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Diversidad agronómica, morfológica y molecular en variedades nativas de frijol (Phaseolus vulgaris L.) cultivadas por agricultores en el estado de Puebla.
Provedor de dados: Depósito Institucional Abierto de Documentos Digitales del Colegio de Postgraduados (COLPOS DIGITAL )
Autores: Ramírez Pérez, Ana Rosa.
El frijol común representa un cultivo básico en México con una gran variabilidad en sus características morfológicas y moleculares. La descripción del germoplasma de una especie en las regiones donde se cultiva es el primer paso que permite conocer las características principales de las variedades que lo forman, para así propiciar un sistema integral que vincula el estudio experimental con la aplicación de los conocimientos a beneficio del productor. En éste trabajo se hizo la evaluación en campo de 100 variedades de frijoles nativos provenientes de diferentes comunidades del estado de Puebla, éstas presentaron diferencias en el rango de rendimiento, cual permitió hacer una selección de 35 variedades para ser evaluadas bajo invernadero, lo cual también...
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris L.; Marcadores morfológicos; RAPD; Variedades nativas; Marker morphological; Native varieties; EDAR; Estrategias para el Desarrollo Agrícola Regional; Maestría.
Ano: 2011
URL: http://hdl.handle.net/10521/535

Morfología de frutos, perfil de ácidos grasos en semilla y diversidad genética molecular en selecciones de zapote mamey (Pouteria sapota (Jacq.) H. E. Moore &amp; Stearn).
Provedor de dados: Depósito Institucional Abierto de Documentos Digitales del Colegio de Postgraduados (COLPOS DIGITAL )
Autores: Ibarra Estrada, Martha Elva.
A México se le considera   centro de origen del zapote mamey ya que cuenta con una gran diversidad. Sin embargo, son pocos   los trabajos enfocados en estudiar tal diversidad tanto en la parte morfológica, contenido de ácidos graso o aspectos moleculares. Por lo anterior, el objetivo   del presente trabajo fue: caracterizar morfológica, bioquímica y molecularmente selecciones sobresalientes de zapote mamey. En base a las variables de fruto y el perfil de ácidos grasos en semilla, el material vegetal estudiado mostró amplia variación entre las accesiones. El peso y longitud de fruto, longitud de hilio y de semilla, número de fibras, grosor de epicarpio y ancho de semilla fueron las variables determinantes para la agrupación de las selecciones. El perfil de...
Palavras-chave: Caracterización; Frutos; Variabilidad; RAPD; RAMP; Characterization; Fruits; Lipids; Seeds; Variability; Lípidos; Semillas; Doctorado; Fruticultura.
Ano: 2012
URL: http://hdl.handle.net/10521/740

Diversidad agronómica, morfológica y molecular en variedades nativas de frijol (Phaseolus vulgaris L.) cultivadas por agricultores en el estado de Puebla.
Provedor de dados: Depósito Institucional Abierto de Documentos Digitales del Colegio de Postgraduados (COLPOS DIGITAL )
Autores: Ramírez Pérez, Ana Rosa.
El frijol común representa un cultivo básico en México con una gran variabilidad en sus características morfológicas y moleculares. La descripción del germoplasma de una especie en las regiones donde se cultiva es el primer paso que permite conocer las características principales de las variedades que lo forman, para así propiciar un sistema integral que vincula el estudio experimental con la aplicación de los conocimientos a beneficio del productor. En éste trabajo se hizo la evaluación en campo de 100 variedades de frijoles nativos provenientes de diferentes comunidades del estado de Puebla, éstas presentaron diferencias en el rango de rendimiento, cual permitió hacer una selección de 35 variedades para ser evaluadas bajo invernadero, lo cual también...
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris L.; Marcadores morfológicos; RAPD; Variedades nativas; Marker morphological; Native varieties; EDAR; Estrategias para el Desarrollo Agrícola Regional; Maestría.
Ano: 2011
URL: http://hdl.handle.net/10521/535

RAPD and freezing resistance in Eucalyptus globulus
Provedor de dados: Electronic Journal of Biotechnology
Autores: Fernández R.,Marta; Valenzuela A.,Sofía; Balocchi L.,Claudio.
Eucalyptus globulus is the second most important forest species in Chile, after Pinus radiata. The main advantages of E. globulus are its fast growth (25 m³/ha/year) and its excellent wood quality for kraft pulp production. On the negative side, its low freezing tolerance has been an obstacle for the expansion of plantations, specifically on the foothills of the Andes. The difference in the freezing resistance between clones of E. globulus has a genetic base and, therefore, it could be detected through DNA molecular markers. Fifteen clones of E. globulus, eight classified as freezing resistant and seven as freezing sensitive were analyzed using the technique of RAPD, in order to obtain molecular markers that could differentiate between freezing sensitive...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Eucalyptus globulus; Freezing resistance; Molecular markers; RAPD.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582006000300025

Variety discrimination of Tigridia pavonia (L.f.) DC. assesed by different length RAPD primers
Provedor de dados: Electronic Journal of Biotechnology
Autores: Piña-Escutia,José Luis; Vázquez-García,Luis Miguel; Arzate-Fernández,Amaury Martín.
Tigridia pavonia (L.f.) DC. is one of the important phytogenetic resources of México. This species is used as ornamental, food and medicinal purposes. Despite its ornamental and economic potential, there is little information about the genetic variability. In this study, randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) primers of 10, 15 and 20 bases were used to assess the level of genetic variation among nine botanical varieties of Tigridia pavoniacollected in three localities within State of México. The total number fragments, polymorphic fragments, percentage of polymorphism and resolving power were greater for 15 base (55, 52, 94.5 and 5, respectively) and 20 base (47, 45, 95.7 and 3.8, respectively), in comparison with those obtained from 10 base primers...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Genetic resources; RAPD; Tigridia pavonia; Variety discrimination.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000400010

Assessment of genetic diversity among Pakistani wheat (Triticum aestivum L.) advanced breeding lines using RAPD and SDS-PAGE
Provedor de dados: Electronic Journal of Biotechnology
Autores: Ahmed,Muhammad Farooq; Iqbal,Muhammad; Masood,Muhammad Shahid; Rabbani,Malik Ashiq; Munir,Muhammad.
Genetic diversity was assessed among 32 advanced wheat breeding lines included in the National Uniform Wheat Yield Trials (2006-07) of Pakistan using molecular (DNA) and biochemical (SDS-PAGE) markers. Of the 72 RAPD primers used for initial screening, 15 were found polymorphic. A total of 140 bands (61.4% polymorphic) were generated by the 15 random decamer primers. Genetic similarity coefficients ranged from 0.81 to 0.94 for rainfed and from 0.70 to 0.93 for the normal seeding date group. Cluster analysis using the unweighted pair group method of arithmetic averages (UPGMA) clustered the 32 advanced wheat breeding lines into one major and three small groups. Maximum level of polymorphism (90%) was observed for the primer OPA-05. Lines N9 and N11 showed...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Genetic diversity; Molecular markers; Polymorphism; RAPD; SDS-PAGE; Wheat.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000300001

Analysis of genetic diversity among Indian niger [Guizotia abyssinica (L. f.) Cass.] cultivars based on randomly amplified polymorphic DNA markers
Provedor de dados: Electronic Journal of Biotechnology
Autores: Nagella,Praveen; Hosakatte,Niranjana Murthy; Ravishankar,K.V.; Hahn,Eun-Joo; Paek,Kee-Yoeup.
Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used to estimate genetic diversity among 18 cultivars of niger from India. Total genomic DNA was extracted and subjected to RAPD analysis using 80 arbitrary 10-mer primers; 17 primers were selected, which yielded a total of 124 bands, 41.20% of them polymorphic. None of the primers produced unique banding pattern for each cultivar. RAPD data were used to calculate a Squared-Euclidean Distance matrix which revealed a minimum genetic distance between cultivars JNC-6 and N-48 and a maximum distance between IGP-76 and JN-30. Based on the distance matrix, a cluster analysis was done using a minimum variance algorithm. The dendrogram generated, based on Ward&amp;#8217;s method, grouped 18 niger cultivars...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Genetic diversity; Guizotia abyssinica; Molecular markers; RAPD.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582008000100014

Clonal diversity and antimicrobial resistance of Enterococcus faecalis isolated from endodontic infections
Provedor de dados: Electronic Journal of Biotechnology
Autores: Suliman Al-Badah,Abdulhakim; S.S. Ibrahim,Abdelnasser; Al-Salamah,Ali A; Ibrahim,Shebl Salah S.
Background Enterococcus faecalis is considered to be one of most prevalent species in the oral cavity, particularly in endodontic infections. The aim of the present study was to investigate the prevalence of E. faecalis in dental root canals, clonal diversity by restriction fragment length polymorphism (RFLP) and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD-PCR) analysis, and the antibiotic susceptibility of E. faecalis isolates. Results Among the bacterial strains isolated from dental root canal specimens (n = 82), E. faecalis was determined to have the highest prevalence followed by Streptococcus viridians, Leuconostoc mesenteroides, Staphylococcus aureus, Streptococcus mitis, and Pediococcus pentosaceus. Cluster analysis of RAPD-PCR and RFLP patterns of the...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Antimicrobial susceptibility; Endodontic infection; Enterococcus faecalis; Genotype; RAPD; RFLP.
Ano: 2015
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582015000300006

Genetic variability in the endophytic fungus Guignardia citricarpa isolated from citrus plants
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Glienke-Blanco,Chirlei; Aguilar-Vildoso,Carlos Ivan; Vieira,Maria Lúcia Carneiro; Barroso,Paulo Augusto Vianna; Azevedo,João Lúcio.
During some phases of of their life-cycle endophytic fungi colonize plants asymptomatically being found most frequently inside the aerial part of plant tissues. After surface disinfection of apparently healthy leaves from three varieties of mandarin orange and one tangor, and after incubation on appropriate culture medium, 407 fungal isolates were obtained, giving a total infection frequency of 81%. No fungal growth was observed from disinfected seeds, indicating that fungi are probably not transmitted via seeds. Of the fungal isolates, 27% belonged to the genus Guignardia, with 12 isolates being identified as Guignardia citricarpa Kiely, which is described as a citrus pathogen. The isolates were variable in respect to the presence of sexual structures and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Citrus; Endophytes; Genetic variability; Guignardia citricarpa; Mandarin; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000200021

Genetic diversity of Hypostomus ancistroides (Teleostei, Loricariidae) from an urban stream
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Sofia,Silvia H.; Galindo,Bruno A.; Paula,Francine M.; Sodré,Leda M.K.; Martinez,Cláudia B.R.
In this study, random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were applied to analyze the genetic diversity of samples of the Neotropical catfish Hypostomus ancistroides, collected from four sites (S1, S2, S3 and S4) along an urban stream in Southern Brazil. The 11 primers used in RAPD analysis amplified 147 loci, 76 (51.7%) of which were polymorphic. The proportions of polymorphic loci observed in the four samples were: 29.93% (S1), 31.97% (S2), 23.81% (S3) and 38.77% (S4). The average heterozygosity within sampling localities ranged from 0.1230 to 0.1526 and unbiased genetic distances ranged from 0.0253 to 0.0445. AMOVA partitioned 90.85% of the total variation within samples and 9.15% among samples. Excepting for the sample pair S1-S2 (phiST = 0.02784;...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Loricariid fish; Genetic diversity; RAPD; Siluriformes.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572008000200027

RAPD markers indicate the occurrence of structured populations in a migratory freshwater fish species
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Hatanaka,Terumi; Galetti Jr.,Pedro Manoel.
Many factors have contributed to the destruction of fish habitats. Hydroelectric dams, water pollution and other environmental changes have resulted in the eradication of natural stocks. The aim of this study was to detect the genetic variation in Prochilodus marggravii from three collection sites in the area of influence of the Três Marias dam (MG) on the São Francisco river (Brazil), using the RAPD technique. The results obtained revealed that the fish in the downstream region nearest the dam have a higher similarity coefficient than those from the other sampling sites that may be related to differences in environmental characteristics in these regions. Additionaly, significant differences in the band frequencies were observed from one collection site to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Prochilodus; RAPD; Genetic structure; Conservation genetic; Fish.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000100004

Genetic structure analysis of Eufriesea violacea (Hymenoptera, Apidae) populations from southern Brazilian Atlantic rainforest remnants
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Sofia,Silvia H.; Paula,Francine M. de; Santos,Aline M. dos; Almeida,Fernanda S.; Sodré,Leda M.K.
Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used to analyze the genetic structure of Eufriesea violacea populations in three fragments (85.47, 832.58 and 2800 ha) of Atlantic rainforest located in the north of the Brazilian state of Paraná. A total of twelve primers produced 206 loci, of which 129 were polymorphic (95% criterion). The proportions of polymorphic loci in each population ranged from 57.28% to 59.2%, revealing very similar levels of genetic variability in the groups of bees from each fragment. Unbiased genetic distances between groups ranged from 0.0171 to 0.0284, the smallest genetic distance occurring between bees from the two larger fragments. These results suggest that the E. violacea populations from the three fragments have...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other
Palavras-chave: Euglossine bees; Euglossina; Rainforest fragments; Genetic variability; RAPD.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572005000300026

Identification of RAPD and SCAR markers associated with yield traits in the Indian tropical tasar silkworm Antheraea mylitta drury
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Dutta,Suhrid R.; Kar,Prasanta K.; Srivastava,Ashok K.; Sinha,Manoj K.; Shankar,Jai; Ghosh,Ananta K.
The tropical tasar silkworm, Antheraea mylitta, is a semi-domesticated vanya silk-producing insect of high economic importance. To date, no molecular marker associated with cocoon and shell weights has been identified in this species. In this report, we identified a randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) marker and examined its inheritance, and also developed a stable diagnostic sequence-characterized amplified region (SCAR) marker. Silkworms were divided into groups with high (HCSW) and low (LCSW) cocoon and shell weights, and the F2 progeny of a cross between these two groups were obtained. DNA from these silkworms was screened by PCR using 34 random primers and the resulting RAPD fragments were used for cluster analysis and discriminant function...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Antheraea mylitta; Quantitative trait; RAPD; SCAR marker; Tasar silkworm.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000500007

RAPD and SCAR markers linked to resistance to frogeye leaf spot in soybean
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Martins Filho,Sebastião; Sediyama,Carlos Sigueyuki; Moreira,Maurilio Alves; Barros,Everaldo Gonçalves de.
The soybean (Glycine max (L.) Merrill) frogeye leaf spot is caused by the fungus Cercospora sojina Hara and is a widespread disease in Brazil and other countries, causing severe losses in grain yield and also affecting seed quality. The availability of DNA markers linked to genes for resistance to this disease would accelerate breeding programs, particularly when other traits are also being evaluated. Bulked segregant analysis was applied to 3 F2 populations derived from crosses between the resistant cultivars Parana, Cristalina and Uberaba, and the susceptible cultivar Bossier. In the cross 'Parana' x 'Bossier', 2 RAPD markers were identified, CSOPA1(800C) and CSOPA2(1,250C), located at 4.4 ± 1.8 centiMorgans (cM) and 3.4 ± 1.7 cM respectively from the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Molecular markers; RAPD; SCAR; Soybean; Cercospora sojina; Frogeye leaf spot.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000300012

Genetic and epigenetic effects of salinity on in vitro growth of barley
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Demirkiran,Aykut; Marakli,Sevgi; Temel,Aslihan; Gozukirmizi,Nermin.
Morphological, physiological and molecular changes were investigated in in vitro salt-stressed barley (Hordeum vulgare L. cv. Tokak). Mature embryos were cultured in Murashige and Skoog medium containing 0 (control), 50 and 100 mM NaCl for 20 days. Both concentrations inhibited shoot growth, decreased fresh weight and protein content, and increased SOD (EC 1.15.1.1) activity in a dose-dependent manner. The lower concentration increased root growth. Salinity caused nucleotide variations in roots, but did not affect shoot DNAs. The higher concentration caused methylation changes, mainly hypermethylation in shoots. This is the first study on genetic and epigenetic effects of salinity in barley.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Hordeum vulgare; Salt stress; Tissue culture; RAPD; CRED-RA.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000400016

Phylogeography and RAPD-PCR variation in Hoplias malabaricus (Bloch, 1794) (Pisces, Teleostei) in southeastern Brazil
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Dergam,Jorge A.; Paiva,Samuel R.; Schaeffer,Carlos E.; Godinho,Alexandre L.; Vieira,Fabio.
In the Rio Doce basin of southeastern Brazil, the freshwater fish Hoplias malabaricus (trahira) is a widespread predatory characin and one of the few resilient native fishes in a highly impacted lake system. In order to test for genetic differentiation in populations within this basin and for biogeographic relationships among populations of this species in other basins, a study was conducted using RAPD-PCR analysis of Rio Doce samples (N = 63) and phylogeographic analyses with mitochondrial DNA (mtDNA) haplotypes, including the Rio Grande and Macacu river basins. In the Rio Doce basin, the patterns of genetic similarity of RAPD-PCR markers (individual fingerprinting and Nei’s genetic distance) suggest the existence of two genetically different groups, one...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; SSCP; MtDNA; Phylogeography; Hoplias malabaricus; Conservation genetics.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000400005

Chromosomal organization and phylogenetic relationships in Hypochaeris species (Asteraceae) from Brazil
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Ruas,Claudete de Fátima; Vanzela,André L.L.; Santos,Melissa O.; Fregonezi,Jeferson N.; Ruas,Paulo Maurício; Matzenbacher,Nelson I.; Aguiar-Perecin,Margarida L.R. de.
The association of cytogenetic and molecular techniques has contributed to the analysis of chromosome organization and phylogeny in plants. The fluorochrome GC-specific CMA3, fluorescent in situ hybridization (FISH) and RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers were used to investigate chromosome structure and genetic relationships in Hypochaeris (Asteraceae). Seven species native to South America, and two species introduced from Europe (H. glabra and Hypochaeris sp) were studied. FISH with rDNA probes identified one or two loci of 18S-5.8S-25S rDNA in the South American Hypochaeris species and one locus in the European species. Only one 5S rDNA locus was seen in all species studied. Blocks of GC-rich heterochromatin (CMA-positive bands) associated...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Chromosome banding; FISH; Hypochaeris; Phylogenetic relationship; RAPD.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572005000100023

Morphological characterization and genetic analysis of Drechslera teres isolates
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Frazzon,A.P.G.; Matsumura,A.T.S.; Van Der Sand,S.T.
Net blotch, caused by the phytopathogen Drechslera teres, is a common disease of barley (Hordeum vulgare L) and is responsible for large economic losses in some barley growing areas. In this study the morphology and genetic variability of eight D. teres isolates from different regions of the Brazilian state of Rio Grande do Sul were investigated. Colony morphology was studied on potato-dextrose-agar (PDA) and genetic variability investigated using the random amplified polymorphic-DNA (RAPD) technique. 27 commercially available primers were tested of which 16 were selected for use in polymorphic analysis due to their good resolution and reproducibility. Similarity coefficients were used to construct dendrograms based on colony morphology and RAPD data...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Drechslera teres; Barley; Net blotch; DNA polymorphism; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000200019

Analysis by RAPD of the genetic structure of Astyanax altiparanae (Pisces, Characiformes) in reservoirs on the Paranapanema River, Brazil
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Leuzzi,Maria Sueli Papa; Almeida,Fernanda Simões de; Orsi,Mário Luís; Sodré,Leda Maria Koelblinger.
In this study, the RAPD technique was used to analyze the genetic structure of populations of the fish Astyanax altiparanae (Characidae, Tetragonopterinae) living in the lower, middle and upper Paranapanema River, Brazil. The aim was to assess this structure regarding fish handling and conservation programs. The genetic variability (P) was found to be 42.64%, 75% and 75% in the low, middle and upper reaches, respectively. The dendrogram of genetic similarity, obtained by comparative analysis of the sets of samples from the three sites, showed the formation of three clusters. All of the genetic parameters used indicate that the population in the lower Paranapanema is genetically different from those in the middle and upper sections. The theta P test shows...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Astyanax altiparanae; RAPD; Genetic structure; Genetic conservation; Fish.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000300009

Comparative molecular analysis of Herbaspirillum strains by RAPD, RFLP, and 16S rDNA sequencing
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Soares-Ramos,Juliana R.L.; Ramos,Humberto J.O.; Cruz,Leonardo M.; Chubatsu,Leda S.; Pedrosa,Fábio O.; Rigo,Liu U.; Souza,Emanuel M.
Herbaspirillum spp. are endophytic diazotrophic bacteria associated with important agricultural crops. In this work, we analyzed six strains of H. seropedicae (Z78, M2, ZA69, ZA95, Z152, and Z67) and one strain of H. rubrisubalbicans (M4) by restriction fragment length polymorphism (RFLP) using HindIII or DraI restriction endonucleases, random amplified polymorphic DNA (RAPD), and partial sequencing of 16S rDNA. The results of these analyses ascribed the strains studied to three distinct groups: group I, consisting of M2 and M4; group II, of ZA69; and group III, of ZA95, Z78, Z67, and Z152. RAPD fingerprinting showed a higher variability than the other methods, and each strain had a unique electrophoretic pattern with five of the six primers used....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Herbaspirillum; RAPD; RFLP; Phylogeny; 16S rDNA.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000400019

Genetic diversity among maize (Zea mays L.) landraces assessed by RAPD markers
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Carvalho,Valdemar P.; Ruas,Claudete F.; Ferreira,Josué M.; Moreira,Rosângela M.P.; Ruas,Paulo M.
The genetic relationships among 81 maize accessions consisting 79 landraces and two improved varieties, maintained by farmers in southern Brazil were investigated using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Thirty-two highly informative primers amplified 255 markers of which 184 (72.2%) were polymorphics. Based on the RAPD markers, a dendrogram was constructed using the UPGMA method. The range of genetic similarity was from 0.78 to 0.91. The molecular data grouped the accessions into two main clusters, which were correlated according to kernel colors. Small clusters were seen associated to characteristics, such as kernel morphology. The analysis of the molecular data revealed that maize management adopted by small-scale farmers has contributed to the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Corn landrace; Genetic variability; Molecular genetic markers; RAPD.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000200017

Genetic variation among species, races, forms and inbred lines of lac insects belonging to the genus Kerria (Homoptera, Tachardiidae)
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Ranjan,Sanjeev Kumar; Mallick,Chandana Basu; Saha,Dipnarayan; Vidyarthi,Ambarish S; Ramani,Ranganathan.
The lac insects (Homoptera: Tachardiidae), belonging to the genus Kerria, are commercially exploited for the production of lac. Kerria lacca is the most commonly used species in India. RAPD markers were used for assessing genetic variation in forty-eight lines of Kerria, especially among geographic races, infrasubspecific forms, cultivated lines, inbred lines, etc., of K. lacca. In the 48 lines studied, the 26 RAPD primers generated 173 loci, showing 97.7% polymorphism. By using neighbor-joining, the dendrogram generated from the similarity matrix resolved the lines into basically two clusters and outgroups. The major cluster, comprising 32 lines, included mainly cultivated lines of the rangeeni form, geographic races and inbred lines of K. lacca. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: DNA fingerprinting; Genetic variation; Kerria; Lac insects; RAPD; Tachardiidae.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572011000300023

Comparison of similarity coefficients used for cluster analysis with dominant markers in maize (Zea mays L)
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Meyer,Andréia da Silva; Garcia,Antonio Augusto Franco; Souza,Anete Pereira de; Souza Jr.,Cláudio Lopes de.
The objective of this study was to evaluate whether different similarity coefficients used with dominant markers can influence the results of cluster analysis, using eighteen inbred lines of maize from two different populations, BR-105 and BR-106. These were analyzed by AFLP and RAPD markers and eight similarity coefficients were calculated: Jaccard, Sorensen-Dice, Anderberg, Ochiai, Simple-matching, Rogers and Tanimoto, Ochiai II and Russel and Rao. The similarity matrices obtained were compared by the Spearman correlation, cluster analysis with dendrograms (UPGMA, WPGMA, Single Linkage, Complete Linkage and Neighbour-Joining methods), the consensus fork index between all pairs of dendrograms, groups obtained through the Tocher optimization procedure and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genetic divergence; Heterotic groups; AFLP; RAPD; Multivariate analysis.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000100014

Intraspecific genetic diversity of Drechslera tritici-repentis as detected by random amplified polymorphic DNA analysis
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Santos,Ana Maria Pujol Vieira dos; Matsumura,Aida T. Santos; Van Der Sand,Sueli Teresinha.
The phytopathogenic fungus Drechslera tritici-repentis causes tan spot, an important disease of wheat in the southern Brazilian state of Rio Grande do Sul. Twelve D. tritici-repentis isolates were obtained from wheat seeds from different locations in the state. Their colony morphology on potato dextrose agar and polymorphisms in genomic DNA by the random amplified polymorphic DNA (RAPD) method were investigated. For the RAPD method, 23 primers were tested of which nine were selected for use in the study of D. tritici-repentis polymorphisms. The degree of similarity between isolates was calculated using a simple matching coefficient and dendrograms constructed by the unweighted pair-group method with arithmetical averages (UPGMA). The morphological and RAPD...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Drechslera tritici-repentis; RAPD; DNA; Polymorphism; Genetic diversity.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000200020

Genetic polymorphism among 14 elite Coffea arabica L. cultivars using RAPD markers associated with restriction digestion
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Sera,Tumoru; Ruas,Paulo Maurício; Ruas,Claudete de Fátima; Diniz,Leandro Eugênio Cardamone; Carvalho,Valdemar de Paula; Rampim,Leandro; Ruas,Eduardo Augusto; Silveira,Sheila Recepute da.
Knowledge of the genetic variability among genotypes is important for the transfer of useful genes and to maximize the use of available germplasm resources. This study was carried out to assess the genetic variability of 14 elite Coffea arabica cultivars using random amplified polymorphic DNA (RAPD) associated with a prior digestion of genomic DNA with restriction endonucleases. The accessions were obtained from the Coffea collection maintained at the Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR), located in Londrina, Paraná, Brazil. Twenty-four informative RAPD primers, used in association with restriction enzymes, yielded 330 reproducible and scorable DNA bands, of which 224 (68%) were polymorphic. The amplified products were used to estimate the genetic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Coffea arabica; RAPD; Restriction endonucleases.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000100010

Use of AFLP and RAPD molecular genetic markers and cytogenetic analysis to explore relationships among taxa of the Patagonian Bromus setifolius complex
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: García,Ana M.; Schrauf,Gustavo E.; González,Graciela; Poggio,Lidia; Naranjo,Carlos A.; Dupal,Marck P.; Spangenberg,Germán C.; Forster,John W.
Bromus setifolius var. pictus (Hook) Skottsb., B. setifolius var. setifolius Presl. and B. setifolius var. brevifolius Ness are three native Patagonian taxa in the section Pnigma Dumort of the genus Bromus L. AFLP and RAPD analysis, in conjunction with genetic distance measurements and statistical techniques, revealed variation within this group and indicated that B. setifolius var. brevifolius was closely related to B. setifolius var. pictus, with both taxa being more distantly related to B. setifolius var. setifolius. Cytogenetic analysis confirmed the chromosomal number of B. setifolius var. pictus (2n = 70) and B. setifolius var. setifolius (2n = 28) and showed for the first time that B. setifolius var. brevifolius had 2n = 70. The combination of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: AFLP; Argentina; Bromus setifolius complex; Cytogenetics; Patagonia; RAPD.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572009000200018

Genetic instability of sugarcane plants derived from meristem cultures
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Zucchi,Maria Imaculada; Arizono,Hideto; Morais,Vicente Alberto; Fungaro,Maria Helena Pelegrinelli; Vieira,Maria Lúcia Carneiro.
The RADP (Random amplified polymorphic DNA) technique was used to detect tissue-culture-induced variations in sugarcane. Plants of the Brazilian variety RB83-5486 propagated via rhizomes and via meristem cultures were studied. The polymorphism rate for 98 RAPD loci was 6.93% when the plants derived from meristems. Besides, in order to evaluate the influence of the number of subcultures on the generation of somaclonal variation, field-grown RB83-5486 plants derived from 10 meristems were studied after five subcultivations. Although different rates of polymorphism were observed, there was no direct association with the stage of subcultivation. The analysis of plants of two sugarcane varieties cultivated in vitro from meristems showed that variety RB83-5486...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Sugarcane; Somaclonal variation; Meristem cultures; Phenotypic instability; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000100017

Hypothesis testing of genetic similarity based on RAPD data using Mantel tests and model matrices
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Rodrigues,Flávia Melo; Diniz-Filho,José Alexandre Felizola; Bataus,Luiz Artur Mendes; Bastos,Rogério Pereira.
Clustering and ordination procedures in multivariate analyses have been widely used to describe patterns of genetic distances. However, in some cases, such as when dealing with Jaccard coefficients based on RAPD data, these techniques may fail to represent genetic distances because of the high dimensionality of the genetic distances caused by stochastic variation in DNA fragments among the units analyzed (species or populations). In this note, we show how Mantel tests can be used to test hypotheses about genetic distances and avoid problems with multivariate data representation. The procedure is illustrated with RAPD data comparing 20 anuran species from the cerrado, in which Jaccard genetic distances were compared to three model matrices linking the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Anura; Clustering; Genetic distances; Mantel test; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000400013

Intraspecific differentiation of Chilean isolates of the entomopathogenic fungi Metarhizium anisopliae var. anisopliae as revealed by RAPD, SSR and ITS markers
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Becerra Velásquez,Viviana; Paredes Cárcamo,Mario; Rojo Meriño,Carmen; France Iglesias,Andrés; Franco Durán,Jorge.
The genus Metarhizium consists of a diverse group of asexual entomopathogenic fungi, which have a wide geographical distribution. The Chilean National Agricultural Research Institute (Instituto de Investigaciones Agropecuarias - INIA, Quilamapu Chile) has collected about 350 isolates of Metarhizium anisopliae var. anisopliae from central and southern Chile. These isolates have been partially characterized using morphological traits such as conidia size and shape, colony color, growth pattern and the efficiency of the isolates in controlling specific pests. However, further characterization with molecular markers could detect differences in DNA which could help to better understand the genetic diversity and structure of Chilean populations of this fungus....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Metarhizium; Genetic diversity; RAPD; SSR; ITS markers.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000100017

Identification of Astyanax altiparanae (Teleostei, Characidae) in the Iguaçu River, Brazil, based on mitochondrial DNA and RAPD markers
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Prioli,Sônia M.A.P.; Prioli,Alberto J.; Júlio Jr.,Horácio F.; Pavanelli,Carla S.; Oliveira,Alessandra V. de; Carrer,Helaine; Carraro,Dirce M.; Prioli,Laudenir M.
Astyanax fishes are among the most important food-web components of South America rivers. In the Iguaçu River basin, the Astyanax genus is represented mainly by endemic species. For millions of years, that hydrographic basin has been geographically isolated from the Paraná River basin by the Iguaçu Falls. Recently, a species from the Upper Paraná River basin identified as Astyanax bimaculatus was revised and described as a new species named Astyanax altiparanae Garutti &amp;amp; Britski, 2000. Fauna endemism and geographic isolation triggered interest in investigations to evaluate the identification and genetic relatedness among two A. altiparanae populations from the Upper Paraná River basin and the population identified as A. bimaculatus in the Iguaçu...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Astyanax; Fish; D-loop; Control region; Mitochondrial DNA; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000400011

Predicting performance of soybean populations using genetic distances estimated with RAPD markers
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Barroso,Paulo Augusto Vianna; Geraldi,Isaias Olívio; Vieira,Maria Lúcia Carneiro; Pulcinelli,Carlos Eduardo; Vencovsky,Roland; Dias,Carlos Tadeu dos Santos.
In order to verify whether genetic distance (GD) is associated with population mean (PM), genetic variance (GV) and the proportion of superior progenies generated by each cross in advanced generations of selfing (PS), the genetic distances between eight soybean lines (five adapted and three non-adapted) were estimated using 213 polymorphic RAPD markers. The genetic distances were partitioned according to Griffing's Model I Method 4 for diallel analysis, i.e., GDij = GD+ GGDi+ GGDj + SGDij. Phenotypic data were recorded for seed yield and plant height for 25 out of 28 populations of a diallel set derived from the eight soybean lines and evaluated from F2:8 to F2:11 generations. No significant correlation for seed yield was detected between GD and GV, while...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Soybean; Genetic distance; Molecular markers; RAPD; Prediction.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000300020

Intraspecific variation and population structure of the Velvetbean Caterpillar, Anticarsia gemmatalis Hübner, 1818 (Insecta: Lepidoptera: Noctuidae)
Provedor de dados: Genetics and Molecular Biology
Autores: Sosa-Gómez,Daniel R.
The velvetbean caterpillar (VBC), Anticarsia gemmatalis Hübner, 1818 (Insecta: Lepidoptera: Noctuidae), is one of the most important New World soybean agro-ecosystems pests, occurring from 40° N in the USA to 39° S in Argentina. Information on the migration patterns of the VBC moth may be important for managing the resistance of VBC populations to insecticides or plants carrying the Bacillus thuringiensis insecticide genes, especially since sedentary populations have a higher potential to became resistant than migratory populations. We studied intraspecific variations of geographically distinct VBC populations in order to determine the genetic distance between them and to assess the variability of VBC populations from near the city of Londrina (Paraná (PR)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Molecular marker; RAPD; Gene flow; Soybean pest; Population structure.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000300012

Caracterização morfológica e molecular de acessos de melancia
Provedor de dados: Horticultura Brasileira
Autores: Silva,Maria Luciene da; Queiróz,Manoel Abílio de; Ferreira,Maria Aldete J da F; Buso,Gláucia SC.
Acessos de melancia do Banco de Germoplasma da Embrapa Semi-Árido, coletados a partir de sementes de polinização livre na Chapada Diamantina, em Irecê e em Vitória da Conquista, na Bahia, foram caracterizados através de descritores morfológicos e moleculares, adicionando-se ao grupo, como testemunha a cultivar Crimson Sweet. O experimento de campo, em blocos ao acaso com três repetições, foi conduzido na estação experimental da Embrapa Semi-Árido, em Petrolina-PE. Os dados obtidos foram submetidos à análise uni- e multivariada, com agrupamento pelo método de Tocher. Amostras de cinco a oito indivíduos de cada um dos 43 acessos avaliados, foram submetidas à análise molecular utilizando marcadores RAPD, obtidos através de seis primers. O polimorfismo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Citrullus lanatus; Descritores morfológicos; Marcadores moleculares; RAPD; Germoplasma.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362006000400002

Similaridade genética de cultivares de alho pela comparação de caracteres morfológicos, físico-químicos, produtivos e moleculares
Provedor de dados: Horticultura Brasileira
Autores: Mota,José H; Yuri,Jony E; Resende,Geraldo M; Souza,Rovilson José de.
Caracteres morfológicos (altura da planta, largura da folha, número de folhas e ângulo de folhas), físico-químicos (sólidos solúveis, acidez total titulável e pH), produtivos (produção comercial e massa média de bulbos) e molecular (por meio de marcadores moleculares RAPD) foram estudados em alho (Allium sativum L.). Doze cultivares, seis seminobre (Gigante Curitibanos, Gigante Roxo, Gigante Roxão, Gravatá, Amarante e Cateto Roxo) e seis nobre (Caçador, Chonan, Contestado 12, Caçador 30, Caçador 40 e Quitéria 595) foram utilizadas. Os resultados da análise de similaridade entre as cultivares foram equivalentes, quando utilizadas características morfológicas, físico-químicas e produtivas ou moleculares, indicando que os métodos de caracterização tiveram o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Allium sativum L.; RAPD; Caracterização morfológica; Diversidade genética.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362006000200006

Caracterização e diversidade genética de cultivares de morangueiro
Provedor de dados: Horticultura Brasileira
Autores: Radmann,Elizete Beatriz; Bianchi,Valmor João; Oliveira,Roberto P. de; Fachinello,José Carlos.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genético-molecular, por marcadores RAPD, das dez principais cultivares de morangueiro utilizadas no País: Aromas, Bürkley, Camarosa, Campinas, Dover, Milsei-Tudla, Oso Grande, Santa Clara, Sweet Charlie e Vila Nova. O DNA foi extraído de folhas maduras, as análises RAPD foram realizadas com 26 primers e os produtos de amplificação separados por eletroforese. O coeficiente de Dice foi utilizado para estimar a similaridade genética entre as cultivares e o método UPGMA para gerar o fenograma por meio do NTSYS. Houve amplificação de fragmentos consistentes com 19 primers, tendo sido encontrado polimorfismo em 14. Dos 116 fragmentos gerados, 84 foram polimórficos. As cultivares foram classificadas em dois...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Fragaria x ananassa Duch.; RAPD; Fingerprint; Marcador molecular.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362006000100017

Comparação de caracteres morfológicos e agronômicos com moleculares em morangueiros cultivados no Brasil
Provedor de dados: Horticultura Brasileira
Autores: Conti,José Henrique; Minami,Keigo; Tavares,Flavio Cesar Almeida.
Caracteres morfológicos (forma dos dentes, ângulo da base e razão entre o comprimento e a largura do folíolo, cor da folha, posição da inflorescência em relação à folhagem e tamanho do cálice em relação ao fruto), agronômicos (grau de proteção da inflorescência pelas folhas, presença de "pescoço" no fruto, produção, número e peso médio de frutos, teor de sólidos solúveis, pH, textura e cor externa e interna) e moleculares foram estudados em cultivares do morangueiro, para verificar se os dados morfológicos e agronômicos apresentam correlação com os moleculares. Dados experimentais foram obtidos em campo em Atibaia (SP) e Piracicaba (SP), em 1996, no delineamento em blocos ao acaso, com quatro repetições e dezesseis plantas por parcela das cultivares...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Fragaria x ananassa Duch.; RAPD; Similaridade genética; Caracteres morfo-agronômicos.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362002000300004

Variabilidade genetica de plantas de Stylosanthes guianensis var. vulgaris com base em marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; BARCELLOS, A. de O.; ANDRADE, R. P.; KARIA, C. T.; RAMOS, A. K. B.; COELHO, M. H.; PINTO, J. F. N.
bitstream/CPAC-2009/24948/1/p2004_02.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Leguminosa Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética.; Genetic variation; Genetic markers; Biotechnology; Plant breeding.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567821

Fingerprinting analysis of mango (Mangifera indica L.) cultivars introduced or developed in Brazil using RAPD markers.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; CORDEIRO, M. C. R.; PINTO, A. C. Q.; ROSSETTO, C. J.; BELLON, G.; ANDRSDE, S. R. M.; FRAGA, L. M. S.; SOUZA, T. L. P. O.
bitstream/CPAC-2009/24955/1/p2004_08.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Melhoramento genetico; Brasil; Mango.; Biotecnologia; Marcador Genético; Marcador Molecular.; Manga; Mangifera Indica; Brazil; Biotechnology; Genetic markers; Plant breeding.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/566520

Variabilidade genética de uma coleção de trabalho de guandu (Cajanus cajan) com base em marcadores moleculares.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; FERNANDES, F. D.; AMABILE, R. F.; RAMOS, A. K. B.; KARIA, C. T.; BELLON, G.; BARBOSA, F.; ANDRADE, R. P.; GODOY, R.
bitstream/CPAC-2009/26856/1/p2005_47.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Leguminosa Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética.; Genetic markers; Genetic variation; Plant breeding.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/559907

Caracterização molecular de uma população de Anthonomous grandis (Coleoptera :Curculionidae) utilizando marcadores moleculares RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: QUEIROZ, P. R.; MARTINS, E. S.; MONNERAT, R. G.; LIMA, L. H. C.
Indivíduos de uma população de A.grandis foram caracterizados geneticamente por meio da técnica de RAPD-PCR. Para isso foi desenvolvida uma metodologia para extração de DNA e testados diferentes primers. Os primers selecionados foram: OPA-03, OPA-04, OPA-10, OPA-11 e OPA-13. Foi encontrada alta variabilidade genética, apontada por um coeficiente de similaridade que variou de 35 a 90%.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Anthonomous grandis; RAPD; Caracterização molecular.; Insecta.
Ano: 2005
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187139

Diversidade genética em populações de Daubulus maidis (DeLong &amp; Wolcott) (Hemiptera: cicadellidae) do Brasil através de marcadores RAPD-PCR.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: OLIVEIRA, C. M. de; LOPES, J. R. S.; CAMARGO, L. E. A.; FUNGARO, M. H. P.; NAULT, L. R.
bitstream/CPAC-2009/25344/1/p2004_50.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Pests of plants; Maize.; Cigarrinha; Marcador Molecular; Milho; Praga de Planta; Variação Genética; Zea Mays.; Genetic variation.; Genetic markers.
Ano: 2005
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/568343

Distribuição da variabilidade genética Stylosanthes macrocephala coletadas na região de cerrado e semi-árido brasileiro.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: BARROS, A. M.; FALEIRO, F. G.; KARIA, C. T.; SHIRATSUCHI, L. S.; ANDRADE, R. P.; LOPES, G. K. B.
bitstream/CPAC-2009/26788/1/p2005_25.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Biotecnologia; Leguminosa Forrageira; Marcador Genético; Marcador Molecular; Variação Genética.; Genetic variation.; Biotechnology; Genetic markers.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567165

Diversidade genetica de especies silvestres de maracujazeiro com resistencia multipla a doencas com base em marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; BELON, G.; BORGES, T. A.; ANJOS, J. de R. N. dos; PEIXOTO, J. R.; BRAGA, M. F.; SANTOS, D. G.
bitstream/CPAC-2009/24951/1/p2004_05.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Plant diseases.; Biotecnologia; Doença de Planta; Marcador Molecular; Maracujá; Marcador Genético; Passiflora Edulis; Variação Genética; Variedade Resistente.; Biotechnology; Genetic markers; Genetic variation; Disease resistance; Passion fruits.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567929

Caracterização por meio de RAPD de Helicoverpa armigera (HUBNER) (Lepidoptera, Noctuidae), proveniente de Burkina Faso.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: LIMA, L. H. C.; QUEIROZ, P. R.; OLIVEIRA, M. R. V. de.
Insetos-pragas pertencentes à Ordem Lepidoptera são em muitos casos destrutivos, cosmopolitas e polífagos. A identificação e diagnose correta de espécies dessa ordem são essenciais na elaboração de políticas públicas de sanidade vegetal. Helicoverpa armigera é uma das principais pragas polífagas das culturas agrícolas do mundo todo. Insetos provenientes de Burkina Faso, coletados em diferentes regiões e plantas hospedeiras foram caracterizados por meio de RAPD, no Laboratório de Biologia Molecular, da Estação Quarentenária de Germoplasma Vegetal - EQGV, da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Por se tratar de uma praga quarentenária para o Brasil, a manipulação das larvas para extração de DNA ocorreu em ambiente seguro já que a EQGV é uma estação...
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Identificação molecular.; Burkina Faso; Helicoverpa armigera.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187219

Uso de marcadores RAPD e do sistema de informacao geografica no estudo da variabilidade genetica de Stylosanthes macrocephala.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: BARROS, A. M.; FALEIRO, F. G.; SHIRATSUCHI, L. S.; KARIA, C. T.; LOPES, G. K. B.; ANDRADE, R. P.
bitstream/CPAC-2009/24956/1/p2004_09.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Stylosanthes macrocepala; Feed legumes.; Biogeografia; Biotecnologia; Marcador Genético; Marcador Molecular; Leguminosa Forrageira; Sistema de Informação Geográfica; Variação Genética.; Biotechnology; Genetic variation; Geographic information systems; Biogeography; Genetic markers; Molecular biology.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567934

Avaliação da origem de variações fenotípicas da manga 'Keitt' cultivada em São Paulo com base em marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; PINTO, A. C. de Q.; ROSSETTO, C. J.; FRAGA, L. M. S.; ANDRADE, S. R. M. de; BELLON, G.
bitstream/CPAC-2009/26861/1/p2005_52.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Agronomic characters.; Características Agronômicas; Manga; Mangifera Indica; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal.; Genetic markers; Mangoes; Plant breeding.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/569471

Diversidade genetica de uma colecao de trabalho de Stylosanthes guianensis com base em marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; KARIA, C. T.; ANDRADE, R. P.; BARROS, A. M.; SILVA, D. de O. C. e.
bitstream/CPAC-2009/24950/1/p2004_04.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Leguminosa Forrageira; Marcador Genético; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética.; Genetic variation; Genetic markers; Biotechnology; Plant breeding.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567917

Similaridade genetica de acessos de arachis pintoi com diferentes niveis de produtividade de materia seca com base em marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; ANDRADE, R. P.; KARIA, C. T. CORDEIRO, M. C. R.; SOUZA, T. L. P. O.; MERIDA, J. L.
bitstream/CPAC-2009/24947/1/p2004_01.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Peanut; Feed crops.; Amendoim; Biotecnologia; Marcador Molecular; Planta Forrageira; Variação Genética.; Genetic variation.; Genetic markers; Biotechnology.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/559244

Detecção da divergência genética em somaclones da cultivar de arroz IAC 47 utilizando marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: ARAÚJO, L. G. de; PRABHU, A. S.; FILIPPI, M. C.; CHAVES, L. J.
Dezessete somaclones de arroz de terras altas da cultivar IAC 47 com diferentes tipos de planta e reação de resistência ou suscetibilidade à brusone nas folhas foram utilizados para análise de divergência genética com marcadores RAPD. Dois somaclones (SC02 e SC04) foram resistentes a três isolados de Pyricularia grisea provenientes de somaclones da cultivar IAC 47 no campo, enquanto a cultivar IAC 47 foi suscetível. O estudo da herança de dois tipos de plantas distintas, um com folhas eretas verde-escuras e outro com folhas decumbentes verde-amarelo, mostrou que um gene dominante controla o tipo de planta. Dos 32 primers utilizados, OPA02 e OPD02 amplificaram bandas polimórficas entre somaclones que apresentaram folhas eretas verde?escuras e folhas...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Análise molecular; Variação somaclonal; RAPD; Cultivar; IAC 47.; Arroz; Brusone; Cultura de Tecido; Oryza Sativa.
Ano: 2003
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/205534

Uso de marcadores RAPD na identificação de híbridos de Brachiaria humidicola.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: BITENCOURT, G. de A.; CHIARI, L.; VALLE, C. B. do; SALGADO, L. R.; LEGUIZÁMON, G. O. C.
Brachiaria humidicola é uma importante gramínea forrageira tropical de origem africana, tolerante a solos maldrenados ou temporariamente alagados. No Brasil, somente três cultivares foram registradas no Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, e destas, apenas duas estão disponíveis no mercado, o que demanda o desenvolvimento de novas cultivares. O programa de melhoramento da Embrapa Gado de Corte baseia-se em cruzamentos e seleção de genótipos mais produtivos. Recentemente, foi identificado um acesso sexual e tetraplóide natural (H31) no banco de germoplasma dessa espécie, que permitiu a realização de cruzamentos controlados com Brachiaria humidicola cv. BRS Tupi, gerando uma população única em todo o mundo tropical. O objetivo deste trabalho...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Tupi; RAPD; Campo Grande; Mato Grosso do Sul; Brasil.; Brachiaria Humidicola; Hibrido; Gramínea Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Pastagem.
Ano: 2008
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/326861

Determinação do Número de Marcadores RAPD para a Análise da Variabilidade Genética de uma Colônia de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith, 1797) (Lepidoptera: Noctuidae).
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: QUEIROZ, P. R.; MARTINS, E. S.; PRAÇA, L. B.; LIMA, L. H. C.; MONNERAT, R. G.
bitstream/CENARGEN/29479/1/bp191.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Lagarta-do-cartucho; RAPD; Marcadores moleculares.; Insecta.
Ano: 2007
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/189352

Análise da variabilidade genética de uma população de Anticarsia gemmatalis (Lepidoptera: Noctuidae) por meio de marcadores moleculares RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: MARTINS, E. S.; QUEIROZ, P. R.; LIMA, L. H. C.; MONNERAT, R. G.
bitstream/CENARGEN/27360/1/bp091.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Caracterização molecular.; Anticarsia Gemmatalis.; Insecta.
Ano: 2005
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/186381

Genetic variability of mango (Mangifera indica L.) cultivars used in the Embrapa Cerrados breeding program using RAPD markers.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; PINTO, A. C. Q.; CORDEIRO, M. C. R.; RAMOS, V. H. V.; BELLON, G.; ANDRADE, S. R. M.; PINTO, J. F. N.
bitstream/CPAC-2009/24954/1/p2004_07.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Melhoramento genetico; RAPD; Mango.; Biotecnologia; Cerrado; Marcador Molecular; Manga; Mangifera Indica; Marcador Genético; Método de Melhoramento; Variação Genética.; Genetic variation; Breeding methods; Genetic markers; Biotechnology; Plant breeding.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/566512

Caracterizacao molecular e estabelecimento de colecao de trabalho de Stylosanthes macrocephala com base em marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; BARROS, A. M.; FALEIRO, A. S. G.; CORDEIRO, M. C. R.; KARIA, C. T.; GOMES, A. C.; ANDRADE, R. P.
bitstream/CPAC-2009/24949/1/p2004_03.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Biologia Molecular; Biotecnologia; Marcador Molecular; Leguminosa Forrageira; Variação Genética.; Genetic markers; Genetic variation; Biotechnology; Molecular biology.
Ano: 2004
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567912

Variabilidade genética de acessos de Arachis pintoi avaliados em diferentes centros de pesquisa da Embrapa com base em marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: FALEIRO, F. G.; ANDRADE, R. P. de; KARIA, C. T.; VALENTIM, J. F.; ANDRADE, C. M. S. de; RAMOS, A. K. B.; BELLON, G.; PENALOZA, A. D. P. de S.; VALLS, J. F. M.
bitstream/CPAC-2009/26854/1/p2005_45.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Leguminosa Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética.; Genetic variation; Genetic markers; Plant breeding.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/555267

Análise genética em populações de Butia eriospatha (Mart. ex Drude) Becc utilizando marcadores moleculares RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: GAVIÃO, C. F. C.; SUJII, P. S.; INGLIS, P. W.; CIAMPI, A. Y.
bitstream/CENARGEN/29611/1/cot170.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)
Palavras-chave: Marcadores moleculares; RAPD; Análise genética.; Butia eriospatha.
Ano: 2007
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/188806

Variabilidade genética de matrizes de pequizeiro selecionadas para estudos na Embrapa Cerrados e na UPIS- Faculdades Integradas, com base nos marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: BELLON, G.; FALEIRO, F. G.; CAMARGO, J. T.; ANDRADE, S. R. M. de; PEREIRA, A. V.; PEREIRA, E. B. C.
bitstream/CPAC-2009/26862/1/p2005_53.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Indigenous organisms.; Caryocar Brasiliense; Espécie Nativa; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Pequi; Variação Genética.; Genetic variation; Genetic markers; Plant breeding.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/569475

Análise da diversidade genética em Stylosanthes guianensis utilizando marcadores RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: CHIARI, L.; VALLE, J. V. R. do; RESENDE, R. M. S.; CANÇADO, L. J.; SALGADO, L. R.; LEGUIZÁMON, G. O. de C.
O conhecimento da variabilidade genética e da relação entre diferentes acessos de Stylosanthes guianensis é importante para maximizar o uso dos recursos genéticos disponíveis. Este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética em 20 acessos dessa espécie, pertencentes ao banco de germoplasma da Embrapa Gado de Corte, usando marcadores RAPD (DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso). Foram selecionados 40 primers randômicos, que produziram um total de 210 bandas; destas, 82 polimórficas (39,05%). Os dados obtidos foram utilizados para gerar uma matriz de similaridade genética usando o coeficiente de Jaccard. A similaridade genética variou de 0,747 a 0,945, o que indicou uma variabilidade genética pouco acentuada entre os acessos estudados. Os...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Campo Grande; Mato Grosso do Sul; Brasil.; Leguminosa Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Pastagem; Stylosanthes Guianensis.
Ano: 2006
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/326900

Análise da variabilidade genética de Plutella xylostella (Lepidoptera : Noctuidae) utilizando marcadores moleculares RAPD.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: MARTINS, E. S.; QUEIROZ, P. R.; LIMA, L. H. C.; MONNERAT, R. G.
Neste trabalho indivíduos de uma mesma população de P. xylostella foram caracterizados geneticamente por meio de RAPD-PCR. Para isso, foi utilizada uma metodologia já estabelecida para a extração de DNA a partir de lepidópteros e selecionados primers OPA-03, OPA-04, OPA-10, OPA-11 e OPA-13. Foi encontrada alta variabilidade genética, apontada por um coeficiente de similaridade que variou de 35 a 90%.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Caracterização molecular.; Plutella Xylostella.; Insecta.
Ano: 2005
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187146

Utilização do RAPD para identificar plântulas em sementes poliembriônicas de mangueira para a formação de porta-enxertos.
Provedor de dados: Informação Tecnológica em Agricultura (Infoteca-e)
Autores: CORDEIRO, M. C. R.; PINTO, A. C. Q.; RAMOS, V. H. V.; FRAGA, L. M. S.; LOPES, G. K B.; DIAS, J. N.
bitstream/CPAC-2009/25303/1/p2004_28.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)
Palavras-chave: RAPD; Mango; Identification; Grafting.; Enxerto; Identificação; Mangifera Indica; Marcador Molecular; Manga; Marcador Genético; Plântula; Semente.; Genetic markers; Seeds.; Seedlings.
Ano: 2005
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/568302

Diversity and biological activities of the bacterial community associated with the marine sponge Phorbas tenacior (Porifera, Demospongiae)
Provedor de dados: Institutional Archive of Ifreme (ArchiMer)
Autores: Dupont, S.; Carre-mlouka, A.; Descarrega, F.; Ereskovsky, A.; Longeon, A.; Mouray, E.; Florent, I.; Bourguet-kondracki, M. L.
The diversity of the cultivable microbiota of the marine sponge Phorbas tenacior frequently found in the Mediterranean Sea was investigated, and its potential as a source of antimicrobial, antioxidant and antiplasmodial compounds was evaluated. The cultivable bacterial community was studied by isolation, cultivation and 16S rRNA gene sequencing. Twenty-three bacterial strains were isolated and identified in the Proteobacteria ( or classes) and Actinobacteria phyla. Furthermore, three different bacterial morphotypes localized extracellularly within the sponge tissues were revealed by microscopic observations. Bacterial strains were assigned to seven different genera, namely Vibrio, Photobacterium, Shewanella, Pseudomonas, Ruegeria, Pseudovibrio and...
Tipo: Text
Palavras-chave: Antimicrobial activity; Antioxidant activity; Antiplasmodial activity; Associated bacteria; Phorbas tenacior; Phylogenetic diversity; RAPD; Sponge.
Ano: 2014
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00372/48276/48535.pdf

Introgression of cultivated sunflower in exotic Helianthus petiolaris populations
Provedor de dados: Journal of Basic and Applied Genetics (BAG)
Autores: Gutiérrez,A; Cantamutto,M; Poverene,M.
Cultivated sunflower Helianthus annuus and the wild exotic H. petiolaris are sympatric species in an extensive region of central Argentina. Both species are sexually compatible, they overlap their flowering time and share pollinators in the region. Although there are important barriers to introgression between them, interspecific hybrids are occasionally found in contact zones. We present evidences of crop introgression in H. petiolaris populations under natural conditions and controlled and semi-controlled crosses in the experimental field using morphological traits. If crop genes persist in subsequent generations after hybridization, it could then be possible to find crop morphological traits and molecular markers in hybrid offsprings. Plants of H....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Crop-wild; Intermediate morphology; Interspecific hybridization; RAPD.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332012000100003

Assessment of genetic relationship between Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca samples isolated from a dental office
Provedor de dados: Journal of Venomous Animals and Toxins Including Tropical Diseases
Autores: Pimenta-Rodrigues,MV; Fusco-Almeida,AM; Bertoni,BW; Pietro,RCLR.
The present study aimed to analyze the genetic similarity between genomic profiles of thirteen Klebsiella oxytoca and seven Klebsiella pneumoniae samples isolated from two different collections carried out in different places of dental offices. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique and similarity coefficients (calculated by Sorensen-Dice and simple matching) were applied to determine their genetic profile of randomic DNA sequences. The majority of the isolates of K. pneumoniae and K. oxytoca presented similar coefficient values (e" 0.80). Thus, it was possible to identify that strain dissemination occurred mainly via the hands of the surgeon-dentists and, finally, to determine the genetic similarity of the strains from dental office environments.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Klebsiella oxytoca; Klebsiella pneumoniae; RAPD; Dental office.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1678-91992008000400012

Variabilidade genética de Bemisia tabaci (Gennadius) biótipo B (Hemiptera: Aleyrodidae) em cultivos olerícolas em São Luís, MA
Provedor de dados: Neotropical Entomology
Autores: Silva,Maria C da; Lemos,Raimunda N S de; Lima,Luzia H C; Gourlart Filho,Luiz R; Pereira,Silma R F.
A técnica de RAPD é amplamente empregada para investigar características genéticas distintas dentro do complexo Bemisia tabaci Gennadius, atualmente constituído de aproximadamente 41 biótipos. O objetivo desta pesquisa foi caracterizar populações de mosca-branca coletadas em culturas agrícolas do município de São Luís, MA, como quiabo, feijão e pimentão, utilizando marcadores moleculares RAPD. Fêmeas de nove populações de mosca-branca foram analisadas e comparadas com o biótipo B de B. tabaci proveniente de cultura de poinsétia da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Brasília, DF). Dos 20 iniciadores utilizados, 12 produziram padrões de bandas específicas, que permitiram confirmar que os espécimes avaliados pertencem ao grupo do biótipo B de B....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Mosca-branca; Cultura hospedeira; RAPD; Caracterização genética.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2009000600009

Comparative genetic diversity and genetic structure of three chinese silkworm species Bombyx mori L. (Lepidoptera: Bombycidae), Antheraea pernyi Guérin-Meneville and Samia cynthia ricini donovan (Lepidoptera: Saturniidae)
Provedor de dados: Neotropical Entomology
Autores: Liu,Yan-Qun; Qin,Li; li,Yu-Ping; Wang,Huan; Xia,Run-Xi; Qi,Yong-Hong; li,Xi-Sheng; Lu,Cheng; Xiang,Zhong-Huai.
The genetic diversity and genetic structure of three Chinese silkworm species Bombyx mori L., Antheraea pernyi Guérin-Meneville and Samia cynthia ricini Donovan were comparatively assessed based on RAPD markers. At the species level, A. pernyi and B. mori showed high levels of genetic diversity, whereas S. cynthia ricini showed low level of genetic diversity. However, at the strain level, A. pernyi had relatively highest genetic diversity and B. mori had lowest genetic diversity. Analysis of molecular variance (AMOVA) suggested that 60% and 72% of genetic variation resided within strains in A. pernyi and S. cynthia ricini, respectively, whereas only 16% of genetic variation occurred within strains in B. mori. In UPGMA dendrogram, individuals of A. pernyi...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Genetic variation; AMOVA; Dendrogram.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2010000600019

Genetic differentiation among Brazilian populations of Euschistus heros (Fabricius) (Heteroptera: Pentatomidae) based on RAPD analysis
Provedor de dados: Neotropical Entomology
Autores: Sosa-Gomez,Daniel R.; Delpin,Katiaíres E.; Almeida,Alvaro M.R.; Hirose,Edson.
The Neotropical Brown Stink Bug (NBSB), Euschistus heros (Fabricius), has a wide distribution in Brazilian soybean fields, being more important in the central region of the country. The species is the main target of insecticide applications for stink bug pest control. We determined the variability among and within populations of the NBSB by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) analysis. Samples of NBSB were collected in soybean fields from Ubiratã (PR), Londrina (PR), Centenário do Sul (PR), Cândido Mota (SP), Ponta Porã (MS) and Sapezal (MT). Genomic DNA was extracted from the head to minimize DNA contamination by endoparasites. DNA was amplified with 10 mer primers. Fifteen primers produced 246 bands. The genetic similarity matrix was obtained,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Molecular marker; Genetic structure; Gene flow.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2004000200009

Avaliação rápida da diversidade de formigas em sistemas de uso do solo no sul da Bahia
Provedor de dados: Neotropical Entomology
Autores: Braga,Danielle L; Louzada,Júlio N C; Zanetti,Ronald; Delabie,Jacques.
We aimed to compare the soil ant diversity in different land use systems from Atlantic Forest area, in Southern Bahia state, Brazil. The ants were sampled in 16 sites: two primary forest sites (un-logged forest); three young secondary forests (&lt;8 years old); three intermediate secondary forests (8-20 years old); three old secondary forests (&amp;gt;20 years old); three Eucalyptus grandis plantations (3-7 years old), and two introduced pastures. Each site was sampled in three sampling points 15 m apart, and distant over 50 m from the site edge. In each sampling point we gathered the litter from a 1 m² and extracted the ants with Winkler extractors during 48h. We found 103 ant species from 29 genera and eight subfamilies. The five richest genera were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Formicidae; Community structure; Agroecosystem; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2010000400002

Genetic variability of native populations of Wasmannia Forel (Hymenoptera: Formicidae) and their biogeographical implications
Provedor de dados: Neotropical Entomology
Autores: Souza,Ana L B; Tavares,Mara G; Serrão,José E; Delabie,Jacques H C.
Wasmannia auropunctata (Roger) and Wasmannia rochai Forel are economically important ants in the Southeast and Southwest regions of Bahia State, Brazil. Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers were used to distinguish and analyze the genetic variability of populations of both species from Ilhéus, Jequié, BA and French Guyana. The genetic distances among W. auropunctata and W.rochai populations (55.8-71.4%) suggest genetic differentiation among them. Wasmannia auropunctata populations from sugarcane and banana plantations in Jequié were the most distant genetically (30.1-46.3%) and may represent populations restricted to isolated fragments. The high genetic distances among W. auropunctata populations from CEPLAC experimental areas, in Ilhéus...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: W. auropunctata; RAPD; Polymorphism; Heterozygosity.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2009000300013

Fish passage ladders from Canoas Complex - Paranapanema River: evaluation of genetic structure maintenance of Salminus brasiliensis (Teleostei: Characiformes)
Provedor de dados: Neotropical Ichthyology
Autores: Lopes,Carla Martins; Almeida,Fernanda Simões de; Orsi,Mário Luís; Britto,Sandro Geraldo de Castro; Sirol,Rodolfo Nardez; Sodré,Leda Maria Koelblinger.
The aim of this study, utilizing RAPD techniques, was to determine the genetic variability of Salminus brasiliensis groups collected at passage ladders of the hydroelectric plants (HEP) Canoas I and Canoas II - Paranapanema River (Brazil), as well as to estimate the population structure through different parameters of genetic diversity. The data obtained allowed us to conclude that S. brasiliensis of the Canoas Complex has a moderate index of genetic variability ( &gt; 42.00%) when compared to that of other migratory fish species. All genetic diversity analyses (distance = 0.015 and genetic identity = 0.985, F ST =0.018, AMOVA) were signs of low genetic differentiation, and they led to the clustering of S. brasiliensis from Canoas I and Canoas II. This...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Fish transposition; Geneticdiversity; RAPD.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252007000200006

A multi-approach analysis of the genetic diversity in populations of Astyanax aff. bimaculatus Linnaeus, 1758 (Teleostei: Characidae) from Northeastern Brazil
Provedor de dados: Neotropical Ichthyology
Autores: Pamponet,Vanessa de Carvalho Cayres; Carneiro,Paulo Luiz Souza; Affonso,Paulo Roberto Antunes de Mello; Miranda,Viviam Souto; Silva Júnior,Juvenal Cordeiro; Oliveira,Claudine Gonçalves de; Gaiotto,Fernanda Amato.
Few reports are available about the ichthyofauna of typical semi-arid rivers, although the regional diversity has been constantly threatened by human activities, mainly related to impoundment and construction of dams. The goal of the present work was to evaluate using different methods, the population genetic structure of a characin fish, Astyanax aff. bimaculatus, widespread throughout hydrographic basins of Bahia, Northeastern Brazil. Morphological (meristic and morphometric data), cytogenetic (karyotype and Ag-NOR), and molecular (RAPD and SPAR) analyses were carried out in specimens collected upstream and downstream of Pedra Dam, in the main channel of Contas River (Contas River Basin), and in the Mineiro stream, which belongs to the adjacent Recôncavo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Morphometry; Cytogenetics; RAPD; Population structure; Contas River.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252008000400010

Genetic diversity of the species Leporinus elongatus (Teleostei: Characiformes) in the Canoas Complex - Paranapanema River
Provedor de dados: Neotropical Ichthyology
Autores: Ramos,Juliano Vilas Boas; Sodré,Leda Maria Koelblinger; Orsi,Mário Luís; Almeida,Fernanda Simões de.
Dams constructed along waterways interrupt the dispersion and migration of aquatic organisms, affecting mainly the abundance of migratory fish species. Translocation mechanisms have been constructed at dams aiming to minimize their impact on fish species migration behavior. There is little information available about the effect of the construction of dams on the genetic structure of the Neotropical migratory fish fauna. Therefore, RAPD molecular markers and microsatellites were utilized to evaluate the diversity and genetic structure of the migratory species Leporinus elongatus (piapara) in the Canoas Complex - Paranapanema River - Brazil. Ten groups were sampled in the fish ladders of the hydroelectric dam Canoas I and Canoas II during the reproductive...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Dams; Fish ladder; Genetic structure; Microsatellite; RAPD.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252012000400015

Cryptic species of the genus Pimelodella (Siluriformes: Heptapteridae) from the Miranda River, Paraguay River basin, Pantanal of Mato Grosso do Sul, Central Brazil
Provedor de dados: Neotropical Ichthyology
Autores: Souza-Shibatta,Lenice; Pezenti,Larissa Forim; Ferreira,Dhiego Gomes; Almeida,Fernanda Simões de; Sofia,Silvia Helena; Shibatta,Oscar Akio.
Specimens of Pimelodellacaptured in the Miranda River, Pantanal of Mato Grosso do Sul State, present morphological features that could indicate at least four species. Therefore, karyotype analysis and molecular biology provided evidence that they were only two species, one showing 2n = 46, and the other, 2n = 52 chromosomes, with only 18% genetic similarity. The morphological analysis evidenced that the dorsal filament is a male characteristic and that the upper lobe of the caudal fin was variable and might or might not be elongated in both species. With respect to morphometric characters, the formation of two groups was evident, but with a small overlap of specimens between them. Among the species with filaments on the dorsal fin observed in the Pantanal,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Cytotaxonomy; Cytogenetics; Multivariate morphometrics; RAPD.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252013000100101

Molecular genetic relationships among Arachis diogoi and A. chiquitana accessions
Provedor de dados: Open Acess Agriculture Research Repository
Autores: Mallikarjuna, N.,( Nalini Mallikarjuna ).
Palavras-chave: DNA; Polymorphism; RAPD; Genotypes; Locus; Genetic structures; Groundnuts; Hybrids; Nitrogen; Mass media.
Ano: 2007
URL: http://agropedia.iitk.ac.in/openaccess/?q=node/3294

Genetic diversity and population structure of Brazilian native bovine breeds
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Serrano,Germana Maria; Egito,Andréa Alves do; McManus,Concepta; Mariante,Arthur da Silva.
Conservation and improvement strategies should be based on the association between genetic and phenotypic characteristics. The objective of this work was to characterize five native Brazilian cattle breeds (Caracu, Crioulo Lageano, Curraleiro, National Polled and Pantaneiro) and two commercial breeds (Holstein and Nellore) using RAPD technique to estimate genetic distances and variability between and within breeds. Genetic relationships were investigated using 22 primers which generated 122 polymorphic bands. Analysis of molecular variance indicated that most of the genetic variation lay among individuals within populations. The genetic variabilities between pairs of breeds were statistically significant. The smallest genetic divergence was between Crioulo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Animal conservation; Cattle; Genetic characterization; RAPD.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000600005

Diversidade genética de Litopenaeus vannamei cultivado na Bahia
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Magalhães,Marcelo; Martinez,Romari Alejandra; Gaiotto,Fernanda Amato.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de estoques comerciais do camarão Litopenaeus vannamei, por meio de marcadores RAPD e diferentes métodos estatísticos de análises, em Canavieiras, BA. Vinte primers foram utilizados para a obtenção de 59 marcadores polimórficos. A análise com o programa AMOVA evidenciou diferenciação genética significativa entre os estoques, com fiST = 0,186 (p&lt;0,001). Entretanto, as análises obtidas com o programa HICKORY sugeriram não existir estruturação (&lt;FONT FACE=Symbol&gt;q b&lt;/FONT &gt; ou =  0,002), mas considerável taxa de endogamia dentro dos estoques, em razão, provavelmente, do cruzamento entre indivíduos geneticamente mais similares (f = 0,729). Testes com bootstrap mostraram 48 como o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Marcadores moleculares; Variabilidade genética; Aqüicultura; RAPD.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000800009

Variabilidade genética em tambaquis (Teleostei: Characidae) de diferentes regiões do Brasil
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Jacometo,Carolina Bespalhok; Barrero,Nelson Maurício Lopera; Rodriguez-Rodriguez,Maria Del Pilar; Gomes,Patrícia Cristina; Povh,Jayme Aparecido; Streit Junior,Danilo Pedro; Vargas,Lauro; Resende,Emiko Kawakami de; Ribeiro,Ricardo Pereira.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética em quatro estoques de tambaquis (Colossoma macropomum) de diferentes regiões do Brasil, por meio de marcador RAPD. Foram utilizados 10 iniciadores para analisar 116 indivíduos, coletados de pisciculturas nos municípios de Urupá, RO, Teixeirópolis, RO, Neópolis, SE e Sorriso, MT. Foram encontradas diferenças nas frequências de 67 fragmentos, com um fragmento exclusivo em Sorriso e dois em Neópolis. Observaram-se altos valores de polimorfismo (72,92 a 83,33%), diversidade genética de Nei (0,27 a 0,30) e índice de Shannon (0,39 a 0,45). A análise da variância molecular, demonstrou que a maior parte da variação está dentro de cada estoque e não entre os estoques. A identidade e a distância genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Colossoma macropomum; Diversidade genética; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2010000500007

Variabilidade genética entre acessos de amendoim
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Borges,Wardsson Lustrino; Xavier,Gustavo Ribeiro; Rumjanek,Norma Gouvêa.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética entre 29 acessos de amendoim (Arachis hypogaea L.), por meio de marcadores moleculares randômicos (DNA polimórfico amplificado ao acaso - RAPD). O ensaio molecular foi realizado com 31 iniciadores, dos quais 12 (39%) mostraram polimorfismo. Observou-se o total de 145 fragmentos amplificados, dos quais 35 (24%) foram polimórficos, com média de 4,67 fragmentos por iniciador e 1,13 fragmento polimórfico por iniciador. Pelo dendrograma, observou-se que os acessos foram separados em dois grupos com 89% de similaridade. Esta distribuição mostra a variabilidade existente entre os acessos das diferentes variedades botânicas, uma vez que acessos da subespécie fastigiata estão presentes nos dois grupos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Arachis hypogaea; Diversidade genética; Marcadores moleculares; RAPD.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000800012

Marcadores moleculares na predição do sexo em plantas de mamoeiro
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Oliveira,Eder Jorge de; Dantas,Jorge Luiz Loyola; Castellen,Milene da Silva; Lima,Diego Souza de; Barbosa,Helder de Souza; Motta,Tiago Borges Nunes.
O objetivo deste trabalho foi validar marcadores moleculares, previamente identificados como ligados ao sexo do mamoeiro, para utilização na seleção indireta em genótipos comerciais. Foram analisadas duas variedades do grupo Solo e dois híbridos do grupo Formosa, com utilização de 20 plantas por genótipo, quatro marcadores do tipo SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) e um RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). O RAPD BC210 permitiu a identificação de todas as plantas femininas e hermafroditas, o que revela grande potencial para ser usado na seleção assistida em alguns dos genótipos mais cultivados no Brasil. Os marcadores do tipo SCAR não permitiram a identificação correta do sexo dos genótipos, pois detectou-se a presença de falso-positivos e...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Carica papaya; SCAR; RAPD; Identificação sexual.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007001200012

Similaridade genética entre raças bovinas brasileiras
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Rangel,Priscila Nascimento; Zucchi,Maria Imaculada; Ferreira,Márcio Elias.
A similaridade genética entre animais de duas raças bovinas brasileiras (Crioulo Lageano e Junqueira) foi estimada pela análise de polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD), tendo como referência (outgroups) animais de raças comerciais das espécies Bos taurus e B. indicus. Estas duas raças possuem grande similaridade fenotípica, sugerindo uma origem genética comum. Uma matriz de similaridade genética baseada em polimorfismo de DNA foi obtida e representada graficamente por um dendrograma, definido após processo estatístico de reamostragem bootstrap. Ao contrário do que era previsto com base nas semelhanças morfológicas das duas raças, os animais das raças Crioulo Lageano e Junqueira não apresentaram similaridade elevada entre si quando comparados com...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report
Palavras-chave: Bovino; Marcador molecular; Distância genética; RAPD.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000100015

Genetic variability of the Brazilian hair sheep breeds
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Paiva,Samuel Rezende; Silvério,Vanessa Chaves; Egito,Andréa Alves; McManus,Concepta; Faria,Danielle Assis de; Mariante,Arthur da Silva; Castro,Sílvia Ribeiro; Albuquerque,Maria do Socorro Maués; Dergam,Jorge Abdala.
The objectives of this work were to investigate the genetic structure of the Brazilian hair sheep breeds and to determine the origin of the Santa Inês breed. Molecular similarity was determined using Randomly Amplified Polymorphic DNA - Polymerase Chain Reaction markers in 238 individuals from five naturalized sheep breeds: Santa Inês (48 animals), Rabo Largo (48), Somali (48), Morada Nova (48) and Bergamasca (46), collected in Goiás, Sergipe, Bahia, and Ceará States as well as in the Federal District. Fifty-four loci were selected from 19 primers, after a pilot test using 140 primers. Qualitative analyses indicate diagnostic markers for all breeds. All breeds were significantly different from each other. Interbreed differences were explained by 14.92% of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Ovis aries; Conservation genetics; Domestic animal diversity; Molecular markers; RAPD.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2005000900008

Rhizobium strains competitiveness on bean nodulation in Cerrado soils
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Raposeiras,Ruy; Marriel,Ivanildo Evódio; Muzzi,Maria Rita Scotti; Paiva,Edilson; Pereira Filho,Israel Alexandre; Carvalhais,Lilia Costa; Passos,Raul Vinícius Magalhães; Pinto,Patrícia Pereira; Sá,Nadja Maria Horta de.
The objective of this work was to identify the most competitive and effective Rhizobium strains in order to increase common bean yield by nitrogen fixation as alternative or complementation to the nitrogen fertilization. Competitiveness tests were lead in axenic conditions, in Cerrado soil pots and in three field experiments, with native Rhizobium strains that were previously identified, according to their effectiveness and genetic variability. The identification of strains in nodules was performed using serological tests (axenic conditions) - agglutination and enzyme linked immunosorbent (Elisa) assays - and random amplified polymorfic DNA (RAPD) (Cerrado soil). Plant yield was determined using the dry weight (greenhouse conditions), total N and grain...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Nodule occupancy; Elisa; RAPD.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2006000300010

Distribuição espacial da variabilidade genética intrapopulacional de Dipteryx alata
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Soares,Thannya Nascimento; Chaves,Lázaro José; Telles,Mariana Pires de Campos; Diniz-Filho,José Alexandre Felizola; Resende,Lucileide Vilela.
O objetivo deste trabalho foi avaliar o padrão espacial da variabilidade genética entre plantas, dentro de três populações naturais de barueiro (Dipteryx alata Vogel), pela genotipagem por RAPD e técnicas de autocorrelação espacial. Os cinco iniciadores RAPD permitiram a codificação de 45 locos, utilizados nas análises de diversidade, estrutura e distribuição espacial da variabilidade genética entre populações. As populações apresentaram diversidade genética (Hs) com valor médio 0,314. Verificou-se que 12% da variação total se encontra entre as populações, o que indica que estas mantêm um considerável nível de variabilidade genética. Foi observada tendência de autocorrelação espacial positiva nas primeiras classes de distâncias, nas três populações, o que...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Autocorrelação espacial; Baru; Conservação; Estrutura familiar; Fluxo gênico; RAPD.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000900008

Potato cultivar identification using molecular markers
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Rosa,Patricia Marchezi; Campos,Tatiana de; Sousa,Adna Cristina Barbosa de; Sforça,Danilo Augusto; Torres,Gisele Abigail Montan; Souza,Anete Pereira de.
The objective of this work was to evaluate a set of microsatellite markers for varietal identification and characterization of the most widespread potato cultivars in Brazil. The DNA from 14 potato cultivars was genotyped using microsatellite markers and the alleles were scored in silver-stained polyacrylamide gel. Twenty-four microsatellite markers were evaluated, and only one locus was monomorphic. Based on band patterns, a set of two microsatellites that were able to identify and differentiate all examined cultivars was obtained.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Solanum; AFLP; Genetic certification; Varietal protection; Variety identification; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2010000100015

Diversidade genética de pacu do Rio Paranapanema e do estoque de um programa de repovoamento
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Povh,Jayme Aparecido; Ribeiro,Ricardo Pereira; Sirol,Rodolfo Nardez; Streit Júnior,Danilo Pedro; Lopera-Barrero,Nelson Mauricio; Vargas,Lauro; Gomes,Patrícia Cristina; Lopes,Taís da Silva.
O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética das amostras de pacu do médio Rio Paranapanema e do estoque de reprodutores utilizado no programa de repovoamento da Estação de Aqüicultura e Hidrologia da usina hidrelétrica Duke Energy, por meio do marcador RAPD. Foram utilizados 14 primers para analisar 30 indivíduos capturados no médio Rio Paranapanema e 29 indivíduos do estoque de reprodutores. O índice de diversidade genética de Shannon e a percentagem de fragmentos polimórficos foram superiores nos indivíduos capturados do Rio Paranapanema. A similaridade genética foi maior nos indivíduos do estoque de reprodutores. A análise da variância molecular mostrou que a maior parte da variação está dentro de cada grupo (84,2%) e não entre os...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Piaractus mesopotamicus; RAPD; Marcador molecular; Variabilidade genética.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000200007

Molecular characterization and pathogenicity of isolates of Beauveria spp. to fall armyworm
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Carneiro,Andréa Almeida; Gomes,Eliane Aparecida; Guimarães,Claudia Teixeira; Fernandes,Fernando Tavares; Carneiro,Newton Portilho; Cruz,Ivan.
The objective of this work was to evaluate the pathogenicity of 24 Beauveria isolates to Spodoptera frugiperda larvae, and characterize them molecularly through rDNA-ITS sequencing and RAPD markers. Sequencing of rDNA-ITS fragments of 570 bp allowed the identification of isolates as B. bassiana or B. brongniarti by sequence comparison to GenBank. Sixty seven polymorphic RAPD fragments were capable to differentiate 20 among 24 Beauveria isolates, grouping them according to the derived host insect and to pathogenicity against maize fall armyworm larvae. Three RAPD markers were highly associated to the pathogenicity against S. frugiperda, explaining up to 67% of the phenotypic variation. Besides identification and molecular characterization of Beauveria...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Spodoptera frugiperda; Entomopathogenic fungi; RAPD; RDNA-ITS.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000400010

Characterization of potato genotypes using molecular markers
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Collares,Eliana Antonia Silveira; Choer,Eva; Pereira,Arione da Silva.
The objective of this work was to characterize 27 potato genotypes, using molecular markers. Polyacrylamide gel electrophoresis, RAPD techniques and isozymes of esterase, phosphoglucomutase and soluble proteins were analyzed in tubers, and isocitrate dehydrogenase, aspartate transaminase, phosphoglucomutase and peroxidase, in leaves. Eighteen primers were tested and four were chosen, kits OPX (01, 04 and 09) and OPY (07), to analyze RAPD markers in leaf extracts. Similarity and cluster analysis were conducted using Jaccard coefficient and the unweighted pair-group method using arithmetic average. Despite the differences detected in the analysis of proteins and isozymes in the tubers, as well as of isozymes in the leaves, the characterization of all...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Solanum tuberosum; Electrophoresis; Isozymes; RAPD; Genetic similarity.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000900006

Diversidade genética de dourado utilizado em programas de repovoamento no rio Paranapanema
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Gomes,Patrícia Cristina; Ribeiro,Ricardo Pereira; Sirol,Rodolfo Nardez; Lopera-Barrero,Nelson Maurício; Moreira,Heden Luiz Marques; Povh,Jayme Aparecido; Mangolin,Claudete Aparecida; Vargas,Lauro; Jacometo,Carolina Bespalhok; Streit Júnior,Danilo Pedro.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética de um estoque de Salminus brasiliensis utilizado em programas de repovoamento do rio Paranapanema, por meio do marcador RAPD. Dez reprodutores (cinco machos e cinco fêmeas) e sua progênie (40 larvas e 40 alevinos) foram analisados. Os oito iniciadores analisados produziram 96 fragmentos, dos quais 81,2% foram polimórficos. Houve diferença significativa na frequência de 32 dos 96 fragmentos, com a presença de um fragmento exclusivo nos alevinos. O índice de Shannon, a percentagem de fragmentos polimórficos e a distância e a identidade genética mostraram menor divergência genética entre os reprodutores e as larvas, além de diminuição da variabilidade nos alevinos. A divergência genética foi menor...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Salminus brasiliensis; Marcador molecular; Peixe; RAPD; Programas de repovoamento.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000200008

Distância genética e geográfica entre acessos de picão-preto suscetíveis e resistentes a herbicidas inibidores da acetolactato sintase
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Lamego,Fabiane Pinto; Resende,Luciane Vilela; Da-Silva,Paulo Roberto; Vidal,Ribas Antonio; Nunes,Anderson Luis.
O objetivo deste trabalho foi avaliar o grau de similaridade genética entre acessos de picão-preto, suscetíveis e resistentes aos herbicidas inibidores da enzima acetolactato sintase (ALS) e a relação entre similaridade genética e distância geográfica desses acessos. Sementes dos acessos foram coletadas no Estado do Paraná e cultivadas em casa de vegetação, na Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, em outubro de 2004. Depois da confirmação da resistência ou suscetibilidade dos acessos aos inibidores da enzima ALS, realizou-se a extração de DNA. Por meio da técnica de RAPD, foi possível avaliar a similaridade genética entre os acessos de picão-preto. Na análise conjunta dos acessos, dos 20 iniciadores utilizados, 17 apresentaram-se...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bidens pilosa; Similaridade genética; Resistência; Picão-preto; RAPD; ALS.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2006000600010

Estrutura genética e sistema de acasalamento de Piper hispidinervum
Provedor de dados: Pesquisa Agropecuária Brasileira
Autores: Wadt,Lúcia Helena de Oliveira; Kageyama,Paulo Yoshio.
A pimenta-longa (Piper hispidinervum C. DC.) arbusto encontrado em áreas antropizadas no Estado do Acre, possui expressiva importância econômica decorrente da presença de safrol em seu óleo essencial. O objetivo deste trabalho foi avaliar a estrutura genética e o sistema de acasalamento dessa espécie, utilizando marcadores RAPD (polimorfismo de DNA amplificado ao acaso). A diversidade genética entre e dentro de populações naturais foi avaliada em 13 populações do Vale do Rio Acre, distribuídas nas Regiões do Baixo e Alto Acre. A taxa preferencial de cruzamento foi estimada em 25 famílias de polinização livre de uma população do Município de Assis Brasil, Acre. A espécie apresentou diversidade genética estruturada no espaço segundo um padrão de isolamento...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Pimenta; RAPD; Variação genética; Cruzamento.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000200008

Clasificación y estimación de la diversidad genética de Nopal Opuntia spp en base a descriptores fenotípicos y marcadores genético moleculares
Provedor de dados: Phyton: Revista Internacional de Botánica Experimental
Autores: García-Zambrano,Eduardo A; Gutiérrez-Díez,Adriana; Salinas-García,Gilberto E; Cárdenas-Cerda,Elizabeth; Vázquez-Alvarado,Rigoberto E; Zavala-García,Francisco; Martínez de la Cerda,Jesús.
El objetivo de esta investigación fue desarrollar y aplicar marcadores moleculares de tipo RAPD para la estimación de la diversidad genética de 100 accesiones de nopal que forman el Banco de Germoplasma de la FAUANL. Los datos moleculares fueron evaluados por medio del análisis multivariado, utilizando los métodos de Ward y UPGMA; estos resultados se compararon con datos fenotípicos tomados de las mismas accesiones, evaluados por los métodos ya mencionados. Para lograr este objetivo se modificó el protocolo para la extracción del DNA de nopal con el fin de reducir la cantidad de polisacáridos y su influencia en la calidad de la extracción. Posteriormente, se desarrolló un protocolo para la generación de marcadores moleculares del tipo RAPD para nopal y así...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Marcadores moleculares; RAPD; Accesión; PCR.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-56572006000100013

Incremento de la diversidad genética del banco de germoplasma de Nopal usando marcadores moleculares tipo RAPD
Provedor de dados: Phyton: Revista Internacional de Botánica Experimental
Autores: Escalante-González,JG; García-Zambrano,EA; Gutiérrez-Diez,A; Vázquez-Alvarado,RE; Torres-Castillo,JA; Sinagawa-García,SR; Zavala-García,F; Martínez-de la Cerda,J; Gallegos-Vázquez,C; García-Zambrano,JI.
El objetivo de esta investigación fue incrementar la diversidad genética del Banco de Germoplasma de Nopal de la FAUANL utilizando marcadores moleculares del tipo RAPD para estimar la diversidad genética de 15 accesiones de nopal a partir de marcadores moleculares registrados en el Banco. La extracción de ADN se realizó por el método del ruptor celular usando el Kit FastDNA®. La cuantificación del rendimiento del ADN se realizó a través del Picofour. Se observó que las concentraciones de ADN fluctuaron entre 74,91 ng/µL, y 12,32 ng/µL. Se usaron 12 iniciadores generando de 1 a 5 bandas por iniciador con un peso molecular que fluctuó entre los 200 a 1000 pb. El índice de diversidad (ID) promedio de las 15 accesiones fue de 0,8539. Para el análisis de los...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Marcadores moleculares; RAPD; Accesiones.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-56572012000200001

Genetic and resistance stability to Black Sigatoka disease during micropopagation of Musa CIEN BTA-03 somaclonal variant
Provedor de dados: Phyton: Revista Internacional de Botánica Experimental
Autores: Giménez,C; de García,E; Haddad,O.
Evaluation of clonal micropropagation and phenotype stability of elite somaclones are critical steps for development of new varieties. In the present work somaclon variant CIEN BTA-03 (resistant to Black Sigatoka), obtained through in vitro process from cultivar Williams (susceptible to Black Sigatoka), was micropropagated via apical shoot culture for five multiplication cycles in 0.5 mg/l of benzyl-aminopurine (BA). To verify the genetic stability of the progeny of this elite material, random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used. A total of 5,292 monomorphic bands were obtained from the amplification of fifty six DNA samples (extracted from vitroplants randomly selected) with 10 different primer combinations. Non-polymorphic RAPD bands were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Micropropagation; Genetic stability; RAPD; Disease resistance; Youngest leaf spotted (YLS).
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-56572008000100006

Genetic diversity of guava (Psidium guajava L.) from Central Mexico revealed by morphological and RAPD markers
Provedor de dados: Phyton: Revista Internacional de Botánica Experimental
Autores: Valera-Montero,LL; Muñoz-Rodríguez,PJ; Silos-Espino,H; Flores-Benítez,S.
Guava fruit produced in Calvillo, Aguascalientes (Mexico) is considered to be of the best quality in this country. Nevertheless, growers from this place empirically know that there is a noticeable variation among individual trees within the same orchard, and variation among individuals from different orchards. In order to have a clear evidence of this, morphology analysis of guava was performed taking data from seventy nine individuals out of thirty six orchards, while RAPD was performed on a subset of twenty six individuals. Similarity was found for morphology data ranging from 87-100%, while similarity from RAPD data ranged from 30-100%. Combined data of RAPD and morphology showed similarity greater than 80%. Clades from combined data sorted genotypes...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Morphological analysis; RAPD; Variation; Guava.
Ano: 2016
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-56572016000200002

Variabilidad de cepas de Metarhizium anisopliae var. anisopliae en base a polimorfismos de ADN amplificados al azar
Provedor de dados: Phyton: Revista Internacional de Botánica Experimental
Autores: García-Pereyra,J; Aviña-Martínez,GN; Orozco-Flores,AA; Alvarado-Gómez,OG; García-Montelongo,M; Alejandre-Iturbide,G; Uribe-Soto,JN; Medrano-Roldan,H.
Se analizó la variabilidad genética de tres cepas de un hongo entomopatógeno del género Metarhizium anisopliae var. anisopliae denominadas MA22, MA24 y MA25 con la marca Spesifik®; dos cepas del producto Metasaven® clasificadas como MA1A y MAII; una cepa del producto Metatron®, y una cepa nativa denominada MACN.Ésta última fue aislada directamente del insecto chapulín (Brachystola magna) en las parcelas de los productores de maíz en Durango, región situada en el norte centro de México. Los estudios se realizaron en el laboratorio de biología molecular del Instituto Tecnológico del Valle del Guadiana de Durango, México, de septiembre de 2008 a junio de 2011. Se analizaron (1) la variabilidad genética entre las cepas mediante el empleo de la técnica RAPD...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Entomopatógenos; RAPD; Metarhizium anisopliae.
Ano: 2014
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-56572014000100005

Variabilidade genética entre populações de Pistia stratiotes
Provedor de dados: Planta Daninha
Autores: Cardoso,L.R.; Martins,D.; Mori,E.S.; Terra,M.A.
O manejo de plantas daninhas em ambientes aquáticos requer cuidado diferencial e específico, a fim de evitar a contaminação ou alteração nas funções dos corpos hídricos e otimização do custo-benefício das operações. O estudo das características genéticas de populações de plantas daninhas aquáticas fornece informações que podem auxiliar no seu controle e manejo. A alface-d'água é uma planta aquática flutuante livre amplamente distribuída em todo o Brasil, mas é em ambientes aquáticos eutrofizados que essa e outras espécies de rápido desenvolvimento causam problemas sociais e econômicos, devido à grande massa vegetal produzida. Este estudo caracterizou geneticamente populações de alface-d'água coletadas em 15 reservatórios de hidrelétricas (Barra Bonita-BAB,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Alface-d'água; DNA; RAPD; Planta daninha; Planta aquática.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-83582005000200003

Variabilidade genética e sensibilidade de acessos de Pistia stratiotes ao herbicida glyphosate
Provedor de dados: Planta Daninha
Autores: Cícero,E.A.S.; Pitelli,R.A.; Sena,J.A.D.; Ferraudo,A.S.
A alface-d'água (Pistia stratiotes) é uma das principais entre as macrófitas aquáticas que causam problemas em corpos hídricos no Brasil e são consideradas como plantas daninhas. O presente trabalho foi realizado com os objetivos de conhecer melhor a variabilidade genética dessa macrófita e relacionar essa variabilidade com a resposta à aplicação do herbicida glyphosate. Para isso, foram coletados indivíduos em 12 corpos hídricos em diferentes cidades do território nacional (Americana, Cambaratiba, Curitiba, Itapura, Jaboticabal, Lagoa Santa, Piraí, Rio Grande, Rubinéia, Salto Grande, Santa Gertrudes e Três Lagoas). Os acessos foram caracterizados pelo uso de marcadores RAPD (DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso), que permitiram, com o auxílio de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Macrófita aquática; RAPD; Alface-d'água; Diversidade.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-83582007000300018

Protocolos De Laboratorio - Laboratorio De Genética Molecular Aplicada Del CIMMYT
Provedor de dados: Research in Agricultural & Applied Economics (AgEcon Searh)
Tercera Edicion
Tipo: Report
Palavras-chave: Inmunoensayos de quimioluminiscencia; ADN; Hibridación del ADN; Marcadores moleculares; PCR; RAPD; RFLP; Research and Development/Tech Change/Emerging Technologies; F30.
Ano: 2006
URL: http://purl.umn.edu/56183

Estrutura genética em populações naturais de Tibouchina papyrus (pau-papel) em áreas de campo rupestre no cerrado
Provedor de dados: Revista Brasileira de Botânica
Autores: Telles,Mariana Pires de Campos; Silva,Sandra Pereira da; Ramos,Juliana Rosa; Soares,Thannya Nascimento; Melo,Dayane Borges; Resende,Lucileide Vilela; Batista,Eliane cotrim; Vasconcellos,Breno de Faria.
O presente trabalho teve como objetivo utilizar marcadores RAPD para conhecer a variabilidade genética de populações de Tibouchina papyrus (Pohl) Toledo, provenientes da região de Serra Dourada e Serra dos Pirineus, no Estado de Goiás. Os seis iniciadores RAPD produziram um total de 147 locos, variando entre 23 e 26 por iniciador. A avaliação hierárquica da estruturação da variabilidade genética, realizada pela a AMOVA, considerando a existência de duas regiões (Serra dos Pirineus e Serra Dourada) apresentou uma estimativa de F ST = 0,3439. O valor do componente entre regiões (F CT) foi igual a 18,96% e a variação entre populações dentro de regiões igual a 15,43%. As estimativas de fluxo gênico sugerem a existência de uma baixa proporção de migrantes entre...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Cerrado; RAPD; Tibouchina papyrus; Variabilidade genética.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-84042010000200010

Variabilidade genética de genótipos de bananeira (Musa spp) submetidos ao estresse salino
Provedor de dados: Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental
Autores: Gomes,Eline W. F.; Willadino,Lilia; Martins,Luiza S. S.; Silva,Sebastião de O. e; Câmara,Terezinha R.
O Brasil é o segundo maior produtor mundial de bananas, sendo Pernambuco o estado que apresenta maior expansão da cultura na região do perímetro irrigado do Vale do São Francisco em cujas áreas, porém, são freqüentes os problemas de salinização do solo o que se pode tornar um fator limitante para a cultura. A utilização de cultivares tolerantes à salinidade apresenta-se como uma alternativa bastante viável; assim, identificar genótipos que se adaptem a solos salinos da Região Nordeste, é de fundamental importância para os programas de melhoramento. Este trabalho teve por finalidade utilizar marcadores moleculares, obtidos por amplificação de DNA via Reação em Cadeia polimerase (PCR) com iniciadores (primers) de RAPD, para determinar a variabilidade...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Salinidade; RAPD; Banana.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-43662005000200004

Phylogenetic relationships among four species of the guarani group of Drosophila (Diptera, Drosophilidae) as inferred by molecular and morphological analyses
Provedor de dados: Revista Brasileira de Entomologia
Autores: Robe,Lizandra Jaqueline; Silva,Luciano Basso da; Loreto,Elgion Lucio da Silva.
Traditionally, the Drosophila guarani species group has been divided into two subgroups: the guarani and the guaramunu subgroups. Two, out of the four species included in this research, are members of the guarani subgroup (D. ornatifrons Duda, 1927 and D. subbadia Paterson &amp;amp; Mainland, 1943) and two are included in the guaramunu subgroup (D. maculifrons Duda, 1927 and D. griseolineata Duda, 1927). However, some authors have suggested that D. maculifrons and D. griseolineata are much closer to some species of the Drosophila tripunctata group than to some of the species of the guarani group. To add new data to the matter under dispute, Polyacrylamide Gel Eletrophoresis (PAGE-SDS) was used for the analysis and comparison of protein composition and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Drosophila; Guarani group; Monophyly; Phylogeny; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0085-56262002000400004

Caracterização morfológica e molecular de genótipos de mangaba
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: Silva,Simone Alves; Cruz,Elizangela Mércia de Oliveira; Reis,Ronaldo Viana dos; Ferreira,Claudia Fortes; Passos,Adriana Rodrigues.
O objetivo do trabalho foi verificar a divergência genética entre 25 genótipos de mangaba da região de Iramaia-Chapada Diamantina-Bahia, utilizando os marcadores morfológicos e os marcadores RAPD. As seguintes aferições foram realizadas nos frutos maduros: diâmetro longitudinal (DL) e transversal (DT), massas do fruto (MF), da semente (MS) e da polpa (MP), rendimento de polpa (%P) e a contagem do número de sementes (NS). Os caracteres químicos avaliados no fruto maduro foram: pH, acidez (Ac), sólidos solúveis totais (SST), ácido ascórbico (AA), açúcar total (ACT) açúcar redutor (ACR), açúcar não redutor (ACNR) e relação sólidos solúveis totais: acidez (SST/Ac). Para a amplificação, foram testados 51 random primers. Os resultados médios das aferições foram:...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Hancornia speciosa Gomes; RAPD; Divergência genética.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452013000400021

Caracterização de genótipos de mirtilo utilizando marcadores moleculares
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: Silva,Sergio Delmar dos Anjos e; Antunes,Luis Eduardo Correa; Anthonisen,Denilson Gouvea; Lemões,Juliana Silva; Gonçalves,Emerson Dias.
O cultivo do mirtilo está em expansão no Brasil, em especial em regiões de clima temperado, onde há grande demanda em relação a cultivares adaptadas às condições edafoclimáticas regionais. O objetivo deste trabalho foi caracterizar genótipos de mirtilo do programa de melhoramento da Embrapa Clima Temperado, utilizando marcadores moleculares do tipo RAPD e SSR. Foram caracterizados 40 genótipos de mirtilo por RAPD e oito cultivares por microssatélites. Os nove primers utilizados na técnica de RAPD geraram 89 marcadores. A similaridade genética entre os genótipos variou de 64 a 89%. Utilizando a similaridade média (66%), foram obtidos quatro grupos. Foram gerados 11 marcadores a partir de três pares de primers de microssatélites. A similaridade genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; SSR; Vaccinium.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452008000100033

Morphologic and molecular characterization of Myrciaria spp species
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: Pereira,Márcio; Oliveira,Antonio Luis de; Pereira,Regina Eli de Almeida; Sena,Janete Apparecida Desidério; Costa,Juliana Regina Vieira da; Almeida,Marcílio de; Gonçalves,Antonio Natal.
The jabuticaba tree is considered one of the most typical Brazilian fruit trees. However, few studies of this plant are found in the literature and even its botanical classification is very controversial. The present research reports some comparisons between jabuticaba species, using morphologic (organography) and molecular markers techniques. The morphologic characteristics of the plant used as markers were compared with specimens of the herbaria from São Paulo and Minas Gerais States and with the descriptions reported in the literature. Molecular differences between the species were identified by the use of RAPD markers. The experiment was made in Piracicaba, Jaboticabal and Ituverava municipal districts in São Paulo State, Brazil. Morphologic and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Jabuticaba trees; Biological identification; Morphologic markers; Molecular markers; RAPD.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452005000300040

Estudo da variabilidade genética e escurecimento epidérmico em caqui 'Fuyu' (Diospyrus kaki) após armazenamento refrigerado
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: Gonçalves,Emerson Dias; Trevisan,Renato; Silva,Jorge Adolfo; Rombaldi,Cesar Valmor.
O presente trabalho teve o objetivo de avaliar a ocorrência de escurecimento epidérmico no caqui cv. Fuyu e sua relação com variabilidade genética. O experimento foi realizado com folhas e frutas obtidas de cinco pomares comerciais, sendo quatro deles situados na região serrana do Rio Grande do Sul e um na região de Pelotas. A escolha dos pomares foi baseada na idade das plantas, entre cinco e oito anos, e ocorrência do escurecimento epidérmico das frutas. As plantas foram escolhidas ao acaso em cada pomar. Para avaliação de variabilidade genética, foi utilizada a técnica de RAPD. As frutas foram avaliadas quanto ao grau de escurecimento, após três meses de armazenamento. Para avaliar o escurecimento, foi usada uma escala de 0 a 5. Todos os locais...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Armazenamento; Qualidade.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452004000300045

Expressão protéica diferencial entre plântulas apomíticas e zigóticas de citros
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: Silva,Cristina Lacerda Soares Petrarolha; Machado,Marcos Antônio; Lemos,Eliana Gertrudes Macedo.
Existem evidências do envolvimento de um ou poucos genes controlando o processo apomítico em citros; entretanto, a identidade destes genes, seus produtos e suas formas de atuação ainda não foram elucidados. Sendo as proteínas o produto final da expressão gênica, o processo apomítico pode ser investigado através do estudo da expressão protéica. A técnica da eletroforese bidimensional de proteínas foi empregada nesta pesquisa, objetivando a comparação de perfis protéicos de plântulas apomíticas e zigóticas de citros obtidas a partir de cruzamento entre Citrus sinensis L. Osb. cv. Pêra e Poncirus trifoliata cv. Rubidoux. Observou-se, nestes perfis bidimensionais, a ocorrência de três classes de proteínas: a primeira presente em ambos os perfis, a segunda...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Apomixia; Citros; Proteína; Eletroforese bidimensional; RAPD.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452004000100003

Caracterização e identificação de cultivares e seleções de pereiras através de marcadores RAPD
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: SAWAZAKI,HAIKO ENOK; BARBOSA,WILSON; COLOMBO,CARLOS AUGUSTO.
Trinta e seis acessos de pereira representando diversas espécies, híbridos e seleções do banco de germoplasma do Instituto Agronômico (IAC) foram geneticamente caracterizados através de marcadores RAPD. Cada primer originou de 10 a 19 bandas, sendo que 26 deles forneceram 250 bandas polimórficas, de um total de 353. Os primers OPC02, OPC08, OPD02, OPD19, OPD20 e OPE06 revelaram bandas específicas para as peras orientais e OPA01, OPA11, OPC08, OPD04, OPD09 e OPD15 para as ocidentais. O dendograma obtido foi confirmado pela análise de coordenada principal, originando três principais agrupamentos: 1) Todas as pereiras lançadas pelo IAC, como 'Seleta', 'Triunfo', 'Primorosa', 'Tenra', IAC 16-41, 'Centenária', além de 'William's', 'Packham's Triumph', 'D'água',...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Pyrus ssp; Pereira; Marcadores moleculares; RAPD; Germoplasma; Cultivares IAC; Pêra oriental; Pêra ocidental.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452002000200033

VARIABILIDADE GENÉTICA DE ISOLADOS DE Fusarium solani e Fusarium oxysporum f. sp.passiflorae ASSOCIADOS AO MARACUJAZEIRO
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: DARIVA,JEFERSON MATEUS; XAVIER,ADELICA APARECIDA; COSTA,MARCIA REGINA; RIBEIRO,REGINA CÁSSIA FERREIRA; SOUSA,TIAGO VIEIRA.
Determinou-se a variabilidade genética de 37 isolados de Fusarium solani e 13 isolados de Fusarium oxysporum f. sp. passiflorae patogênicos ao maracujazeiro por meio do uso de marcadores ISSR e RAPD. Os isolados foram obtidos de maracujazeiros com sintomas de murcha, encontrados nas principais regiões produtoras do Norte Mineiro e no município de Sebastião Laranjeira – BA. Após obtenção de culturas monospóricas, os isolados tiveram seus DNAs extraídos e submetidos à reação de PCR. Foram selecionados nove primers ISSR e nove primersRAPD, e a análise de dados foi realizada, utilizando-se do coeficiente de similaridade de Jaccard. A partir da amplificação com os primers ISSR e RAPD, foram obtidos 121 e 126 locos, respectivamente, sendo quetodos apresentaram...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: ISSR; RAPD; Passiflorae edulis Sims f. flavicarpaDeg.; Doenças de raiz.
Ano: 2015
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452015000200377

Variabilidade genética de acessos de maracujá-suspiro com base em marcadores moleculares
Provedor de dados: Revista Brasileira de Fruticultura
Autores: Junqueira,Keize Pereira; Faleiro,Fábio Gelape; Ramos,José Darlan; Bellon,Graciele; Junqueira,Nilton Tadeu Vilela; Braga,Marcelo Fideles.
Passiflora nitida é uma espécie silvestre amplamente distribuída pelo território brasileiro, constituindo-se em fonte de resistência a doenças foliares e de raízes. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética entre acessos de P. nitida procedentes de diferentes tipos fitofisionômicos de Cerrado e estados brasileiros (Goiás, Distrito Federal, Tocantins, Mato Grosso e Amazonas), usando marcadores moleculares RAPD. O DNA genômico de cada acesso foi extraído, e doze iniciadores decâmeros foram utilizados para a obtenção de marcadores moleculares RAPD, que foram convertidos em matriz de dados binários, a partir da qual foram estimadas as distâncias genéticas entre os acessos e realizadas análises de agrupamento e de dispersão gráfica. Foram...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Passiflora nitida Kunth; Origem geográfica; Tipos fitofisionômicos; Variabilidade intraespecífica.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452007000300030

Determination of the mode of reproduction of bahiagrass hybrids using cytoembryological analysis and molecular markers
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Weiler,Roberto Luis; Dall’Agnol,Miguel; Simioni,Carine; Krycki,Karine Cristina; Dahmer,Nair; Guerra,Divanilde.
ABSTRACT The aim of this study was to determine the mode of reproduction of a hybrid progeny derived from intraspecific crosses of Paspalum notatum through cytoembryological analysis and use of RAPD (random amplification of polymorphic DNA) molecular markers. Cytoembryological analysis allowed identification of the mode of reproduction of 28 plants that were selected after agronomic productivity evaluations. Of these, 19 had embryo sac morphology compatible with an apomictic mode of reproduction and nine had embryo sac morphology compatible with a sexual mode of reproduction. Meanwhile, molecular marker analysis for 194 individuals showed 54 sexual and 140 apomictic plants; of the 28 plants analyzed by the two methods, ten results (35.7%) were in...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Apomixis; Molecular analysis; Paspalum notatum; Plant breeding; RAPD.
Ano: 2017
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982017000300185

Diversidade genética entre acessos de capim-elefante obtida com marcadores moleculares
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Pereira,Antonio Vander; Machado,Marco Antonio; Azevedo,Ana Luisa Sousa; Nascimento,Carlos Souza do; Campos,Ana Lúcia; Lédo,Francisco José da Silva.
Este trabalho foi realizado para estimar a diversidade genética de 30 acessos de capim-elefante utilizando-se marcadores moleculares. Amostras de DNA genômico de cada acesso foram obtidas para realização da amplificação por PCR utilizando a técnica de marcadores RAPD. Foram utilizados 20 primers aleatórios que geraram 88 bandas de DNA de alta intensidade e reprodutíveis (64 bandas polimórficas e 24 monomórficas). Os acessos foram agrupados pelo método UPGMA com base na estimativa das distâncias genéticas. Os grupos de acessos Porto Rico, Santa Rita e IJ-7136 cv. EMPASC 307 e; Mineiro e Mineiro Ipeaco apresentaram distância genética nula entre si, comprovando tratar-se do mesmo material genético com designação diferente. Alguns pares de acessos apresentaram...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Marcadores moleculares; Pennisetum purpureum; RAPD; Variabilidade genética.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982008000700011

Variabilidade genética em populações naturais de Bromus auleticus Trin. ex Nees (Poaceae) com base em isoenzimas e marcadores RAPD
Provedor de dados: Revista Brasileira de Zootecnia
Autores: Yanaka,Fabiana Yuriko; Dall'Agnol,Miguel; Schifino-Wittmann,Maria Teresa; Dias,Paula Menna Barreto; Gomes,Klecius Ellera.
Bromus auleticus é uma espécie perene, nativa do estado do Rio Grande do Sul, que tem demonstrado adaptabilidade, potencial para produção de forragem de qualidade e alta diversidade morfológica. Neste trabalho, foram analisados padrões de bandas de sistemas enzimáticos e de marcadores RAPD, com o objetivo de determinar a variabilidade genética em 16 acessos de Bromus auleticus do Rio Grande do Sul. A variabilidade foi avaliada pelo índice de similaridade de Jaccard, utilizando-se o método UPGMA nas análises de agrupamento. Os índices de similaridade variaram de 0,0 a 0, 50 com base em isoenzimas e de 0,15 a 0,71 com base em marcadores RAPD. Os dados foram eficientes para a formação de grupos, indicando a variabilidade genética dos acessos analisados....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bromus auleticus; Isoenzimas; RAPD; Variabilidade genética; Forrageiras nativas.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982005000600013

Molecular characterisation of radish cultivars
Provedor de dados: Revista Ciência Agronômica (RCA)
Autores: Cruz,Sara Michelly; Nery,Marcela Carlota; Von Pinho,Édila Vilela de Resende; Laia,Marcelo Luiz de.
The radish has been gaining importance in the Brazilian market due to its use as a green manure and cover crop, and also due to its potential for the production of biodiesel, however there are only two registered cultivars, which are morphologically very similar. Determination of genetic purity is a prerequisite in marketing seeds as it ensures uniformity of the crop and is important in breeding programs. The aim of this work therefore was to evaluate the similarity and genotype patterns which permit differentiation of the commercial radish cultivars IPR 116 and CATI AL-1000. In order to do this, isoenzyme electrophoretic patterns were analysed in dry seeds, soaked seeds, seedling leaves and young leaves; the isoenzymes used being: superoxide dismutase,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Raphanus sativus; ISSR; RAPD; Isoenzymes; Stage of development.
Ano: 2014
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1806-66902014000400020

Genetic divergence of Anthurium affine germplasm using morphoagronomic and molecular descriptors
Provedor de dados: Revista Ciência Agronômica (RCA)
Autores: Maia,Clara Yohana; Soares,Nazaré Suziane; Castro,Ana Cecília Ribeiro; Queirós,João Ravelly Alves de; Aragão,Fernando Antonio Souza de; Bordallo,Patricia do Nascimento.
ABSTRACT Anthurium affine is an ornamental Brazilian native plant very appreciated due to its long-lasting durability. To explore the genetic diversity available, 21 A. affine half-sibling progeny were evaluated using morphoagronomic and molecular descriptors. The morphoagronomic descriptors used were: plant height, plant diameter, growth habit, leaf number, leaf blade length, leaf blade width, petiole length, petiole diameter, leaf margin undulation, general appearance; soil cover rate and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers the molecular one. All the descriptors within the progeny showed variability and general appearance, leaf margin undulation and soil cover rate are the ones that most contribute to the plants divergence. From 45 RAPD...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Clustering; Characterization; Genetic variation; Ornamental; RAPD.
Ano: 2020
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1806-66902020000400410

Characterization of fusion products from protoplasts of yeasts and their segregants by electrophoretic karyotyping and RAPD
Provedor de dados: Revista de Microbiologia
Autores: Martins,Cleide Viviane Buzanello; Horii,Jorge; Pizzirani-Kleiner,Aline Aparecida.
In order to characterize fusion products from yeast protoplasts and their segregants, with important features to the wine making industry, electrophoretic karyotyping and RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) were utilized. Electrophoretic karyotyping was performed by the CHEF ("contour-clamped homogeneous electric field electrophoresis") method, which allowed the detection of chromosomal band complementation in fusion products and the presence of patterns of both parental and intermediary strains in segregants. By utilizing two primers, an amplification pattern of DNA fragments was obtained. While fusion products (diploid) showed a pattern of complementary bands, segregants showed bands of either parental strains or even intermediary bands
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Protoplast fusion; Electrophoretic karyotyping; RAPD.
Ano: 1999
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37141999000100014

VARIABILIDAD MOLECULAR EN AISLAMIENTOS DE Phytophthora nicotianae VAN BREDA DE HAAN
Provedor de dados: Revista de Protección Vegetal
Autores: Peteira,Belkis; Toledo,Verónica; Martínez,B.
La pata prieta, causada por el patógeno Phytophthora nicotianae es una de las enfermedades fungosas importantes que atacan al cultivo del tabaco. Para apoyar de manera racional el programa de mejoramiento del cultivo para la obtención de variedades resistentes se hace necesario el conocimiento de la variabilidad de los aislamientos del patógeno. Las técnicas moleculares son una herramienta útil en tal sentido. Se caracterizaron a través ITS y corte de los fragmentos ITS amplificados y de RAPDs, un grupo de 50 aislamientos representativos de diferentes regiones del país, razas y características culturales. Los ITS rindieron un producto para todos los aislamientos de 850pb y la digestión de los mismos solo fue posible con la enzima MspI. A pesar de obtenerse...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Phytophthora nicotianae; Caracterización molecular; RAPD; ITS.
Ano: 2008
URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-27522008000300008

Variabilidad molecular de aislamientos venezolanos de nematodos entomopatógenos y sus bacterias simbiontes
Provedor de dados: Revista de Protección Vegetal
Autores: Peteira,Belkis; Rodríguez,Mayra G.; Rosales,Carolina; Maselli,Anna; Casado,Raúl; Castro,Luis; Salazar,Efraín; Enrique,Roberto; Miranda,Ileana.
El objetivo del trabajo fue conocer la variabilidad molecular en una colección de aislamientos venezolanos de nematodos entomopatógenos y sus bacterias simbiontes, a través de la aplicación de los marcadores RAPD. Los ADN de los nematodos y bacterias fueron extraídos siguiendo una modificación del método de Dellaporta descrita por Salazar et al. Los RAPD se desarrollaron con los cebadores de los juegos de reactivos OPA y OPB. Se determinaron las huellas genéticas de los aislados del nematodo y de la bacteria simbionte. El total de bandas amplificadas para nematodos fue de 493 y para bacterias 496, con 99,18 y 100% de polimorfismo, respectivamente. El agrupamiento obtenido para los nematodos estuvo relacionado con la altitud sobre el nivel del mar a la que...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Nematodos entomopatógenos; RAPD; Variabilidad molecular.
Ano: 2014
URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-27522014000200006

VARIABILIDAD GENÉTICA ENTRE GENOTIPOS PROMISORIOSDE TOMATE (Solanum lycopersicum) OBTENIDOS EN PROGRAMASDE MEJORAMIENTO FRENTE AL TYLCV
Provedor de dados: Revista de Protección Vegetal
Autores: Arias,Yailen; Peteira,Belkis; González,Ivonne; Martínez,Yamila; Miranda,Ileana.
Una de las alternativas más usadas en la actualidad, para el manejo de fitopatógenos, es el empleo de variedades resistentes. La disponibilidad de una amplia variabilidad genética resulta de vital importancia para el éxito de un programa de mejoramiento. Los marcadores moleculares constituyen poderosas herramientas para la caracterización de la diversidad genética. El objetivo del trabajo fue conocer la variabilidad genética entre seis genotipos promisorios de tomate obtenidos en el programa de mejoramiento genético para la resistencia al TYLCV mediante el empleo de los RAPDs. Los resultados obtenidos mostraron, de forma general, una escasa variabilidad entre los genotipos estudiados.
Tipo: Journal article
Palavras-chave: TYLCV; Variabilidad genética; RAPD; Solanum lycopersicum.
Ano: 2010
URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-27522010000300007

VARIABILIDAD MOLECULAR DE GENOTIPOS DE PIMIENTO (Capsicum annuum L.) DEL PROGRAMA DE MEJORAMIENTO GENÉTICO PARA LA RESISTENCIA A PVY
Provedor de dados: Revista de Protección Vegetal
Autores: González,Ivonne; Arias,Yailen; Quiñones,Madelaine; Miranda,Ileana; Rodríguez,Yaritza; Peteira,Belkis.
Los programas de mejoramiento genético constituyen alternativas para la obtención de plantas de pimiento resistentes a diversas enfermedades. Estos genotipos cuentan con una amplia variabilidad genética y los convierte en promisorios para el control del virus Y de la papa (PVY). El empleo de los marcadores RAPD constituye una herramienta útil y ampliamente utilizada en la caracterización de la diversidad genética en este cultivo. El objetivo de este trabajo fue evaluar la variabilidad genética de un grupo de genotipos de pimiento obtenidos en el Programa de Mejoramiento para la resistencia a Potyvirus del I. I. H. Liliana Dimitrova, utilizando los marcadores RAPD. Los resultados obtenidos mostraron de forma general una escasa variabilidad entre los...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: PVY; Variabilidad genética; RAPD; Capsicum annuum.
Ano: 2011
URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-27522011000200001

El picudo del algodonero en la Argentina: Principales resultados e implicancias de los estudios moleculares
Provedor de dados: Revista de la Sociedad Entomológica Argentina
Autores: Lanteri,Analía A.; Confalonieri,Viviana A.; Scataglini,M. Amalia.
Después de diez años del primer registro del picudo del algodonero, Anthonomus grandis Boheman (Coleoptera, Curculionidae), en la Argentina, el insecto ha llegado a la zona algodonera del Chaco. Los estudios moleculares realizados sobre poblaciones de la Argentina, Brasil y Paraguay, y posibles poblaciones fuente de EE.UU y México, han aportado información relevante para el control de la plaga. Se aplicaron las técnicas de RAPD (Polimorfismos del ADN Amplificados al Azar) y de secuenciación de los genes mitocondriales de la Citocromo Oxidasa I y II, las cuales permitieron identificar dos linajes principales de picudos: a) linajes con escasa o nula variabilidad medida en términos de heterocigosis y diversidad haplotípica, considerados colonizadores...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Picudo del algodonero; ADN mitocondrial; RAPD; Argentina; Variabilidad poblacional; Linajes ancestrales y colonizadores recientes.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0373-56802003000200001

Pilocarpine content and molecular diversity in jaborandi
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Sandhu,Sardul Singh; Abreu,Ilka Nacif; Colombo,Carlos Augusto; Mazzafera,Paulo.
Pilocarpine is an imidazol alkaloid exclusively found in Pilocarpus genus and P. microphyllus accumulates its highest content in the leaves. There is no report in the literature on the variability of the pilocarpine content in this genus. A population of 20 genotypes of P. microphyllus from the state of Maranhão, Brazil, was analyzed for Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD) markers and pilocarpine content. Although it was not possible to establish any correlation between these features, the absence or presence of some markers could indicate in some genotypes a possible association with the content of the alkaloid.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Pilocarpus jaborandi; Molecular diversity; Molecular markers.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162006000500010

Genetic characterization of Xylella fastidiosa isolated from citrus and coffee plants
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Miranda,Vicente Savonitti; Farias,Paulo Roberto Silva; Roberto,Sérgio Rufo; Lacava,Pedro Magalhães.
The Citrus Variegated Chlorosis and the Coffee Leaf Scorch are some of the many destructive diseases caused by Xylella fastidiosa, a gram-negative bacterium limited to the xylem of affected plants. As its genetic characterization is still not well established, different isolates of X. fastidiosa from citrus and coffee were evaluated through RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) technique to characterize and classify these isolates based on similarity coefficients. Sixteen isolates of X. fastidiosa were used on this trial, obtained from citrus, coffee and almond. The genetic polymorphism evaluation was performed using six arbitrary 10-base primer pairs. It was possible to establish a dendogram in which the isolates were classified into five groups (A, B,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report
Palavras-chave: RAPD; Gram-negative bacterium; Genetic divergence.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162007000500005

A simple method for DNA isolation from Xanthomonas spp.
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Gomes,Luiz Humberto; Duarte,Keila Maria Roncato; Andrino,Felipe Gabriel; Tavares,Flavio Cesar Almeida.
A simple DNA isolation method was developed with routine chemicals that yields high quality and integrity preparations when compared to some of the most well known protocols. The method described does not require the use of lysing enzymes, water bath and the DNA was obtained within 40 minutes The amount of nucleic acid extracted (measured in terms of absorbancy at 260 nm) from strains of Xanthomonas spp., Pseudomonas spp. and Erwinia spp. was two to five times higher than that of the most commonly used method.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report
Palavras-chave: DNA; Xanthomonas; RAPD.
Ano: 2000
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162000000300028

Genetic variability and vegetative compatibility of Erythricium salmonicolor isolates
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Sebastianes,Fernanda Luiza de Souza; Maki,Cristina Sayuri; Andreote,Fernando Dini; Araújo,Welington Luiz; Pizzirani-Kleiner,Aline Aparecida.
The Pink Disease is caused by Erythricium salmonicolor, which attacks broad hosts, such as citrus, coffee, rubber, Eucalyptus spp. and Acacia spp., infecting mainly branches. This disease became a serious problem in Brazil, reducing the citrus production up to 10%. However the genetic diversity and compatibility of the fungus E. salmonicolor from Brazilian citrus plants is not yet evaluated. Therefore, the aims of this study were to evaluate: i) the genetic variability of E. salmonicolor in the São Paulo and Minas Gerais States by the RAPD technique, and ii) the vegetative compatibility between these isolates. After RAPD analysis, six distinct groups were observed without correlation between the isolation site or host species. In the vegetative...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Corticium salmonicolor; RAPD; Pink Disease; Hyphal fusion; Heterokariosis.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162007000200009

Molecular characterization of Paecilomyces fumosoroseus (Deuteromycotina: Hyphomycetes) isolates
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Azevedo,Andréia Cristiane Souza; Furlaneto,Márcia Cristina; Sosa-Gómez,Daniel Ricardo; Fungaro,Maria Helena Pelegrinelli.
ITS and RAPD analyses were used to investigate molecular variations within samples of Paecilomyces isolates and to resolve five morphologically atypical isolates resembling P. fumosorosus, obtained from whitefly in Northern Paraná State. The ITS4-ITS5 amplicon was 700 base pairs (bp) long in all isolates. The five isolates of Paecilomyces not assigned to species produced restriction profiles identical to all the reference strains of P. fumosoroseus. The extent of fingerprint variability observed by RAPD was sufficient to discriminate all the isolates. The genetic similarity among unidentified isolates and strains of P. fumosoroseus was even higher than that observed among reference strains of this species, allowing us to conclude that isolates CNPso-P77,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Paecilomyces fumosoroseus; Bemisia; RAPD; Biological control; Entomopathogenic fungus.
Ano: 2000
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162000000400021

Genetic divergence among hybrids of 'Cravo' mandarin with 'Pêra' sweet orange
Provedor de dados: Scientia Agricola
Autores: Oliveira,Roberto Pedroso de; Aguilar-Vildoso,Carlos Ivan; Machado,Marcos Antônio.
Molecular markers have been used as tools in breading programs of sexual hybridation, allowing the genetic characterization of a large number of genotypes. The RADP markers are the most used since the employed techniques are simple and of low cost. To evaluate the genetic divergence among F1 hybrids of 'Cravo' mandarin (Citrus reticulata Blanco) and 'Pêra' sweet orange (C. sinensis (L.) Osbeck), this study analyses the variability and similarity of the hybrids among themselves and with their parents. Random Amplified Polimorfic DNA marker analysis, with 102 primers, were applied to a population composed of 94 hybrids and their parents. Multivariate genetic divergence analysis of the principal components and Tocher grouping were carried out only considering...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Citrus reticulata; Citrus sinensis; Tocher grouping; RAPD; Citrus.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162003000100017

Caracterização da agressividade de isolados de Colletotrichum de maracujá amarelo com marcadores bioquímico, fisiológico e molecular
Provedor de dados: Tropical Plant Pathology: fitopatologia brasileira
Autores: Almeida,Luiz Carlos C.; Coêlho,Rildo S.B.
A antracnose é a doença pós-colheita mais importante do maracujá amarelo, cujo agente etiológico, no Brasil, foi identificado como Colletotrichum gloeosporioides. Visando caracterizar o patógeno, foram obtidos 33 isolados de três regiões produtoras do estado de Pernambuco. Critérios morfológicos como cor de colônia, forma e dimensão de conídios, a produção de peritécio e o uso de primers específicos para C. acutatum, C. gloeosporioides e "Colletotrichum de Passiflora" permitiram identificar Glomerella cingulata patótipo 1, G. cingulata patótipo 2, Colletotrichum sp. de Passiflora e Colletotrichum sp. de maracujá amarelo. Inoculações em maracujá amarelo possibilitaram separar os isolados em dois grupos, um de agressividade alta (GA-1) e outro de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Passiflora edulis f. flavicarpa; Antracnose; Pós-colheita; RAPD; PCR.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582007000400006

Pathogenicity, molecular characterization, and cercosporin content of Brazilian isolates of Cercospora kikuchii
Provedor de dados: Tropical Plant Pathology: fitopatologia brasileira
Autores: Almeida,Álvaro M. R.; Piuga,Fernanda F.; Marin,Silvana R. R.; Binneck,Eliseu; Sartori,Fábio; Costamilan,Leila M.; Teixeira,Maria R. O.; Lopes,Marcelo.
Cercospora kikuchii, involved with the defoliation of soybean (Glycine max) plants, is normally associated with Septoria glycines in late season. Seventy-two isolates from different regions in Brazil, obtained mainly from purple stained seeds, showed phenotypic variation. Cercosporin content and rate of colony growth was higly variable among isolates. A strong correlation between cercosporin content and virulence was identified. Genetic variation among and within populations was evaluated based on 86 RAPD loci. The RAPD analysis clustered all isolates into seven groups. No relationship was observed between RAPD groups and geographic origin or cercosporin content. The sequence of the internal spacer regions (ITS1-5.8S-ITS2) from 13 isolates chosen according...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genotypic diversity; PCR-RFLP; RAPD; ITS sequence; Virulence.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582005000600005

Genetic diversity among isolates of stemphylium solani from cotton
Provedor de dados: Tropical Plant Pathology: fitopatologia brasileira
Autores: MEHTA,Y.R.
The fungus Stemphylium solani causes leaf blight of tomato (Lycopersicon esculentum) in Brazil. In recent years, severe epidemics of a new leaf blight of cotton (Gossipium hyrsutum) caused by S. solani occurred in three major cotton-growing Brazilian states (PR, MT and GO). Molecular analysis was performed to assess the genetic diversity among the S. solani isolates from cotton, and to verify their relationship with representative S. solani isolates from tomato. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers and internal transcribed spacers of ribosomal DNA (rDNA) were used to compare 33 monosporic isolates of S. solani (28 from cotton and five from tomato). An isolate of Alternaria macrospora from cotton was also used for comparison. RAPD analysis showed...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Gossypium hirsutum; Lycopersicon esculentum; Stemphylium leaf blight; Molecular genetics; RAPD.
Ano: 2001
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582001000400002

Variabilidade genética de isolados do complexo Colletotrichum associados a sementes de algodoeiro, por meio de técnicas moleculares e inoculação em plantas
Provedor de dados: Tropical Plant Pathology: fitopatologia brasileira
Autores: SILVA-MANN,RENATA; SALGADO,KALINKA C.C.; VIEIRA,MARIA G.G.C.; MACHADO,JOSÉ C.
A antracnose e a ramulose são doenças do algodoeiro (Gossypium hirsutum) causadas, respectivamente, por Colletotrichum gossypii e C. gossypii var. cephalosporioides, sendo a ramulose a mais importante sob o ponto de vista de prejuízos causados. Por se tratarem de fungos transmitidos por sementes, de difícil diferenciação por métodos convencionais, o desenvolvimento de metodologia usando técnicas moleculares é uma opção que se dispõe na busca de maior precisão e rapidez. O presente trabalho objetivou associar informações do teste de patogenicidade com marcadores bioquímicos e moleculares de DNA/RAPD, visando a identificação e diferenciação do complexo Colletotrichum. Foram usados dez isolados, sendo três classificados como causadores de antracnose e sete de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Colletotrichum gossypii; Colletotrichum gossypii var. cephalosporioides; RAPD; Isoenzimas; Similaridade.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582002000100004

Genotypic diversity among brazilian isolates of Macrophomina phaseolina revealed by RAPD
Provedor de dados: Tropical Plant Pathology: fitopatologia brasileira
Autores: Almeida,Álvaro M. R.; Abdelnoor,Ricardo V.; Arias,Carlos A. Arrabal; Carvalho,Valdemar P.; Jacoud Filho,David S.; Marin,Silvana R. R.; Benato,Luís C.; Pinto,Mauro C.; Carvalho,Cláudio G. P.
Macrophomina phaseolina has been considered one of the most prevalent soybean (Glycine max) pathogens in Brazil. No genetic resistance has been determined in soybean and very little is known about the genetic diversity of this pathogen in tropical and sub-tropical regions. Fifty-five isolates from soybean roots were collected in different regions and analyzed through RAPD for genetic diversity. The UPGMA cluster analysis for 74 loci scored permitted identification of three divergent groups with an average similarity of 99%, 92% and 88%, respectively. The three groups corresponded to 5.45%, 59.95% and 34.6%, respectively of all isolates used. A single plant had three different haplotypes, while 10.9% of the analyzed plants had two different haplotypes. In...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; ITS; PCR-RFLP; Soybean charcoal rot.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582003000300009

Diversidade genética de isolados de Rhizoctonia solani coletados em feijão-caupi no Estado de Roraima
Provedor de dados: Tropical Plant Pathology: fitopatologia brasileira
Autores: Sartorato,Aloísio; Nechet,Kátia L.; Halfeld-Vieira,Bernardo A.
O feijão-caupi (Vigna unguiculata) é uma das principais fontes de proteína para a população de baixa renda, principalmente nas Regiões Norte e Nordeste do Brasil. Esta leguminosa é suscetível a várias doenças incluindo a mela ou murcha-da-teia-micélica, cujo agente causal é o fungo Rhizoctonia solani (teleomorfo: Thanatephorus cucumeris). Embora Rhizoctonia solani seja um agente causal de doença muito importante, no Brasil inexiste qualquer informação sobre as características de seus isolados associados ao feijão-caupi. O objetivo do presente estudo foi avaliar, utilizando-se das técnicas Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) e RFLP-ITS (Internal Transcribed Spacer), a diversidade genética de isolados de R. solani coletados de plantas de feijão-caupi...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; ITS; Vigna unguiculata; Feijão de corda; Feijão macassar; Mela; Murcha-da-teia-micélica.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582006000300009

Genetic variation among pathogens causing "Helminthosporium" diseases of rice, maize and wheat
Provedor de dados: Tropical Plant Pathology: fitopatologia brasileira
Autores: WEIKERT-OLIVEIRA,RITA C. B.; RESENDE,M. APARECIDA DE; VALÉRIO,HENRIQUE M.; CALIGIORNE,RACHEL B.; PAIVA,EDILSON.
Twenty isolates of four fungal species, agents of "Helminthosporium" diseases in cereals, were collected from different regions: nine Bipolarisoryzae isolated from rice (Oryza sativa), seven B.sorokiniana from wheat (Triticum aestivum), two B. maydis, and two Exserohilumturcicum from maize (Zea mays). The strains were compared by PCR-RFLP and RAPD analysis. Size polymorphism among the isolates in the ITS region comprising the 5.8 S rDNA indicated genetic differences among the isolates, while a UPGMA phenogram constructed after the digestion of this region with restriction enzymes showed inter- and intra-specific polymorphism. The RAPD profiles indicated an expressive level of polymorphism among different species, compared with a low level of polymorphism...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bipolaris sorokiniana; Bipolaris oryzae; Bipolaris maydis; Exserohilum turcicum; PCR-RFLP; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582002000600015

Caracterización de tilapia roja (Oreochromis sp.) con marcadores moleculares RAPD
Provedor de dados: Acta Agronómica
Autores: Torres Jaramillo,Julieta; Muñoz,Jaime Eduardo; Cárdenas,Heiber; álvarez,Luz ángela; Palacio,Juan Diego.
Se utilizó la técnica RAPD (amplificación al azar de ADN polimórfico) para el estudio de la diversidad genética de Oreochromis sp. (tilapia roja) en cinco piscícolas del Valle del Cauca (Colombia) y en la determinación del nivel de introgresión de las especies parentales Oreochromis mosambicus, O. niloticus y O. aureus. Se evaluaron 25 cebadores, ocho fueron polimórficos y se obtuvieron 109 bandas. Los valores de heterocigosidad esperada (0.196 a 0.256) y la estructura genética (Gst = 0.22) para Oreochromis sp. indicaron un elevado grado de polimorfismo y alta estructuración genética. Estos resultados fueron consistente con el Fst = 0.268 (P &lt; 0.0001) dado por el Amova y el Gst = 0.040 del análisis de correspondencia múltiple. Los valores de similitud...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Oreochromis; Mosambicus; O niloticus; O aureus; Cichlidae; DNA fingerprinting; RAPD; Variación genética; Diferenciación de especies.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122010000200013

Geographic pattern of genetic diversity in natural populations of Rosewood (Aniba rosaeodora), in the Central Amazonia
Provedor de dados: Acta Amazonica
Autores: Santos,Ronaldo Pereira; Ângelo,Paula Cristina da Silva; Sampaio,Paulo de Tarso Barbosa; Quisen,Regina Caetano; Leite,Ângela Maria Conte; Oliveira,Cristiane Lopes de.
Rosewood (Aniba rosaeodora Ducke, Lauraceae) is an Amazonian evergreen tree and a source of the purest linalool, the main component of its essential oil, which is very valuable in the international perfumery market. After decades of over-exploitation it is currently considered as threatened. We evaluated the genetic diversity and its distribution in four populations in Central Amazonia. Thirty-five reliable RAPD markers were generated, of which 32 were polymorphic (91.4%). Variation was higher within the populations (76.5%; p &lt; 0.0001) and geographic distribution contributed to population differentiation (23.4%; p &lt; 0.0001). The Amazon River had a small influence on gene flow (3.3%; p &lt; 0.0001), but we identified evidence of gene flow across the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Linalool; Gene flow; Amazon Rainforest.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0044-59672008000300010

Genetic diversity in rosewood saplings (Aniba rosaeodora ducke, Lauraceae): an ecological approach
Provedor de dados: Acta Amazonica
Autores: Santos,Ronaldo Pereira; Spironello,Wilson Roberto; Sampaio,Paulo de Tarso Barbosa.
This article takes an ecological approach to the genetic diversity of Rosewood (Aniba rosaeodora Ducke) in a central Amazonian terra firme forest north of Manaus. Planted Rosewood setting, under partial shaded canopy, were assessed in terms of fruiting production, frugivory, and seed dispersal. Using RAPD molecular analysis procedures, the influence of the spatial distribution of adult trees on the genetic diversity (polymorphism) of saplings was assessed with genetic samples from 34 reproductive trees and 60 saplings. The density and distribution patterns the reproductive trees did not modify the sapling"s diversity (1.86%, AMOVA). Two types of adult tree dispersion were identified; i) clumped and ii) more widely dispersed. Polymorphism (77.5%) and gene...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Amazonian tree; RAPD; Seed dispersal; Gene flow; Genetic diversity.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0044-59672008000400014

Variabilidade genética em populações de Anopheles darlingi (Diptera: Culicidae) e relação ao comportamento da atividade de picar, analisada por RAPD
Provedor de dados: Acta Amazonica
Autores: Silva,Ana Paula Barbosa da; Tadei,Wanderli Pedro; Santos,Joselita Maria Mendes dos.
Duas populações naturais de Anopheles darlingi foram analisadas quanto aos padrões de variabilidade genética relacionados ao comportamento hematofágico, cujas coletas foram realizadas no intra, peri e extradomicíio, em dois municípios do Estado do Amazonas: Coari e Manaus. Os resultados evidenciaram amplo número de fragmentos polimórficos, bem como elevada variabilidade genética nessas populações. Na população de Coari, a porcentagem de locos polimórficos (P) e heterozigosidade (He) variou de 77,63% - 84,86% e 0,2851 0,3069, respectivamente, sendo a maior variabilidade genética detectada nas subpopulações do intradomicílio, e a menor nas do peridomicílio. A população de Manaus mostrou variabilidade genética similar a de Coari (P= 75% - 78,94% e He= 0,2732...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Anopheles darlingi; Malária; Variabilidade genética; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0044-59672010000300019

RAPD em Pau-rosa (Aniba rosaeodora Ducke): adaptação do método para coleta de amostras in situ, ajuste das condições de PCR e apresentação de um processo para selecionar bandas reprodutíveis
Provedor de dados: Acta Amazonica
Autores: Santos,Ronaldo Pereira; Aangelo,Paula Cristina da Silva; Quisen,Regina Caetano; Oliveira,Christiane Lopes; Sampaio,Paulo de Tarso Barbosa.
O Pau-rosa (Aniba rosaeodora Ducke) é uma espécie importante economicamente para a Região Amazônica, porque sua madeira é fonte de linalol, insumo utilizado pelas perfumarias. Esta espécie foi explorada durante décadas e, ainda assim, o conhecimento acerca da diversidade genética intra-específica é muito restrito. Foram objetivos deste trabalho: 1) validar um protocolo para coleta de folhas de pau-rosa que permitisse preservar a integridade do DNA até a estocagem em "freezer"; 2) selecionar um protocolo para extração de DNA em quantidade e qualidade adequadas para geração de bandas RAPD e 3) desenvolver um critério para avaliar o grau de reprodutibilidade que pudesse auxiliar a seleção de bandas RAPD úteis para análises de diversidade genética....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Reprodutibilidade; Marcadores moleculares; Amazônia.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0044-59672007000200012

Separation of the genera in the subtribe Cassiinae (Leguminosae: Caesalpinioidae) using molecular markers
Provedor de dados: Acta Botanica Brasilica
Autores: Acharya,Laxmikanta; Mukherjee,Arup Kumar; Panda,Pratap Chandra.
Random amplified polymorphic DNA (RAPD), Inter simple sequence repeat (ISSR) and Amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers were used to verify the segregation of the genus Cassia L. senso lato into three distinct genera namely Chamaecrista Moench., Senna P. Mill. and Cassia L. sensostricto Eighteen representatives of the three taxa were characterized using the molecular markers. 25 RAPD, six ISSR primers and six AFLP primer combinations resulted in the amplification of 612, 115 and 622 bands (loci) respectively. Most of the loci are found to be polymorphic, showing high degrees of genetic diversity among the different taxa studied. The dendrogram constructed on the basis of the RAPD, ISSR and AFLP data using SHAN clustering, divided Cassia L....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: AFLP; Cassia; ISSR; Molecular phylogeny; RAPD.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062011000100026

Sistema reprodutivo e diversidade genética de quatro espécies de Myrciaria (Myrtaceae, jabuticabeiras)
Provedor de dados: Acta Botanica Brasilica
Autores: Vilela,Regina Célia Freitas; Assis,José Geraldo de Aquino; Nóbrega Filho,Lamartine; Viana,Blandina Felipe.
A jabuticabeira é uma planta nativa da América do Sul e tem sofrido grande erosão genética devido à expansão da agricultura e desmatamento. Neste trabalho buscou-se investigar: a) o sistema reprodutivo de quatro espécies de Myrciaria spp. (Myrciaria cauliflora, M. jaboticaba, M. coronata e M. trunciflora); b) a compatibilidade de cruzamentos, utilizando tratamentos de polinização cruzada interespecíficos entre M. trunciflora x M. cauliflora e M. jaboticaba x M. coronata visando identificação de possíveis mecanismos de isolamento reprodutivos pós-zigóticos e c) relacionar a distância genética destas espécies e outros 14 táxons conservados ex situ, através de marcadores moleculares tipo RAPD. Os tratamentos reprodutivos mostraram que as jabuticabeiras são...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Compatibilidade; Isolamento reprodutivo; Jabuticaba; RAPD.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062012000400002

Estimation of genetic distance among genotypes of caraway (Carum carvi L.) using RAPD-PCR
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Agronomy
Autores: Seidler-Łożykowska, Katarzyna; Institute of Natural Fibres and Medicinal Plants; Kuczyńska, Anetta; Polish Academy of Sciences; Mikołajczyk, Katarzyna; Plant Breeding and Acclimatization Institute; Nowakowska, Joanna; Plant Breeding and Acclimatization Institute; Bocianowski, Jan; Poznań University of Life Sciences.
In order to estimate genetic diversity among starting materials and breeding strains of caraway, a collection of 17 accessions from botanical gardens in Europe, two cultivars ‘Rekord’ and ‘Kończewicki’, and four own breeding strains were analyzed by RAPD-PCR. The representative samples, each of five individual plants of accession, cultivar or strain, were taken from young rosette leaves. Forty of Genset Oligos RAPD primers were used for analysis and eight of them produced clear and reproducible banding patterns. In total, 62 banding patterns were obtained revealing 23 polymorphic bands, whereas the number of polymorphic bands ranged from two to four for one primer. The GS12 and GS43 primers generated two polymorphic bands, while each of the GS8, GS21,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Carum carvi L.; Genetic distance; Genotype; RAPD.
Ano: 2014
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/18197

Molecular characterization of accessions of crabgrass (Digitaria nuda) and response to ametryn - DOI: 10.4025/actasciagron.v32i2.3841
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Agronomy
Autores: Vieira, Viviane Cristina; Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias/Universidade Estadual Paulista; Alves, Pedro Luís da Costa Aguiar; Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias/Universidade Estadual Paulista; Picchi, Simone Cristina; Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias/Universidade Estadual Paulista; Lemos, Manoel Victor Franco; Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias/Universidade Estadual Paulista; Sena, Janete Apparecida Desidério; Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias/Universidade Estadual Paulista.
Digitaria species are sugar cane crop weeds in Brazil and are being controlled with herbicides, although there are some reports of control failure, notably to the triazine group. Molecular techniques are recommended to analyze the genetic variability in weeds. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism) and, in combination with sequencing, allow the localization of resistance genes, as well as possible mutations related to the onset of resistant individuals in some species. Thus, the objective of this work was to characterize ten accessions of Digitaria spp. by RAPD and PCR-RFLP markers, to sequence a conserved region of the psb A gene and evaluate the accessions response to...
Palavras-chave: Digitaria; PsbA gene; RAPD; Sequencing; Triazine; Weed Digitaria; PsbA gene; RAPD; Sequencing; Triazine; Weed.
Ano: 2010
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/3841

Germinação in vitro de grãos de pólen e efeito da proteção das plantas na frutificação de cubiu (Solanum sessiliflorum Dunal) - DOI: 10.4025/actasciagron.v30i4.5315
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Agronomy
Autores: Schuelter, Adilson Ricken; UNIPAR; Luz, Cristiana Leonardi da; UNIPAR; Dal’Maso, Alexandre; UNIPAR; Vieira, Elisa Serra Negra; Cooperativa Central de Desenvolvimento Tecnológico e Econômico Ltda; Barreto, Rafael Reccanello.
O tipo de reprodução sexuada da planta cubiu é ainda discutido entre os pesquisadores. O trabalho teve como objetivos: avaliar o controle da polinização na frutificação de cubiu, verificar o efeito do estádio de desenvolvimento do botão floral e do horário na receptividade do estigma e na germinação in vitro de grãos de pólen. Anteras de flores de plantas cultivadas em casa-de-vegetação foram maceradas e os grãos de pólen inoculados em placas Petri para avaliação do efeito da concentração de sacarose, do horário de coleta e do estádio das flores na germinação in vitro. DNA de amostras de folhas jovens foram purificadas, amplificados por marcadores RAPD. Os resultados indicaram que o ambiente de cultivo interferiu na formação de flores, inflorescências e...
Palavras-chave: 5.01.00.00-9    Agronomia reprodução sexuada; Receptividade do estigma; RAPD. sexual reproduction; Stigma receptivity; RAPD.
Ano: 2008
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/5315

Diversidade genética de três estoques de piapara (Leporinus elongatus), utilizando RAPD - DOI: 10.4025/actascianimsci.v30i2.4710
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Animal Sciences
Autores: Gomes, Patricia Cristina; UEM; Ribeiro, Ricardo Pereira; UEM; Barrero, Nelson Lopera; UEM; Povh, Jayme Aparecido; UEM; Vargas, Lauro; UEM; Sirol, Rodolfo Nardez; Duke Energy International Geração Paranapanema.
Recentemente a produção aquícola brasileira tem apresentado grande progresso. Dentre as espécies nativas cultivadas no Brasil, a piapara (Leporinus elongatus) tem sido amplamente preconizada. Com objetivo de avaliar os programas de repovoamento, foram analisadas a variabilidade e a divergência genética de três estoques de piapara com a técnica de RAPD (Random Amplified Polymorphic). O primeiro estoque pertence à Estação de Aquicultura e Hidrologia da Duke Energy International (A); o segundo, à piscicultura de Rolândia (B) e o terceiro, ao Programa de Repovoamento dos Rios do Paraná (C). Os dez primers para RAPD utilizados produziram 105 fragmentos polimórficos, conferindo um polimorfismo de 98,1% para os três estoques avaliados. A porcentagem de locos...
Palavras-chave: 5.05.04.00-2    Reprodução Animal divergência genética; Locos polimórficos; Peixe; RAPD; Reprodutores; Variabilidade genética. genetic divergence; Polymorphic loci; Fish; RAPD; Reproducers; Genetic variability.
Ano: 2008
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/4710

Estimativa da variabilidade genética em linhagens de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) com a técnica de RAPD - DOI: 10.4025/actascianimsci.v27i1.1236
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Animal Sciences
Autores: Povh, Jayme Aparecido; UEM; Moreira, Héden Luiz Marque; Universidade Federal de Pelotas; Ribeiro, Ricardo Pereira; UEM; Prioli, Alberto José; UEM; Vargas, Lauro; UEM; Blanck, Danielly Veloso; UEM; Gasparino, Eliane; UEM; Streit Jr, Danilo Pedro; UEM.
A variabilidade genética é essencial para que se possa obter melhoramento genético e, portanto, é de grande importância a sua estimação. Desta forma, o objetivo do presente experimento foi estimar, pela técnica Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), a divergência e a variabilidade genética nas linhagens de tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) Bouaké e Chitralada em duas gerações de reprodutores do rio Nilo. Foram utilizados 20 animais de cada linhagem. A matriz de coeficientes de similaridade de Jaccard entre indivíduos foi utilizada para a construção de um dendrograma e para a determinação, com o teste de Mantel, da divergência genética entre linhagens. A variabilidade genética foi estimada pelo índice de Shannon e pela porcentagem de loci...
Palavras-chave: 5.05.04.00-2    Reprodução Animal divergência genética; Melhoramento genético; Oreochromis niloticus; RAPD; Polimorfismo; Variabilidade genética 5.05.04.00-2    Reprodução Animal.
Ano: 2005
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/1236

Avaliação de diversidade genética em subespécies e cruzamento de avestruzes (Struthio camelus) com o uso de marcadores RAPD - DOI: 10.4025/actascianimsci.v27i2.1222
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Animal Sciences
Autores: Cunha Godoy, Lisandra; UEM; Cardozo, Rejane Machado; UEM; Moraes, Gentil Vanini de; UEM.
Na estrutiocultura as ligações entre características físicas e desempenho precisam de investigação adicional e as informações sobre diversidade genética são mínimas. Portanto, o presente trabalho representa um importante passo em estudos de genética de avestruzes. Foram coletadas amostras de sangue de 30 animais, machos e fêmeas, das subespécies Blue Neck, African Black e do cruzamento Red Blue (Red Neck X Blue Neck), para extração de DNA. Após amplificação, os produtos foram analisados e interpretados pela técnica RAPD, fornecendo dados de similaridade genética entre os indivíduos com a utilização do coeficiente de Jaccard e dados de distância genética entre as subespécies e diversidade genética dentro de subespécies através do coeficiente de Nei. Os...
Palavras-chave: 5.04.05.00-4 Produção Animal avestruzes; Blue Neck; African Black; Red Blue; RAPD; Diversidade genética 5.04.05.00-4 Produção Animal.
Ano: 2005
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/1222

Estudo de oito espécies da familia Anostomidae (Pisces, Characiformes) através da análise de RAPD
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Biological Sciences
Autores: Chiari, Lucimara; UEL; Sodré, Leda Maria Koelblinger; UEL.
A técnica de Polimorfismo de DNA Amplificado ao Acaso (RAPD) foi utilizada na análise de oito espécies de peixe da família Anostomidae, com a finalidade de quantificar a variabilidade genética e estimar a similaridade genética dentro e entre essas espécies. Os resultados foram comparados com dados obtidos anteriormente com isoenzimas, para a maioria das espécies analisadas. A proporção de locos polimórficos obtida, com dez primers, está acima de 40 %, exceto para Leporinus amblyhynchus. Esse é um fato importante desde que a existência de variabilidade genética é uma condição importante para a sobrevida das espécies no meio ambiente Com dendrograma obtido, através de análise comparativa, foi possível discriminar as duas espécies de Schizodon daquelas do...
Palavras-chave: 2.00.00.00-6 Ciências Biológicas DNA; Polimorfismo; Variabilidade genética; RAPD; Anostomidae; Peixe 2.00.00.00-6 Ciências Biológicas.
Ano: 2001
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/2699

Diferenciação genética entre populações de Pseudoplatystoma corruscans (Agassiz, 1829) (Osteichthyes, Pimelodidae) isoladas pelos saltos de Guaíra do rio Paraná
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Biological Sciences
Autores: Sekine, Elizabete Satsuki; UEM; Prioli, Alberto José; UEM; Prioli, Sônia Maria Alves Pinto; UEM; Júlio Junior, Horácio Ferreira; UEM.
Os saltos de Guaíra, também denominados Sete Quedas, constituíam até 1982 uma barreira para a dispersão de peixes migradores. Este trabalho teve por objetivo verificar se populações de Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) eram isoladas pelos saltos de Guaíra. Amostras provenientes da planície de inundação do alto rio Paraná (PL), do reservatório Itaipu (IT) e de jusante de Yacyretá (YA), foram comparadas por RAPD. O FST de Lynch foi significativo entre PL e IT (0,090) e PL e YA (0,112). O fluxo gênico estimado (Nm) variou de 2,0 entre PL e YA a 8,1 entre IT e YA, e a distância genética de Nei de D = 0,0638 entre PL e YA a D = 0,0174 entre IT e YA. Estes resultados indicam existência de diferenciação genética e que, possivelmente, Sete...
Palavras-chave: 2.00.00.00-6 Ciências Biológicas Pseudoplatystoma corruscans; Pintado; RAPD; Diferenciação genética; Saltos de Sete Quedas; Saltos de Guaíra 2.00.00.00-6 Ciências Biológicas.
Ano: 2002
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/2376

Polimorfismo molecular em Lonchocarpus cultratus (Fabaceae) de áreas ripárias de reflorestamento natural no alto rio Paraná, Brasil - DOI: 10.4025/actascibiolsci.v26i3.1596
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Biological Sciences
Autores: Panarari, Renata de Souza; UEM; Prioli, Alberto José; UEM; Prioli, Sonia Maria Alves Pinto; UEM; Souza, Maria Conceição de; NUPELIA; Oliveira, Alessandra Valéria de; UEM; Boni, Talge Aiex; UEM; Lucio, Léia Carolina; UEM; Prioli, Leudenir Maria; UEM.
No Sul e Sudeste do Brasil, Lonchocarpus cultratus (Vell.) A.M.G. Azevedo e H.C. Lima é uma espécie arbórea importante para o reflorestamento natural, incluindo áreas ripárias. Em florestas regeneradas, diferentemente de florestas não perturbadas, esta espécie tem sido observada como agregados de plantas semelhantes entre si, ao ponto de ter sido formulada a hipótese de serem clones. Em um estudo prévio, brotamento de raízes foi observado em L. cultratus, em uma floresta afetada pelo fogo. No presente estudo, análises de polimorfismo de RAPD  revelaram alta diversidade genética entre as plantas de agregados de L. cultratus, em uma floresta ripária afetada pelo fogo, no alto rio Paraná. Os dados permitem sugerir que reprodução sexual tem sido a usual...
Palavras-chave: 2.01.00.00-0    Biologia Geral Lonchocarpus; Rio Paraná; RAPD; Reflorestamento 2.01.00.00-0    Biologia Geral.
Ano: 2004
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/1596

Genetic similarities among four species of the Plectranthus (L’Hér.) genus - DOI: 10.4025/actascibiolsci.v32i1.880
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Biological Sciences
Autores: Bandeira, Juliana Magalhães; UFPel; Bianchi, Valmor João; UFPel; Rubin, Sílvia; UFPel; Peters, José Antonio; UFPel; Braga, Eugenia Jacira Bolacel; UFPel.
The Plectranthus genus comprises several species generally referred to as boldo, which are highly used in popular medicine due to their anti-dyspeptic, analgesic and digestion-stimulating properties. The amount of natural active principles can vary greatly in the related genotypes, which may lead to the inappropriate use of these plants. This work aimed to analyze the interspecific diversity among four species of the Plectranthus genus (P. grandis, P. barbatus, P. neochilus and P. amboinicus) and the intraspecific diversity of P. barbatus collected from different places in southern Brazil, by means of the RAPD technique. A higher genetic similarity was observed between the P. neochilus and P. amboinicus species (80%), followed by P. grandis and P. barbatus...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Boldo; Genetic diversity; Medicinal plants Botânica; Genética Vegetal; Genética Molecular e de Microrganismos; Ciências Biológicas.
Ano: 2009
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/880

Molecular identification of pollen donor plants on a progeny of Cambona-4 female matrix of maté (Ilex paraguariensis St. Hil. – Aquifoliaceae) - DOI: 10.4025/actascibiolsci.v32i1.764
Provedor de dados: Acta Scientiarum: Biological Sciences
Autores: Cansian, Rogério Luis; URI; Mossi, Altemir José; URI; Di-Luccio, Marco; URI; Cechet, Michel Luis; URI; Mazutti, Marcio; URI; Echeverrigaray, Sergio; UCS.
A progeny of Cambona-4, a female maté plant (Ilex paraguariensis) selected by its agronomical characteristics and mild flavor, was evaluated using RAPD markers in order to identify its male parents. Using RAPD markers specifics of each one of the four potential males, the paternity of 84 out of 107 offsprings was confirmed. The majority of the offsprings (83.3%) were ascribed to pollen donor A, while male plants B, C, and D represented 11.9, 4.8, and 0%, respectively. The highly desirable agronomical characteristics and product quality of Cambona-4/pollen donor A offsprings, identified by RAPD markers, lead to the planting of an orchard Cambona-4 and pollinator A to obtain bi-clonal commercial seeds.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Ilex paraguariensis; Mate; RAPD; Paternity 2.03.03.02-5.
Ano: 2009
URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/764

RAPD e ITS Detectan Variación Molecular en Poblaciones Chilenea de Beauveria bassiana
Provedor de dados: Agricultura Técnica
Autores: Becerra V,Viviana; Paredes C,Mario; Rojo M,Carmen; France I,Andrés.
Los hongos entomopatógenos son una alternativa atractiva para el control biológico de insectos plagas. En Chile, el Instituto de Investigaciones Agropecuarias (INIA), Centro Regional de Investigación Quilamapu mantiene aproximadamente 400 aislamientos de Beauveria, colectados a través del país. Esta colección ha sido parcialmente clasificada en base a su morfología y a su eficacia como controlador biológico. Sin embargo, es necesario complementar estos estudios con una caracterización a nivel genético-molecular, para determinar el nivel de diversidad genética de Beauveria bassiana e identificar posibles patrones de bandas que permitan dicriminar entre aislamientos. En este estudio, se analizaron 36 aislamientos de B. bassiana provenientes de diversas...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Hongos entomopatógenos; Diversidad genética; RAPD; Espaciadores internos transcritos (ITS).
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0365-28072007000200001

COMPARACIÓN ENTRE ANÁLISIS MORFOLÓGICOS Y DE ADN PARA LA IDENTIFICACIÓN DE ESPECIES DE Fusarium AISLADOS DE MELÓN (Cucumis melo L.)
Provedor de dados: Agricultura Técnica
Autores: Riveros B.,Fernando; Muñoz,Gastón; González,Lucas; Rojas P.,Leonardo; Alvarez A.,Mario; Hinrichsen R.,Patricio.
Se evaluó la diversidad de especies de Fusarium asociadas con la marchitez del melón (Cucumis melo L.) mediante RAPD, comparándose tales resultados con la identificación taxonómica en base a caracteres morfológicos y patogénicos. Se estudiaron 18 aislamientos colectados de cultivos comerciales de melón establecidos entre la III y IV Región, Chile. Las observaciones morfológicas determinaron que once aislamientos correspondían a F. oxysporum, cuatro a F. semitectum, uno a F. solani y uno a F. subglutinans. Aislamientos identificados como F. oxysporum produjeron síntomas de marchitez solamente en plantas de melón, identificándolos, por lo tanto, como F. oxysporum f. sp. melonis (Fom). Los perfiles de ADN obtenidos mediante RAPD así como los análisis de...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: RAPD; Diversidad genética.
Ano: 2001
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0365-28072001000300004

Comparative study of the discriminating capacity of DNA markers and their effectiveness in establishing genetic relationships in the genus Tigridia
Provedor de dados: Agrociencia
Autores: Reyes-Díaz,Jesús I.; Arzate-Fernández,Amaury M.; Piña-Escutia,José L.; Vázquez-García,Luis M.
Tigridia Jussieu is an endemic genus to Mexico and taxonomically difficult with limited information about its genetic variability. A diversity assessment conducted using different DNA markers as an inter simple sequence repeat (ISSR) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers will be helpful in the establishment of a broad-based description for improved germplasm curation and the identification of germplasm for genome mapping and breeding of these species. Thus, the objective of this study was to characterize 15 wild species of Tigridia by using RAPD and ISSR molecular markers. This study was carried out in the laboratory of Plant Molecular Biology at the Faculty of Agricultural Sciences of the Universidad Autónoma del Estado de México between...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Iridaceae; RAPD; ASSR; Molecular characterization.
Ano: 2015
URL: http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952015000400002

Diversidad genética de lotes de Piaractus mesopotamicus usados en programas de repoblamiento y sus implicaciones en la conservación
Provedor de dados: Agrociencia
Autores: Lopera-Barrero,N. Mauricio; Pereira-Ribeiro,Ricardo; Aparecido Povh,Jayme; Vargas,Lauro; Bespalhok Jacometo,Carolina; Gomes,P. Cristina.
Modificaciones ambientales derivadas principalmente de acciones humanas han causado la disminución y desaparición de varias poblaciones de peces. Para minimizar este impacto se aplican programas de repoblamiento en varios estados brasileños. Sin embargo, sin la adecuada evaluación estos programas pueden producir cambios genéticos en las poblaciones de peces nativos. Por tanto, el objetivo de este estudio fue analizar la diversidad genética de lotes de Piaractus mesopotamicus usados en programas de repoblamiento, mediante el marcador molecular RAPD. Se analizaron 120 reproductores en cuatro estaciones de piscicultura ubicadas en las ciudades de Sapopema (S), Cornélio Procópio (CP), Cambará (C) y Londrina (L), en el estado del Paraná, Brasil. Los resultados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genética de la conservación; Peces; Piaractus mesopotamicus; RAPD; Repoblamiento; Variabilidad genética.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952009000300004

Karyotype analysis, DNA content and molecular screening in Lippia alba (Verbenaceae)
Provedor de dados: Anais da Academia Brasileira de Ciências
Autores: Pierre,Patrícia M.O.; Sousa,Saulo M.; Davide,Lisete C.; Machado,Marco A.; Viccini,Lyderson F.
Cytogenetic analyses, of pollen viability, nuclear DNA content and RAPD markers were employed to study three chemotypes of Lippia alba (Mill.) (Verbenaceae) in order to understand the genetic variation among them. Different ploidy levels and mixoploid individuals were observed. This work comprises the first report of different chromosome numbers (cytotypes) in L. alba. The chromosome numbers of La2-carvone and La3-linalool chemotypes suggested that they are polyploids. Flow cytometric analysis showed an increase of nuclear DNA content that was not directly proportional to ploidy level variation. A cluster analysis based on RAPD markers revealed that La3-linalool shares genetic markers with La1-citral and La2-carvone. The analysis showed that the majority...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Cheotype; Cytogenetic; Cytotype; DNA content; RAPD; Lippia alba.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37652011000300018

Characterization of DNA polymorphisms in Caryocar brasiliense (Camb.) in populations with and without thorn at the endocarp by RAPD markers
Provedor de dados: Anais da Academia Brasileira de Ciências
Autores: Londe,Luciana N.; Ueira-Vieira,Carlos; Kerr,Warwick E.; Bonetti,Ana Maria.
Caryocar brasiliense (pequi), is one of the main species at the biome of the Brazilian savannah due to its use in culinary, popular medicine, industry in general, and iron and steel industry. At São José do Xingu (MT), a tree of C. brasiliense without thorn at the endocarp was found, which enables the improvement of C. brasiliense not only for consumption but also to the high appreciation it already has. To detect the existing differences between the pequi with and without the thorn at the endocarp, RADP markers were used. The generated polymorphisms were cloned and sequenced in order to identify the sequences that are responsible for the fenotypical alteration. It was observed that the pequi without thorn is genetically isolated from the other populations...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Caryocar brasiliense; Pequi; Thorn; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37652010000300024

RAPD analysis revealing polymorphism in egg parasitoids of soybean stink bugs (Hemiptera: Pentatomidae)
Provedor de dados: Anais da Sociedade Entomológica do Brasil
Autores: Aljanabi,Salah M.; Loiácono,Marta S.; Lourenço,Rodrigo T.; Borges,Miguel; Tigano,Myrian S.
The solitary egg parasitoids (Hymenoptera: Scelionidae) of Pentatomidae species complex are potential candidates for soybean (Glycine max L.) integrated pest management programs in Brazil. The correct identification of species and strains of these parasitoids is necessary to implement the use of biological control. Polymerase chain reaction (PCR) was used to generate random amplification of polymorphic DNA (RAPD) from male individuals of Telenomus podisi Ashmead and Trissolcus spp. collected in a soybean field in Brasília, Brazil in 1996. The analysis of 18 primers used to screen Trissolcus spp. individuals revealed different patterns related to the species analyzed. These results indicate the potential of RAPD markers to differentiate T. teretis Johnson,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Insecta; Microhymenoptera parasitoids; Genetic variability; Molecular markers; RAPD.
Ano: 1998
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0301-80591998000300009

Identification, geographical distribution and host plants of Bemisia tabaci (Genn.) biotypes (Homoptera: Aleyrodidae) in the State of Paraná, Brazil
Provedor de dados: Anais da Sociedade Entomológica do Brasil
Autores: Martinez,Sueli S.; Carvalho,Alfredo O. R. de; Vieira,Luiz G.; Nunes,Liliane M.; Bianchini,Anésio.
This work was carried out in order to identify Bemisia tabaci (Genn.) biotypes present in the state of Paraná and to determine their geographical distribution and host plants. About 50 adults were collected in several host crops, weeds and ornamental plants in North, Northwest, Northeast, West and Central areas of the state, from January to May, 1998 and 1999. The species were identified by means of RAPD-PCR, using the primer Operon H-16. Whitefly populations were detected mainly from February on, in both years, seldom achieving more than one adult per leaf. The insect was found in only 66% of the sampled areas. Bean golden mosaic was almost never observed during the period. Both biotype A and biotype B of B. tabaci were found in the State of Paraná, the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Insecta; Silverleaf whitefly; Sweetpotato whitefly; RAPD; DNA variability.
Ano: 2000
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0301-80592000000300023

Caracterização genética de Brycon orbignyanus utilizando o sistema seminatural
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Lopera-Barrero,N.M.; Vargas,L.; Sirol,R.N.; Ribeiro,R.P.; Povh,J.A.; Mangolin,C.A.
Avaliou-se o efeito do sistema seminatural na diversidade genética de um estoque de Brycon orbignyanus, utilizado em programas de repovoamento, com o marcador molecular RAPD. Vinte e quatro reprodutores, 12 machos e 12 fêmeas e 95 larvas da progênie foram analisados. Os nove primers utilizados produziram 90 fragmentos, dos quais 94,4% foram polimórficos. Houve diferença significativa na frequência de 20 dos 90 fragmentos entre os reprodutores e sua progênie sem a presença de fragmentos exclusivos. O índice de diversidade genética de Shannon, a porcentagem de fragmentos polimórficos e a diversidade genética de Nei foram mais altos nos indivíduos da progênie. A similaridade genética foi maior nos indivíduos do estoque de reprodutores. A análise de variância...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Piracanjuba; Programa de repovoamento; RAPD; Similaridade genética; Variabilidade genética.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352010000100025

Diversidade genética entre três linhagens de codorna selecionadas para produção de ovos
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Prioli,R.A.; Gasparino,E.; Soares,M.A.M.; Marques,D.S.; Blanck,D.V.; Prioli,S.M.A.
A diversidade genética entre três linhagens de codorna (Coturnix japônica) foi avaliada utilizando-se a técnica de random amplified polymorphic DNA (RAPD). As linhagens selecionadas para produção de ovos foram identificadas como amarela, azul e vermelha por meio de anilhas no pé esquerdo. Seis primers de RAPD amplificaram 55 loci, os quais geraram padrão de bandas intensa e reproduzível em gel de agarose. Os resultados indicaram polimorfismos dentro e entre as linhagens. A similaridade de Jaccard média e o índice de diversidade Shannon revelaram alta diversidade dentro das linhagens de codornas. O teste de Mantel por meio do algoritmo unweighted pair-group method using arithmetic average (UPGMA) e a dispersão de coordenadas principais indicaram...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Codorna; Coturnix japonica; Diversidade genética; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352010000300030

Randon amplified polymorphic DNA in the analysis of isolates of Haemonchus (Nematoda-Trichostrongylidae) originated from bovines from different regions
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Guimarães,M.P.; Gomes,M.A.; Caldeira,M.C.
Utilizou-se a técnica de DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD) para a análise de 14 amostras de Haemonchus, um tricostrongilídeo parasito do abomaso de bovinos, originárias de diferentes regiões do estado de Minas Gerais. Os perfis foram obtidos utilizando-se cinco iniciadores diferentes. Não houve correlação entre polimorfismo observado com a origem do animal ou com a espécie de Haemonchus estudada.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Cattle; RAPD; Haemonchus; DNA.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352006000100019

Molecular characterization of Malassezia sympodialis and Malassezia furfur from cattle with and without otitis
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Duarte,E.R.; Hamdan,J.S.
A molecular study of Malassezia strains isolated from cattle with or without otitis was carried out by random amplified polymorphic DNA analysis (RAPD). DNA was extracted and purified from nine strains of Malassezia sympodialis and fourteen of Malassezia furfur. These microorganisms were collected from eight different bovine herds in Minas Gerais state, Brazil. The RAPD analysis and phenograms did not show the formation of genetically distinct groups among the strain isolated from cattle with or without otitis raised in the same herds. Genetic heterogeneity was observed among Malassezia strains from different geographic origins. These data suggest that genetically similar M. sympodialis and M. furfur strains found as members of the normal ear microbiota...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bovine; Otitis; Malassezia spp.; RAPD.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352008000400001

Monitoramento da variabilidade genética de pacu, Piaractus mesopotamicus, do programa de aumento de estoque do rio Paranapanema
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Povh,J.A.; Ribeiro,R.P.; Lopera-Barrero,N.M.; Gomes,P.C.; Blanck,D.V.; Vargas,L.; Jacometo,C.B.; Lopes,T.S.
Avaliou-se a variabilidade genética dos estoques de reprodutores e dos peixes jovens de Piaractus mesopotamicus de três pisciculturas do estado do Paraná, utilizadas no programa de aumento de estoque de peixes no rio Paranapanema. Foi utilizado o marcador RAPD para avaliar as amostras do estoque de reprodutores e dos peixes jovens das pisciculturas de Palotina, Cambará e Andirá. A porcentagem de fragmentos polimórficos e o índice de diversidade genética de Shannon dos estoques de reprodutores variaram de 75,0% a 71,4% e de 0,434 a 0,376, respectivamente. Os peixes jovens das pisciculturas apresentaram valores mais elevados para ambos os parâmetros, com exceção da piscicultura de Palotina, na qual o índice de diversidade genética de Shannon foi semelhante....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Piaractus mesopotamicus; Peixes jovens; Estoque de reprodutores; RAPD; Variabilidade genética.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352009000500023

Diversidade genética de estoques de reprodutores de Colossoma macropomum
Provedor de dados: Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia
Autores: Lopes,T.S.; Streit Jr.,D.P.; Ribeiro,R.P.; Povh,J.A.; Lopera-Barrero,N.M.; Vargas,L.; Pinto Filho,C.; Queiroz,J.R.
Analisou-se a diversidade genética de estoques de reprodutores de Tambaqui (Colossoma macropomum), mediante o uso de marcador RAPD, utilizando-se 10 primers para analisar 30 amostras do estoques de reprodutores das pisciculturas de Boa Esperança e Vale Verde, localizadas no Estado de Rondônia. A porcentagem de fragmentos polimórficos e o índice de diversidade genética de Shannon foram altos nos dois estoques de reprodutores. O estoque de reprodutores de Boa Esperança apresentou um fragmento exclusivo. A diferenciação genética foi baixa e o número de migrantes por geração foi alto entre os estoques de reprodutores. O dendrograma não separou os indivíduos dos estoques de reprodutores em grupos distintos. Há alta variabilidade genética nos estoques de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Tambaqui; Colossoma macropomum; RAPD; Variabilidade genética; Monitoramento genético.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352009000300029

Genetic polymorphism of clinical and environmental strains of Pichia anomala
Provedor de dados: Biological Research
Autores: REYES,EUGENIO; BARAHONA,SALVADOR; FISCHMAN,OLGA; NIKLITSCHEK,MAURICIO; BAEZA,MARCELO; CIFUENTES,VÍCTOR.
In this work 20 clinical and 3 environmental yeast isolates were characterized by classical morphological and physiological methods, as well as molecular methods based on PCR of the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 region. The characteristic morphology and biochemical profiles observed in these samples correspond to those described for the Pichia genera, more specifically to P. anomala. The profiles of susceptibility to five antifungal drugs were determined by two broth dilution methods. The results obtained by both methods were comparable and showed that clinical isolates presented more resistance to azoles, amphotericin B, and 5-fluorocytosine, than environmental ones did. By amplification and sequencing of internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and the...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Pichia anomala; 5.8S rDNA; RAPD; Internal transcribed spacer; Antifungal drugs.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602004000500004

Coexistence of cytotypes and chromosomal mosaicism in Hoplias malabaricus (Characiformes, Erythrinidae)
Provedor de dados: Biological Research
Autores: DA ROSA,RENATA; RUBERT,MARCELÉIA; BERTOLLO,LUIZ A C; MARTINS-SANTOS,ISABEL C; GIULIANO-CAETANO,LUCIA.
Karyotypes of seventeen Hoplias malabaricus specimens, collected in the fish culture station of UNOPAR (University of Northern Paraná), were analyzed. The station is in the Claro River system in the Tibagi River basin. Two distinct and coexistent karyotype forms (cytotypes) were identified, comprising either 42 chromosomes (cytotype A) or 40 chromosomes (cytotype C), both presenting metacentric and submetacentric chromosomes. In two specimens, one male and one female, it was not possible to characterize a modal diploid number because different cell lines were observed, with a predominance of 2n=41 and 2n=42 chromosomes at a frequency of 38.24% and 41.12%, respectively. The karyotype with 2n=41 showed some putative monosomic and trisomic chromosomes, while...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Hoplias malabaricus; Chromosomal mosaicism; Coexistence of cytotypes; RAPD; Reproductive isolation.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602009000300003

Evaluation of different DNA-based fingerprinting methods for typing Photobacterium damselae ssp. piscicida
Provedor de dados: Biological Research
Autores: MANCUSO,MONIQUE; AVENDAÑO-HERRERA,RUBÉN; ZACCONE,R; TORANZO,ALICIA E; MAGARIÑOS,BEATRIZ.
This study evaluates the effectiveness of three different molecular techniques, repetitive extragenic palindromic PCR (REP-PCR), enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR) and the random amplified polymorphic DNA (RAPD-PCR) for rapid typing of Photobacterium damselae ssp. piscicida strains isolated from different species of marine fish and geographic areas. The results obtained by the three methods showed that RAPD and ERIC-PCR were more discriminative for suitable rapid typing of Ph. damselae ssp. piscicida than REP-PCR. The analysis of DNA banding patterns generated by both molecular methods (RAPD and ERIC-PCR) clearly separated the strains into two main groups that strongly correlated with their geographic origin. Moreover,...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Photobacterium damselae ssp; Piscicida; RAPD; ERIC-PCR; REP-PCR.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602007000100009

Genetic polymorphism in eight Chilean strains of the carotenogenic microalga Dunaliella salina Teodoresco (Chlorophyta)
Provedor de dados: Biological Research
Autores: GOMEZ,PATRICIA I; GONZALEZ,MARIELA A.
Eight Chilean strains of Dunaliella salina obtained within a restricted geographic range, but exhibiting a high variability in their morphology, rate of growth and carotenogenic capacity, were analyzed by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD-PCR). Twenty of the 50 random primers (D, P, OPA and OPD series) that were tested amplified reproducible bands and were useful for comparative analysis of the strains. Of 107 polymorphic genetic markers, 49 were strain-specific. A great genetic variability was found among the strains in spite of their geographic proximity. In addition, phenetic analysis of the data showed close agreement between the morpho-physiological attributes and the genetic diversity of the strains
Tipo: Journal article
Palavras-chave: SS-carotene; Dunaliella salina; Genetic polymorphism; RAPD.
Ano: 2001
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602001000100012

Genetic relatedness of Brazilian Colletotrichum truncatum isolates assessed by vegetative compatibility groups and RAPD analysis
Provedor de dados: Biological Research
Autores: SANT’ANNA,JULIANE R; MIYAMOTO,CLÁUDIA T; ROSADA,LÚCIA J; FRANCO,CLAUDINÉIA C S; KANESHIMA,EDILSON N; CASTRO-PRADO,MARIALBA A A.
The genetic variation among nine soybean-originating isolates of Colletotrichum truncatum from different Brazilian states was studied. Nitrate non-utilizing (nit) mutants were obtained with potassium chlorate and used to characterize vegetative compatibility reactions, heterokaryosis and RAPD profile. Based on pairings of nit mutants from the different isolates, five vegetative complementation groups (VCG) were identified, and barriers to the formation of heterokaryons were observed among isolates derived from the same geographic area. No complementation was observed among any of the nit mutants recovered from the isolate A, which was designed heterokaryon-self-incompatible. Based on RAPD analysis, a polymorphism was detected among the wild isolate C and...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Genetic variability; Heterokaryosis; Parasexual recombination; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602010000100007

Variabilidad genética en poblaciones de elionurus muticus (poaceae) de corrientes, argentina, a partir de marcadores moleculares de ADN nuclear y cloroplástico
Provedor de dados: Boletín de la Sociedad Argentina de Botánica
Autores: SARA MORENO,ERCILIA M.; ALMIRÓN,NOELIA E. A.; PEICHOTO,M. CAROLINA; SOLÍS NEFFA,VIVIANA G.
Elionurus muticus constituye un valioso recurso renovable; utilizado como forraje, fijador del suelo, aromatizante de ropa, para ahuyentar polillas, como antiséptica, contra la gonorrea y problemas urinarios, para la bronquitis, para curar la lepra, entre otros usos. Además, por su contenido en citral, se lo ha propuesto como sucedáneo de aceites esenciales, como la citronela. No obstante su potencial, se cuenta con escasos trabajos de caracterización genética de la especie. En este trabajo caracterizamos genéticamente poblaciones de E. muticus de Corrientes (Argentina), empleando marcadores moleculares RAPD y de ADNcp. Los Resultados evidencian variabilidad genética en las poblaciones, y serían el resultado de la deriva genética, la historia de reducción...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: ADNcp; Elionurus muticus; RAPD; Variabilidad genética.
Ano: 2018
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-23722018000200012

CARACTERIZAÇÃO DA VARIABILIDADE GENÉTICA EM COUVE-MANTEIGA UTILIZANDO ISOENZIMAS E RAPD
Provedor de dados: Bragantia
Autores: SAWAZAKI,HAIKO ENOK; NAGAI,IROSHI; SODEK,LADASLAV.
Estudou-se a variabilidade genética em couve (Brassica oleracea L. var. acephala D.C.) tipo manteiga por intermédio do polimorfismo enzimático em gel de poliacrilamida e do polimorfismo de DNA, denominado RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), com base na amplificação de segmentos de DNA ao acaso. Avaliaram-se quinze clones de couve-manteiga do Banco Ativo de Germoplasma do Instituto Agronômico (IAC), utilizando-se extratos de folhas para análise de isoenzimas e marcador RAPD com os "primers" dos kits A e B da Operon Technologies. Entre as isoenzimas estudadas, as mais polimórficas foram as fosfoglucomutase (PGM), peroxidase (PRX) e esterase (EST), tendo o sistema PGM realizado a melhor caracterização. Verificou-se a ocorrência de variabilidade genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Couve; Marcadores genéticos; Isoenzimas; RAPD.
Ano: 1997
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87051997000100002

Identificação de parentais e híbridos entre Vitis vinifera e Vitis rotundifolia utilizando polimorfismo enzimático e marcador RAPD
Provedor de dados: Bragantia
Autores: Sawazaki,Haiko Enok; Pommer,Celso Valdevino; Passos,Ilene Ribeiro Da Silva; Terra,Maurilo Monteiro; Pires,Erasmo José Paioli.
Identificaram-se parentais e híbridos entre Vitis vinifera (videiras comuns) e V. rotundifolia (muscadínias), utilizando-se o polimorfismo enzimático e marcador RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Os sistemas GOT (glutamato-oxalo-acetato-transaminase), IDH (isocitrato desidrogenase) e PGI (fosfoglucose isomerase) diferenciaram a muscadínia, sendo observadas cinco aloenzimas para o GOT, duas para o LAP (leucina aminopeptidase) e quatro para o EST (esterase). Os sistemas PGI e IDH apresentaram-se como diméricos com o fenótipo de quatro aloenzimas em duas regiões e três em uma região respectivamente. O marcador RAPD apresentou polimorfismo que permitiu a diferenciação entre todos os cultivares. Os dendrogramas UPGMA (unweighted pair-group method with...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Videira; Melhoramento; Polimorfismo enzimático; RAPD; Resistência; Hibridação.
Ano: 1996
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87051996000200003

Similaridade genética de variedades crioulas de arroz, em função da morfologia, marcadores RAPD e acúmulo de proteína nos grãos
Provedor de dados: Bragantia
Autores: Areias,Rogeria Gregio de Biase Martins; Paiva,Diogo Mendes de; Souza,Sonia Regina; Fernandes,Manlio Silvestre.
Em experimentos em casa de vegetação e câmara de crescimento, estudou-se o possível aparecimento de réplicas em 20 variedades crioulas de arroz do Maranhão, mantidas no Banco Ativo de Germoplasma (BAG), do Centro Nacional de Pesquisa em Arroz e Feijão (CNPAF). As vinte variedades, divididas em seis grupos, com nomes similares e números de acessos diferentes no BAG foram avaliadas quanto à similaridade morfológica e molecular. As características morfológicas foram avaliadas e utilizadas para a construção de um dendrograma de similaridade. Após a colheita determinou-se o teor de proteína bruta dos grãos. No experimento em câmara de crescimento além das vinte variedades, utilizou-se a cultivar melhorada (IAC47). O DNA da parte aérea dessas plantas foi...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Similaridade genética; Características morfológicos; RAPD; Proteína bruta dos grãos.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052006000100004

Correlação entre heterose e divergência genética estimadas por cruzamentos dialélicos e marcadores moleculares rapd em populações de milho-pipoca
Provedor de dados: Bragantia
Autores: Rinaldi,Danilo Antonio; Pípolo,Valéria Carpentieri; Gerage,Antonio Carlos; Ruas,Claudete de Fátima; Fonseca Júnior,Nelson da Silva; Souza,Agnelo de; Souza,Silvia Graciele Hülse de; Garbuglio,Deoclécio Domingos.
Com o objetivo de correlacionar a heterose, estimada através de cruzamentos dialélicos, com a divergência genética obtida pelo uso de marcadores moleculares RAPD, oito populações de milho-pipoca (1-PASHA, 2-PAPA, 3-PAAPC, 4-PO, 5-ZL, 6-CMS 042, 7-RS 20 e 8-CMS 43) foram intercruzadas em esquema dialélico completo, sem recíprocos, no ano agrícola de 2002/2003, gerando 28 híbridos. A avaliação dos híbridos foi realizada no ano agrícola de 2003/2004, em Londrina e Ponta Grossa, PR, em um ensaio com trinta e oito tratamentos, constituídos de vinte e oito combinações híbridas, oito parentais e duas testemunhas (IAC 112 e IAC TC01). O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados com três repetições. Foram avaliados seis caracteres: massa de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Zea mays; Capacidade de expansão; Dialelo; Gardner e Eberhart; RAPD.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052007000200002

Genetic variability in clones of 'Prata Anã' bananas based on phenotypic and molecular markers
Provedor de dados: Bragantia
Autores: Rodrigues,Francisco Ermelindo; Librelon,Samira Santiago; Nietsche,Silvia; Costa,Márcia Regina; Pereira,Marlon Cristian Toledo.
The objective of this study was to examine the molecular and phenotypic variability of 'Prata Anã' banana clones cultivated in northern Minas Gerais State. For the phenotypic and molecular characterization, the clones were collected from five properties. The morphological characterization of 20 clones was accomplished through a qualitative evaluation of 74 descriptors. For the molecular evaluations, 45 clones were collected, and 14 Random Amplified Polymorphic DNA primers were used. Among the 74 morphological descriptors evaluated in the 20 'Prata Anã' banana tree clones, 53 descriptors presented in the same homogeneous class for all clones. The presence of anthocyanin in the pseudostem (ANT) and the shape (BUS) and flexion (FLX) of the bunch clearly...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Musa spp.; Morphological variation; Diversity; Clonal population; RAPD.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052012000200005

Genetic variability in four fish species (Pimelodus maculatus, Prochilodus lineatus, Salminus brasiliensis and Steindachneridion scripta) from Uruguay River basin
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Ramella,Micheline Sandra; Kroth,Mariela Aparecida; Meurer,Samira; Nuñer,Alex Pires de Oliveira; Zaniboni Filho,Evoy; Arisi,Ana Carolina Maisonnave.
The genetic variability of four fish species (Pimelodus maculatus, Prochilodus lineatus, Salminus brasiliensis and Steindachneridion scripta) collected in the upper Uruguay River basin was analyzed using the RAPD technique. A total of 118 amplified fragments was obtained, 11 for P. maculatus, 29 for P. lineatus, 45 for S. brasiliensis and 33 for S. scripta. Amplified fragments with monomorphic profile were not found in the studied species, except for S. brasiliensis, which presented seven monomorphic bands for Saltinho population. All species showed high levels of genetic variability among individuals.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Pimelodus maculatus; Prochilodus lineatus; Salminus brasiliensis; Steindachneridion scripta.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132006000500008

Genetic Diversity among Flue-cured Tobacco Cultivars Based on RAPD and AFLP Markers
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Zhang,Han Yao; Liu,Xiao Zhen; He,Chuan Sheng; Yang,Yu Ming.
The aim of this work was to study the genetic diversity among flue-cured tobacco cultivars. RAPD and AFLP analyses were used to assess the genetic similarity among selected accessions of flue-cured tobacco. Seventy eight RAPD and 154 AFLP polymorphic bands were obtained and used to assess the genetic diversity among 28 tobacco accessions. The cultivar relationships were estimated through the cluster analysis (UPGMA) based on RAPD data and AFLP data. The accessions were grouped into three major clusters and these shared common ancestry clustered together.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Flue-cured tobacco; RAPD; AFLP; Genetic diversity; DNA polymorphism.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132008000600003

Fusarium verticillioides strains isolated from corn feed: characterization by fumonisin production and RAPD fingerprinting
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Ono,Elisabete Yurie Sataque; Fungaro,Maria Helena Pelegrinelli; Sofia,Silvia Helena; Miguel,Tatiana de Ávila; Sugiura,Yoshitsugu; Hirooka,Elisa Yoko.
In this study a total of 16 Fusarium verticillioides strains isolated from corn feed samples were characterized by fumonisin (FB) production and random amplified polymorphic DNA (RAPD). All the strains produced FB1 and FB2 with levels ranging from 2.41 to 3996.36 µg/g, and from 1.18 to 1209.91 µg/g, respectively. From the 16 F. verticillioides strains, four were identified as low (3.59 to 1289.84 µg/g), eight as intermediate (&gt;1289.84 to 3772.44 µg/g) and four strains as high (&gt;3772.44 µg/g) fumonisin producers. From the total of 105 loci amplified, 60 (57.14%) were polymorphic. RAPD analysis showed very similar patterns among low, moderate and high fumonisin-producing strains. Although RAPD markers were capable of discriminating the different F....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Fumonisin; Fusarium verticillioides; Genetic variability; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132010000400026

Comparative analysis of genetic diversity among the maize inbred lines (Zea mays L.) obtained by RAPD and SSR markers
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Souza,Silvia Graciele Hülse de; Carpentieri-Pípolo,Valéria; Ruas,Claudete de Fátima; Carvalho,Valdemar de Paula; Ruas,Paulo Maurício; Gerage,Antônio Carlos.
The RAPD and SSR markers were used to compare the genetic diversity among the 16 maize inbred lines. Twenty-two primers were used in the RAPD reactions, resulting in the amplification of 265 fragments, while 16 pairs of SSR primers resulted in 75 fragments. The similarity based on Dice coefficient for the RAPD ranged from 53 to 84% and for the SSR from 11 to 82%. The dendrogram obtained by the RAPD showed five groups, while dendrogram obtained by the SSR showed three groups and one isolated line. The association constructed from the markers and the principal coordinate’s analysis separated lines into two groups according to endosperm color, either orange or yellow. The RAPD were effective to validate pedigree data, while the SSR were effective to recognize...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Corn; Distance genetic; Microsatellites; Molecular markers; Polymorphism; RAPD.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132008000100022

Genetic variability of brycon orbignyanus (valenciennes, 1850) (characiformes: characidae) in cultivated and natural populations of the upper paraná river, and implications for the conservation of the species
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Panarari-Antunes,Renata de Souza; Prioli,Alberto José; Prioli,Sônia Maria Alves Pinto; Galdino,Alexsandro Sobreira; Julio Junior,Horácio Ferreira; Prioli,Laudenir Maria.
This study aimed to evaluate the genetic variability of B. orbignyanus in cultivated and natural populations of the Upper Paraná River, using molecular RAPD markers and mtDNA control region. Specimens were collected in the Paraná River and in the Piracema fish farm in Maringá, State of Paraná, Brazil. RAPD primers produced 82 loci with consistent expression. The population from the Paraná River showed 28 polymorphic loci, whereas the population from the fish farm presented only 12. Data revealed genetic differentiation between the two populations, although not very pronounced. These results were corroborated by the principal coordinate analysis and by neighbor-joining clustering. The alignment of the D-loop sequences of B. orbignyanus indicated the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Freshwater fish; Endangered; RAPD; MtDNA; Polymorphism.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132011000400025

Genetic analysis of species in the Genus Catasetum (ORCHIDACEAE) using RAPD Markers
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Oliveira,Luciana do Valle Rego; Faria,Ricardo Tadeu de; Ruas,Claudete de Fátima; Ruas,Paulo Maurício; Santos,Melissa de Oliveira; Carvalho,Valdemar P.
In this work, RAPD molecular markers were used to access the genetic variability and to study the inter and intraespecifc relationship in a group of 37 species, including 56 individuals. A total of 15 RAPD primers were selected for DNA amplification. From a total of 221 bands analyzed, 209 (95%) were polymorphics. The level of interespecifc genetic similarity ranged from 37% between Catasetum complanatum and Catasetum laminatum to 83% between Catasetum triodon and Catasetum uncatum. The intraspecifc genetic similarity varied 88% for the individuals of Catasetum triodon to 93% between the individuals of Catasetum atratum and Catasetum macrocarpum. These results would contribute to understand the genetic relationship in Catasetum, to define the strategies to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Catasetum; Molecular marker; Orchid; RAPD; Genetic similarity.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132010000200017

Use of RAPD molecular markers on differentiation of brazilian and chinese Ganoderma lucidum strains
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Rolim,Leonardo do Nascimento; Cavalcante,Maria Auxiliadora de Queiroz; Urben,Arailde Fontes; Buso,Glaucia Salles Cortopassi.
The aim of this work was to analyze the Brazilian and Chinese strains of Ganoderma lucidum with molecular RAPD markers. A similarity matrix was elaborated and the RAPD profiles of G. lucidum strains were also compared to two other Ganoderma spp: G. applanatum and G. lipsiense in order to produce genetic similarity among the species. Based on the primers used, it was possible to determine that the Brazilian strains and Chinese strain CC-22 are alike. The method and the primers selection showed to be appropriate for the genetic identification of G. lucidum strains, enabling them to be improved and used in research, as well as in the world market.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Ganoderma lucidum; Genetic diversity; RAPD.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132011000200008

Random amplified polymorphisms between two South American subspecies of rattlesnakes (Crotalus durissus collilineatus and Crotalus durissus terrificus)
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Echeverrigaray,Sergio; Grazziotin,Gilberto; Grazziotin,Felipe; Agostini,Gustavo.
The present work was made to determine the suitability of RAPD analysis for the identification of specimens of two subspecies of South American rattlesnakes (Crotalus durissus terrificus and Crotalus durissus collilineatus). The 11 arbitrary primer sequence tested amplified a total of 161 bands, of which 31% were polymorphics when compared with Crotalus specimens. The combining results from different primers allowed the identification of all the specimens under analysis. Several characteristic bands of each subspecies were identified. Dendrogram, based on RAPD markers, show three groups that corresponded to the subspecies of Crotalus, and to Bothrops jararaca specimen.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Rattlesnake; RAPD; Genetic variability; Molecular markers.
Ano: 2001
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132001000300014

Randomly Amplified Polymorphic DNA of Trichoderma isolates and antagonism against Rhizoctonia solani
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Góes,Larissa Brandão; Costa,Ana Bolena Lima da; Freire,Laurineide Lopes de Carvalho; Oliveira,Neiva Tinti de.
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) procedure was used to examine the genetic variability among fourteen isolates of Trichoderma and their ability to antagonize Rhizoctonia solani using a dual-culture assay for correlation among RAPD products and their hardness to R. solani. Seven oligodeoxynucleotide primers were selected for the RAPD assays which resulted in 197 bands for 14 isolates of Trichoderma. The data were entered into a binary matrix and a similarity matrix was constructed using DICE similarity (SD) index. A UPGMA cluster based on SD values was generated using NTSYS (Numerical Taxonomy System, Applied Biostatistics) computer program. A mean coefficient of similarity obtained for pairwise comparisons among the most antagonics isolates was...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: RAPD; Trichoderma; Rhizoctonia solani.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132002000200005

Efficiency of RAPD and ISSR markers in assessing genetic variation in Arthrocnemum macrostachyum (Chenopodiaceae)
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Saleh,Basel.
The goal of this study was to investigate the molecular characterization of A. macrostachyum genotypes grown in the Western coast of Syria using RAPD and ISSR techniques. PCR amplifications with 20 RAPD primers gave an average of 9.25 selected markers/ primer, with a maximum of 17 (OPG05) and a minimum of four (OPA02). Percentage of polymorphic bands ranged from 40 to 100% according to RAPD primers tested. Among the 185 selected bands, 160 (84.96%) were polymorphic. The amplification with seven ISSR primers generated 88 bands, and 80 (90.91%) were polymorphic. (CA)8RG and (AG)8GTG ISSR primers tested in this study yielded highly informative patterns. RAPD and ISSR fragment sizes ranged from 0.2-3 kb. Based on this study, the use of RAPD and ISSR...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: A. macrostachyum; Genetic diversity; Genotype; ISSR; Polymorphism; RAPD.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132011000500002

Genetic variability of pre and post-fragmentation cohorts of Aspidosperma polyneuron Muell. Arg. (Apocynaceae)
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Torezan,José Marcelo Domingues; Souza,Rogério Fernandes de; Ruas,Paulo Maurício; Ruas,Claudete de Fátima; Camargo,Elvis Hassmann; Vanzela,André Luís Laforga.
RAPD was used to access the genetic variability in Aspisdosperma polyneuron, a long-lived, late-reproducing tropical tree, and highly important for the Atlantic Forest. RAPD profiles from adults (pre-fragmentation, &gt;300 years old) and seedlings (post-fragmentation, &lt;&lt;50 years old) were analyzed. Results showed a decrease of genetic polymorphism of post-fragmentation cohorts in small fragments and higher genetic diversity within population. The genetic diversity distribution suggested the establishment of fragments as protected reserves, and the transference of seedlings among fragments for conservation of A. polyneuron.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Aspidosperma; DNA markers; Forest fragmentation; Genetic variability; Peroba-rosa; RAPD.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132005000200002

Temporal genotypic diversity of Schizaphis graminum (Rondani 1852) (Hemiptera: Aphididae) in a black oats (Avena strigosa) field
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Lopes-da-Silva,Marcelo; Vieira,Luiz Gonzaga Esteves.
The aim of this work was to analyze the clonal diversity variation in Schizaphis graminum during a complete phenological cycle of black oats (Avena strigosa). RAPD markers were used for detection of DNA polymorphisms of each clonal lineage, derived from a single clone collected weekly during a period of four months, in a crop field of black oats, Londrina, Paraná, Brazil. The monthly genotypic diversity was estimated by Shannon Information Index (H). Only four genotypes were distinguished from 122 specimens, with one of them overly predominant in all sampling dates (&gt;60%). Another genotype, apparently a later colonizer, rapidly reached greater frequency than other genotypes on the second and third month. The results of this work suggested that temporal...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genetic diversity; RAPD; Temporal scale.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132010000400021

Evaluation of Genetic Diversity amongthe Pakistani Wheat (Triticumaestivum L.) Lines through Random Molecular Markers
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Zeshan,Ali; Afzal,Muhammad; Alghamdi,Salem S.; Kettener,Karien; Ali,Mubashar; Mubushar,Muhammad; Ahmad,Shakeel.
ABSTRACT The presence of geneticdiversity is of great importance in improving wheat traits and developing strategies for optimal conservation of germplasm. Genetic diversity was assessed among common wheat cultivars using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers at the Center of Agriculture, Biochemistry and Biotechnology (CABB), University of Agriculture, Faisalabad. RAPD primers were used among 14 Pakistani wheat cultivars, to screen the progenies and for the identification of the genes of interest. The polymorphic information content (PIC), was measured as the percentage of polymorphic fragments for all primers. A total of 583 bands(84% polymorphic) in all 14 wheat cultivars was amplified and discriminated all the wheat genotypes. The number of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Wheat; RAPD; Genetic diversity; PCoA; Cluster analysis.
Ano: 2016
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100432

Characterization of Nomuraea rileyi strains using polymorphic DNA, virulence and enzyme activity
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Vargas,Lúcia Rosane Bertholdo; Rossato,Marcelo; Ribeiro,Rute Terezinha da Silva; Barros,Neiva Monteiro de.
The characterization of entomopathogenic microorganisms is important for the selection of more effective strains for use in integrated pest-control programs. Five Nomuraea rileyi strains (SA86101, GU87401, SR86151, CG128 and VA9101) were characterized using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis, virulence studies and assessment of chitinolytic and proteolytic activity. RAPD analysis divided the strains into two groups with a similarity coefficient of 0,76%, group 1 consisting of strains SA86101, GU87401 and SR86151 and group 2 of strains CG128 and VA9101. The LT50 varied from 165h with strain VA9101 to 246h with strain GU87401. Chitinolytic and proteolytic activity of the fungi after 144h growth in minimal medium were tested using colloidal...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Nomuraea rileyi; Anticarsia gemmatalis; Chitinase; Protease; RAPD; Virulence.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132003000100003

Genetic, morphological and spatial characterization of two populations of Mabea fistulifera Mart. (Euphorbiaceae), in different successional stages
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Goulart,Maíra Figueiredo; Ribeiro,Sérvio Pontes; Lovato,Maria Bernadete.
Two populations of Mabea fistulifera (Euphorbiaceae) located at Rio Doce State Park (Minas Gerais, Brazil) in places characterized as in different successional stages, were investigated through genetic and ecological traits. Twenty randomly chosen individuals from each population had its genetic data assessed by 43 RAPD markers and were also evaluated through five morphologic traits and its spatial distribution. Both Shannon's index and AMOVA reveled that most of the genetic variation was found between individuals within populations and about 9% of variation was located between populations. Moreover, populations differed genetically, but presented similar values of genetic diversity. Morphologic data showed differences between populations. Significant...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Mabea fistulifera; Genetic diversity; RAPD; Tree architecture; Spatial distribution; Successional gradient.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132005000200015

Genetic diversity among forty coffee varieties assessed by RAPD markers associated with restriction digestion
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Diniz,Leandro Eugênio Cardamoni; Ruas,Claudete de Fátima; Carvalho,Valdemar de Paula; Torres,Fabrício Medeiros; Ruas,Eduardo Augusto; Santos,Melissa de Oliveira; Sera,Tumoru; Ruas,Paulo Maurício.
The genetic variability of 40 accessions of_C. arabica was evaluated using a combination of the random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique and restriction digestion of genomic DNA. The genetic variability and the relatedness among all accessions were initially evaluated using 195 RAPD primers which revealed a very low level of genetic variation. To improve the efficiency in the detection of polymorphism, the genomic DNA of all accessions were submitted to digestion with restriction endonucleases prior to PCR amplification. A total of 24 primers combined with restriction digestion of DNA rendered 318 bands, of which 266 (83.65%) were polymorphic. The associations among genotypes were estimated using UPGMA-clustering analysis. The accessions were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Coffea arabica; Genetic variability; RAPD; Restriction endonucleases.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132005000500002

Genetic relationships among species of the genus Bothrops based on RAPD markers
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Grazziotin,Felipe; Echeverrigaray,Sergio.
The genetic relationships among 11 species of Bothrops found in Brazil were determined using random amplified fragment (RAPD) information. A total of 239 amplified bands were scored using 20 aleatory primers. Most of the bands (88.7%) were polymorphic. Phylogenetic analysis of the data determined three similarity groups within Bothrops: Group I- B. alternatus, B. neuwiedi, B. cotiara, and B. jararacusu; Group II- B. insularis, B. jararaca, and B. erythromelas; and Group III- B. moojeni, B. leucurus, and B. atrox. These groups coincided with those obtained by other methods, indicating that RAPD's could be a useful tool for the evaluation of genetic relationships at the interspecific level.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bothrops; RAPD; Molecular markers; Genetic relationship.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132005000300005

High molecular diversity of the fungus Guignardia citricarpa and Guignardia mangiferae and new primers for the diagnosis of the citrus black spot
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Stringari,Danyelle; Glienke,Chirlei; Christo,Daniel de; Maccheroni Jr.,Walter; Azevedo,João Lucio de.
RAPD markers were used to investigate the distribution of genetic variability among a group of Guignardia citricarpa, G. mangiferae, and Phyllosticta spinarum isolates obtained from several hosts in Brazil, Argentina, Mexico, Costa Rica, Thailand, Japan, United States and South Africa. Pathogenic isolates G. citricarpa Kiely (anamorph form P. citricarpa McAlp Van Der Aa) are the etiological agent of the Citrus Black Spot (CBS), a disease that affects several citric plants and causes substantial injuries to the appearance of their fruits, thus preventing their export. Several previous studies have demonstrated the existence of an endophytic species with high morphological similarity to the causal agent of CBS that could remain latent in the same hosts....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Guignardia; SCARS; Citrus Black Spot; Citrus; Diagnosis; RAPD.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132009000500002

Direct RAPD evaluation of bacteria without conventional DNA extraction
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Araújo,Welington Luiz; Angellis,Derlene Attili de; Azevedo,João Lúcio.
The present work reports successful DNA amplification of Pantoea agglomerans and Bacillus pumilus through Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). For this, template DNA was obtained without conventional DNA extraction. The procedure was as follows: cultures grown for 20 hours in 5 mL LB medium were centrifuged and the resulting preparation was suspended in TE buffer. After boiling, the cell suspension was diluted and 2.0 µl were used in reactions of 15 µl. The results showed no significant differences among the RAPD profile of the PCR reactions derived from the boiling and phenol extraction methods, suggesting the utilization of this method for genetic population analysis.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bacteria; Boiling method; DNA extraction; RAPD.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132004000300006

Assessment of Genetic Fidelity of in vitro Raised Plants in Swertia chirayita through ISSR, RAPD analysis and Peroxidase Profiling during Organogenesis
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Sharma,Vikas; Belwal,Nidhi; Kamal,Barkha; Dobriyal,Anoop Kumar; Jadon,Vikash Singh.
ABSTRACT An efficient in vitro regeneration protocol for medicinally important herb Swertia chirayita was developed and the genetic fidelity was assessed using RAPD and ISSR markers. The best shoot regeneration was observed on MS basal supplemented with 1.0 mg/L Benzyl amino purine (BAP) in combination with Indole-3-acetic acid (IAA) (0.5 mg/L) that resulted in the increase by multiplication rate (7.65) with an average of 33.33 numbers of shoots and average shoot length of 2.70 cm. It was further enhanced by the addition of adenine sulfate (0.007%) that resulted in an average of 42 shoots per clum with 4.13 cm of average shoot length and the increase in multiplication fold to 9.75 that further resulted in the reduced use of other cytokinins and auxins. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Swertia chirayita; Micropropagation; Adenine sulfate; Ascorbate peroxidase; RAPD; ISSR.
Ano: 2016
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100434

Genetic variability of three natural populations of Maytenus aquifolium (Celesteraceae) from Telêmaco Borba, Paraná, Brazil
Provedor de dados: Brazilian Archives of Biology and Technology
Autores: Sahyun,Sandra Aparecida; Ruas,Eduardo Augusto; Ruas,Claudete de Fátima; Medri,Cristiano; Souza,José Roberto Pinto de; Johansson,Loana Aparecida Pereira da Silva; Miranda,Luíz Vicente; Ruas,Paulo Maurício.
Three populations of Maytenus aquifolium from Monte Alegre farm, Telemaco Borba county, Paraná, Brazil were analyzed by RAPD markers. A total of 13 primers were applied wich yielded 283 well amplified markers in all the studied populations (Mortandade, Vila Preta and Trinita), producing different values of gene diversity and polymorphic loci. The analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that 21.77% of the genetic variation was among the population. Pairwise F ST analysis showed that the most divergent populations were closer geographically, demonstrating that other factors such as different soil types could explain this variation. Bayesian analysis for K number of clusters and the Principal Coordinate indicated that these three populations were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Conservation; Genetic diversity; Maytenus aquifolium; RAPD; Populations.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132010000500005

Análise cromossômica e molecular do javali europeu Sus scrofa scrofa e do suíno doméstico Sus scrofa domesticus
Provedor de dados: Brazilian Jounarl of Veterinary
Autores: Gimenez,Danilo Lucano; Mota,Lígia Souza Lima Silveira da; Curi,Rogério Abdallah; Rosa,Guilherme Jordão de Magalhães; Gimenes,Marcos Aparecido; Lopes,Catalina Romero; Lucca,Edmundo José de.
A presente investigação teve como objetivos: analisar animais presentes em diferentes criações de javalis no estado de São Paulo, com o intuito de auxiliar a identificação de javalis "puros" assim como javalis híbridos provenientes do cruzamento com o suíno doméstico, para tanto foram utilizadas avaliação do fenótipo dos animais, análises citogenéticas e da técnica molecular de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).O estudo do número de cromossomos nas células diplóides em 104 animais destinados a análise citogenética e fenotípica, revelou polimorfismo de 2n=36, 37 e 38 cromossomos. Por meio da técnica de bandamento GTG foi possível identificação da translocação Robertsoniana entre os cromossomos 15 e 17 como responsável por esse polimorfismo. Todavia,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Javali; Híbrido; Citogenética; RAPD; Fenótipos.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-95962003000200009

Molecular investigation of a fungemia outbreak due to Candida parapsilosis in an intensive care unit
Provedor de dados: Brazilian Journal of Infectious Diseases
Autores: Dizbay,Murat; Kalkanci,Ayse; Sezer,Busra Ergut; Aktas,Firdevs; Aydogan,Sibel; Fidan,Isil; Kustimur,Semra; Sugita,Takashi.
We investigated a nosocomial cluster of four Candida parapsilosis fungemia episodes that occurred in a neurological intensive care unit over a two-week period. The four infected patients had received parenteral nutrition through central lines, and all four had catheter-related candidemia. All of the isolates were susceptible to all of the antifungals tested, including amphotericin B, fluconazole, voriconazole, and caspofungin. They had strictly related fingerprints, based on randomly amplified polymorphic DNA analysis. Additional DNA sequencing data revealed that they were same strain. Although no isolate of Candida parapsilosis was recovered from other clinical, surveillance, or environmental samples, nosocomial spread of this yeast ceased, following the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Candidemia; Candida parapsilosis; Nosocomial outbreak; Intensive care unit; RAPD; DNA sequencing.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-86702008000500010

MRSA outbreak at a transplantation unit
Provedor de dados: Brazilian Journal of Infectious Diseases
Autores: Romanelli,RMC; Clemente,WT; Lima,SSS; Rezende,EM; Martinho,GH; Paiva,LFR; Neves,FAC; Madeira,JGC; Amâncio,GCS; Lima,AS; Faria,LC; Coutinho,RL.
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) infections frequently complicate the post-operative course of transplant recipients, and despite nasal carriage and endemic colonization, MRSA outbreaks are not commonly described. This study reports a case of MRSA outbreak and discusses infection control measures and recommendations for this situation.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: MRSA; Outbreak; Surgical site infection; Liver transplantation; RAPD.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-86702010000100011

DNA polymorphism and total protein in mutants of Metarhizium anisopliae var. Anisopliae (Metsch.) Sorokin strain E9
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Freire,Laurineide Lopes de Carvalho; Costa,Ana Bolena Lima da; Góes,Larissa Brandão; Oliveira,Neiva Tinti de.
Five mutants (MaE10, MaE27, MaE24, MaE41 e MaE49) of Metarhizium anisopliae wild strain E9 were analysed for DNA profile through the RAPD technique and for changes in total protein content by spectrophotometry, polyacrylamide gel electrophoresis and densitometry. The pattern of RAPD markers showed genetic polymorphism among the strains: out of twenty primers seven were selected, producing 113 bands. Forty seven bands were present in all strains (41.6% of monomorphic bands) and 66 showed polymorphism (58.4%). The mean coefficient of similarity among all strains was 0.75 (75%). The total protein content varied, staining in the interval of 6.0-8.0 µg/µl. The electrophoresis analysis, through zymogram and protein fraction profiles by densitometry, allowed the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Metarhizium anisopliae; Mutants; RAPD; Total protein.
Ano: 2001
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822001000200004

Molecular methods for diversity assessment among xanthomonads of Bulgarian and Macedonian pepper
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Vancheva,Taca; Stoyanova,Mariya; Tasheva-Terzieva,Elena; Bogatzevska,Nevena; Moncheva,Penka.
ABSTRACT Bacterial spot is an important disease of pepper in Bulgaria and Macedonia. For characterization of Xanthomonas species associated with bacterial spot, 161 strains were collected from various field pepper-growing regions. Among them, 131 strains were identified as Xanthomonas euvesicatoria and 30 as Xanthomonas vesicatoria using species-specific primers and polymerase chain reaction followed by restriction fragment length polymorphism analysis. To assess the genetic diversity of the strains, two methods (Random Amplified Polymorphic DNA and Repetitive Element Palindromic-Polymerase Chain Reaction) were applied. Discriminatory index was calculated and analysis of molecular variance was carried out.Combined random amplified polymorphic DNA analysis...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bacterial spot; RFLP; RAPD; REP-PCR; Heterogeneity.
Ano: 2018
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822018000500246

Comparison of primers for RAPD-PCR from environmental isolates of Cryptococcus neoformans, Cryptococcus albidus and Cryptococcus laurentii complex
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Pedroso,Reginaldo dos Santos; Ferreira,Joseane Cristina; Costa,Karen Regina Carim da; Candido,Regina Celia.
Various organisms have been characterized by molecular methods, including fungi of the genus Cryptococcus. The purposes of this study were: to determine the discriminatory potential of the RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) primers, the pattern of similarity of the Cryptococcus species, and discuss their useful application in epidemiological studies. We analyzed 10 isolates of each specie/group: C. albidus, C. laurentii complex, C. neoformans var. grubii, all from environmental source, and two ATCC strains, C. neoformans var. grubii ATCC 90112, and C. neoformans var. neoformans ATCC 28957 by RAPD-PCR using the primers CAV1, CAV2, ZAP19, ZAP20, OPB11 and SEQ6. The primers showed a good discriminatory power, revealing important differences between them...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Cryptococcus albidus; Cryptococcus laurentii; RAPD; Molecular Markers.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822012000300015

Genetic relatedness among clinical strains of Stenotrophomonas maltophilia in tertiary care hospital settings in São Paulo State, Brazil
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Almeida,Margarete Teresa Gottardo; Rubio,Fernando Gôngora; Garcia,Doroti Oliveira; Pavarino-Bertelli,Érika Cristina; Rossit,Andrea Regina Baptista; Bando,Silvia Yano; Silbert,Suzane; Goloni-Bertollo,Eny Maria; Soares,Márcia Maria Costa Nunes; Martinez,Marina Baquerizo.
Stenotrophomonas maltophilia is a Gram-negative bacillus, which is becoming widely recognized as an important nosocomial pathogen. The main objective of this study was to evaluate the genetic relatedness, by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of 86 clinical isolates of S. maltophilia (colonization 22, infection 64) obtained from 79 hospitalized patients, from different geographic regions of São Paulo State. The genotypic analysis performed by RAPD and PFGE was used in 24 isolates for genetic identity confirmation. The results were congruent between the two methods but it was not possible to link genetic profiles with the studied variables, clinical state and geographic area, probably due to the great...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Stenotrophomonas maltophilia; RAPD; PFGE.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822007000200017

Multiresistance and endemic status of acinetobacter baumannii associated with nosocomial infections in a tunisian hospital: a critical situation in the intensive care units
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Ben Othman,A.; Zribi,M.; Masmoudi,A.; Abdellatif,S.; Ben Lakhal,S.; Fendri,C.
Acinetobacter baumannii is often implicated in hospital outbreaks in Tunisia. It's a significant opportunistic pathogen associated with serious underlying diseases such as pneumoniae, meningitis and urinary tract infections. The aim of our study was to evaluate its degree of endemicity and its antibiotic resistance evolution essentially in the unit care where its isolation was predominant (57%). This study used 3 methods: antibiotyping, RAPD using 2 primers VIL 1, VIL5 and PFGE with ApaI restriction enzyme. The presence of integron1 and 2 was also studied. Antibiotyping showed that 92% of patients were resistant of all ß- lactams (except Imipenem) and that the resistance to Imipenem occurred in 47% of cases. RAPD profiles obtained with the 2 arbitrarily...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: A. baumannii; Epidemiology; Antibiotic resistance; RAPD; PFGE.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822011000200001

ANALYSES OF GENETIC VARIABILITY IN LENTINULA EDODES THROUGH MYCELIA RESPONSES TO DIFFERENT ABIOTIC CONDITIONS AND RAPD MOLECULAR MARKERS
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Maki,Cristina Sayuri; Teixeira,Flavia França; Paiva,Edilson; Paccola-Meirelles,Luzia Doretto.
The growth of thirty-four Lentinula edodes strains submitted to different mycelial cultivation conditions (pH and temperature) was evaluated and strain variability was assessed by RAPD molecular markers. The growth at three pH values (5, 6 and 7) and four different temperatures (16, 25, 28 and 37ºC) was measured using the in vitro mycelial development rate and water retention as parameters. Mycelial cultivation was successful at all pH tested, while the ideal temperature for mycelial cultivation ranged between 25 and 28ºC. The water content was lower in strains grown at 37ºC. Among 20 OPA primers (Operon Technologies, Inc.) used for the RAPD analyses, seventeen presented good polymorphism (OPA01 to OPA05, OPA07 to OPA14, OPA17 to OPA20). The clustering...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Edible mushroom; RAPD; Mycelial growth.
Ano: 2001
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822001000300002

Use of RAPD, enzyme activity staining, and colony size to differentiate phytopathogenic Fuzarium Oxysporum isolates from Iran
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Motallebi,Mostafa; Zamani,Mohammad Reza; Jazayeri,Omid; Harighi,Mohammad Javad.
Fusarium oxysporum is a common soilborn plant pathogen with a worldwide distribution. Fusarium yellows disease of chickpea (Cicer arientinum) caused by F.oxysporum is one of the most destructive soilborn disease which is a major production constraint in chickpea-growing regions of Iran. Three laboratory methods "amplification of genomic DNA using random primers, enzyme activity staining, and colony size determination" have been used to discriminate between highly virulent (HV) and weakly virulent (WV) isolates of F. oxysporum. On the basis of colony size (a traditional morphological method) and the ability of isolates to produce pectic enzymes, five HV isolates were differentiated from three WV isolates. The HV isolates formed large colony (ranging from...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Fusarium oxysporum; RAPD; Colony size; Enzyme activity staining.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822002000400004

Genetic variability of Streptococcus mutans isolated from low-income families, as shown by RAPD markers
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Moreira,Mônica; Vicente,Vânia Aparecida; Glienke,Chirlei.
The detection of Streptococcus mutans isolates with high genetic variability in different individuals indicates the occurrence of transmissibility. In this context, nine low-income families (40 individuals in total) with similar social conditions were assessed to identify the bioserotypes of S. mutans using both biochemical and RAPD markers and to establish the degree of similarity among the intra-familial isolates. The polymorphism analysis used the coefficient of Jaccard in both a Principal Coordinates Analysis (PCO) and in a UPGMA clustering method. A total of 157 isolates were obtained from salivary samples, using the morphology of colonies recovered using MSB agar as indicators. From those, 64 were characterized biochemically as S. mutans and 10 as S....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Streptococcus mutans; Genetic variability; RAPD.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822007000400026

Genetic characterization of isolates of the basidiomycete Agaricus blazei by RAPD
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Colauto,Nelson Barros; Dias,Eustáquio Souza; Gimenes,Marcos Aparecido; Eira,Augusto Ferreira da.
The genetic divergence of five isolates of Agaricus blazei was determined based on RAPD data. Results indicate that there is little genetic variability among the commercialized strains and that RAPD is a feasible and low cost technique that can be used to characterize this fungus.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Agaricus blazei; Basidiomycete; Genetic diversity; Mushroom; RAPD.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822002000200006

Search for endophytic diazotrophs in barley seeds
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: S. Zawoznik,Myriam; C. Vázquez,Susana; Díaz Herrera,Silvana M.; D. Groppa,María.
Eight endophytic isolates assigned to Pseudomonas, Azospirillum, and Bacillus genera according to pheno-genotypic features were retrieved from barley seeds under selective pressure for nitrogen-fixers. Genetic relationships among related isolates were investigated through RAPD. Six isolates displayed nitrogen-fixing ability, while all could biosynthesize indolacetic acid in vitro and showed no antibiosis effects against Azospirillum brasilense Az39, a recognized PGPR.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Azospirillum; Bacillus; Pseudomonas; PGPR; RAPD.
Ano: 2014
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822014000200033

Genetic diversity and antifungal susceptibility testing of Trichosporon asahii isolated of Intensive Care Units patients
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Silva,Rosana Bellan de Oliveira; Fusco-Almeida,Ana Marisa; Matsumoto,Marcelo Teruyuki; Baeza,Lilian Cristiane; Benaducci,Tatiane; Mendes-Giannini,Maria José Soares.
Trichosporon asahii is an opportunistic pathogen, associated with a high mortality rate in immunocompromised patients. In this study, ten isolates, recovered from oral cavity and urine of patients in Intensive Care Units (ICU) over six months, were identified by classical and molecular methods, typed by RAPD and tested in vitro for susceptibility to fluconazole, itraconazole, 5-flucytosine and amphotericin B. A total agreement between the identification of Trichosporon sp by PCR based on sequences of the Internal Transcribed Spacer Regions (ITS) and on the sequences of small-subunit (SSU) ribosomal DNA (rDNA) was found. Randomly amplified of polymorphic DNA (RAPD), with primers P6 and M13, was used to determine the genomic profiles. The dendogram analysis...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Trichosporon; PCR; RAPD; Susceptibility; Antifungal drugs.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822008000300033

Genetic and metabolic diversity of pink-pigmented facultative methylotrophs in phyllosphere of tropical plants
Provedor de dados: Brazilian Journal of Microbiology
Autores: Balachandar,D.; Raja,P.; Sundaram,SP.
Diversity of Pink-Pigmented Facultative Methylotrophs (PPFMs) in phyllosphere of cotton, maize and sunflower was determined based on differential carbon-substrate utilization profile and Random Amplified Polymorphic DNA data. Results indicate that six diversified groups of PPFMs are found in these crops. Sunflower and maize phyllosphere harbor four different groups of methylobacteria while cotton has only two groups.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Diversity; Methylobacterium; Phyllosphere; PPFM; RAPD.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822008000100017

Genetic diversity in Egeria densa and E. najas in Jupiá Reservoir, Brazil
Provedor de dados: Ciencia e Investigación Agraria, Revista Latinoamericana en Ciencias de la Agricultura
Autores: Mori,Edson S; Martins,Dagoberto; Velini,Edivaldo D; Marino,Celso L; Gouvêa,Cantídio F; Leite,Suzi M.M; Camacho,Edwin; Guries,Raymond P.
The aquatic plant species Egeria densa (Planch.) Casp and E. najas Planchon occur naturally in the Paraná River Basin of southeastern Brazil. Hydroelectric dam construction in the river basin has created several lakes, changing the ecology of the river and altering the population ecology of Egeria. Large, dense populations of Egeria now grow in Jupiá Lake and its tributaries, occasionally blocking hydroelectric turbines. This study is part of a larger project examining environmental changes associated with large dam projects; the research objective of this study was to assess patterns of genetic diversity in Egeria populations growing in Jupiá and Três Irmãos Lakes and their Paraná River tributaries using genetic markers. Forty-two plants of E. najas and...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Egeria; Dam; Isoenzyme; Genetic distance; RAPD; Reservoir.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-16202012000200008

Monitoreo genético en programas de repoblamiento de peces mediante marcadores moleculares
Provedor de dados: Ciencia e Investigación Agraria, Revista Latinoamericana en Ciencias de la Agricultura
Autores: Povh,Jayme A; Lopera Barrero,Nelson M; Ribeiro,Ricardo P; Lupchinski Jr.,Enio; Gomes,Patricia C; Lopes,Tais S.
Las poblaciones de peces nativos están disminuyendo debido a varios factores que impactan en el ambiente. Como forma de abordar este problema, se han realizado varias acciones como por, ejemplo, el repoblamiento. Sin embargo, estas acciones se realizan sin ningún respaldo científico. Esto puede, además de no ser eficiente, provocar una pérdida de la diversidad genética en las poblaciones, pudiendo ocasionar impactos irreversibles en las próximas generaciones. Por esta razón, el empleo de marcadores moleculares, que permitan monitorear genéticamente las poblaciones parece fundamental para lograr la conservación de la ictiofauna
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Conservación genética; Ictiofauna; Microsatélite; Pez; RAPD; Variabilidad genética.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-16202008000100001

Comparación de protocolos de extracción de ADN con muestras de aleta y larva de peces: extracción modificada con cloruro de sodio
Provedor de dados: Ciencia e Investigación Agraria, Revista Latinoamericana en Ciencias de la Agricultura
Autores: Lopera-Barrero,Nelson M; Povh,Jayme A; Ribeiro,Ricardo P; Gomes,Patricia C; Jacometo,Carolina B; Silva Lopes,Tais da.
El uso de apropiados métodos de muestreo, tipo de tejido y la utilización de protocolos viables de extracción del ADN son aspectos críticos en estudios basados en PCR. Los métodos de extracción de ADN deben ser simples, reproducibles, económicos y no contaminantes. Este trabajo tuvo por objetivo comparar un protocolo modificado de extracción con sal común (NaCl) y un protocolo modificado de extracción con fenol-cloroformo para la obtención de ADN genómico en alta cantidad y calidad desde muestras de aleta y larva de pez (Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinus elongatus y Prochilodus lineatus). Las muestras aisladas de diferentes especies de peces usando la extracción con sal común permitieron obtener ADN de buena...
Tipo: Journal article
Palavras-chave: Amplificación por PCR; Estudios de peces; Investigación genética; Microsatélites; RAPD.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-16202008000100008

Vegetative compatibility and molecular characterization of Fusarium graminearum isolates from the State of Paraná, Brazil
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Busso,Cleverson; Kaneshima,Edilson Nobuyoshi; Franco,Francisco de Assis; Querol,Carmen Boto; Castro-Prado,Marialba Avezum Alves de.
Fusarium graminearum isolates causing Fusarium head blight in wheat were collected in Brazil and analyzed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers and vegetative compatibility grouping (VCG). Nitrate non-utilizing mutants (nit) from each isolate were paired to verify heterokaryon formation. Three VCGs were identified among F. graminearum isolates: VCG1 included F-2, F-3 and F-4 isolates; VCG2 included F-1, F-6 and F-9 isolates; VCG3 included F-5, F-7 and F-8 isolates. Based on PCR amplification with eight different primers, the isolates showed great genetic similarity among themselves. Dendrogram analysis demonstrated two RAPD groups: Group A, consisting of isolates F-2 and F-9, and Group B, composed of the remaining isolates. Results suggest the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Fusarium graminearum; Genetic variability; RAPD; Vegetative compatibility groups.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782007000600050

Molecular characterization of Pasteurella multocida isolates from swine lungs by Randomly Amplified Polymorphic DNA
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Chitarra,Cristiane Silva; Silva,Mayara Inácio Vincenzi da; Brandão,Laila Natasha Santos; Kagueyama,Francielle Cristina; Candido,Stefhano Luis; Rosa,Janaina Marcela Assunção; Nakazato,Luciano; Dutra,Valéria.
ABSTRACT: Swine respiratory diseases such as atrophic rhinitis and bronchopneumonia caused by Pasteurella (P.) multocida cause important economic losses to the modern swine industry. The purpose of this study was to characterize P. multocida strains isolated from swine lungs by RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) to demonstrate their genetic diversity. Ninety-four samples of fragments from lungs with pneumonia and sixty one samples without pneumonia were collected in slaughterhouses in Mato Grosso during the period from December 2009 to March 2010. Clinical cases in 2012 and 2013 were also included in this study. Among the lung fragments with macroscopic lesions, without macroscopic lesions and clinical samples, 40.42%, 4.49% and 100% were positive...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Pulmonary pasteurellosis; Swine; Pneumonia; Pasteurella multocida; RAPD.
Ano: 2016
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782016000100119

Diversidade genética por marcadores moleculares em Fusarium oxysporum f. sp. cubense no Estado de Santa Catarina
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Silva,Cristiane Maria da; Hinz,Robert Harri; Stadnik,Marciel João; Pereira,Adriana; Tcacenco,Fernando Adami.
O mal-do-panamá, causado por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC), é um dos principais problemas fitossanitários da bananicultura. O uso de cultivares resistentes é o método preferencialmente recomendado para o seu controle, sendo a avaliação da diversidade genética do patógeno necessária no desenvolvimento de estratégias de manejo da doença a longo prazo. Assim, este trabalho teve como objetivo estudar a variabilidade genética de isolados de FOC por marcadores moleculares RAPD e SSR. Foram avaliados 64 isolados coletados em regiões produtoras do estado de Santa Catarina, sendo que 100% deles foram patogênicos à bananeira da cv. 'Enxerto'. As análises de conglomerados com esses marcadores revelaram variabilidade entre os isolados amostrados. As técnicas...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Banana; Doença; Fungo; RAPD; SSR.
Ano: 2010
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782010001200007

Caracterização da diversidade genética entre acessos crioulos de feijão (Phaseolus vulgaris L.) coletados em Santa Catarina por marcadores RAPD
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Carvalho,Márcio Fonseca de; Crestani,Maraisa; Farias,Francine Lunardi; Coimbra,Jefferson Luís Meirelles; Bogo,Amauri; Guidolin,Altamir Frederico.
O conhecimento da diversidade genética, por meio da dissimilaridade entre os genótipos, permite a organização, a amostragem e a utilização eficiente do germoplasma em programas de melhoramento genético. O objetivo deste trabalho foi estimar a dissimilaridade entre acessos crioulos de feijão coletados no Estado de Santa Catarina, integrantes do banco ativo de germoplasma de feijão da UDESC e de três cultivares comerciais ("Pérola", "SCS 202-Guará" e "BRS Valente"), por meio de marcadores moleculares RAPD. Foram utilizados 21 iniciadores decâmeros que permitiram a visualização de 96 bandas, sendo que 41 (42,7%) apresentaram polimorfismo entre os acessos estudados, resultando em bandas entre 650 e 2000pb. A dissimilaridade foi calculada utilizando-se o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Phaseolus vulgaris L.; Germoplasma; RAPD; Dissimilaridade.
Ano: 2008
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782008000600005

Identificação de marcas moleculares associadas à ausência de sementes em videira
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Silva,Ana Veruska Cruz da; Martins,Antonio Baldo Geraldo.
A ausência de sementes tem sido uma característica bastante exigida pelos consumidores de uvas de mesa. O objetivo deste trabalho foi identificar marcas moleculares associadas à ausência de sementes, utilizando as técnicas RAPD e fAFLP. Foram utilizadas folhas jovens de 19 cultivares. Na análise RAPD 30, iniciadores possibilitaram amplificação de todas as amostras, produzindo 392 bandas polimórficas. Foi possível encontrar uma marca específica para a ausência de sementes, utilizando o iniciador UBC 443, que poderá futuramente ser utilizado para o desenvolvimento de marcadores SCAR, possibilitando a criação de um teste de identificação rápida e precoce de apirenia em videira. A análise fAFLP proporcionou a visualização de um dendrograma com grupos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Vitis; RAPD; FAFLP; Apirenia.
Ano: 2006
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782006000300012

Variabilidade genética interespecífica em formigas cortadeiras do gênero Acromyrmex que ocorrem no Estado do Rio Grande do Sul
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Grutzmacher,Douglas Daniel; Loeck,Alci Enimar; Oliveira,Antônio Costa; Zimmer,Paulo Dejalma; Malone,Gaspar.
São poucos os taxonomistas que atuam na identificação de formigas cortadeiras. Os métodos morfométricos utilizados nem sempre permitem uma identificação confiável, em função do acentuado polimorfismo dentro do mesmo formigueiro. O objetivo do trabalho foi testar a possibilidade do uso da ferramenta da biologia molecular para auxiliar na identificação das espécies de formigas cortadeiras do gênero Acromyrmex que ocorrem no Estado do Rio Grande do Sul. O estudo foi realizado com seis espécies de formigas do gênero Acromyrmex coletadas em quatro regiões do RS. Utilizaram-se as técnicas RAPD e AFLP, testando-se inicialmente 50 primers, dos quais apenas 13 foram selecionados por terem amplificado com sucesso fragmentos de todas as espécies estudadas. Embora os...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Quenquéns; RAPD; AFLP; Primers.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782007000400001

Variabilidade genética em um ensaio de progênies de erva- mate (Ilex paraguariensis St.Hil.)
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Vidor,Mario Angelo; Ruiz,César Pérez; Moreno,Santiago Vázquez; Floss,Paulo Alfonso.
A Epagri (Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina S.A) possui uma das maiores coleções brasileiras de erva-mate (Ilex paraguariensis St.Hil.). A partir de ensaios agronômicos preliminares, apresentaram destaque as procedências Barão de Cotegipe e Água Doce. O objetivo deste trabalho foi o de caracterizar geneticamente a variabilidade existente nos germoplasmas oriundos destas procedências. A técnica utilizada foi a de marcadores moleculares para amplificar o DNA, do tipo RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Os resultados indicaram não ser possível diferenciar geneticamente as procedências entre si. Em função da distância genética, foi formado um grupo com quatro materiais ou germoplasmas e outro com os demais. Os diferentes...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Ilex paraguariensis; Variabilidade genética; Marcadores moleculares; DNA; RAPD; PCR.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782002000400006

Genetic variability in physic nuts cultivated in Northeastern Brazil
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Oliveira,Vanice Dias; Rabbani,Allivia Rouse Carregosa; Silva,Ana Veruska Cruz da; Lédo,Ana da Silva.
This research had as objective to characterize genetically individuals of physic nut cultivated in experimental areas in Sergipe, Brazil by means of RAPD molecular markers. Leaves of 40 individuals were collected and DNA was isolated using CTAB 2% method. Were used 30 primers RAPD for DNA amplification, and this data was used to estimate the genetic similarity among the pairs of individuals, using Jaccard coefficient, and group them out for the UPGMA method. Also, the genetic structure and diversity of the populations were assessed using AMOVA. Of the 100 fragments generated, 29 of were polymorphic. A similarity average of 0.54 among the individuals was found and the amplitude similarities varied from 0.18 to 1.00. One of them (U5) was unit clusters and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Jatropha curcas L.; RAPD; Genetic diversity.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782013000600006

Marcadores moleculares em estudos de caracterização de erva-mate (Ilex paraguariensis St.Hil.): o sabor
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Vidor,Mario Angelo; Ruiz,César Pérez; Moreno,Santiago Vázquez; Floss,Paulo Alfonso.
A Epagri (Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina S.A) possui uma das maiores coleções brasileiras de erva-mate (Ilex paraguariensis St.Hil.). A partir de ensaios agronômicos preliminares, apresentaram destaque as procedências Barão de Cotegipe e Água Doce. Dentre essas, verificaram-se diferentes sabores (mais amargo e menos amargo), aparentemente, em função do tipo de folha (CL - curta e larga; LE - longa e estreita). O objetivo deste trabalho foi o de tentar associar os padrões obtidos mediante marcadores moleculares, com as procedências ou acessos e características fenotípicas desejáveis - altura de planta, diâmetro de copa, densidade folhar, sobrevivência das plantas e comportamento de rebrota -, dentro do caráter sabor em...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Ilex paraguariensis; Marcadores moleculares; Variabilidade genética; PCR; RAPD; DNA; Biotecnologia.
Ano: 2002
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782002000300008

BSA and molecular markers screening for salt stress tolerant mutant of Petunia obtained in in vitro culture
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Krupa-Małkiewicz,Marcelina; Bienias,Anna.
ABSTRACT: In this study, we performed BSA to identify genetic markers linked to salt tolerance. We tested the genetic diversity among four bulked DNA samples of EMS induced mutant clones and one bulked DNA sample of non-mutated clone of Petunia for salt tolerance in in vitro callus cultures using RAPD and ISSR markers. Out of the 36 RAPD and 16 ISSR primers identified, 25 and 13 were effectively used to amplify genomic DNA of all the five bulked samples, respectively. In total, 114 RAPD amplifications products were obtained, of which 28% were polymorphic and 2% were genotype-specific bands. Out of the 64 ISSR amplification products obtained, 51% were polymorphic and 1% was genotype-specific bands. Results of this study indicated the existence of two...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Bulk segregant analysis; Chemical mutagenesis; ISSR; RAPD; Petunia × atkinsiana D. Don; Salt stress; Tissue culture.
Ano: 2018
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782018001200400

Aspectos fenotípicos, genotípicos e de diagnóstico da bactéria A. pleuropneumoniae
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Costa,Mateus Matiuzzi da; Klein,Cátia Silene; Collares,Roberta Mattos; Vaz,Clarissa Silveira Luiz; Balestrim,Raquel; Schrank,Augusto; Silva,Sergio Ceroni da; Piffer,Itamar Antônio; Shrank,Irene Silveira.
A pleuropneumonia suína (PPS) provoca prejuízos significativos na suinocultura no mundo. O agente etiológico é a bactéria Actinobacillus pleuropneumoniae (App), que apresenta 15 sorotipos descritos, os quais variam consideravelmente em relação a sua patogenicidade. Nesse sentido, a precisa caracterização patotípica desta bactéria é de grande importância para a adoção de medidas de controle e profilaxia. O diagnóstico e a sorotipificação deste patógeno são realizados pelas técnicas microbiológicas convencionais. Entretanto, problemas nestes esquemas podem ser observados, especialmente em isolados de rebanhos sem histórico de PPS. No Brasil, diversos esforços vêm sendo aplicados no sentido de desenvolver técnicas moleculares que auxiliem no diagnóstico da...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: A. pleuropneumoniae; Diagnóstico; PCR; RDNA 16S; RAPD.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782004000400057

Diversidade genética molecular entre cultivares e híbridos de Brachiaria spp. e Panicum maximum
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Almeida,Mariana Castro da Costa; Chiari,Lucimara; Jank,Liana; Valle,Cacilda Borges do.
A utilização de marcadores moleculares pode servir para direcionar cruzamentos, confirmar novos híbridos e identificar genótipos para fins comerciais. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade genética entre cultivares e híbridos de Brachiaria spp. e Panicum maximum usando marcadores moleculares do tipo RAPD (Polimorfismos de DNA amplificados ao acaso). Foram 22 genótipos analisados com 10 primers, os quais amplificaram 178 fragmentos polimórficos de DNA, que foram usados para estimar a similaridade genética por meio do coeficiente de Jaccard. Os valores de similaridade obtidos variaram de 0,066 a 0,841. A estrutura genética entre todos os genótipos estudados foi estimada pelo método UPGMA (Método de agrupamento com médias...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Brachiaria spp.; Forrageiras; Marcadores moleculares; Panicum maximum; RAPD.
Ano: 2011
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011001100024

Marcadores moleculares e sua aplicação no melhoramento genético de plantas
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Bered,Fernanda; Barbosa Neto,José Fernandes; Carvalho,Fernando Irajá Félix de.
Na implantação de um programa de melhoramento, uma das principais necessidades do melhorista é a capacidade de identificar genótipos superiores em uma população segregante. O conhecimento das relações genéticas e a capacidade geral e específica de combinação entre os indivíduos é essencial para a seleção de genitores. Os marcadores genéticos poderão auxiliar na identificação de indivíduos através de suas diferenças genéticas. Estes marcadores podem ser divididos em morfológicos e moleculares (enzimáticos e de DNA). Os marcadores de DNA como o RFLP e o RAPD poderão contribuir para incrementar a eficiência do melhoramento de plantas através do mapeamento de espécies de interesse e de caracteres agronômicos. Além disto, diversos autores têm comprovado a sua...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Marcadores de DNA; RFLP; RAPD.
Ano: 1997
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84781997000300026

Avaliação da fidelidade genotípica por marcadores RAPDs de brotações de pereira (Pyrus communis L.) cv. Carrick, regeneradas in vitro
Provedor de dados: Ciência Rural
Autores: Erig,Alan Cristiano; Schuch,Márcia Wulff.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a fidelidade genotípica de brotações de pereira (Pyrus communis L.) cultivar Carrick, regeneradas in vitro, utilizando marcadores RAPDs. O DNA genômico foi extraído de folhas oriundas das brotações de pereira regeneradas a partir de diferentes tratamentos e de plantas matrizes micropropagadas (planta controle), utilizando-se o protocolo descrito por FERREIRA &amp;amp; GRATTAPAGLIA (1996). Para triagem dos primers foram utilizados os kits OPAN, OPA e OPF (Operon Technologies, Inc.) e, destes, foram escolhidos sete primers: OPAN-03, OPAN-14, OPAN-15, OPAN-16, OPA-02, OPA-08 e OPF-04. A separação dos produtos da amplificação foi realizada através de eletroforese horizontal em gel de agarose 1,2%, corado com brometo de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Pereira; Variação somaclonal; Marcadores moleculares; RAPD.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782003000300009

Variabilidade genética de isolados do cogumelo Agaricus blazei por meio de marcadores RAPD
Provedor de dados: Ciência e Agrotecnologia
Autores: Tomizawa,Márcia Mayumi; Dias,Eustáquio Souza; Assis,Leandro José de; Gomide,Plínio Henrique Oliveira; Santos,João Bosco dos.
Agaricus blazei (Murrill) ss. Heinem. é um cogumelo nativo do Brasil que vem despertando a atenção de vários pesquisadores em todo o mundo, devido às suas propriedades farmacológicas e nutricionais. Este trabalho teve por objetivo, analisar a variabilidade genética de alguns isolados utilizados comercialmente, por meio de marcadores RAPD. Foram analisados nove isolados de A. blazei, provenientes de diferentes regiões do Brasil e, como controle, dois isolados de A. bisporus. Todos eles fazem parte da coleção de fungos do Laboratório de Cogumelos Comestíveis e Medicinais do DBI/UFLA. Diferentes primers aleatórios foram utilizados, gerando um total de 139 bandas polimórficas. Procedeu-se a avaliação de similaridade genética entre os isolados pelo coeficiente...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other
Palavras-chave: Variabilidade; RAPD; Cogumelo; Agaricus blazei.
Ano: 2007
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542007000400045

Molecular characterization of elephantgrass accessions through RAPD markers
Provedor de dados: Ciência e Agrotecnologia
Autores: Passos,Leônidas Paixão; Machado,Marco Antonio; Vidigal,Maria Coletta; Campos,Ana Lúcia.
Elephantgrass pastures are limited by yield variations and reductions in forage quality and availability, thus making the search for genotypes with reduced seasonality a major concern. In order to verify the extent of genetic variability among contrasting cultivars, ten elephantgrass accessions were analyzed through DNA amplification by RAPD technique. A total of 160 DNA bands were generated with the use of 44 random primers and 23% of these bands were monomorphic for all accessions. Gel-obtained binary data (1 for presence and 0 for absence) were used for generating a genetic distance matrix, which was utilized in a UPGMA grouping analysis. Elephantgrass cultivars Cameroon and Vruckwona were the accessions mostly divergent from the others, with an average...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Molecular markers; Elephantgrass; RAPD; DNA.
Ano: 2005
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542005000300009

Identificação de variantes somaclonais em bananeiras 'Prata Anã', utilizando técnicas moleculares e citogenéticas
Provedor de dados: Ciência e Agrotecnologia
Autores: Guimarães,Nilson César Castanheira; Torga,Paula Pereira; Resende,Eliane Cristina de; Chalfun Júnior,Antônio; Paiva,Edílson; Paiva,Luciano Vilela.
Variação somaclonal é uma variação fenotípica de origem genética, ou seja, uma variação cromossômica que se torna herdável nas gerações seguintes, ou epigenética, que é uma variação transitória devido ao estresse fisiológico que o material sofre, quando submetido ao cultivo in vitro. Um problema específico envolvendo a variação somaclonal em bananeiras 'Prata Anã' foi observado em Andradas, Minas Gerais, em plantas oriundas de micropropagação. A maior dificuldade na separação dos indivíduos normais e variantes é que os caracteres morfológicos, que são inerentes a este tipo de variação, só se tornam evidentes quando a planta está adulta, o que impossibilita a eliminação dos indivíduos variantes ainda em viveiro. Com o objetivo de identificar, ainda em...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Variação somaclonal; Bananeira; SSR; RAPD; Citogenética.
Ano: 2009
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542009000200013

Diversidade genética de cultivares de alho (Allium sativum L.) por meio de marcador molecular rapd
Provedor de dados: Ciência e Agrotecnologia
Autores: Mota,José Hortêncio; Souza,Rovilson José de; Yuri,Jony Eshi; Resende,Geraldo Milanez de; Paiva,Luciano Vilela.
Realizou-se este estudo com o objetivo de determinar a diversidade genética entre doze cultivares de alho, por meio de marcadores moleculares RAPD. Foram utilizados seis cultivares nobres e seis cultivares seminobres. A análise de agrupamento das similaridades genéticas foi realizada pelo método UPGMA, gerando um dendrograma utilizando o índice de Jaccard. Houve a formação de dois grupos, sendo o primeiro grupo formado pelas cultivares nobres (Roxo Pérola de Caçador, Chonan, Contestado 12, Caçador 30, Caçador 40 e Quitéria 595), ou seja, cultivares que precisam de vernalização para a formação do bulbo, e um segundo formado pelas cultivares seminobres (Gigante Curitibanos, Gigante Roxo, Gigante Roxão, Gravatá, Amarante e Cateto Roxo) ou que não precisam de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Allium sativum; RAPD; Cultivares; Divergência genética.
Ano: 2004
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542004000400006

Similaridade genética de cultivares de mandioca (Manihot esculenta) por meio de marcadores RAPD
Provedor de dados: Ciência e Agrotecnologia
Autores: Costa,Maria Rosa; Cardoso,Eloisa Ramos; Ohaze,Miriã Mutsumi Minato.
O objetivo deste trabalho foi analisar a divergência genética entre 27 acessos de mandioca provenientes do banco ativo de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental. Foram utilizados 12 primers, onde todos apresentaram polimorfismo. Foram analisadas 73 bandas polimórficas de um total de 211 bandas amplificadas. A análise de divergência genética foi realizada a partir do programa NTSYS-pc, 2.02, utilizando o coeficiente de Jaccard. Na análise do dendograma, foram observados dois grupos principais. No primeiro grupo, que se subdividiu em dois subgrupos, com coeficiente de similaridade, variando de 8% a 78%, incluem-se 20 materiais, oriundos de diferentes localidades. O segundo grupo dividiu-se em dois subgrupos, com similaridade genética, variando de 9% a 38%....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Marcadores moleculares; RAPD; Mandioca; Biologia molecular; Manihot esculenta.
Ano: 2003
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542003000100019