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Sistemas distribuídos como apoio para a extração de padrões na mineração de textos. Repositório Alice
ALBUQUERQUE, D. L. de; REZENDE, S. O.; HIGA, R. H.; MOURA, M. F..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Mineração de texto; Sistemas distribuídos; Text mining.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/981953
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Software para recuperação automatizada de anotações funcionais em estudos de associação genômica ampla. Repositório Alice
ALMEIDA, R. C. de; OLIVEIRA, G. B. de; HIGA, R. H..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Associação genômica ampla; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genômica animal.; Computer software; Single nucleotide polymorphism..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/981928
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Aplicação Java Web para armazenamento de dados experimentais no projeto Rede Genômica Animal. Repositório Alice
ANA, L. B. A. de; HIGA, R. H..
O objetivo deste trabalho é desenvolver uma aplicação web para banco de dados genômicos, a partir do módulo Mage do GMOD para armazenagem dos dados experimentais brutos produzidos no âmbito do projeto "Rede Genômica Animal" e as suas respectivas análises.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Aplicação web; Banco de dados genômicos; Expressão gênica; Genômica animal; Gene expression.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868748
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Pesquisa agropecuária no contexto da e-science: monitoramento de temas e plataformas de data science. Repositório Alice
BAMBINI, M. D.; BONACELLI, M. B. M.; HIGA, R. H..
Resumo. A e-Science é um novo paradigma da exploração científica, que envolve a coleta, análise, armazenamento de grandes volumes de dados e requer uma infraestrutura computacional robusta e distribuída, para pesquisas colaborativas. A pesquisa agropecuária pode se beneficiar muito desta nova abordagem. Este artigo apresenta um mapeamento não-exaustivo de temas de pesquisa agropecuária intensiva em dados e um benchmarking de facilities nacionais e internacionais relacionadas ao assunto. Em um ambiente de grande velocidade de mudanças tecnológicas, estudos de monitoramento e de benchmarking são essenciais para acompanhar as tendências da fronteira do conhecimento e embasar políticas públicas com foco estratégico e de longo prazo. Entre os resultados,...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Ciência de dados; Agropecuária; Pesquisa agropecuária; Data science; E-science; Agricultura; Agricultural research; Agriculture.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1094898
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Direcionadores tecnológicos da Pesquisa Agropecuária Intensiva em Dados: mapeamento de competências, ferramentas e infraestrutura. Repositório Alice
BAMBINI, M. D.; HIGA, R. H.; BONACELLI, M. B. M..
Este artigo apresenta um estudo de monitoramento envolvendo as tendências tecnológicas associadas à aplicação de Pesquisa Computacional Intensiva em Dados em problemas do setor agropecuário. Este estudo foi conduzido a fim de oferecer informações qualificadas para apoio à gestão de uma infraestrutura computacional corporativa com foco em armazenamento e processamento de grandes volumes de dados da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa). A infraestrutura visa apoiar a geração de conhecimento de impacto para o domínio agropecuário. O principal resultado desta pesquisa é a descrição dos direcionadores tecnológicos relacionadas à aplicação da Ciência de Dados (Data Science) ao setor agropecuário, com foco nas seguintes dimensões: aspectos...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Pesquisa computacional; Agropecuária; Ciência de dados; Big data; Computing research; Data science; Agricultura; Agriculture.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083400
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Implementação de algoritmo para avaliação genética de grandes populações de animais de interesse agropecuário. Repositório Alice
BARBOZA, D. H.; CUNHA, C. A. V.; HIGA, R. H..
Apresentamos uma versão inicial da solução em desenvolvimento para estimação dos efeitos desejados através do modelo animal univariado, utilizando duas abordagens distintas para a obtenção do melhor estimador linear não viesado (BLUP) dos parâmetros do modelo.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sistemas de equações lineares; Modelo animal; Modelos lineares mistos; System of linear equations; Animal model; Linear mixed models.; Melhoramento Animal.; Models; Animal breeding; Python..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1055870
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Estimation of linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size of Brazilian Hereford and Braford breeds. Repositório Alice
BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; CARDOSO, L. L.; GOMES, C. C. G.; HIGA, R. H.; DIONELLO, N. J. L.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F..
A set of 41,241 SNP genotypes from 2,435 Hereford (HH) and Braford (BO) bovines were analyzed to estimate linkage disequilibrium (LD) levels, persistence of phase and effective population size of these populations. LD levels were estimated using the squared correlation of alleles at two loci (r2) at varying distances. Average r2 between adjacent SNP was 0.21 for HH and 0.16 for BO. Average inter-marker distance was 61 kb in both breeds. Useful LD values (r2>0.2) were observed at 0-60 kb bins in HH and 0-20 kb bins in BO. Breeds demonstrated moderate to strong persistence of phase at all distances (range=0.53-0.97). The greatest phase correlations (r>0.9) were found in 0-50 kb bins. LD estimates decreased rapidly with increasing distances between...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Tamanho populacional; Persistence of phase; Gado de corte; Beef cattle; Linkage disequilibrium; Population size.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003699
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Estimation of linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size of Brazilian Hereford and Braford breeds. Repositório Alice
BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; CARDOSO, L. L.; GULIAS-GOMES, C. C.; HIGA, R. H.; DIONELLO, N. J. L.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F..
A set of 41,241 SNP genotypes from 2,435 Hereford (HH) and Braford (BO) bovines were analyzed to estimate linkage disequilibrium (LD) levels, persistence of phase and effective population size of these populations. LD levels were estimated using the squared correlation of alleles at two loci (r2) at varying distances. Average r2 between adjacent SNP was 0.21 for HH and 0.16 for BO. Average inter-marker distance was 61 kb in both breeds. Useful LD values (r2>0.2) were observed at 0-60 kb bins in HH and 0-20 kb bins in BO. Breeds demonstrated moderate to strong persistence of phase at all distances (range=0.53- 0.97). The greatest phase correlations (r>0.9) were found in 0-50 kb bins. LD estimates decreased rapidly with increasing distances between...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Seleção genômica; Gado de corte; Melhoramento genético animal.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/995727
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Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Repositório Alice
BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G..
ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteína; Classe de enzima; Bayesian classification; Protein function prediction; Naive Bayes; Enzyme classification number; Bayesian classifier; Data classification; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9196
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JÚNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A.; MUNARI, D. P..
Abstract. Studies are being conducted on the applicability of genomic data to improve the accuracy of the selection process in livestock, and genome-wide association studies (GWAS) provide valuable information to enhance the understanding on the genetics of complex traits. The aim of this study was to identify genomic regions and genes that play roles in birth weight (BW), weaning weight adjusted for 210 days of age (WW), and long-yearling weight adjusted for 420 days of age (LYW) in Canchim cattle. GWAS were performed by means of the Generalized Quasi-Likelihood Score (GQLS) method using genotypes from the BovineHD BeadChip and estimated breeding values for BW, WW, and LYW. Data consisted of 285 animals from the Canchim breed and 114 from the MA genetic...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Gado de corte; Beef cattle; Genome-wide association study..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003481
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/984641
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C. O; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim.; Gado de corte..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/986150
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Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373
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Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice
CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos.; Aquicultura.; Aquaculture; Fish; Genomics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003702
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Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice
CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos.; Aquicultura..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1000716
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Statistical tools to uncover genetic architecture of tick resistance using highdensity oligonucleotide gene expression microarrays. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; HIGA, R. H..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Ferramenta estatistica.; Estatística; Gado; Ruminante..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/910061
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Statistical tools to uncover genetic architecture of tick resistance using highdensity oligonucleotide gene expression microarrays. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; HIGA, R. H..
The aim of this paper is to present procedures and tools used for quality control and statistical analysis of high-density microarray (Affymetrix GeneChip®) to search for genes that may be differentially expressed and that may provide clues to unravel parasite resistance.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Microarranjos; Clusterização; Expressão gênica; Resistência ao carrapato.; Análise Estatística.; Statistical analysis; Microarray technology; Cluster analysis; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/913435
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Predição da resistência genética ao carrapato de bovinos Braford e Hereford a partir de um painel denso de marcadores moleculares. Infoteca-e
CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M. de; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
O problema do carrapato bovino; A alternativa da seleção genômica; Resultados experimentais; Procedimentos para aplicação prática; Considerações finais.
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Boophilus microplus; Gado de corte.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/950709
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Genomic selection for tick resistance in Braford and Hereford cattle using single-step methodology. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; GULIAS-GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M.; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; MISZTAL, I.; AGUILAR, I..
The Rhipicephalus microplus tick is one of the main sources of losses in tropical cattle production, causing decreased performance, hide devaluation, and increased costs with treatments and transmission of infectious agents. The aim of this work was to evaluate the utility of genomic evaluation of Braford and Hereford cattle for genetic resistance to ticks.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Boophilus Microplus; Gado de Corte.; Beef cattle; Rhipicephalus microplus..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946764
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Genomic selection for tick resistance in Braford and Hereford cattle using single-step methodology. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; GULIAS-GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M.; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; YOKOO, M. J. I..
Resumo.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Seleção genômica.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/940293
Registros recuperados: 137
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