets:"YAMAGISHI, M. E. B."
Registros recuperados: 13
Data/hora: 02/06/2024 06:43:41

Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting.
Provedor de dados: 14
Autores: GONÇALVES, M; N.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.
Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Superfície 3D; Interface proteicas através do Sting.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3012

Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/5069

Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes.
Provedor de dados: 14
Autores: BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K.
bitstream/CNPTIA/11660/1/bp17.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1327

Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas.
Provedor de dados: 14
Autores: OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCÃO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.
Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Bioinformática; Classificação de proteínas; Mineração de dados.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/2836

Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
bitstream/CNPTIA/10613/1/comtec61.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Aminoácidos de proteínas.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8601

Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD.
Provedor de dados: 14
Autores: YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
bitstream/CNPTIA/10852/1/comtec67.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/9102

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.
Ano: 2010
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.
Provedor de dados: 14
Autores: HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623

Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer.
Provedor de dados: 14
Autores: NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3005

Um modelo orientado a objetos para o cálculo da estimativa da área acessível a solvente.
Provedor de dados: 14
Autores: MOURA, M. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.
Estimativa da ASA. Descrição do método utilizado. Modelo orientado a objetos proposto.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Bioinformática; Área acessível a solvente; Modelo orientado a objeto; Análise da estrutura de proteínas; Grid cúbico.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1706

Uma nova proposta para se obter Tandem Repeats em sequências genômicas.
Provedor de dados: 14
Autores: NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.
Este trabalho apresenta um novo algoritmo, chamado ConvolutionTR, de propósito geral, para se obter todos os TR, qualquer que seja o tamanho, em uma sequência de tamanho arbitrário, mas finito. Uma das vantagens deste algoritmo é que não necessita de estrutura de dados complexas e também não necessita de uma grande quantidade de memória para ser executado. Além disso, tem tempo de execução um pouco menor que os algoritmos similares, conforme poderá ser visto nos resultados a serem mostrados neste trabalho.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Algorítimo; Sequencia genômica; Genoma.
Ano: 2014
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1003465

Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS.
Provedor de dados: 14
Autores: MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Software SMS.; Proteína.
Ano: 2003
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8835

Rotâmeros raros no Java Protein Dossier.
Provedor de dados: 14
Autores: YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3002