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Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2011
Provedor de dados: 5
Autores: Pouvreau, Stephane; Bernard, Ismael; Le Souchu, Pierrick; Queau, Isabelle; Talarmain, Eric; Auby, Isabelle; Maurer, Daniele; Barbier, Claire; Tournaire, Marie-pierre; D'Amico, Florence; Rumebe, Myriam; Neaud-masson, Nadine; Bedier, Edouard; Fleury, Elodie; Martin, Anne-genevieve; Claude, Serge; Langlade, Aime; Bouget, Jean-francois; Collin, Karine; Fortune, Mireille; Hitier, Benoist; Robert, Stephane; Guilpain, Patrice; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Guesdon, Stephane; Quemener, Loic; Repecaud, Michel; Barbot, Stephane; Guillemot, Anne; Nonnotte, Lidwine; Duros, Wenceslas; Bonnat, Armel; Tarot, Stephane; Mille, Dominique; Geay, Amelie; Bouquet, Anne-lise.
La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, même si elle est...
Tipo: Text
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00135/24649/22682.pdf

Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Huvet, Arnaud; Lelong, Christophe; De Lorgeril, Julien; Boulo, Viviane; Gueguen, Yannick; Bachere, Evelyne; Tanguy, Arnaud; Moraga, Dario; Fabioux, Caroline; Lindeque, Penelope; Shaw, Jenny; Reinhardt, Richard; Prunet, Patrick; Davey, Grace; Lapegue, Sylvie; Sauvage, Christopher; Corporeau, Charlotte; Moal, Jeanne; Gavory, Frederick; Wincker, Patrick; Moreews, Francois; Klopp, Christophe; Mathieu, Michel; Boudry, Pierre; Favrel, Pascal.
Background: Although bivalves are among the most-studied marine organisms because of their ecological role and economic importance, very little information is available on the genome sequences of oyster species. This report documents three large-scale cDNA sequencing projects for the Pacific oyster Crassostrea gigas initiated to provide a large number of expressed sequence tags that were subsequently compiled in a publicly accessible database. This resource allowed for the identification of a large number of transcripts and provides valuable information for ongoing investigations of tissue-specific and stimulus-dependant gene expression patterns. These data are crucial for constructing comprehensive DNA microarrays, identifying single nucleotide...
Tipo: Text
Ano: 2009
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/publication-6770.pdf

REPAMO 2017. Bulletins de la surveillance. Janvier à décembre 2017
Provedor de dados: 5
Autores: Canier, Lydie; Fleury, Elodie; Normand, Julien; Garcia, Celine; Geairon, Philippe.
Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2017 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.
Tipo: Text
Palavras-chave: REPAMO; Surveillance zoosanitaire; Mollusques marins; Mortalités.
Ano: 2018
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00480/59184/61851.pdf

In Vivo RNA Interference of a Gonad-Specific Transforming Growth Factor-beta in the Pacific Oyster Crassostrea gigas
Provedor de dados: 5
Autores: Huvet, Arnaud; Fleury, Elodie; Corporeau, Charlotte; Quillien, Virgile; Daniel, Jean-yves; Riviere, Guillaume; Boudry, Pierre; Fabioux, Caroline.
We investigated the role of oyster gonadal TGF beta (og-TGF beta) in the reproduction of Crassostrea gigas, using an in vivo RNA interference approach. We designed double-stranded RNA targeting og-TGF beta, which is specifically expressed in the somatic cells surrounding germ cells in the gonad of both male and female oysters. In vivo injection of this og-TGF beta dsRNA into the gonad led to knock-down phenotypes for both sexes, with significant reduction (77.52% relative to controls) of the gonad area, lowered reproductive effort and germ cell under-proliferation. Interestingly, half of the injected females halted their vitellogenesis, since we were only able to observe pre-vitellogenic oocytes. In addition, apoptotic germ cells and haemocytes infiltrated...
Tipo: Text
Palavras-chave: Marine bivalve; Crassostrea gigas; Reproduction; RNA interference; Transforming growth factor-beta.
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00087/19794/17486.pdf

Characterization of a gonad-specific transforming growth factor-β superfamily member differentially expressed during the reproductive cycle of the oyster Crassostrea gigas
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Fabioux, Caroline; Lelong, Christophe; Favrel, Pascal; Huvet, Arnaud.
To study the complex and non identified host causes of summer mortality in C. gigas, divergent selection criteria based upon summer survival have been applied to produce resistant (R) and susceptible (S) oysterfamilies(Samain et al., 2007). A previous analysis by suppression-subtractive hybridization has characterized 46 differentially-expressedcDNAsbetween R and S families(Huvet et al., 2004). The present study reports the screening, using nylon array, of the 46 oyster SSHcDNAsfrom R and S selected families. Among the few differentially expressed genes characterized between R and S samples, one encodes a Transforming-Growth-Factor-β-related (TGFβ) protein. Members of the TGFβsuperfamily are critical growth factors regulating a variety ofimportant...
Tipo: Text
Ano: 2007
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00083/19425/17036.pdf

Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins
Provedor de dados: 5
Autores: Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel; Fleury, Elodie; Robert, Stephane; Garcia, Celine; Arzul, Isabelle; Baillon, Laury; Bechemin, Christian; Canier, Lydie; Chollet, Bruno; Dechamps, Lucie; Dubreuil, Christine; Faury, Nicole; Francois, Cyrille; Godfrin, Yoann; Lapegue, Sylvie; Morga, Benjamin; Travers, Marie-agnes; Tourbiez, Delphine; Masson, Jean-claude; Verin, Francoise; Cordier, Remy; Gangnery, Aline; Louis, Wilfried; Mary, Charlotte; Normand, Julien; Penot, Julia; Cheve, Julien; Dagault, Francoise; Le Jolivet, Aurore; Le Gal, Dominique; Lebrun, Luc; Bellec, Gwenael; Bouget, Jean-francois; Cochennec-laureau, Nathalie; Palvadeau, Hubert; Grizon, James; Chabirand, Jean-michel; Pepin, Jean-francois; Seugnet, Jean-luc; D'Amico, Florence; Maurer, Daniele; Le Gall, Patrik; Mortreux, Serge; Baldi, Yoann; Orsoni, Valerie; Bouchoucha, Marc; Le Roy, Valerian; Pouvreau, Stephane; Queau, Isabelle; Lamoureux, Alice.
Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur...
Tipo: Text
Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie.
Ano: 2016
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00324/43486/42945.pdf

Suivi national des mortalités au stade naissain d'un lot témoin et d'un lot à survie améliorée pour Crassostrea gigas
Provedor de dados: 5
Autores: Degremont, Lionel; Maurouard, Elise; Nourry, Max; Seugnet, Jean-luc; Bedier, Edouard; Fleury, Elodie; Langlade, Aime; Pernet, Fabrice; Pouvreau, Stephane; Le Souchu, Pierrick; Normand, Julien; D'Amico, Florence; Rumebe, Myriam; Cantin, Christian; Barret, Jean; Le Gall, Patrik; Baud, Jean-pierre; Cochennec-laureau, Nathalie; Gervasoni, Erika; Pelissier, Pablo.
Ce rapport présente la comparaison des mortalités de deux lots de naissains de Crassostrea gigas dans plusieurs bassins conchylicoles et déterminer le gain de survie obtenu par la sélection pour des huîtres diploïdes
Tipo: Text
Palavras-chave: Mortalités; Huître creuse; Crassostrea gigas; Sélection génétique; Naissain.
Ano: 2011
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00065/17644/15180.pdf

Rapport annuel 2017 de l’unité Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins (PFOM)
Provedor de dados: 5
Autores: Boudry, Pierre; Fleury, Elodie; Le Roux, Frederique; Zambonino, Jose-luis.
Tipo: Text
Ano: 2018
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00451/56298/57880.pdf

Characterization of a gonad-specific transforming growth factor-beta superfamily member differentially expressed during the reproductive cycle of the oyster Crassostrea gigas
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Fabioux, Caroline; Lelong, C; Favrel, P; Huvet, Arnaud.
Through differential screening between oyster families selected for high and low summer survival, we have characterized a new transforming growth factor-beta (TGF-beta) superfamily member. This novel factor, named oyster-gonadal-TGF beta-like (og-TGF beta-like), is synthesized as a 307 amino acid precursor and displays 6 of the 7 characteristic cysteine residues of the C-terminal, mature peptide. Sequence comparison revealed that og-TGF beta-like has a low percentage of identity with other known TGF-beta superfamily members, suggesting that og-TGF beta-like is a derived member of this large superfamily. Real-time PCR (RT-PCR) analysis in different oyster tissues showed that og-TGF beta-like is specifically expressed in both male and female gonads, at...
Tipo: Text
Palavras-chave: Reproduction; Oyster; Gene expression; Transforming growth factor; Bivalve mollusc.
Ano: 2008
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-3899.pdf

Observatoire national du cycle de vie de l’huître creuse en France. Rapport annuel ECOSCOPA 2018
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Petton, Sebastien; Corporeau, Charlotte; Gangnery, Aline; Pouvreau, Stephane.
Occupying a prime position in the French coastal landscape, oyster farming is the leading contributor to the French aquaculture sector with an estimated production of 85,000 tonnes in recent years. However, since 2008, this species has been affected by recurrent massive mortality episodes triggered by the presence of viral infectious agents (of the type Herpes virus OsHV-1 μVar) in conjunction with environmental factors (i.e. temperature rise). This viral infection induces an alteration of the antimicrobial defenses and a destabilization of its microbiota. This process leads to secondary infection by opportunistic bacteria that are potentially pathogenic and multiply rapidly, causing irreversible tissue damage leading to the death of the animal. At the...
Tipo: Text
Palavras-chave: Huître creuse; Physiologie; Génétique; Écologie; Réseau National.
Ano: 2019
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00634/74654/74826.pdf

Réseau d’Observations Conchylicoles : Évolutions vers le réseau RESCO II et ECOSCOPA
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Bellec, Gwenael.
Après 5 ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers répartis sur le littoral français, le réseau RESCO a permis d’approfondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalités d’huîtres creuses. Cependant, depuis 2014, ce réseau servant de référentiel national d’estimation et d’évolution des surmortalités a évolué vers de nouveaux objectifs. Ces objectifs sont d’approfondir : - la caractérisation des écosystèmes conchylicoles via des descripteurs physiologiques et environnementaux - la surveillance planifiée des maladies présentes, émergentes et exotiques via des analyses fondées sur les risques d’introduction / apparition / installation des ces organismes pathogènes. Pour ce faire, plusieurs évolutions ont...
Tipo: Text
Ano: 2015
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00287/39812/38296.pdf

High temperature induces transcriptomic changes in   Crassostrea gigas   that hinder progress of ostreid herpesvirus (OsHV-1) and promote survival
Provedor de dados: 5
Autores: Delisle, Lizenn; Pauletto, Marianna; Vidal-dupiol, Jeremie; Petton, Bruno; Bargelloni, Luca; Montagnani, Caroline; Pernet, Fabrice; Corporeau, Charlotte; Fleury, Elodie.
Of all environmental factors, seawater temperature plays a decisive role in triggering marine diseases. Like fever in vertebrates, high seawater temperature could modulate the host response to pathogens in ectothermic animals. In France, massive mortality of Pacific oysters, Crassostrea gigas, caused by the ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) is markedly reduced when temperatures exceed 24°C in the field. In the present study we assess how high temperature influences the host response to the pathogen by comparing transcriptomes (RNA sequencing) during the course of experimental infection at 21°C (reference) and 29°C. We show that high temperature induced host physiological processes that are unfavorable to the viral infection. Temperature influenced the...
Tipo: Text
Palavras-chave: Anti-viral molecular pathway; Host-pathogen interaction; Marine disease; OsHV-1; Resistance; Temperature.
Ano: 2020
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00656/76806/77974.pdf

Farmer monitoring reveals the effect of tidal height on mortality risk of oysters during a herpesvirus outbreak
Provedor de dados: 5
Autores: Pernet, Fabrice; Gachelin, Sonia; Stanisière, Jean-yves; Petton, Bruno; Fleury, Elodie; Mazurié, Joseph.
The intertidal zone is characterized by a sharp vertical gradient of environmental stress, which structures species distribution and their interactions. Few studies, however, have examined the influence of tidal height on host–pathogen interactions. Here, we investigated how the tidal height influence outbreak of the Ostreid herpesvirus type 1 (OsHV-1) affecting the Pacific oyster. A volunteer network composed of 20 oyster growers monitored the survival of 28 batches of oysters during an epizootic event in Southern Brittany, France. Oysters were spat from wild collection or hatchery production. The sampling sites were spread over a 150-km2 area with a tidal height ranging from 0.98 to 2.90 m. Concomitantly, we followed survival of oyster spats in relation...
Tipo: Text
Palavras-chave: Aquaculture; Citizen science; Marine epidemiology and health; OsHV-1; Risk analysis.
Ano: 2019
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00491/60271/63981.pdf

Analyse statistique des données de mortalité d’huîtres acquises par l’Observatoire National Conchylicole (RESCO)
Provedor de dados: 5
Autores: Jolivel, Aude; Fleury, Elodie.
This report is based on data which were collected from 2009 to 2011 by the French National Observatory for shellfish culture, in order to describe the mortalities affecting Crassostrea Gigas oyser’s spat since 2008. It aims at studying the appearance dynamic of mortality events in several sites and lots but also at identifying the factors that triggers those events.
Tipo: Text
Palavras-chave: Mortalité; Crassostrea Gigas; Huître; Virus OSHV1; Naissain; Température.
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00130/24095/22078.pdf

Microarray-Based Identification of Gonad Transcripts Differentially Expressed Between Lines of Pacific Oyster Selected to Be Resistant or Susceptible to Summer Mortality
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Moal, Jeanne; Boulo, Viviane; Daniel, Jean-yves; Mazurais, David; Henaut, Alain; Corporeau, Charlotte; Boudry, Pierre; Favrel, Pascal; Huvet, Arnaud.
Summer mortality of the Pacific oyster Crassostrea gigas is the result of a complex interaction between oysters, their environment, and pathogens. Heredity appears to be a major factor determining the sensitivity of oysters to summer mortality, allowing resistant (R) and susceptible (S) lines to be produced. We conducted genome-wide expression profiling of R and S gonads during the 3-month period preceding a summer mortality event, using a cDNA microarray that we designed. ANOVA analysis revealed that 34 genes were differentially expressed between R and S lines on four dates preceding the mortality event. Annotation of some of these genes highlights reproduction and its allocation and antioxidant defenses as the main pathways that operate differentially...
Tipo: Text
Palavras-chave: Mollusca; Bivalvia; Gene expression; CDNA microarrays; Reproduction; Oxidative stress; Energy metabolism.
Ano: 2010
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00005/11590/8258.pdf

A Functional Study of Transforming Growth Factor-Beta from the Gonad of Pacific Oyster Crassostrea gigas
Provedor de dados: 5
Autores: Corporeau, Charlotte; Groisillier, Agnes; Jeudy, Alexandra; Barbeyron, Tristan; Fleury, Elodie; Fabioux, Caroline; Czjzek, Mirjam; Huvet, Arnaud.
The transforming growth factor (TGF)-beta superfamily is a group of important growth factors involved in multiple processes such as differentiation, cell proliferation, apoptosis and cellular growth. In the Pacific oyster Crassostrea gigas, the oyster gonadal (og) TGF-beta gene was recently characterized through genome-wide expression profiling of oyster lines selected to be resistant or susceptible to summer mortality. Og TGF-beta appeared specifically expressed in the gonad to reach a maximum when gonads are fully mature, which singularly contrasts with the pleiotropic roles commonly ascribed to most TGF-beta family members. The function of og TGF-beta protein in oysters is unknown, and defining its role remains challenging. In this study, we develop a...
Tipo: Text
Palavras-chave: Transforming growth factor-beta; Bacterial expression; In vivo antibody inhibition; Reproduction; Crassostrea gigas; Marine bivalve.
Ano: 2011
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15371/13438.pdf

ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie.
Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits...
Tipo: Text
Palavras-chave: Observation; Modélisation; Explication; Anticipation; Communication.
Ano: 2016
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00334/44511/44204.pdf

NPY signalling in the gonad of the oyster Crassostrea gigas : involvement in summer mortality?
Provedor de dados: 5
Autores: Corporeau, Charlotte; Fleury, Elodie; Moal, Jeanne; Boudry, Pierre; Favrel, Pascal; Huvet, Arnaud.
In summer, oysters suffer mortality that decimates this year about 60% of the population in France. We previously demonstrated a genetic basis for summer survival thatallowed us to produce resistant (R) and susceptible (S) oyster familiesby divergent selection (Samainet al., 2007). At the physiological level, R families can survive summer mortality because they are reproductively less active than S families (Fleury et al., 2008).In order to identify the molecular basis of the summer survival,a transcriptomicapproach on R and S families was performed using microarray analysis and 34 differentially-expressed genes were identified between R and S in the gonad (Fleury et al., in prep). Among these genes, we found an EST encoding a neuropeptide Y related...
Tipo: Text
Ano: 2008
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00083/19424/17035.pdf

Observatoire National Conchylicole. Campagne 2011
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; D'Amico, Florence; Annezo, Jean-pierre; Barret, Jean; Blin, Jean Louis; Bouget, Jean-francois; Claude, Serge; Guilpain, Patrice; Grizon, James; Hitier, Benoist; Langlade, Aime; Le Gall, Patrik; Le Souchu, Pierrick; Martin, Anne-genevieve; Mary, Charlotte; Normand, Julien; Parrad, Sophie; Penot, Julia; Pernet, Fabrice; Pien, Sebastien.
Depuis 2009, l'Observatoire Conchylicole assure le suivi, sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français, de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas représentatifs de la production française. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En...
Tipo: Text
Ano: 2011
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00083/19433/17047.pdf

Characterization of two new genes implicated in mineralization process of Pinctada margaritifera
Provedor de dados: 5
Autores: Cochennec-laureau, Nathalie; Fleury, Elodie; Belliard, Corinne; Levy, Peva.
A transplant is a complex surgical procedure performed to obtain a pearl after about 12 to 18 months. One of the key steps in this procedure is the transfer of the graft (piece of mantle) from the donor oyster. A functional relationship exists between the coating nature of the pearl and the cellular structure of the pearl bag portion of the graft. We have identified two genetic markers of biomineralisation in Pinctada margaritifera, the pearl oyster: Perline and Calcine, responsible for secretion of aragonite and calcite, respectively. After isolating and sequencing a portion of each of these genes, we verified the specificity of these sequences using molecular methods (RT-PCR, in situ hybridisation) and biocomputing methods (alignments, phylogenetic...
Tipo: Text
Ano: 2005
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27888/26143.pdf

Study of Synthesis Pathways of the Essential Polyunsaturated Fatty Acid 20:5n-3 in the Diatom Chaetoceros Muelleri Using 13C-Isotope Labeling
Provedor de dados: 5
Autores: Remize, Marine; Planchon, Frederic; Loh, Ai Ning; Le Grand, Fabienne; Bideau, Antoine; Le Goic, Nelly; Fleury, Elodie; Miner, Philippe; Corvaisier, Rudolph; Volety, Aswani; Soudant, Philippe.
The present study sought to characterize the synthesis pathways producing the essential polyunsaturated fatty acid (PUFA) 20:5n-3 (EPA). For this, the incorporation of 13C was experimentally monitored into 10 fatty acids (FA) during the growth of the diatom Chaetoceros muelleri for 24 h. Chaetoceros muelleri preferentially and quickly incorporated 13C into C18 PUFAs such as 18:2n-6 and 18:3n-6 as well as 16:0 and 16:1n-7, which were thus highly 13C-enriched. During the experiment, 20:5n-3 and 16:3n-4 were among the least-enriched fatty acids. The calculation of the enrichment percentage ratio of a fatty acid B over its suspected precursor A allowed us to suggest that the diatom produced 20:5n-3 (EPA) by a combination between the n-3 (via 18:4n-3) and n-6...
Tipo: Text
Palavras-chave: Synthesis pathway; Diatom; 20:5n-3 (EPA); Chaetoceros muelleri; Acyl-editing mechanism; Compound-specific isotope analysis.
Ano: 2020
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00630/74257/73887.pdf

Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2012
Provedor de dados: 5
Autores: Pouvreau, Stephane; Bellec, Gwenael; Le Souchu, Pierrick; Queau, Isabelle; Talarmain, Eric; Alunno-bruscia, Marianne; Auby, Isabelle; Maurer, Daniele; Barbier, Claire; Tournaire, Marie-pierre; D'Amico, Florence; Rumebe, Myriam; Fleury, Elodie; Langlade, Aime; Bouget, Jean-francois; Collin, Karine; Fortune, Mireille; Hitier, Benoist; Bedier, Edouard; Robert, Stephane; Guilpain, Patrice; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Guesdon, Stephane; Lagarde, Franck; Le Gall, Patrik; Messiaen, Gregory; Roque D'Orbcastel, Emmanuelle; Gohin, Francis; Bryere, Philippe; Quemener, Loic; Repecaud, Michel; Bucas, Karenn; Barbot, Stephane; Guillemot, Anne; Nonnotte, Lidwine; Duros, Wenceslas; Bonnat, Armel; Tarot, Stephane; Mille, Dominique; Geay, Amelie; Bouquet, Anne-lise.
La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage.  Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le Bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère...
Tipo: Text
Ano: 2013
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00135/24648/22681.pdf

Réseau RESCO : observations conchylicoles. Résultats provisoires des mortalités en 2012 sur les sites morbihannais
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie.
Tipo: Text
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00122/23338/21162.pdf

Qualité du Milieu Marin Littoral. Synthèse Nationale de la Surveillance 2011. Edition 2012
Provedor de dados: 5
Autores: Belin, Catherine; Claisse, Didier; Daniel, Anne; Fleury, Elodie; Le Mao, Patrick; Marchand, Michel; Nedellec, Marie; Boisseaux, Anne; Soudant, Dominique.
Tipo: Text
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00149/25987/24080.pdf

REPAMO 2015. Bulletins de la surveillance. Janvier à décembre 2015
Provedor de dados: 5
Autores: Osta Amigo, Axel; Robert, Stephane; Fleury, Elodie; Lupo, Coralie; Garcia, Celine; Geairon, Philippe.
Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2015 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.
Tipo: Text
Palavras-chave: REPAMO; Surveillance zoosanitaire; Mollusques marins; Mortalités.
Ano: 2018
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00480/59205/61897.pdf

RESCO II : Réseau d'observations conchylicoles et surveillance planifiée des organismes pathogènes. Résultats préliminaires 2015
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Bellec, Gwenael.
Tipo: Text
Ano: 2015
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00287/39811/38295.pdf

Gill transcriptomic analysis in fast- and slow-growing individuals of Mytilus galloprovincialis
Provedor de dados: 5
Autores: Prieto, Daniel; Markaide, Pablo; Urrutxurtu, Iñaki; Navarro, Enrique; Artigaud, Sebastien; Fleury, Elodie; Ibarrola, Irrintzi; Urrutia, Miren Bego.
The molecular basis underlying the mechanisms at the origin of growth variation in bivalves is still poorly understood, although several genes have been described as upregulated in fast-growing individuals. In the present study, we reared mussel spat of the species Mytilus galloprovincialis under diets below the pseudofaeces threshold (BP) and above the pseudofaeces threshold (AP). After 3 months, F and S mussels from each condition were selected to obtain 4 experimental groups: FBP, SBP, FAP and SAP. We hypothesized that the nurturing conditions during the growing period would modify the molecular basis of their growth rate differences. To decipher the molecular mechanisms underlying the growth variation, the gill transcriptomes for the four mussel groups...
Tipo: Text
Palavras-chave: Fast-growing; Mussel; Gill; Transcriptome.
Ano: 2019
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00503/61490/65293.pdf

An Ecological Time Series of Pacific Oyster (C. gigas) Growth and Survival: data curation and analysis of 24 years of monitoring along the French coast
Provedor de dados: 5
Autores: Normand, Julien; Dubroca, Laurent; Fleury, Elodie.
As global change becomes a major concern, the need to contextualize discrete observations to highlight long-term evolutions also becomes more relevant. In response to this challenge, Marine Historical Ecology (MHE) has recently emerged as a new discipline within the marine sciences, dedicated to studying the relationship between long-term evolution of marine ecosystems and temporal variations of external predictors such as meteorological parameters, or descriptors of human activities. In recent years, therefore, considerable effort has been devoted to study long-term time series on fisheries and environmental data. This approach has increased our knowledge about natural variability and functioning of marine environments and has helped us to characterize...
Tipo: Text
Ano: 2019
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00588/70003/67917.pdf

Recent advances in EST sequencing in Crassostrea gigas: towards the sequencing of the Pacific oyster genome
Provedor de dados: 5
Autores: Boudry, Pierre; Huvet, Arnaud; Lapegue, Sylvie; Sauvage, Christopher; Tanguy, A.; Moraga, D.; Goostrey, A.; Prunet, P.; Boulo, Viviane; Gueguen, Y.; Moal, Jeanne; Fleury, Elodie; Samain, Jean-francois; Mathieu, M.; Favrel, P.
Rationale for EST and genome sequencing of the Pacific oyster: • its membership of the Lophotrochozoa, an little studied branch of the Eukaryotes, • its worldwide aquacultural importance (4.2 million metric tons, worth 3.5 billion US dollars), • its high fecundity, with concomitantly high DNA polymorphism, • its use as a biosensor of coastal pollution. In 2004, an international community of biologists, the Oyster Genome Consortium (OGC) led by D. Hedgecock (University of Southern California) and uniting 70 participants from 10 countries, first presented the Pacific oyster Crassostrea gigas as a genome-sequencing candidate to Joint Genome Institute (JGI, USA) (Hedgecock et al., 2005). Besides this project (that remains to be accepted), several EST...
Tipo: Text
Palavras-chave: Characteristics; Genome size; Genome; Crassostrea gigas; Oyster; Genetic.
Ano: 2007
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3414.pdf

L’huître creuse, sentinelle de l’état de santé des écosystèmes côtiers exploités du littoral français. Rapport annuel ECOSCOPA 2016
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Corporeau, Charlotte; Pouvreau, Stephane.
Occupant une place de premier ordre dans nos paysages côtiers, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. Véritable espèce ingénieur, l’huître creuse joue aussi un rôle essentiel sur le plan écologique dans les écosystèmes qui l’abritent. Pourtant, depuis plusieurs années, l’ostréiculture subie une baisse de production et les bancs naturels, garants de la diversité génétique, sont mis en danger. Ces phénomènes sont la conséquence directe de l’épizootie causée par OsHV-1 µVar frappant les naissains et des mortalités d’adultes associées à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ces épisodes de mortalités accrues ne sont pas nouveaux mais leur récurrence et leur...
Tipo: Text
Ano: 2017
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00433/54425/55774.pdf

RESCO - REseau d'Observations Conchylicoles : Campagne 2012
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Bedier, Edouard.
Le réseau d’observations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En parallèle des suivis de...
Tipo: Text
Palavras-chave: Crassostrea gigas; Huître creuse; Mortalité; Croissance; Température; Enregistrement haute fréquence; Herpes virus; Vibrio aesturianus; Agent pathogène.
Ano: 2013
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00142/25346/23429.pdf

Modeling reproductive traits of an invasive bivalve species under contrasting climate scenarios from 1960 to 2100
Provedor de dados: 5
Autores: Gourault, Melaine; Petton, Sebastien; Thomas, Yoann; Pecquerie, Laure; Marques, Goncalo M.; Cassou, Christophe; Fleury, Elodie; Paulet, Yves-marie; Pouvreau, Stephane.
Identifying the drivers that control the reproductive success of a population is vital to forecasting the consequences of climate change in terms of distribution shift and population dynamics. In the present study, we aimed to improve our understanding of the environmental conditions that allowed the colonization of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, in the Bay of Brest since its introduction in the 1960s. We also aimed to evaluate the potential consequences of future climate change on its reproductive success and further expansion. Three reproductive traits were defined to study the success of the reproduction: the spawning occurrence, synchronicity among individuals and individual fecundity. We simulated these traits by applying an individual-based...
Tipo: Text
Palavras-chave: DEB model; IPCC scenarios; Reproductive traits; Crassostrea gigas; Bay of Brest.
Ano: 2019
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00440/55188/56794.pdf

Reproductive effort of Pacific oysters: A trait associated with susceptibility to summer mortality
Provedor de dados: 5
Autores: Huvet, Arnaud; Normand, Julien; Fleury, Elodie; Quillien, Virgile; Fabioux, Caroline; Boudry, Pierre.
Summer mortality of the Pacific oyster Crassostrea gigas is the result of a complex interaction between oysters, their environment and their pathogens. The physiological status of an oyster, especially its reproductive status, is suspected to play a significant role in the outcome of this interaction. As genetic variability exists for susceptibility to summer mortality, resistant (R) and susceptible (S) oyster lines were produced using a divergent selection scheme. The present paper reports a histological study on gonad area, which is representative of reproductive effort, in randomly chosen five R and five S oyster lines. The R lines showed a significantly lower gonad area than the S lines (P&lt;0.001). with an estimated mean difference of 12.5%, whereas,...
Tipo: Text
Palavras-chave: Bivalve mollusc; Crassostrea gigas; Reproduction; Selected lines; Summer mortality.
Ano: 2010
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00006/11766/8502.pdf

Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2014
Provedor de dados: 5
Autores: Pouvreau, Stephane; Petton, Sebastien; Queau, Isabelle; Haurie, Axel; Le Souchu, Pierrick; Alunno-bruscia, Marianne; Palvadeau, Hubert; Auby, Isabelle; Maurer, Daniele; D'Amico, Florence; Passoni, Sarah; Barbier, Claire; Tournaire, Marie-pierre; Rigouin, Loic; Rumebe, Myriam; Fleury, Elodie; Fouillaron, Pierre; Bouget, Jean-francois; Pepin, Jean-francois; Robert, Stephane; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Chabirand, Jean-michel; Le Moine, Olivier; Guesdon, Stephane; Lagarde, Franck; Mortreux, Serge; Le Gall, Patrik; Messiaen, Gregory; Roque D'Orbcastel, Emmanuelle; Quemener, Loic; Repecaud, Michel; Mille, Dominique; Geay, Amelie; Bouquet, Anne-lise.
La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais...
Tipo: Text
Palavras-chave: Huître creuse; Naissain; Recrutement; Captage; Larves; Cycle de reproduction; Changement climatique; Pacific oyster; Spat; Recruitment; Spat collecting; Larvae; Reproductive cycle; Climate change.
Ano: 2015
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00279/38990/37561.pdf

Latitudinal drivers of oyster mortality: deciphering host, pathogen and environmental risk factors
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Barbier, Pierrick; Petton, Bruno; Normand, Julien; Thomas, Yoann; Pouvreau, Stephane; Daigle, Gaétan; Pernet, Fabrice.
Diseases pose an ongoing threat to aquaculture, fisheries and conservation of marine species, and determination of risk factors of disease is crucial for management. Our objective was to decipher the effects of host, pathogen and environmental factors on disease-induced mortality of Pacific oysters (Crassostrea gigas) across a latitudinal gradient. We deployed young and adult oysters at 13 sites in France and we monitored survival, pathogens and environmental parameters. The young oysters came from either the wild collection or the hatchery while the adults were from the wild only. We then used Cox regression models to investigate the effect of latitude, site, environmental factors and origin on mortality risk and to extrapolate this mortality risk to the...
Tipo: Text
Ano: 2020
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00627/73915/73251.pdf

RESCO - Réseau d'observations Conchylicoles : Campagne 2013
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie.
The French network RESCO was developed in 2009, following the widespread mortalities in French oysters stocks of Crassostrea gigas that killed a majority of young cultivated oysters in summer 2008. The main objective of this network was to develop a tool of estimation of the mortalities at national scale, through a standardized monitoring of sentinel oysters In 2013, similar batches of spat and 18 month old oysters from different origins were deployed in thirteen sites located all along the French coasts to measure the spatial and temporal evolution of the mortality and growth rates. At the same time, the program provides a high-frequency recording of environmental parameters and the detection of the main infectious agents associated to the oyster...
Tipo: Text
Palavras-chave: Crassostrea gigas; Huître creuse; Mortalité; Croissance; Température; Enregistrement haute fréquence; Herpes virus; Vibrio aesturianus; Agent pathogène; Crassostrea gigas; Pacific oyster; Mortality; Growth; Temperature; High frequency data acquisition; Herpes virus; Vibrio aestuarianus; Infectious agent.
Ano: 2014
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00197/30851/29212.pdf

Observatoire national du cycle de vie de l’huître creuse en France. Rapport annuel ECOSCOPA 2017
Provedor de dados: 5
Autores: Pouvreau, Stephane; Fleury, Elodie; Petton, Sebastien; Corporeau, Charlotte; Lapegue, Sylvie.
Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. Véritable espèce ingénieur, l’huître creuse, installée en France depuis plus de 50 ans, joue aussi un rôle essentiel sur le plan écologique dans les écosystèmes qui l’abritent. Pourtant, depuis plusieurs années, cette filière subie une baisse de production et les bancs naturels, garants de la diversité génétique, sont mis en danger. Ces phénomènes sont la conséquence directe de l’épizootie causée par OsHV-1 (sous sa forme µVar) affectant les naissains et des mortalités d’adultes associées à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ces épisodes de...
Tipo: Text
Palavras-chave: Huître creuse; Physiologie; Génétique; Ecologie; Réseau National.
Ano: 2018
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00449/56030/57556.pdf

Réseau national d'observation de la moule bleue Mytilus edulis, MYTILOBS, Campagne 2014-2
Provedor de dados: 5
Autores: Robert, Stephane; Bouget, Jean-francois; Fleury, Elodie; Chauvin, Jacky; Gagnery, Aline; Normand, Julien; Blin, Jean Louis; Cheve, Julien; Dagault, Francoise; Gerla, Daniel; Lejolivet, Aurore; Penot, Julia; Chabirand, Jean-michel; Genauzeau, Sylvie; Geairon, Philippe; Grizon, James; Le Moine, Olivier; Schmitt-gallotti, Anne; Seugnet, Jean-luc; Soletchnik, Patrick.
Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon (pertuis Breton), d’Yves (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2013, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (23,97 +/- 0,7mm), captées sur corde dans le pertuis Breton. Les prélèvements de la campagne 2014 (septembre 2013-décembre 2014) sont trimestriels....
Tipo: Text
Palavras-chave: Mytilus edulis; Moule; Bouchot; Mortalité; Croissance; Température; Phytoplancton; Réseau; Biométrie; Environnement.
Ano: 2015
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00270/38086/36231.pdf

Determination of risk factors for herpesvirus outbreak in oysters using a broad-scale spatial epidemiology framework
Provedor de dados: 5
Autores: Pernet, Fabrice; Fuhrmann, Marine; Petton, Bruno; Mazurie, Joseph; Bouget, Jean-francois; Fleury, Elodie; Daigle, Gaetan; Gernez, Pierre.
Marine diseases have major impacts on ecosystems and economic consequences for aquaculture and fisheries. Understanding origin, spread and risk factors of disease is crucial for management, but data in the ocean are limited compared to the terrestrial environment. Here we investigated how the marine environment drives the spread of viral disease outbreak affecting The Pacific oyster worldwide by using a spatial epidemiology framework. We collected environmental and oyster health data at 46 sites spread over an area of 300 km2 along an inshore-offshore gradient during an epizootic event and conducted risk analysis. We found that disease broke out in the intertidal farming area and spread seaward. Mortalities and virus detection were observed in oysters...
Tipo: Text
Ano: 2018
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00450/56130/57670.pdf

Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2013
Provedor de dados: 5
Autores: Pouvreau, Stephane; Petton, Sebastien; Queau, Isabelle; Bellec, Gwenael; Talarmain, Eric; Le Souchu, Pierrick; Alunno-bruscia, Marianne; Auby, Isabelle; Maurer, Daniele; D'Amico, Florence; Passoni, Sarah; Barbier, Claire; Tournaire, Marie-pierre; Rigouin, Loic; Rumebe, Myriam; Fleury, Elodie; Langlade, Aime; Bouget, Jean-francois; Collin, Karine; Fortune, Mireille; Palvadeau, Hubert; Bedier, Edouard; Robert, Stephane; Pepin, Jean-francois; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Chabirand, Jean-michel; Le Moine, Olivier; Guesdon, Stephane; Lagarde, Franck; Mortreux, Serge; Le Gall, Patrik; Messiaen, Gregory; Roque D'Orbcastel, Emmanuelle; Quemener, Loic; Repecaud, Michel; Bucas, Karenn; Barbot, Stephane; Guillemot, Anne; Nonnotte, Lidwine; Duros, Wenceslas; Bonnat, Armel; Tarot, Stephane; Mille, Dominique; Geay, Amelie; Bouquet, Anne-lise.
La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage.  Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais...
Tipo: Text
Ano: 2014
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00200/31091/29499.pdf

Long dsRNAs promote an anti-viral response in Pacific oyster hampering ostreid herpesvirus 1 replication
Provedor de dados: 5
Autores: Pauletto, Marianna; Segarra, Amelie; Montagnani, Caroline; Quillien, Virgile; Faury, Nicole; Le Grand, Jacqueline; Miner, Philippe; Petton, Bruno; Labreuche, Yannick; Fleury, Elodie; Fabioux, Caroline; Bargelloni, Luca; Renault, Tristan; Huvet, Arnaud.
Double-stranded RNA (dsRNA)-mediated genetic interference (RNAi) is a widely used reverse genetic tool for determining the loss-of-function phenotype of a gene. Here, the possible induction of an immune response by long dsRNA was tested in a marine bivalve (Crassostrea gigas), as well as the specific role of the subunit 2 of the nuclear factor kappa B inhibitor (I kappa B2). This gene is a candidate of particular interest for functional investigations in the context of oyster mass mortality events, as Cg-I kappa B2 mRNA levels exhibited significant variation depending on the amount of ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) DNA detected. In the present study, dsRNAs targeting Cg-I kappa B2 and green fluorescent protein genes were injected in vivo into oysters...
Tipo: Text
Palavras-chave: Anti-viral response; RNA interference; Inhibitor of NF-kappa B; Marine bivalve; Ostreid herpesvirus 1.
Ano: 2017
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00409/52011/52698.pdf

Microarray analysis highlights immune response of Pacific oysters as a determinant of resistance to summer mortality
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Huvet, Arnaud.
Summer mortality of Crassostrea gigas is the result of a complex interaction between oysters, their environment, and pathogens. A high heritability was estimated for resistance to summer mortality, which provided an opportunity to develop lines of oysters that were resistant (R) or susceptible (S) to summer mortality. Previous genome-wide expression profiling study of R and S oyster gonads highlighted reproduction and antioxidant defense as constitutive pathways that operate differentially between these two lines. Here, we show that signaling in innate immunity also operates differentially between these lines, and we hypothesize that this is at the main determinant of their difference in survival in the field. A reanalysis of our published microarray data...
Tipo: Text
Palavras-chave: Mollusca; Crassostrea gigas; Gene; Immunity; CDNA microarray; Summer mortality.
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00083/19423/17213.pdf

Observatoire national du cycle de vie de l’huître creuse en France. Rapport annuel ECOSCOPA 2019
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Petton, Sebastien; Corporeau, Charlotte; Benabdelmouna, Abdellah; Pouvreau, Stephane.
Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Pourtant, depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 μVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant...
Tipo: Text
Palavras-chave: Huître creuse; Physiologie; Cytogénétique; Écologie; Réseau National.
Ano: 2020
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00687/79902/82833.pdf

Rapport d’activité 2018-2019 UNITE RBE/PFOM. Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins
Provedor de dados: 5
Autores: Boudry, Pierre; Fleury, Elodie; Le Roux, Frederique; Zambonino Infante, Jose-luis.
Activités scientifiques 2018-2019
Tipo: Text
Ano: 2021
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00689/80155/83222.pdf

Transcriptomic response of the Pacific oyster Crassostrea gigas to hypoxia
Provedor de dados: 5
Autores: Sussarellu, Rossana; Fabioux, Caroline; Le Moullac, Gilles; Fleury, Elodie; Moraga, Dario.
Marine intertidal organisms commonly face hypoxic stress during low tide emersion; moreover, eutrophic conditions and sediment nearness could lead to hypoxic phenomena; it is indeed important to understand the molecular processes involved in the response to hypoxia. In this study the molecular response of the Pacific oyster Crassostrea gigas to prolonged hypoxia (2 mg O-2 L-1 for 20 d) was investigated under experimental conditions. A transcriptomic approach was employed using a cDNA microarray of 9058 C. gigas clones to highlight the genetic expression patterns of the Pacific oyster under hypoxic conditions. Lines of oysters resistant (R) and susceptible (S) to summer mortality were used in this study. ANOVA analysis was used to identify the genes...
Tipo: Text
Palavras-chave: Mollusca; Hypoxia; CDNA microarray; Gene expression; Oxidative stress; Respiratory chain.
Ano: 2010
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00027/13799/11053.pdf

RESCO : analyses statitistiques des données de 2009 à 2011
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Jolivel, Aude.
Tipo: Text
Ano: 2012
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00122/23340/21164.pdf

REPAMO 2016. Bulletins de la surveillance. Janvier à juin et décembre 2016
Provedor de dados: 5
Autores: Osta Amigo, Axel; Robert, Stephane; Fleury, Elodie; Lupo, Coralie; Garcia, Celine; Geairon, Philippe.
Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2016 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.
Tipo: Text
Palavras-chave: REPAMO; Surveillance zoosanitaire; Mollusques marins; Mortalités.
Ano: 2018
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00480/59210/61902.pdf

In situ markers of Crassostrea gigas oyster sensibility to pathogen infection : toward the selection of early indicators of summer mortality
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie; Normand, Julien; Suquet, Eloïse; Dechamps, Lucie; Quillien, Virgile; Richard, Marion; Cochennec-laureau, Nathalie.
Massive mortalities of Crassostrea gigas spat associated with OsHV-1 virus occurred every year since 2008, all along the French coasts. Previous experimental studies lead to identify physiological functions of the oyster metabolism that responds to infection, denoting infection routes and symptoms or indicating immune response. Among these functions, studies highlighted several genes whose expression was significantly down or upregulated before the mortality event. The expression of these genes should be then used as predictive indicator of oyster response to pathogen infection, including marker-associated selection. In this study, two experiments were designed to identify genes linked to early infection response of Pacific oyster spat during in situ...
Tipo: Text
Ano: 2015
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00286/39768/38261.pdf

RESCO - Réseau d'observations Conchylicoles : Rapport annuel Campagne 2014.
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie.
Après cinq ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers repartis sur le littoral français, le réseau RESCO a permis d’approfondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalités d’huîtres. Cependant, il était apparu très difficile d’être suffisamment exhaustif sur le choix des lots sentinelles suivis, et les résultats obtenus ne pouvaient pas représenter toute la diversité des lots d’huîtres creuses cultivées sur les côtes françaises. Par conséquent, le protocole du RESCO a légèrement évolué en 2014 afin de palier à ces biais mais aussi d’améliorer la lisibilité des objectifs du réseau. Pour ce faire, deux actions principales ont été mises en oeuvre : (i) l’introduction dans les suivis d’un nouveau matériel...
Tipo: Text
Ano: 2015
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00287/39794/38271.pdf

Exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d'huîtres creuses Crassostrea gigas résistantes et sensibles à la mortalité estivale
Provedor de dados: 5
Autores: Fleury, Elodie.
This work contributed to the development of specific genomic tools for the Pacific oyster Crassostrea gigas, aiming to identify molecular markers associated with summer survival of this species. To do so, 29745 ESTs obtained from different sequencing programs were grouped in a unique database. 9058 unigenes have been used to produce a cDNA microarray, to compare lines selected to be Resistant (R) or Sensitive (S) to summer mortality. 34 genes were observed as differentially expressed before the mortality event. Most of these genes are associated with reproduction and oxidative stress. This underlines the implication of the cost of reproduction and the importance of oxidative stress defenses in development of an immune weakness before the mortality event....
Tipo: Text
Palavras-chave: Reproduction; Transforming Growth Factor b; Micorarray; Database; Summer mortality; Bivalves; Reproduction; Transforming Growth Factor b; Puce à ADN; Base de données; Mortalité estivale; Bivalves.
Ano: 2009
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/these-6462.pdf

Bilan 2016 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins
Provedor de dados: 5
Autores: Lupo, Coralie; Fleury, Elodie; Normand, Julien; Osta Amigo, Axel; Robert, Stephane; Canier, Lydie; Francois, Cyrille; Garcia, Celine.
Depuis 1992, une surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2016 est la deuxième année de transition pour laquelle une évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcée. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place en 2015, s’appuyant sur...
Tipo: Text
Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie.
Ano: 2017
URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00386/49781/50327.pdf