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Acurácia de imputação de genótipos para estudos de associação genômica em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; BOISON, S. A.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A.; TORRES JUNIOR, R. A. de A..
Comissão organizadora: Grácia Maria Soares Rosinha, Alexandra Rocha de Oliveir, Rodrigo Carvalho Alva.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Marcadores; Single Nucleotide Polimorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1016060
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Genomic analysis for managing small and endangered populations: a case study in Tyrol Grey cattle. Repositório Alice
MÉSZÁROS, G.; BOISON, S. A.; O'BRIEN, A. M. P.; FERENCAKOVIC, M.; CURIK, I.; SILVA, M. V. G. B.; UTSONOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J..
Analysis of genomic data is increasingly becoming part of the livestock industry. Therefore, the routine collection of genomic information would be an invaluable resource for effective management of breeding programs in small, endangered populations. The objective of the paper was to demonstrate how genomic data could be used to analyse (1) linkage disequlibrium (LD), LD decay and the effective population size (NeLD); (2) Inbreeding level and effective population size (NeROH) based on runs of homozygosity (ROH); (3) Prediction of genomic breeding values (GEBV) using small within-breed and genomic information from other breeds. The Tyrol Grey population was used as an example, with the goal to highlight the potential of genomic analyses for small breeds. In...
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP chip; Breed management; Endangered breeds; Genomic selection; Runs of homozygosity.; Linkage disequilibrium..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1037600
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Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. Repositório Alice
O'BRIEN, A. M. P.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bovine reproduction.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1017843
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Strategies for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping to enhance genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle: Comparison of commercially available SNP chips. Repositório Alice
BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A.; UTSONOMIYA, A. H. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B..
Genotype imputation is widely used as a cost-effective strategy in genomic evaluation of cattle. Key determinants of imputation accuracies, such as linkage disequilibrium patterns, marker densities, and ascertainment bias, differ between Bos indicus and Bos taurus breeds. Consequently, there is a need to investigate effectiveness of genotype imputation in indicine breeds. Thus, the objective of the study was to investigate strategies and factors affecting the accuracy of genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Four imputation scenarios were studied using 471 sires and 1,644 dams genotyped on Illumina BovineHD (HD-777K; San Diego, CA) and BovineSNP50 (50K) chips, respectively. Scenarios were based on which reference high-density single...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Imputation; Gyr; FImpute.; Beagle..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1036928
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