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Genetic engineering applications in animal breeding
Provedor de dados: Electronic Journal of Biotechnology
Autores: Montaldo,Hugo H.
This paper discusses the use of genetic engineering applications in animal breeding, including a description of the methods, their potential and current uses and ethical issues. Genetic engineering is the name of a group of techniques used to identify, replicate, modify and transfer the genetic material of cells, tissues or complete organisms. Important applications of genetic engineering in animal breeding are: 1) Marker-assisted selection (MAS). The objective of this technology is to increase disease resistance, productivity and product quality in economically important animals by adding information of DNA markers to phenotypes and genealogies for selection decisions. 2) Transgenesis, the direct transfer of specific genes/alleles between individuals,...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Adult mammalian cloning; Biotechnology; Gene mapping; GMOS; MAS; QTL; Transgenics.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582006000200010

QTL affecting body weight in a candidate region of cattle chromosome 5
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Machado,Mariana B.B.; Alencar,Maurício M.; Pereira,Andréa P.; Oliveira,Henrique N.; Casas,Eduardo; Coutinho,Luis L.; Regitano,Luciana C.A.
The objective of this work was to identify QTLs for liveweight in a candidate region of bovine chromosome 5. Half-sib families from two lines, one traditional and the other new, of Canchim beef cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) were genotyped for four microsatellite markers, including the microsatellite in the IGF-1 (insulin-like growth factor-1) promoter region. Significant differences in allele distribution between the two lines were found for three markers. Interval mapping analyses in this region indicated the presence of a QTL controlling birth weight (p &lt; 0.05) and of a QTL influencing breeding value for yearling weight (p &lt; 0.01) in the newer line of the breed. The previously identified interaction between the IGF-1 genotype and genetic group...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: QTL; Growth traits; Microsatellite; Bovine.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000300008

Quantitative trait loci mapping of pubescence density and flowering time of insect-resistant soybean (Glycine max L. Merr.)
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Komatsu,Kunihiko; Okuda,Shiori; Takahashi,Masakazu; Matsunaga,Ryoichi; Nakazawa,Yoshinori.
Analysis of antibiosis resistance to common cutworm (Spodoptera litura Fabricius) in soybean (Glycine max (L.) Merr.) has progressed significantly, but the immediate cause remains unknown. We performed quantitative trait loci (QTL) analysis of pubescence density and plant development stage because these factors are assumed to be the immediate cause of resistance to cutworm. The QTLs for pubescence appeared to be identical to the previously detected the Pd1 and Ps loci controlling pubescence density. We found no candidate loci for flowering time QTLs, although one could be identical to the gene governing the long-juvenile trait or to the E6 loci controlling maturity. None of the QTLs overlapped with the QTLs for antibiosis resistance.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other
Palavras-chave: Glycine max; Hair; Maturity; Pest resistance; QTL; SSR.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000400022

Association of a locus on rat chromosome 4 with anxiety-related behaviors in two selectively bred rat lines
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Hameister,Thaïs M.; Izídio,Geison S.; Valiati,Victor H.; Ramos,André.
The Floripa H and L rat lines, selected for high and low locomotion in the central aversive area of an open field, a widely used emotionality test, were proposed as a model for studying the genetic basis of anxiety. The present study aimed to verify if the QTL Ofil1, mapped to rat chromosome 4 and previously identified as being related to emotionality in another population of rats, contributes to the behavioral variability observed in the Floripa rat lines. To this purpose, rats of five generations of selective breeding were genotyped for two polymorphic markers, D4RAT59 and D4MGH27, flanking Ofil1. Changes in genotype and allele frequencies throughout generations were evaluated in both H and L lines, in order to assess if the bidirectional selection based...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: QTL; Emotionality; Rat lines; Behavior genetics; Open field.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572008000500008

Comparative mapping reveals quantitative trait loci that affect spawning time in coho salmon (Oncorhynchus kisutch)
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Araneda,Cristian; Díaz,Nelson F.; Gomez,Gilda; López,María Eugenia; Iturra,Patricia.
Spawning time in salmonids is a sex-limited quantitative trait that can be modified by selection. In rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), various quantitative trait loci (QTL) that affect the expression of this trait have been discovered. In this study, we describe four microsatellite loci associated with two possible spawning time QTL regions in coho salmon (Oncorhynchus kisutch). The four loci were identified in females from two populations (early and late spawners) produced by divergent selection from the same base population. Three of the loci (OmyFGT34TUF, One2ASC and One19ASC) that were strongly associated with spawning time in coho salmon (p &lt; 0.0002) were previously associated with QTL for the same trait in rainbow trout; a fourth loci (Oki10)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Coho salmon; QTL; Spawning time.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000300019

Quantitative trait locus affecting birth weight on bovine chromosome 5 in a F2 Gyr x Holstein population
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Gasparin,Gustavo; Miyata,Marcelo; Coutinho,Luiz Lehmann; Martinez,Mário Luiz; Silva,Marcos Vinícius G. Barbosa da; Machado,Marco Antônio; Campos,Ana Lúcia; Regitano,Luciana Correia de Almeida.
Segregation between a genetic marker and a locus influencing a quantitative trait in a well delineated population is the basis for success in mapping quantitative trait loci (QTL). To detect bovine chromosome 5 (BTA5) birth weight QTL we genotyped 294 F2 Gyr (Bos indicus) x Holstein (Bos taurus) crossbreed cattle for five microsatellite markers. A linkage map was constructed for the markers and an interval analysis for the presence of QTL was performed. The linkage map indicated differences in the order of two markers relative to the reference map (&lt;A HREF="http://www.marc.usda.gov/"&gt;http://www.marc.usda.gov&lt;/A&gt;). Interval analysis detected a QTL controlling birth weight (p &lt; 0.01) at 69 centimorgans (cM) from the most centromeric marker...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: BTA5; Birth weight; Cattle; QTL; Microsatellite markers.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572005000500005

Epistasis interaction of QTL effects as a genetic parameter influencing estimation of the genetic additive effect
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Bocianowski,Jan.
Epistasis, an additive-by-additive interaction between quantitative trait loci, has been defined as a deviation from the sum of independent effects of individual genes. Epistasis between QTLs assayed in populations segregating for an entire genome has been found at a frequency close to that expected by chance alone. Recently, epistatic effects have been considered by many researchers as important for complex traits. In order to understand the genetic control of complex traits, it is necessary to clarify additive-by-additive interactions among genes. Herein we compare estimates of a parameter connected with the additive gene action calculated on the basis of two models: a model excluding epistasis and a model with additive-by-additive interaction effects....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Additive gene action effect; Barley; Doubled haploid lines; Epistasis; QTL.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000100013

Partitioning genetic effects due to embryo, cytoplasm and maternal parent for oil content in oilseed rape (Brassica napus L.)
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Wu,Jian-Guo; Shi,Chun-Hai; Zhang,Hai-Zhen.
Analysis of genetic main effects and genotype x environment (GE) interaction effects on the oil content of oilseed rape (Brassica napus L.) was conducted by using a genetic model for the quantitative traits of seeds in diploid plants. The experiments were carried out over two years with 8 parents and a diallel mating design, which produced F1 and F2 generations. We found that the oil content of rape was simultaneously controlled by embryo genetic effect, cytoplasmic effects and maternal genetic effect as well as GE interaction effects, with the cytoplasmic and maternal effects playing the main role. The results indicate that selection of maternal plants for high oil content would be more efficient than selection based on single seeds. Since the GE...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Breeding selection; Environmental interactions; Heritability; QTL.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572006000300023

Differential allelic expression of IL13 and CSF2 genes associated with asthma
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Burkhardt,Jana; Kirsten,Holger; Wolfram,Grit; Quente,Elfi; Ahnert,Peter.
An important area of genetic research is the identification of functional mechanisms in polymorphisms associated with diseases. A highly relevant functional mechanism is the influence of polymorphisms on gene expression levels (differential allelic expression, DAE). The coding single nucleotide polymorphisms (SNPs) CSF2rs25882 and IL13rs20541 have been associated with asthma. In this work, we investigated whether the mRNA expression levels of CSF2 or IL13 were correlated with these SNPs. Samples were analyzed by mass spectrometry-based quantification of gene expression. Both SNPs influenced gene expression levels (CSF2rs25882: p overall = 0.008 and pDAE samples = 0.00006; IL13rs20541: p overall = 0.059 and pDAE samples = 0.036). For CSF2, the expression...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Candidate gene; Gene expression; Gene polymorphism; QTL.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000400004

Genome-wide association study for birth, weaning and yearling weight in Colombian Brahman cattle
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Martínez,Rodrigo; Bejarano,Diego; Gómez,Yolanda; Dasoneville,Romain; Jiménez,Ariel; Even,Gael; Sölkner,Johann; Mészáros,Gabor.
Abstract Genotypic and phenotypic data of 1,562 animals were analyzed to find genomic regions that potentially influence the birth weight (BW), weaning weight at seven months of age (WW) and yearling weight (YW) of Colombian Brahman cattle, with genotyping conducted using Illumina Bead chip array with 74,669 SNPs. A Single Step Genomic BLUP (ssGBLP), approach was used to estimate the proportion of variance explained by each marker. Multiple regions scattered across the genome were found to influence weights at different ages, also dependent on the trait component (direct or maternal). The most interesting regions were connected to previously identified QTLs and genes, such as ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influencing growth and weight traits. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bos indicus; SNP; QTL; GWAS; Body weight.
Ano: 2017
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000300453

Fine mapping and single nucleotide polymorphism effects estimation on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17 and X
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Hidalgo,André M.; Lopes,Paulo S.; Paixão,Débora M.; Silva,Fabyano F.; Bastiaansen,John W.M.; Paiva,Samuel R.; Faria,Danielle A.; Guimarães,Simone E.F.
Fine mapping of quantitative trait loci (QTL) from previous linkage studies was performed on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17, and X which were known to harbor QTL. Traits were divided into: growth performance, carcass, internal organs, cut yields, and meat quality. Fifty families were used of a F2 population produced by crossing local Brazilian Piau boars with commercial sows. The linkage map consisted of 237 SNP and 37 microsatellite markers covering 866 centimorgans. QTL were identified by regression interval mapping using GridQTL. Individual marker effects were estimated by Bayesian LASSO regression using R. In total, 32 QTL affecting the evaluated traits were detected along the chromosomes studied. Seven of the QTL were known from previous studies using...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bayesian LASSO Piau breed pig genetics; QTL.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000400009

Quantitative trait loci (QTL) mapping for growth traits on bovine chromosome 14
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Miyata,Marcelo; Gasparin,Gustavo; Coutinho,Luiz Lehmann; Martinez,Mario Luiz; Machado,Marco Antonio; Silva,Marcos Vinicius G. Barbosa da; Campos,Ana Lucia; Sonstegard,Tad S.; Rosário,Millor Fernandes do; Regitano,Luciana Correia de Almeida.
Quantitative trait loci (QTL) mapping in livestock allows the identification of genes that determine the genetic variation affecting traits of economic interest. We analyzed the birth weight and weight at 60 days QTL segregating on bovine chromosome BTA14 in a F2 resource population using genotypes produced from seven microsatellite markers. Phenotypes were derived from 346 F2 progeny produced from crossing Bos indicus Gyr x Holstein Bos taurus F1 parents. Interval analysis to detect QTL for birth weight revealed the presence of a QTL (p &lt; 0.05) at 1 centimorgan (cM) from the centromere with an additive effect of 1.210 ± 0.438 kg. Interval analysis for weight at 60 days revealed the presence of a QTL (p &lt; 0.05) at 0 cM from the centromere with an...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: TA14; Cattle; F2; Growth traits; Molecular markers; QTL.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000300011

The use of weighted multiple linear regression to estimate QTL-by-QTL epistatic effects
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Bocianowski,Jan.
Knowledge of the nature and magnitude of gene effects, as well as their contribution to the control of metric traits, is important in formulating efficient breeding programs for the improvement of plant genetics. Information concerning a genetic parameter such as the additive-by-additive epistatic effect can be useful in traditional breeding. This report describes the results obtained by applying weighted multiple linear regression to estimate the parameter connected with an additive-by-additive epistatic interaction. Three weight variants were used: (1) standard weights based on estimated variances, (2) different weights for minimal, maximal and other lines, and (3) different weights for extreme and other lines. The approach described here combines two...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Biometrical genetics; Epistatic interaction; Homozygous lines; QTL; Simulation study; Weighted regression.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000500015

Mapping of Adaptive Traits Enabled by a High-Density Linkage Map for Lake Trout
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Smith, Seth R.; Amish, Stephen J.; Bernatchez, Louis; Le Luyer, Jeremy; Wilson, Chris; Boeberitz, Olivia; Luikart, Gordon; Scribner, Kim T.
Understanding the genomic basis of adaptative intraspecific phenotypic variation is a central goal in conservation genetics and evolutionary biology. Lake trout (Salvelinus namaycush) are an excellent species for addressing the genetic basis for adaptive variation because they express a striking degree of ecophenotypic variation across their range; however, necessary genomic resources are lacking. Here we utilize recently-developed analytical methods and sequencing technologies to (1) construct a high-density linkage and centromere map for lake trout, (2) identify loci underlying variation in traits that differentiate lake trout ecophenotypes and populations, (3) determine the location of the lake trout sex determination locus, and (4) identify chromosomal...
Tipo: Text
Palavras-chave: Linkage map; Salvelinus; QTL; RAD; Genomics; Lake trout.
Ano: 2020
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00634/74659/74565.pdf

Etude transcriptomique, génétique et fonctionnelle de la gamétogenèse chez l'huître creuse Crassostrea gigas
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Bigot, L.; Dubos, M. P.; Dheilly, N.; Favrel, P.; Kellner, K.; Lelong, C.; Martinez, A. S.; Riviere, G.; Santerre, C.; Sourdaine, P.; Degremont, Lionel; Flahauw, Emilie; Hatt, Philippe-jacques; Heurtebise, Serge; Lapegue, Sylvie; Azzouzi, N.; Galibert, F.; Boudry, Pierre; Corporeau, Charlotte; Fabioux, Caroline; Guevelou, Eric; Huvet, Arnaud; Sussarellu, Rossana.
Le projet GAMETOGENES vise à améliorer les connaissances des bases physiologiques et génétiques de la reproduction et des métabolismes associés chez un mollusque d'importance économique l'huître creuse, Crassostrea gigas. Il a pour objectifs (1) la définition de marqueurs clés de la gamétogenèse, de l'investissement reproducteur et du déterminisme du sexe chez une espèce hermaphrodite à protandrie irrégulière (2) la recherche de QTL de survie aux mortalités estivales ou à l'effort de reproduction dont le succès repose sur l'augmentation de la densité de marqueurs sur les cartes génétiques existantes (SNP en particulier) et sur les liens qui pourront être établis entre ces cartes de liaison et une carte physique (3) le développement d'outils pour valider la...
Tipo: Text
Palavras-chave: Génétique; Huître creuse; Crassostrea gigas; Gamétogenèse; QTL; Marqueur; Physiologie.
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00107/21781/19355.pdf

A first linkage map for the European flat oyster, Ostrea edulis towards the identification of Bonamia resistance QTLs
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Lallias, Delphine; Beaumont, Andy; Haley, Chris; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Lapegue, Sylvie.
The flat oyster Ostrea edulis is an endemic European oyster species, found on both Atlantic and Mediterranean coasts. Its aquacultural production has dramatically decreased due to two successive diseases caused by the intracellular parasites Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Since 1985, Ifremer has undertaken a breeding program to produce oyster families which are tolerant to Bonamia. In this context, a genetic map was therefore established as a basis for Quantitative Trait Loci (QTLs) analysis. The reference family was an F2 family coming from a first bi-parental cross between a wild oyster and an individual from the fifth generation inbred line of the Bonamia tolerance selection program. This inbred line had shown no mortality when reared in...
Tipo: Text
Palavras-chave: Parasite; Bonamia ostreae; Bonamiosis; QTL; Genetic; Ostrea edulis; Flat oyster.
Ano: 2007
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3459.pdf

Genetic investigations on the caffeine and chlorogenic acid relationship in an interspecific cross between Coffea liberica dewevrei and C-pseudozanguebariae
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Ky, Chin-long; Barre, Philippe; Noirot, Michel.
The objective of the paper was to identify the number of major loci explaining caffeine content in coffee seeds. Investigations were based on previously published results: (1) Caffeine binds to chlorogenic acids in a 1:1 molecular ratio; (2) Between species, the caffeine content is correlated to the chlorogenic acid content; (3) Only a part of chlorogenic acids is bound to caffeine. Especially, the content ratio between caffeine and chlorogenic acids varied between species. For identifying the number of major loci, a quantitative trait locus (QTL) approach was carried out using an interspecific cross between two highly differentiated species-Coffea liberica dewevrei and Coffea pseudozanguebariae, the latter being a caffeine-free species. As main finding,...
Tipo: Text
Palavras-chave: Coffea; Chlorogenic acids; Caffeine; QTL; Interspecific cross.
Ano: 2013
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00152/26298/24429.pdf

Genetic Parameters and Genome-Wide Association Studies of Quality Traits Characterised Using Imaging Technologies in Rainbow Trout, Oncorhynchus mykiss
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Blay, Carole; Haffray, Pierrick; Bugeon, Jérôme; D’ambrosio, Jonathan; Dechamp, Nicolas; Collewet, Guylaine; Enez, Florian; Petit, Vincent; Cousin, Xavier; Corraze, Geneviève; Phocas, Florence; Dupont-nivet, Mathilde.
One of the top priorities of the aquaculture industry is the genetic improvement of economically important traits in fish, such as those related to processing and quality. However, the accuracy of genetic evaluations has been hindered by a lack of data on such traits from a sufficiently large population of animals. The objectives of this study were thus threefold: (i) to estimate genetic parameters of growth-, yield-, and quality-related traits in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) using three different phenotyping technologies [invasive and non-invasive: microwave-based, digital image analysis, and magnetic resonance imaging (MRI)], (ii) to detect quantitative trait loci (QTLs) associated with these traits, and (iii) to identify candidate genes present...
Tipo: Text
Palavras-chave: Aquaculture; Fat content; Flesh colour; Magnetic resonance imaging; Fatmeter; Computer vision; Genetic correlations; QTL.
Ano: 2021
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00682/79410/81958.pdf

QTL mapping for resistance to bonamiosis in the European flat oyster Ostrea edulis
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Lallias, Delphine; Beaumont, Andy; Haley, Chris; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Lapegue, Sylvie.
A breeding programme has been undertaken by Ifremer to produce selected Ostrea edulis families which are resistant to Bonamia ostreae, a parasite which is the most significant constraint on aquaculture of this oyster. Using such families, we aimed to identify Quantitative Trait Loci (QTLs) of resistance/susceptibility to bonamiosis. We used an F2 family derived from a bi-parental cross between a wild oyster and an individual from one of the selected oyster families. A total of 550 F2 individuals from the family cohabited with wild oysters that were injected with the parasite. Mortality was checked daily over six months and heart smears were used on moribund or dying oysters to detect the presence and level of infection of the parasite. Ninety two F2...
Tipo: Text
Palavras-chave: QTLs; Flat oyster; Ostrea edulis; Bonamia ostreae; Genetic; QTL.
Ano: 2008
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/acte-3726.pdf

Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Harrang, Estelle.
The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to...
Tipo: Text
Palavras-chave: Huître plate Européenne; Ostre edulis; Bonamiose; Bonamia ostreae; Marqueurs SNP; Expression génique; Activité hémocytaire; Cartographie de liaison; QTL; EQTL; Populations naturelles; Diversité génétique; Sélection naturelle; European flat oyster; Ostrea edulis; Bonamiosis; Bonamia ostreae; SNP markers; Gene expression; Haemocytic activity; Linkage map; QTL; EQTL; Natural populations; Genetic diversity; Genetic structure; Natural selection.
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00127/23785/21702.pdf

Genetic linkage mapping in the blue mussel Mytilus edulis and the European flat oyster Ostrea edulis, and the search for Quantitative Trait Loci of resistance to a disease in O. edulis.
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Lallias, Delphine.
Genetic linkage maps consist of ordering molecular markers across the genome and require a high number of markers for a good coverage of the genome. Such maps represent a framework which enables the identification and localisation of Quantitative Trait Loci (QTLs) for traits of interest, such as growth or disease resistance, with the final aim of achieving genetic improvement through marker-assisted selection (MAS). Data on bivalves are scarce. No genetic map has yet been constructed in any mussel or flat oyster species. We report construction of a preliminary genetic linkage map in the blue mussel, Mytilus edulis (n=14). Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers were used in a mapping family containing 86 full-sibs issued from a controlled...
Tipo: Text
Palavras-chave: Microsatellite; AFLP; Mussel; Flat oyster; QTL; Genetic mapping; Microsatellite; AFLP; Moule; Huître plate; QTL; Cartographie génétique.
Ano: 2007
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-2603.pdf

Genetics and statistical association between lethal alleles and quantitative yield factors in maize (Zea mays l.)
Provedor de dados: Journal of Basic and Applied Genetics (BAG)
Autores: Salerno,Juan Carlos; Kandus,Mariana; Boggio Ronceros,R.; Sorarrain,O.; González,Cecilia; Almorza,David.
The objective of this work is to study the genetic process related to the hybrid vigour (heterosis) and the identification of quantitative trait loci (QTL) in maize. A biometric model was built using the mathematical formalism relating to the discrete absorbent Markov chain in canonical form, in order to analyse the evolution of chromosome segments, with recessive lethal genes linked with grain yield factors through generations. The grain yield obtained from an inbred maize line regulated by a balanced lethal system, and other lines without this system as control, were evaluated during five inbreeding generations. The use of the Markov chain theory for the study of evolution during these generations was a different approach of the classical mathematical...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Maize; Lethal alleles; Heterosis; Markov Chains; QTL.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332007000100003

Detection of a novel quantitative trait locus for cold tolerance at the booting stage derived from a tropical japonica rice variety Silewah
Provedor de dados: Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine Academic Repository (OAK)
Autores: Mori, Masahiko; Onishi, Kazumitsu; Tokizono, Yoshiro; Shinada, Hiroshi; Yoshimura, Toru; Numao, Yoshinori; Miura, Hideho; Sato, Takashi; 大西, 一光; 三浦, 秀穂.
Cold stress at the booting stage in rice induces spikelet sterility because of aberrant microspore development, which often seriously damages seed production. Some breeding lines with high cold tolerance were developed by using tropical japonica variety Silewah as a donor of cold tolerance; however, the genetic factors that confer cold tolerance of this variety have not been comprehensively analyzed. In this study, phenotypic and molecular characterization of novel cold-tolerant strains derived from crosses with Silewah was performed to identify quantitative trait loci (QTLs) responsible for cold tolerance. Molecular marker analysis revealed that 2 cold-tolerant strains carried chromosomal segments of Silewah at the same genomic regions on chromosomes 3, 4...
Palavras-chave: Oryza sativa; Cold tolerance; Booting stage; QTL; Phenotypic selection; Marker-assisted selection; Exotic germplasm.
Ano: 2011
URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/3040

Increased grain dormancy in white-grained wheat by introgression of preharvest sprouting tolerance QTLs
Provedor de dados: Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine Academic Repository (OAK)
Autores: Kottearachchi, NS; Uchino, N.; Kato, Kiyoaki; Miura, Hideho; 加藤, 清明; 三浦, 秀穂.
White-grained wheat cultivars have long been recognized to be less resistant to preharvest sprouting (PHS) than the red-grained ones. Previously two QTLs for grain dormancy, QPhs.ocs-3A.1 (QPhs-3AS) and QPhs.ocs-4A.1 (QPhs-4AL) were identified in a highly dormant Japanese red wheat, Zenkoujikomugi (Zen). Aiming at improvement of PHS tolerance in white-grained wheat, the introgression effect of these two QTLs in a white-grained population consisting of 40 recombinant inbred lines (RILs) developed from a cross between Zen and white-grained Spica was examined here. Random 20 RILs with red grains were also developed from the same cross and used as a control population. The RILs were grown in the field and in the glasshouse to evaluate the grain dormancy by...
Palavras-chave: Grain dormancy; Molecular marker; QTL; Triticum aestivum; White-grained wheat.
Ano: 2006
URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/714

寒冷地帯におけるイネ低温順化反応性に関する育種学的研究
Provedor de dados: Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine Academic Repository (OAK)
Autores: 大西, 一光; ONISHI, KAZUMITSU.
2009年～2011年科学研究費補助金基盤研究(C)(一般)研究成果報告書21580001
Palavras-chave: イネ; 低温抵抗性; QTL; 遺伝資源; 環境適応.
Ano: 2012
URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/3279

コムギの染色体欠失系統を用いた5A染色体長腕の量的遺伝子座分析
Provedor de dados: Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine Academic Repository (OAK)
Autores: 秋山, 雅世; 三浦, 秀穂; 加藤, 清明; 沢田, 壮兵; AKIYAMA, Masayo; MIURA, Hideho; Kato, Kiyoaki; SAWADA, Souhei.
Palavras-chave: 染色体欠失系統; 量的遺伝子座; RFLP; コムギ; Chromosome deletion stock; QTL; RELP; Wheat.
Ano: 1998
URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/1293

Marcador microssatélite associado ao alelo Ty-1 de resistência a Begomovirus em tomateiro
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Nogueira,Danilo Gustavo; Maluf,Wilson Roberto; Nogueira,Douglas Willian; Maciel,Gabriel Mascarenhas; Paiva,Luciano Vilela; Figueira,Antônia dos Reis.
O objetivo deste trabalho foi associar um marcador microssatélite ao alelo Ty-1 de resistência a Begomovirus em tomateiro, e avaliar a eficiência desta associação na seleção de linhagens resistentes ao vírus. Os marcadores SSR-47 e SSR-48 foram testados em linhagens isogênicas contrastantes quanto à presença do alelo Ty-1 (LA-3473, LA-3474, LA-3475). O marcador SSR-47, por ter detectado polimorfismo nas linhagens, foi o único utilizado nas etapas subsequentes da pesquisa. Detectada a associação entre o SSR-47 e o alelo Ty-1, testou-se sua eficiência na seleção de genótipos avançados de tomateiro. Para confirmar a eficiência da seleção, foi realizada a avaliação fenotípica das plantas com padrões contrastantes de bandas para SSR-47, quanto à resistência a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Geminiviridae; Lycopersicon esculentum; Solanum lycopersicum; QTL; Seleção assistida por marcadores.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000400011

Detection and mapping of a lethal locus in a eucalyptus hybrid population
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Rosado,Tatiana Barbosa; Tomaz,Rafael Simões; Rocha,Rodrigo Barros; Rosado,Antônio Marcos; Alves,Alexandre Alonso; Araújo,Elza Fernandes de; Alfenas,Acelino Couto; Cruz,Cosme Damião.
The objective of this work was to verify the existence of a lethal locus in a eucalyptus hybrid population, and to quantify the segregation distortion in the linkage group 3 of the Eucalyptus genome. A E. grandis x E. urophylla hybrid population, which segregates for rust resistance, was genotyped with 19 microsatellite markers belonging to linkage group 3 of the Eucalyptus genome. To quantify the segregation distortion, maximum likelihood (ML) models, specific to outbreeding populations, were used. These models consider the observed marker genotypes and the lethal locus viability as parameters. The ML solutions were obtained using the expectation‑maximization algorithm. A lethal locus in the linkage group 3 was verified and mapped, with high confidence,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Eucalyptus; Gametic selection; Genetic mapping; QTL; Rust resistance; Segregation distortion.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000900008

Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Faleiro,Fábio Gelape; Schuster,Ivan; Ragagnin,Vilmar Antônio; Cruz,Cosme Damião; Corrêa,Ronan Xavier; Moreira,Maurílio Alves; Barros,Everaldo Gonçalves de.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar 154 linhagens endogâmicas recombinantes por meio da avaliação de características quantitativas, morfológicas, moleculares e de resistência a doenças e mapear locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Adotando o valor do limite de detecção (LOD) de 4,0 e uma freqüência máxima de recombinação de 0,40, foram mapeados 43 marcadores em nove grupos de ligação cobrindo uma distância de recombinação total de 247,8 cM. A distância entre marcadores adjacentes variou entre 0 e 28 cM, com média de 7,3 cM. Os grupos de ligação variaram em tamanho de 2,3 a 61,2 cM. Os genes de resistência à ferrugem e à antracnose ficaram localizados no mesmo grupo de ligação. Foram mapeados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; QTL; Mapa genético; Progênie; Marcador genético; Método de melhoramento.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2003001200005

Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Mollinari,Marcelo; Margarido,Gabriel Rodrigues Alves; Garcia,Antonio Augusto Franco.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros " ripple" . Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50%...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Algoritmo ripple; Dados perdidos; Marcadores dominantes e co-dominantes; Método Monte Carlo; QTL.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000400009

Associação de marcadores microssatélites com teores de óleo e proteína em soja
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Rodrigues,Josiane Isabela da Silva; Arruda,Klever Márcio Antunes; Cruz,Cosme Damião; Piovesan,Newton Deniz; Barros,Everaldo Gonçalves de; Moreira,Maurilio Alves.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a associação de marcadores microssatélites localizados próximos a locos de caracteres quantitativos (QTL) descritos na literatura, com os teores de óleo e proteína de genótipos de soja cultivados no Brasil. Quarenta e nove genótipos de soja foram avaliados em Viçosa, MG (12/2009); Visconde do Rio Branco, MG (2/2010); e São Gotardo, MG (2/2010 e 10/2011). Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Os teores de óleo e proteína foram determinados por espectrometria do infravermelho. Foi observada ampla variabilidade genética para esses teores. Dos 65 marcadores microssatélites testados, 35 apresentaram associação significativa com pelo menos um dos teores, mas poucos foram consistentes com a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Glycine max; Melhoramento; QTL; Seleção assistida.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000300003

Relaciones entre los bovinos criollos panameños y algunas razas criollas de Latinoamérica
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Villalobos-Cortés,Axel; Martínez,Amparo; Vega-Pla,José Luis; Landi,Vincenzo; Quiroz,Jorge; Martínez,Rubén; López,Roberto Martínez; Sponenberg,Phil; Armstrong,Eileen; Zambrano,Delsito; Marques,Jose Ribamar; Delgado,Juan Vicente.
El objetivo de este trabajo fue establecer la relación genética entre poblaciones bovinas panameñas Guabalá y Guaymí y algunas poblaciones criollas de Latinoamérica. Se practicó un análisis factorial de correspondencias, análisis de varianza molecular, distancias genéticas, número medio de migrantes por población y los estadísticos F de Wright. Se evaluó la estructura de la población mediante un modelo Bayesiano, suponiéndose un número desconocido de K grupos diferentes genéticamente. El análisis factorial de correspondencias mostró que las poblaciones Guabalá y Guaymí se agrupan con los bovinos criollos mexicanos y el Texas Longhorn. Igualmente se observó menor diferenciación genética de las criollas panameñas con mexicanos y el Texas Longhorn. Los...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Conservación; Criollo; Estructura genética; Guabalá; Guaymí; QTL.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2012001100011

New microsatellite markers developed from an enriched microsatellite common bean library
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Cardoso,Juliana Morini Kupper; Oblessuc,Paula Rodrigues; Campos,Tatiana de; Sforça,Danilo Augusto; Carbonell,Sérgio Augusto Moraes; Chioratto,Alisson Fernando; Formighieri,Eduardo Fernandes; Souza,Anete Pereira de; Benchimol,Luciana Lasry.
The objective of this work was to develop new microsatellite markers in common bean. Ninety nine new microsatelitte loci were developed from a microsatellite enriched library for (CT)8 and (GT)8 motifs, from CAL-143 line. The majority of microsatellite sequences (51%) was related to cellular metabolism. The remaining sequences were associated to transcription functions. Only 17.2% of the sequences presented some level of similarity with other plant species genes.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Molecular markers; Plant breeding; QTL; SSR.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000700019

Marcadores microssatélites relacionados com a resistência à vassoura-de-bruxa do cacaueiro
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Santos,Rogério Mercês Ferreira; Lopes,Uilson Vanderlei; Bahia,Rita de Cássia; Machado,Regina Celle Rebouças; Ahnert,Dário; Corrêa,Ronan Xavier.
Os objetivos deste trabalho foram caracterizar a resistência à vassoura-de-bruxa de plantas de cacau originadas do cruzamento entre TSH 1188 e CCN 51 (população segregante), por meio de dois métodos de inoculação em condições de campo, e identificar marcadores microssatélites específicos para grupos de plantas resistentes e suscetíveis. As plantas-controle avaliadas pelos métodos de inoculação natural e inoculação artificial em campo produziram os mesmos padrões de sintomas. As plantas da população segregante também coincidiram os padrões de sintomas em 90%, por esses dois métodos. O método de inoculação artificial em campo permite detectar falso-resistentes. Dos 18 pares de primers microssatélites amplificados, 15 foram polimórficos entre os genitores, e...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Theobroma cacao; Moniliophthora perniciosa; Inoculação; Marcador molecular; QTL; Melhoramento genético.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000800010

Seleção fenotípica e assistida por marcadores moleculares de famílias de feijoeiro-comum com alta produtividade
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Pereira,Helton Santos; Santos,João Bosco dos; Souza,Thaís Paula de; Lima,Igor Almeida.
O objetivo deste trabalho foi selecionar famílias de feijoeiro-comum, com alta produtividade de grãos, por meio de seleção fenotípica e de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Foram avaliadas 394 famílias, de quatro populações, e seus seis genitores, no Município de Lavras, em dois experimentos: um na geração F3:4, na safra das águas de 2005/2006, em látice simples 20x20; e outro na geração F3:5, na safra da seca de 2006, em látice triplo 20x20. Foram estimados parâmetros genéticos e fenotípicos, e foi realizada a genotipagem das famílias, com marcadores microssatélites associados a QTL controladores da produção de grãos, previamente identificados. Também foram realizadas análises de associação por marcas simples, entre os marcadores e a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; QTL; Locos de características quantitativas; Associação por marcas simples; Ganho genético; Herdabilidade; Microssatélites.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008001100014

Informações fenotípicas e marcadores microssatélites de QTL na escolha de populações segregantes de feijoeiro
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Pereira,Helton Santos; Santos,João Bosco dos; Abreu,Ângela de Fátima Barbosa; Couto,Karla Rodrigues.
O objetivo deste trabalho foi selecionar populações segregantes de feijoeiro promissoras para a produtividade de grãos e com polimorfismo para marcadores microssatélites ligados a QTL relacionados previamente à produtividade de grãos. Foram utilizadas 49 linhagens, avaliadas em dois experimentos em látice triplo. Sete linhagens foram selecionadas e intercruzadas no esquema dialélico e também genotipadas com 24 marcadores microssatélites ligados a QTL previamente identificados. As populações foram avaliadas em blocos completos casualizados, com três repetições. Foram observadas diferenças significativas entre as capacidades gerais (CGC) e específicas de combinação (CEC) e os efeitos não-aditivos foram mais pronunciados. As linhagens RC1-10 e Z-9 se...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Dialelo; Produtividade de grãos; Marcador molecular; QTL.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000500014

Exploratory analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) for quantitative traits
Provedor de dados: Research in Agricultural & Applied Economics (AgEcon Searh)
Autores: Cleves,   Mario A.
With the decreasing cost and the increasing ability to quickly genotype single nucleotide polymorphisms (SNP) across the human genome, large databases containing possibly hundreds of typed SNPs are becoming common in population-based studies of quantitative traits. Testing for association between individual SNPs and the quantitative trait is an important first step in the discovery of disease susceptibility SNPs. This task, however, could be time-consuming and tedious if a large number of SNPs is involved. In this article, I introduce two new commands designed to facilitate the screening and testing of multiple SNPs for possible association with quantitative traits.
Tipo: Journal Article
Palavras-chave: Hwsnp; Qtlsnp; Genetic epidemiology; Genetic linkage; QTL; Biallelic marker; Single nucleotide polymorphisms; Hardy–Weinberg; Research Methods/ Statistical Methods.
Ano: 2005
URL: http://purl.umn.edu/117508

Progresso científico em melhoramento animal no Brasil na primeira década do século XXI
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Lôbo,Raysildo Barbosa; Bittnecourt,Thereza Cristina Bório dos Santos Calmon de; Pinto,Luís Fernando Batista.
O Brasil é um dos lideres mundiais em produção de animais de interesse zootécnico. Porém, para manter este status, precisa investir grandemente em pesquisas que visem aumentar a produtividade animal. No âmbito do melhoramento genético animal, o Brasil conta com muitos grupos que desenvolvem estudos de grande interesse nesta área. São estudos que vão desde os clássicos trabalhos de estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos, passando por trabalhos de modelagem estatística até chegar aos trabalhos mais recentes envolvendo genética molecular aplicada ao melhoramento animal. Assim, a presente revisão tem por objetivo sumarizar os caminhos pelo qual o melhoramento genético animal no Brasil trilhou ao longo da primeira década do século 21, os...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genômica; Herdabilidade; Monogástricos; QTL; Ruminantes.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982010001300025

Dissecting the genetic architecture of complex traits and its impact on genetic improvement programs: lessons learnt from the Virginia chicken lines
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Pettersson,Mats E.; Carlborg,Örjan.
Long-term selection experiments provide a valuable resource for understanding the genetic changes that take place in animal improvement programs. The Virginia chicken lines have for more than 50 years been subjected to single-trait, bi-directional, divergent selection for high and low juvenile body weight. It is one of the most well studied experimental populations in agricultural animals and has played an instrumental role in the understanding of the genetic basis of complex traits. In this paper, we summarize the findings from the more recent publications focusing on the efforts to identify the loci contributing to selection response as well as discuss the currently ongoing research. We conclude by describing some future research prospects that promise...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Body weight; Chicken; Epistasis; Metabolic; QTL; Selection.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982010001300028

Modelos aleatórios na estimação da localização de QTLs em famílias de meios-irmãos
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Silva,Marcos Vinicius G. Barbosa da; Martinez,Mário Luiz; Torres,Robledo de Almeida; Lopes,Paulo Sávio; Euclydes,Ricardo Frederico; Pereira,Carmen Silva; Machado,Marco Antônio; Arbex,Wagner.
O procedimento de mapeamento por intervalo baseado em modelo aleatório foi aplicado para estudar sua robustez e propriedades no mapeamento de dois QTLs, em populações constituídas de famílias de meios-irmãos. Sob o modelo aleatório, a localização e os componentes de variância foram estimados usando o método da máxima verossimilhança. A estimação dos parâmetros foi baseada na metodologia de pares de irmãos. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir das proporções IBD de dois marcadores flanqueadores. As estimativas dos parâmetros dos QTLs (localizações e componentes de variância) e do poder de detecção, em uma característica com h² = 0,25, foram obtidas usando dados simulados, variando-se o número de famílias,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Mapeamento por intervalo; Marcador genético; Método dos pares de irmãos; Modelo aleatório; QTL.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982005000100009

Otimização do tamanho de população sob acasalamento seletivo na seleção assistida por marcadores moleculares
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Jangarelli,Marcelo; Euclydes,Ricardo Frederico.
Foram simulados diferentes tamanhos populacionais para estimar os valores fenotípicos na seleção assistida por marcadores para características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40 e 0,70. Procedeu-se à análise de agrupamento com os desempenhos fenotípicos, cuja finalidade foi obter estruturas de classificação entre as amostras visando à otimização na detecção de QTL. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para a simulação de três genomas (cada qual com uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade) e das populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas, em que os genitores selecionados acasalavam-se seletivamente,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Amostragem; Análise de agrupamento; Herdabilidade; Simulação; QTL.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982010001200010

Mapeamento de locos de características quantitativas no cromossomo 6, associados às características de carcaça e de órgãos internos de suínos
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Pires,Aldrin Vieira; Lopes,Paulo Sávio; Guimarães,Simone Eliza Facioni.
Com o objetivo de mapear locos de características quantitativas (QTLs) associados às características de carcaça e de órgão internos, uma população composta de 550 animais F2 foi produzida a partir do intercruzamento da geração F1, obtida pelo cruzamento divergente de dois machos da raça nativa brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais. Os animais foram genotipados para 13 marcadores microssatélites distribuídos no cromossomo 6. As características avaliadas foram: comprimento de carcaça pelos métodos brasileiro e americano, peso e rendimento de carcaça, espessura de toucinho na região da copa, espessura de toucinho imediatamente após a última costela, espessura de toucinho entre a última e a penúltima vértebra lombar, menor espessura de toucinho na região...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: QTL; Cruzamento divergente; Genética molecular; Melhoramento animal.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982006000600012

Algoritmo para cálculo da proporção de genes idênticos por descendência, para mapear QTL em famílias de meio-irmãos
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Martinez,Mario Luiz; Vukasinovic,Natascha.
O desenvolvimento de mapas de ligação tem estimulado a procura por métodos que permitam mapear genes responsáveis por variação em loci de características quantitativas (QTL). O método de pares-de-irmãos com base na relação entre indivíduos idênticos por descendência (IBD) tem sido utilizado para mapear QTLs. O objetivo deste trabalho foi estender o método de HASEMAN e ELSTON (1972) para se estimar a proporção (pi) de genes IBD em famílias de meio-irmãos. Os resultados obtidos sugerem que os procedimentos usados foram eficientes para se estimar p, mesmo quando os genótipos dos pais foram parcial ou totalmente desconhecidos.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genes idênticos por descendência; Meio-irmãos; QTL.
Ano: 2000
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982000000200018

Genetic control of seed dormancy and pre-harvest sprouting in wheat
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Andreoli,Claudinei; Bassoi,Manoel Carlos; Brunetta,Dionisio.
Pre-harvest sprouting (PHS) damage leads to occasional massive losses in all wheat producing areas, causing downgrading of grain quality, that severely limits end-use applications and results in substantial financial losses to farmers and food processors. Red grain color is a traditional marker for resistance to sprouting in wheat breeding programs, however red-grained genotype alone does not always guarantee effective resistance. The objective of this work was to find genes for resistance to PHS and investigate its inheritance in Brazilian wheat cultivars. Genetic variation for dormancy was investigated in the parents, F1 and 300 F2 lines derived from the cross Frontana × OR1 and its reciprocal. The germination/dormancy sprouted grains was evaluated on...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report
Palavras-chave: Triticum aestivum; QTL; Alpha-amylase; Digenic model; Phenotype.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162006000600009

Poder de detecção de "Quantitative Trait Loci", da análise de marcas simples e da regressão linear múltipla
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Silva,Heyder Diniz; Vencovsky,Roland.
O mapeamento de locos envolvidos no controle gênico de caracteres quantitativos, QTL's, difere dos demais tipos de experimentos conduzidos em genética, por tratar-se, basicamente, de um procedimento de testes múltiplos. Um problema decorrente deste tipo de análise refere-se ao nível de significância conjunto e, consequentemente ao poder da mesma. Em vistas disto avaliou-se, via simulação computacional de dados, o poder de detecção de QTL's da análise de marcas simples, utilizando os critérios da razão de falsas descobertas (FDR) e de Bonferroni para determinação nível de significância conjunto alfa* e da regressão linear múltipla, empregando o procedimento "stepwise" para seleção das marcas. O procedimento baseado em regressão múltipla foi mais poderoso em...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: QTL; Correção de Bonferroni; Testes múltiplos; Razão de falsos positivos (FDR).
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162002000400020

Strategic marker selection to detect quantitative trait loci in chicken
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Ruy,Deborah Clea; Nones,Kátia; Baron,Erica Elias; Ledur,Mônica Corrêa; Melo,Cláudio Manoel Rodrigues de; Ambo,Marcel; Campos,Raquel de Lello Rocha; Coutinho,Luiz Lehmann.
Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts superior...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: QTL; Broiler; Selective genotyping; Body weight.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162005000200003

Plant pre-breeding for increased protein content in soybean Glycine max (L.) Merrill
Provedor de dados: Acta Agronómica
Autores: Silva-Rodrigues,Josiane Isabela da; Antunes-Arruda,Klever Márcio; Deniz-Piovesan,Newton; Gonçalves-de Barros,Everaldo.
Abstract The aim of this research were to determine protein content and genetic divergence of soybean genotypes in QTL regions of the trait grain protein content for plant breeding purposes. Twenty-nine soybean genotypes were grown in the field in four environments (Viçosa-MG Dec/2009, Visconde do Rio Branco-MG Feb/2010, São Gotardo-MG Feb/2010, and São Gotardo-MG Oct/2011) using the randomized block design with three replicates. The grain protein content was quantified by the infrared spectrometry method. The genetic divergence was estimated by the analysis of 39 microsatellite markers from QTL regions for the soybean grain protein content. The pairs of genotypes with greater genetic distances and protein contents were as follows: BARC-8/CS3032PTA276-3-4...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Plant breeding; Molecular markers; QTL; Soybean genotypes; Protein contein.
Ano: 2017
URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122017000400618

Mapeo genético y análisis de QTL para carotenos en una población s1 de yuca
Provedor de dados: Acta Agronómica
Autores: Marín Colorado,Jaime Alberto; Ramírez,Hernando; Fregene,Martin.
La población S1 de la variedad tailandesa de yuca MTAi8 (AM320), la cual presenta patrones de segregación definidos para el contenido de carotenos totales (Beta-caroteno), se sometió a un análisis de agrupamiento segregante (BSA = Bulk Segregant Analysis) empleando 700 marcadores moleculares tipo microsatélites o SSR. Se generaron 25 grupos de ligamiento identificando 3 QTL mayores asociados con una región del genoma de yuca con el contenido de carotenos totales. Tres marcadores SSR explicaron el 37.2% (NS109), 32% (rSSRY251) y 27.7% (rSSRY313) de la varianza fenotipica total, situados en el grupo de ligamiento D fuertemente asociados con el contenido de carotenos totales en la familia AM320 S1, se estableció una fuerte correlación positiva entre color de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Manihot esculenta Crantz; Caroteno; QTL; SSR.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122009000100003

QTL IDENTIFICATION FOR CASSAVA BACTERIAL BLIGHT RESISTANCE UNDER NATURAL INFECTION CONDITIONS
Provedor de dados: Acta Biológica Colombiana
Autores: SOTO SEDANO,Johana; MORA MORENO,Rubén Eduardo; CALLE,Fernando; LÓPEZ CARRASCAL,Camilo Ernesto.
Cassava, Manihot esculenta Crantz, represents the main food source for more than one billion people. Cassava's production is affected by several diseases, one of the most serious is cassava bacterial blight (CBB) caused by Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). A quantitative trait loci (QTL) analysis for CBB resistance was performed under natural infection conditions, using a mapping population of 99 full-sibs genotypes highly segregant and a SNP-based high dense genetic map. The phenotypic evaluation was carried out in Puerto López, Meta, Colombia, during the rainy season in 2015. Both resistant and susceptible transgressive segregants were detected in the mapping population. Through a non-parametric interval mapping analysis, two QTL were detected,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Cassava; Molecular marker; QTL; Resistance; SNPs; Xanthomonas axonopodis pv. manihotis.
Ano: 2017
URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2017000100002

Mapeamento de QTL em famílias de irmãos completos por meio de modelos aleatórios
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Silva,M.V.G.B; Martinez,M.L.; Torres,R.A.; Lopes,P.S.; Euclydes,R.F.; Machado,M.A.; Arbex,W.
Foi realizado um estudo por meio de simulação para avaliar a eficiência e o poder dos modelos aleatórios na estimação da localização e dos componentes de variância relativos a dois QTLs presentes no mesmo cromossomo, posicionados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes ou não. Admitiram-se diferentes tamanhos e números de famílias de irmãos completos e variâncias dos QTLs, em característica com herdabilidade igual a 0,25. A estimação dos parâmetros foi obtida por meio do método da máxima verossimilhança, baseado no quadrado da diferença de pares de irmãos, sob mapeamento por intervalo. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir da proporção IBD de dois marcadores flanqueadores. Os fatores que mais...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Mapeamento por intervalo; Marcador genético; Método dos pares de irmãos; Modelo aleatório; QTL.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352004000200014

Quantitative trait loci mapping for meat quality traits in swine chromosome 6
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Pires,A.V.; Lopes,P.S.; Guimarães,S.E.F.; Guimarães,C.T.; Gomide,L.A.M.; Benevenuto Júnior,A.A.; Carmo,F.M.S.
The current study was carried out to perform QTL mapping on swine chromosome 6 (SSC6) associated to meat quality traits. The F2 population was produced by outbreed crossing using two native Brazilian breed Piau boars and 18 commercial sows. A total of 557 F2 animals were genotyped for 13 microsatellite markers. The traits evaluated on the F2 population were: pH measured 45 minutes and 24 hours post mortem (pH 45, pH24, respectively), drip loss (DL), cooking loss (CL), total loss (TL), intramuscular fat content (IMF), objective tenderness (OT), lightness (L), redness (A), yellowness (B), hue angle (h) and chrome (c). Data were analyzed by multiple regression developed for analysis of outbreed line crosses, using the QTL Express Software. Significant QTL...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: QTL; Outbreed cross; Genetic; Molecular marker; Animal breeding.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352005000500006

Seleção, acasalamento e genotipagem seletiva e outras estratégias de amostragem na detecção de QTL
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Jangarelli,M.; Euclydes,R.F.; Carneiro,A.P.S.; Cecon,P.R.; Cruz,C.D.
Foram simuladas diferentes estratégias de seleção para estimar o desempenho fenotípico e a endogamia média na seleção assistida por marcadores, em características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40 e 0,70. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para a simulação de três genomas (cada qual constituído de uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade), e das populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas. Avaliaram-se estratégias de acasalamento entre os genitores selecionados, em diferentes intensidades de seleção (tamanhos populacionais), por meio do acasalamento seletivo entre os melhores e os piores,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Herdabilidade; Seleção estratégica; Simulação; QTL.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352010000400028

Endogamia e limite de seleção em populações sob seleção assistida por marcadores moleculares
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Jangarelli,M.; Euclydes,R.F.
Foram utilizados diferentes níveis de significância genômica na seleção assistida por marcadores para estimar a endogamia média e o limite de seleção, assim como os valores fenotípicos, em características quantitativas de baixa, média e alta herdabilidade. Uma comparação entre os níveis de 1%, 5%, 10% e 20% foi realizada por meio do sistema computacional de simulação genética (GENESYS), utilizado para a simulação de três genomas (cada qual constituído de um único caráter de baixa, média ou alta herdabilidade), e das populações base e inicial. Os resultados indicaram superioridade dos níveis de significância de maior magnitude (10% e 20%) com relação aos valores fenotípicos, resultante de menor média endogâmica, além de menor limite de seleção ao longo das...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Herdabilidade; Nível de significância; Simulação; QTL.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352008000600028

Detecção de QTL em dados de famílias estruturadas como as de um núcleo MOET por meio do método da regressão
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Peixoto,M.G.C.D.; Martinez,M.L.; Teodoro,R.L.; Machado,M.A.; Carvalho,M.R.S.; Gomes,F.C.; Verneque,R.S.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão em detectar QTL com base na utilização de dados da estrutura de família (irmãos completos e meios-irmãos), como aqueles gerados em um núcleo MOET. Foram simulados dados fenotípicos e genotípicos em uma estrutura de núcleo MOET fechado de seleção. Três arquivos foram analisados, contendo: a) informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos; b) apenas informações de irmãos completos e c) apenas informações de meios-irmãos. Verificou-se que o método da regressão, para dados discretos ou contínuos, foi capaz de detectar associações entre marcador e QTL em níveis bastante expressivos de significância (P&lt;0.001 e P&lt;0,0001), quando se utilizou o arquivo que continha informações...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: QTL; Poder de detecção; Marcador molecular; Estrutura de família.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352009000400024

Mapeamento de locos de características quantitativas associados à composição de carcaça, no cromossomo seis de suíno
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Pires,A.V.; Lopes,P.S.; Guimarães,S.E.F.; Guimarães,C.T.; Peixoto,J.O.
Uma população de suínos, composta de 550 animais F2, foi produzida a partir do intercruzamento da geração F1, obtida pelo cruzamento divergente de dois machos da raça nativa brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais. O objetivo do trabalho foi mapear locos de características quantitativas (QTL) associados a cortes de carcaça. Os animais foram genotipados para 13 marcadores microssatélites, distribuídos no cromossomo 6 de suínos. As características avaliadas foram: peso total do pernil, peso do pernil sem pele e sem capa de gordura, peso total da copa, peso da copa sem pele e sem capa de gordura, peso total da paleta, peso da paleta sem pele e sem capa de gordura, peso total do carré, peso do lombo, peso total do bacon, peso das costelas, peso total da...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Suíno; QTL; Cruzamento divergente; Composição de carcaça; Microssatélites.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352008000300030

Mapas genéticos em plantas
Provedor de dados: Bragantia
Autores: Carneiro,Monalisa Sampaio; Vieira,Maria Lucia Carneiro.
Ao lado dos projetos de seqüenciamento e das análises do cariótipo pelas técnicas de hibridização in situ, o desenvolvimento de mapas genéticos fundamentados em marcadores de DNA tem propiciado consideráveis avanços à genômica de plantas. Esta revisão aborda as premissas básicas utilizadas para o mapeamento genético e suas principais aplicações, especialmente para o melhoramento vegetal. Fundamentos teóricos sobre segregação, recombinação e ligação são considerados e relacionados à construção de mapas genéticos com marcas moleculares. Apresentam-se informações sobre tipos de marcadores, populações de mapeamento, cálculo da freqüência de recombinação, distorções da segregação, estabelecimento dos grupos de ligação e da ordenação dos marcadores. Discute-se,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other
Palavras-chave: Mapas de ligação; Marcadores moleculares; QTL; Mapeamento comparativo.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052002000200002

Mapeo de loci de caracteres cuantitativos (QTL) usando un enfoque multivariado
Provedor de dados: Ciencia e Investigación Agraria, Revista Latinoamericana en Ciencias de la Agricultura
Autores: Mora,Freddy; Santos,Alexandra I; Scapim,Carlos A.
Los procedimientos usados en el mapeo de loci de característica cuantitativa (QTL) son continuamente estudiados ya que son fundamentales para mejorar la precisión del análisis genético. El presente estudio tuvo como objetivo examinar QTLs a través de métodos muí ti variados, considerando el principio de mapeo por intervalo simple. Se simuló un conjunto de datos de marcadores moleculares microsatélites provenientes de una población F2. Al mismo tiempo se consideró que los QTLs controlan características de distribución normal y binomial. En el caso normal se consideraron cinco modelos con las siguientes estructuras de covarianzas residuales: Componentes de varianza (VC), simetría compuesta (CS), no estructurada (UN), diagonal principal (Banded Main Diagonal;...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Análisis multivariado; Binario; Ecuaciones generalizadas; Marcador molecular; Mejoramiento genético; QTL.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-16202008000200003