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Single Nucleotide polymorphisms and their relationship to codon usage bias in the Pacific oyster Crassostrea gigas ArchiMer
Sauvage, Christopher; Bierne, N; Lapegue, Sylvie; Boudry, Pierre.
DNA sequence polymorphism and codon usage bias were investigated in a set of 41 nuclear loci in the Pacific oyster Crassostrea gigas. Our results revealed a very high level of DNA polymorphism in oysters, in the order of magnitude of the highest levels reported in animals to date. A total of 290 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected, 76 of which being localised in exons and 214 in non-coding regions. Average density of SNPs was estimated to be one SNP every 60 bp in coding regions and one every 40 bp in non-coding regions. Non-synonymous substitutions contributed substantially to the polymorphism observed in coding regions. The non-synonymous to silent diversity ratio was 0.16 on average, which is fairly higher to the ratio reported in other...
Tipo: Text Palavras-chave: Crassostrea gigas; Codon bias; Genetic diversity; SNP.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-3417.pdf
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Single-nucleotide polymorphism analysis of GH, GHR, and IGF-1 genes in minipigs BJMBR
Tian,Y.G.; Yue,M.; Gu,Y.; Gu,W.W.; Wang,Y.J..
Tibetan (TB) and Bama (BM) miniature pigs are two popular pig breeds that are used as experimental animals in China due to their small body size. Here, we analyzed single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in gene fragments that are closely related to growth traits [growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), and insulin-like growth factor (IGF)-1)] in these pig breeds and a large white (LW) control pig breed. On the basis of the analysis of 100 BMs, 108 TBs, and 50 LWs, the polymorphic distribution levels of GH, GHR, and IGF-1 were significantly different among these three pig breeds. According to correlation analyses between SNPs and five growth traits - body weight (BW), body length (BL), withers height (WH), chest circumference (CC), and abdomen...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Minipigs; SNP; GH; GHR; IGF-1.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2014000900753
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SNP selection using sparse PLS Inra
Boitard, S.; Sansas, B.; Servin, B.; San Cristobal, M..
Tipo: Conference Paper Palavras-chave: SNP; SELECTION; PLS; QTL; MARKER.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011fc84a4f9&uri=/notices/prodinra1/2011/06/
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Structure et diversité génétique des populations de raie bouclée en Méditerranée ArchiMer
Lecuyer, Romain.
Chondrichtyes are threatened by several disturbances among which is the significant development of fisheries during the 20th century. The Mediterranean sea has long been fished and keeps being intensely so by several nations that seek cost-effectiveness or food security above all. Such a background does not ease data recording and sharing for research purposes. This study mainly aims at assessing the population structure and status of thornback ray so as to avoid its deterioration due to bottom-trawl fisheries pressure, hardly reversible even with a sudden sound management. To do so, an extensive panel of nuclear genetic markers has been developed to analyze underlying structure along with differenciation and genetic diversity of Mediterranean populations....
Tipo: Text Palavras-chave: Méditerranée; Structure de populations; Différenciation; Diversité génétique; SNP; Raja clavata; Mediterranean sea; Population structure; Differenciation; Genetic diversity; SNP; Raja clavata.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00667/77899/80091.pdf
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Study on the polymorphism of POU1F1 gene in sheep R. Bras. Zootec.
Bai,Jun Yan; Wang,Xu; Yang,You Bing; Zhang,Xiao Hui; Pang,You Zhi; Li,Hong Wei.
ABSTRACT In this study, POU1F1 gene polymorphism was detected in five sheep populations (large-tailed Han, small-tailed Han, Yuxi fat-tailed, Lanzhou large-tailed, and Mongolian sheep), using DNA pooling and sequencing, to provide theoretical basis for the breeding of excellent sheep varieties. Three single-nucleotide polymorphism (SNP) loci of POU1F1 gene were detected in five sheep populations, namely C355T (C/T), C71G (C/G), and C330G (C/G). C and T frequencies of C355T were 0.67/0.33, 0.81/0.19, 0.67/0.33, 1.00/0.00, and 0.93/0.07, respectively, in large-tailed Han, small-tailed Han, Yuxi fat-tailed, Mongolian, and Lanzhou large-tailed sheep. C of C355T locus was the dominant allele in five sheep populations. C and G allele frequencies of C330G locus...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: DNA pooling; Phylogenetic tree; Sheep; SNP.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982016001000604
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Teste de associação de um SNP do gene IGFBP3 com espessura de gordura subcutânea, área de olho de lombo e peso aos 18 meses em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; MELLO, S. S.; IBELLI, A. M. G.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A raça Canchim tem possui pouca gordura de cobertura o que limita o valor da carcaça produzida. O cromossomo 4 já foi associado com deposição de gordura em bovinos. O gene IGFBP3 foi relacionado ao metabolismo de gorduras e encontra-se no cromomosso 4. Este trabalho objetivou identificar polimorfismos no gene IGFBP3, investigar associação desses SNPs com espessura de gordura, área de olho de lombo e peso aos 18 meses de bovinos da raça Canchim. Um total de 647 animais, compreendendo machos e fêmeas, nascidos de 2003 a 2006, criados em regime de pastagem em oito fazendas localizadas nos estados de SP e GO, foi avaliado para espessura de gordura subcutânea, área de olho de lombo e peso aos 18 meses de idade. Para a identificação dos SNPS foram calculados os...
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP; Raça Canchim.; Gado de corte..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/660900
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The cuttable C-related genotype and allele for the E-cadherin 3’-UTR Pml I polymorphism are associated with higher susceptibility to endometriosis Genet. Mol. Biol.
Hsieh,Yao-Yuan; Chang,Chi-Chen; Tsai,Fuu-Jen; Hsu,Chin-Moo; Lin,Cheng-Chieh; Tsai,Chang-Hai.
Epithelial cadherin (E-cadherin; CDH1) may influence pericellular proteolysis and intracellular signal transduction, which plays an essential part of tumor invasion. In our study we investigated the correlation between CDH1 gene polymorphism and endometriosis in two groups of pre-menopausal Taiwanese women, group 1 (n = 150) consisting of women with severe stage IV endometriosis and group 2 (n = 159) of women with no endometriosis. The polymerase chain reaction (PCR) was used to identify the cuttable (C) and uncuttable (T) polymorphism of the CDH1-Pml I gene (rs1801026) located on the 3’-untranslated region (3’-UTR) of chromosome 16 and compare the genotypes and allelic frequencies of this gene in both groups. We found that the genotype and allele...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Endometriosis; E-cadherin; Polymorphism; SNP.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572005000500003
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The optimal number of partial least squares components in genomic selection for pork pH Ciência Rural
Silveira,Fernanda Gomes da; Duarte,Darlene Ana Souza; Chaves,Lucas Monteiro; Silva,Fabyano Fonseca e; Filho,Ivan Carvalho; Duarte,Marcio de Souza; Lopes,Paulo Sávio; Guimarães,Simone Eliza Facioni.
ABSTRACT: The main application of genomic selection (GS) is the early identification of genetically superior animals for traits difficult-to-measure or lately evaluated, such as meat pH (measured after slaughter). Because the number of markers in GS is generally larger than the number of genotyped animals and these markers are highly correlated owing to linkage disequilibrium, statistical methods based on dimensionality reduction have been proposed. Among them, the partial least squares (PLS) technique stands out, because of its simplicity and high predictive accuracy. However, choosing the optimal number of components remains a relevant issue for PLS applications. Thus, we applied PLS (and principal component and traditional multiple regression)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: SNP; Genomic prediction; Meat quality.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782017000100652
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THE SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS OF MYOSTATIN GENE AND THEIR ASSOCIATIONS WITH GROWTH AND CARCASS TRAITS IN DAHENG BROILER Rev. Bras. Ciênc. Avic.
Zhang,XX; Ran,JS; Lian,T; Li,ZQ; Yang,CW; Jiang,XS; Du,HR; Cui,ZF; Liu,YP.
ABSTRACT Myostatin (MSTN) is a negative regulator of skeletal muscle growth. In order to investigate whether there is a correlation between MSTN polymorphisms and chicken production performance, in this study, single nucleotide polymorphisms (SNPs) in MSTN gene were examined across 180 Daheng broilers by direct sequencing of PCR product, and the correlations between the genotype and body weight at the age of 1-10 weeks and carcass traits at the age of 73 day were analyzed. Five SNPs (rs313622770, rs313744840, rs316247861, rs314431084, rs317126751) of MSTN gene were identified across Daheng broiler samples, and four haplotypes were reconstructed based on the five SNPs. Results of association analysis showed that four (rs313622770, rs313744840, rs316247861...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Association analysis; Chicken; Production performance; MSTN; SNP.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-635X2019000300319
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Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P..
Este estudo foi realizado com o objetivo de promover uma ampla caracterização de genes do feijoeiro comum relacionados à seca.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: SNP; RNA-seq; Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência a seca; Beans.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078772
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Transcriptome based SNP discovery and validation for parentage assignment in hatchery progeny of the European abalone Haliotis tuberculata ArchiMer
Harney, Ewan; Lachambre, Sebastien; Roussel, Sabine; Huchette, Sylvain; Enez, Florian; Morvezen, Romain; Haffray, Pierrick; Boudry, Pierre.
Selective breeding strategies require pedigree information over generations, but many species produced in aquaculture are too small to be physically tagged at early stages. Consequently, maintaining a sufficient number of separate families is often needed but costly and logistically difficult. Alternatively, parentage assignment can be obtained using DNA markers. We developed a panel of single nucleotide polymorphism (SNP) markers for the European abalone Haliotis tuberculata using an existing transcriptomic resource. An initial set of 2,176,887 SNPs was filtered to select 500 for high throughput genotyping. Of these, 298 SNPs were amplified in at least 90% of our H. tuberculata samples, consisting of a mixed family cohort (945 offspring) generated by...
Tipo: Text Palavras-chave: Abalone; Parentage assignment; Pedigree; Selective breeding; Transcriptome; SNP.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00429/54061/55396.pdf
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Uma aplicação do modelo de sobrevivência de Cox na seleção genômica ampla de suínos. Repositório Alice
SANTOS, V. S. dos; MARTINS FILHO, S.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de.
Edição especial dos anais do Encontro Mineiro de Estatística, 12., 2013, Uberlândia. Resumo.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Melhoramento genético; Seleção genômica ampla; SNP; Modelo misto; Fragilidade.; Suíno..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/974643
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Validação de marcadores moleculares associados à pungência em pimenta Horticultura Brasileira
Pereira,Ítalo S; Barreto,Fernanda Z; Balsalobre,Thiago WA; Sala,Fernando C; Costa,Cyro P; Carneiro,Monalisa S.
A pungência em frutos de pimenta do gênero Capsicum, devido à presença de capsaicinóides, é uma das características mais atrativas e muito valorizadas pela culinária mundial. Neste trabalho, objetivou-se validar e avaliar a eficiência de predição dos marcadores moleculares pun1¹, pun1³ e o SNP identificado pelo método tetra-primer ARMS-PCR para a determinação de pungência em acessos de Capsicum spp. Trinta e seis acessos do Banco de Germoplasma da Universidade Federal de São Carlos foram avaliados através de análises sensoriais (em frutos maduros) e moleculares para pungência (na fase de plântula através da extração do DNA em folhas). Os marcadores SNP ARMS-PCR, pun1¹ e pun1³ foram usados na avaliação molecular. Os resultados mostram a eficiência desses...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capsicum spp.; SNP; Melhoramento genético; Seleção..
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362015000200009
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Validação de um painel reduzido de marcadores moleculares associados com susceptibilidade ao vírus da pneumonia ovina. Repositório Alice
BCHARA, M.; MCMANUS, C.; BLACKBURN, H.; AZEVEDO, H. C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R..
Edição especial dos Anais do 5 Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP; Manejo genético; Ovis Aries.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1103722
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Validação de um SNP associado à área de olho de lombo em uma população de animais Canchim Repositório Alice
LIMA, B. L.; LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; BRESSANI, F.; MALAGO JUNIOR, W.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP; Validação; Olho de lombo.; Gado de Corte..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946176
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Variabilidade genética para marcadores SNP associados à resistência a Haemonchus contortus em ovinos Morada Nova. Repositório Alice
CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; NICIURA, S. C. M..
Haemonchus contortus é o parasita gastrointestinal de maior importância para pequenos ruminantes, como ovinos e caprinos. Pode-se, por meio de marcadores moleculares, contribuir para o controle parasitário, selecionando raças e animais que sejam mais resistentes ao parasita, elevando ainda o bem-estar e a produção desses animais.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Controle parasitário; Morada Nova; SNP; Haemonchus Contortus; Ovino; Single nucleotide polymorphism; Sheep.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096530
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Y-chromosome variability of brazilian sheep breeds. Repositório Alice
PAIVA, S. R.; DIAS, C.; FARIA, D. A.; MCMANUS, C.; OLIVEIRA, A. A.; LOBO, R. N. B.; SOUZA, W. H. de; DERGAM, J. A.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; EGITO, A. A. do; CASTRO, S. R.; MARIANTE, A. S..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Raça naturalizada; PCR-RFLP; SNP; Brasil.; Ovelha; Polimorfismo..
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/532942
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Y-chromosome variability of brazilian sheep breeds. Repositório Alice
PAIVA, S. R.; DIAS, C.; FARIA, D. A.; MCMANUS, C.; OLIVEIRA, A. A.; LÔBO, R. N. B.; SOUZA, W. H. de; DERGAM, J. A.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; EGITO, A. A. do; CASTRO, S. R.; MARIANTE, A. S..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Raça naturalizada; PCR-RFLP; SNP; Brasil; Ovelha; Polimorfismo.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188054
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