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Genetic Mapping With Allele Dosage Information in Tetraploid Urochloa decumbens (Stapf) R. D. Webster Reveals Insights Into Spittlebug (Notozulia entreriana Berg) Resistance. Repositório Alice
FERREIRA, R. C. U.; LARA, L. A. de C.; CHIARI, L.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; VALERIO, J. R.; TORRES, F. Z. V.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. de.
Urochloa decumbens (Stapf) R. D. Webster is one of the most important African forage grasses in Brazilian beef production. Currently available genetic-genomic resources for this species are restricted mainly due to polyploidy and apomixis. Therefore, crucial genomic-molecular studies such as the construction of genetic maps and the mapping of quantitative trait loci (QTLs) are very challenging and consequently affect the advancement of molecular breeding. The objectives of this work were to (i) construct an integrated U. decumbens genetic map for a full-sibling progeny using GBS-based markers with allele dosage information, (ii) detect QTLs for spittlebug (Notozulia entreriana) resistance, and (iii) seek putative candidate genes involved in defense against...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Allele dosage; Linkage map; Signalgrass; SNP; Brachiaria; Polyploidy; Quantitative traits.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1106558
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Genome-wide association study for birth, weaning and yearling weight in Colombian Brahman cattle Genet. Mol. Biol.
Martínez,Rodrigo; Bejarano,Diego; Gómez,Yolanda; Dasoneville,Romain; Jiménez,Ariel; Even,Gael; Sölkner,Johann; Mészáros,Gabor.
Abstract Genotypic and phenotypic data of 1,562 animals were analyzed to find genomic regions that potentially influence the birth weight (BW), weaning weight at seven months of age (WW) and yearling weight (YW) of Colombian Brahman cattle, with genotyping conducted using Illumina Bead chip array with 74,669 SNPs. A Single Step Genomic BLUP (ssGBLP), approach was used to estimate the proportion of variance explained by each marker. Multiple regions scattered across the genome were found to influence weights at different ages, also dependent on the trait component (direct or maternal). The most interesting regions were connected to previously identified QTLs and genes, such as ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influencing growth and weight traits. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bos indicus; SNP; QTL; GWAS; Body weight.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000300453
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Genome-wide association study of weight gain in feedlot Nellore cattle: comparison of single nucleotide polymorphism and haplotype blocks approaches. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; MOTA, M. D. S.; ALENCAR, M. M. de; ROSA, A. do N.; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Growth; QTL; SNP; Bos Indicus; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/963137
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Genomic diversity is similar between Atlantic Forest restorations and natural remnants for the native tree Casearia sylvestris Sw. Repositório Alice
VIANA, J. P. G.; SIQUEIRA, M. V. B. M.; ARAUJO, F. L.; GRANDO, C.; SUJII, P. S.; SILVESTRE, E. de A.; NOVELLO, M.; PINHEIRO, J. B.; CAVALLARI, M. M.; BRANCALION, P. H. S.; RODRIGUES, R. R.; SOUZA, A. P. de; CATCHEN, J.; ZUCCHI, M. I..
The primary focus of tropical forest restoration has been the recovery of forest structure and tree taxonomic diversity, with limited attention given to genetic conservation. Populations reintroduced through restoration plantings may have low genetic diversity and be genetically structured due to founder effects and genetic drift, which limit the potential of restoration to recover ecologically resilient plant communities. Here, we studied the genetic diversity, genetic structure and differentiation using single nucleotide polymorphisms (SNP) markers between restored and natural populations of the native tree Casearia sylvestris in the Atlantic Forest of Brazil. We sampled leaves from approximately 24 adult individuals in each of the study sites: two...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: SNP; Single nucleotide polymorphisms; Floresta Tropical; Casearia Sylvestris; Tropical forests.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101157
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Genômica para prospecção de genes associados com característica de umbigo em bovinos Canchim. Repositório Alice
ROMERO, A. R. da S.; NASCIMENTO, A. V.; SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; REGITANO, L. C. de A.; GRISOLIA, A. B..
Umbigos proeminentes para bovinos criados a pasto podem acarretar em patologias, cujo tratamento é dispendioso ao produtor. Sendo assim, técnicas de melhoramento são aplicadas visando perpetuar fenótipos de relevância, favorecendo inclusive o manejo sanitário dos animais. Nesse contexto, o objetivo do trabalho foi realizar o estudo de associação genômica ampla (GWAS) entre marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) com fenótipo de umbigo em bovino de corte da raça Canchim. O grupo amostral foi constituído por 1120 touros Canchim, dentre estes, 444 animais genotipados em painel BovineHD BeadChip (HD, >777.000 marcadores), 500 em painel BeadChip BovineSNP50 (50k, >50.000 marcadores), e 176 animais em High Density GeneSeek Genomic...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: GWAS; SNP; Gado de corte.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1067227
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Genotipagem de marcadores moleculares de resistência ao parasita Haemonchus contortus em ovinos da raça Morada Nova. Repositório Alice
CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; NICIURA, S. C. M..
A ovinocultura apresenta limitações decorrentes do parasitismo dos ovinos por nematoides gastrintestinais, que levam a perdas desde as relacionadas ao bem-estar animal quanto às perdas econômicas decorrentes da diminuição da produtividade animal.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Helmintos; Resistência parasitária; SNP.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079990
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Genotipagem por PCR-RFLP de um polimorfismo no gene CAST em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
SOUSA, I. I.; BLECHA, I. M. Z.; MACIEL, S. da S.; FERREIRA, A. B. R.; FEIJO, G. L. D.; SANTIAGO, G. G.; FAVERO, R.; SIQUEIRA, F..
Objetivou-se avaliar o marcador molecular do tipo SNP (Single-nucleotide Polymorphism) A2959G (AF159246) do gene bovino da calpastatina (CAST) em animais da raça Canchim provenientes das Provas Canchim de Avaliação de Desempenho dos anos de 2011 e 2012. As genotipagens foram realizadas por PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). As frequências alélicas e genotípicas foram comparadas pelo teste Qui-quadrado. Os desvios de frequências observadas em relação às esperadas para o Equilíbrio de Hardy-Weinberg foram analisados a 5% de significância e os dados obtidos foram submetidos à ANOVA utilizando o PROC GLM (SAS). Não foram encontradas associações significativas do marcador com as características área de olho de lombo...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Gene candidato; SNP; Candidate gene; Qualidade da carcaça; Gene bovino da calpastatina; Qualidade da carne; Qualidade de gordura entremeada; Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism.; Gado de corte; Marcador genético; Gado Canchim; Marcador molecular.; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1077313
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Heterozygous HTRA1 missense mutation in CADASIL-like family disease BJMBR
Wu,Xiaowei; Li,Changxin; Mao,Jinming; Li,Ling; Liu,Yan; Hou,Yao.
The aim of this study was to find related pathogenic genes in cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy in (CADASIL)-like patients. The direct sequencing and high-throughput multiplex polymerase chain reaction (PCR) was performed to screen for related genes. The clinical and imaging data of a CADASIL-like patient (the pro-band) and his family members were collected. At first, the known hereditary cerebral vascular genes of the pro-band were screened with direct sequencing to find candidate gene mutations. High-throughput multiplex PCR was then used to analyze the single nucleotide polymorphism of the candidate gene in the family members. The results showed that there was missense mutation of the high...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: HTRA1; CADASIL-like; SNP; Cerebral small vessel disease.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2018000500602
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Human fasting plasma concentrations of vitamin E and carotenoids, and their association with genetic variants in apo C-III, CETP, hepatic lipase, intestinal fatty acid binding protein and MTP Inra
Borel, P.; Moussa, M.; Reboul, E.; Lyan, B.; Defoort, C.; Vincent-Baudry, S.; Maillot, M.; Gastaldi, M.; Darmon, M.; Portugal, H.; Lairon, D.; Planells, R..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CAROTENE; I-FABP; LYCOPENE; POLYMORPHISM; SNP; ALPHA-TOCOPHEROL; GAMMA-TOCOPHEROL.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20083eb78884&uri=/notices/prodinra1/2010/01/
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Identificação de SNPs no gene DDEF1 bovino. Repositório Alice
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; GOUVEIA, J. J. S.; SANTIAGO, A. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A raça Canchim foi criada objetivando a produção de carne de melhor qualidade nas condições brasileiras e, tem sido muito utilizada em cruzamentos. Padrões específicos de algumas características da carcaça como, por exemplo, de espessura de gordura, contribuem para a manutenção da qualidade da carne. A raça Canchim produz carcaças com espessura de gordura inferior ao desejável pelo mercado, necessitando assim de estudos que visem auxiliar o melhoramento dessa característica. Os marcadores moleculares surgem nesse contexto como uma possibilidade de auxiliar o melhoramento tradicional. O BTA14 possui relatos de QTLs para espessura de gordura, motivando o estudo de genes candidatos a influenciar a deposição de gordura nessa região do genoma dos bovinos. Um...
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP; Gene DDEF1; Raça Canchim; Espessura de gordura.; Marcador Molecular..
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/48709
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Identification of novel single nucleotide polymorphisms in the DGAT1 gene of buffaloes by PCR-SSCP Genet. Mol. Biol.
Raut,Ashwin A.; Kumar,Anil; Kala,Sheo N.; Chhokar,Vinod; Rana,Neeraj; Beniwal,Vikas; Jaglan,Sundeep; Samuchiwal,Sachin K.; Singh,Jitender K.; Mishra,Anamika.
Diacylglycerol O-acyltransferase 1 (DGAT1) is a microsomal enzyme that catalyzes the final step of triglyceride synthesis. The DGAT1 gene is a strong functional candidate for determining milk fat content in cattle. In this work, we used PCR-SSCP (polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism) and DNA sequencing to examine polymorphism in the region spanning exon 7 to exon 9 of the DGAT1 gene in Murrah and Pandharpuri buffaloes. Three alleles (A, B and C) and four novel single-nucleotide polymorphisms were identified in the buffalo DGAT1 gene. The frequencies of the alleles differed between the two buffalo breeds, with allele C being present in Murrah but not in Pandharpuri buffalo. The allele variation detected in this work may...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Buffalo; DGAT1; PCR-SSCP; Polymorphism; SNP.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000400011
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Implementation of DNA markers to produce genomically - enhanced EPDs in Nellore cattle. Repositório Alice
LÔBO, R. B.; NKRUMAH, D.; GROSSI, D. do A.; BARROS, P. S. de; PAIVA, P.; BEZERRA, L. A. F.; OLIVEIRA, H. N. de; SILVA, M. V. G. B..
Background: The sequencing and publication of the cattle genome and the identification of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers have provided new tools for animal genetic evaluation and genomic-enhanced selection. These new tools aim to increase the accuracy and scope of selection while decreasing generation interval. The objective of this study was to evaluate the enhancement of accuracy caused by the use of genomic information (Clarifide® - Pfizer) on genetic evaluation of Brazilian Nellore cattle. Review: The application of genome-wide association studies (GWAS) is recognized as one of the most practical approaches to modern genetic improvement. Genomic selection is perhaps most suited to the improvement of traits with low heritability...
Tipo: Separatas Palavras-chave: DNA Markers; Genomic Enhanced EPDs; Genetic Evaluation; Genomic Selection; Nellore Cattle; SNP.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1064370
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Influence of temperament-related genes on live weight traits of Charolais cows R. Bras. Zootec.
Garza-Brenner,Estela; Sifuentes-Rincón,Ana María; Rodríguez-Almeida,Felipe Alonso; Randel,Ronald D.; Parra-Bracamonte,Gaspar Manuel; Arellano-Vera,Williams.
Abstract We investigated whether a panel of molecular markers previously associated with temperament has an effect on live growth traits. Phenotypic data from 412 Charolais cows categorized according to their age in adult and young cows were used to determine Pearson's correlations between birth (BW), weaning (WW), and yearling live (YW) weight and temperament traits (measured as exit velocity [EV] and temperament score [TS]). For association analysis, selective genotyping of a group of 80 cows identified as the most docile and temperamental were genotyped with a 151-SNP (single-nucleotide polymorphisms) panel of molecular markers previously associated with temperament. Significant Pearson's correlations between birth weight and weaning weight and the two...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Beef cattle; Behavior; Body weight; Candidate genes; SNP; Temperament.
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982020000100401
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Investigation for high-impact SNPs on important genes for muscle growth characteristics in broilers. Repositório Alice
PETRY, B.; MOREIRA, G. C. M.; JORGE, E. C.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Peito de frango; SNP; Melhoramento Genético Animal; Frango de Corte; Marcador Genético; Seleção Genética; Carcaça; Ganho de Peso; Animal genetic resources; Broiler chickens; Breast meat; Liveweight gain.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093333
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Linkage disequilibrium analysis in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; SCHENKEL, D. A.; VENTURA, R.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Autosome; Genomic selection; SNP; Synthetic breed; Alleles.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/963184
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Marcador alelo-específico associado com níveis de expressão do gene ZmMATE1 em milho. Repositório Alice
BARROS, B. de A.; MITRE, L. K.; PINTO, M. de O.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARAES, C. T..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: SNP; Polimorfismo de nucleotídeo único; Seleção assistida; Tolerância ao Al.; Solo ácido; Polimorfismo genético; Single nucleotide polymorphism..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1055348
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Meat tenderness genetic polymorphisms occurrence and distribution in five Zebu breeds in Mexico Electron. J. Biotechnol.
Parra-Bracamonte,Gaspar Manuel; Martínez-González,Juan C; Sifuentes-Rincón,Ana M; Moreno-Medina,Victor R; Ortega-Rivas,Eligio.
Background The Zebu cattle are represented by a diverse group of breeds in México. Traditionally these breeds have been associated with the tough beef characteristic. Validated genetic markers have the potential to be included in marker-assisted selection and management programs in order to improve traits such as beef tenderness. The incidence and distribution of Calpain and Calpastatin polymorphisms strongly associated with beef tenderness were estimated in registered cattle of five Zebu breeds in Mexico. Results A low and in some cases null frequency of favorable C allele of CAPN316 was determined in all breeds. Conversely, a more equilibrated frequency in CAPN4751 and CAST loci was observed. Conclusions Although the relatively low occurrence of...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Calpain; Calpastatin; Frequencies; Genotype; SNP.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582015000500007
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Mitochondrial DNA single nucleotide polymorphism associated with weight estimated breeding values in Nelore cattle (Bos indicus) Genet. Mol. Biol.
Biase,Fernando Henrique; Meirelles,Flávio Vieira; Gunski,Ricardo; Vozzi,Pedro Alejandro; Bezerra,Luiz A.F.; Vila,Reginaldo A.; Rosa,Artur J.M.; Lôbo,Raysildo B.; Martelli,Lúcia.
We sampled 119 Nelore cattle (Bos indicus), 69 harboring B. indicus mtDNA plus 50 carrying Bos taurus mtDNA, to estimate the frequencies of putative mtDNA single nucleotide polymorphisms (SNPs) and investigate their association with Nelore weight and scrotal circumference estimated breeding values (EBVs). The PCR restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method was used to detect polymorphisms in the mitochondrial asparagine, cysteine, glycine, leucine and proline transporter RNA (tRNA) genes (tRNAasn, tRNAcys, tRNAgly, tRNAleu and tRNApro). The 50 cattle carrying B. taurus mtDNA were monomorphic for all the tRNA gene SNPs analyzed, suggesting that they are specific to mtDNA from B. indicus cattle. No tRNAcys or tRNAgly polymorphisms were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovine; Mitochondria; MtDNA; SNP; Weight.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000600005
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Molecular development of oxfendazole resistance starting with a susceptible Haemonchus contortus isolate. Repositório Alice
MONTEIRO, J. P.; SANTOS, J. M. L. dos; VASCONCELOS, J. F.; FROTA, G. A.; ANDRÉ, W. P. P.; RIBEIRO, W. L. C.; MELO, A. C. F. L.; TEIXEIRA, M.; VIEIRA, L. da S.; BEVILAQUA, C. M. L..
Abstract: Haemonchus contortus is one of the main small ruminant parasites in tropical areas and its control is traditionally done through the utilization of synthetic anthelmintics such as benzimidazoles (BZ). BZ resistance is associated to single nucleotide polymorphisms (SNP) located in the Beta-tubulin isotype 1 gene: F200Y, F167Y and E198A. Here we describe the rise of resistant mutations within a completely susceptible isolate (Inbred-susceptible-Edinburgh - ISE) in an experimental infection model in 3 sheep treated with increasing oxfendazole doses. After initial infection and rise in fecal egg counts, the drug regimen started with subdoses as low as 30% of the recommended dosage and were gradually increased to 100% over the course of a year....
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: SNP; Beta tubulin; Resistance to anthelmintics.; Dosage effects; Haemonchus contortus; Resistência química; Anti-Helmíntico; Anthelmintics; Drug resistance; Oxfendazole..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079254
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Morphological and molecular diversity of 47 melon (Cucumis melo) cultivars compared to an extinct landrace excavated from the 15th century National Institute of Agronomic Research
Szabó, Z.; Gyulai, G.; Tóth, Z.; Heszky, L..
Morphological diversity of 47 melon (Cucumis melo L.) cultivars and landraces from Hungarian germplasm collection were analyzed. Cluster analysis based on 26 morphological (quantitative and qualitative) traits revealed an extreme diversity among accessions, however cultivars were clustered into three types of cantalupensis, reticulatus and inodorus. Molecular (SSR, ITS) and morphological dendrograms were compared and the genotype of medieval sample was reconstructed
Tipo: Poster Palavras-chave: Hungary; Cucumis melo; ADNA; Microevolution; SNP; Germplasm; Dendrogam; Genetic resource.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/2174/219
Registros recuperados: 98
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