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Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395
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Antioxidants on crioula breend ram semen cryopreservation. Repositório Alice
PRADIEÉ, J.; CARDOSO, T. F.; SILVA, E. F.; LAZZARI, J. C.; GONÇALVES, A. O.; MONDADORI, R. G.; PEGORARO, L. M. C.; LUCIA JUNIOR, T..
Publicado no: Proceedings of the 26th Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society (SBTE), August 30th to September 2nd, 2012, Foz do Iguaçu, PR, Brazil.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Sêmen..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/936111
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Associação entre variantes cis regulatórias do gene KCNJ11e características econômicas em bovinos Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; REGITANO, L. C. de A..
Características de produção como eficiência alimentar e de qualidade da carne bovina são de suma importância para o agronegócio, agroindústria e consumidores. Assim, ferramentas biotecnológicas como a genômica podem adicionar informações para identificar potenciais biomarcadores com a finalidade de auxiliar os programas de melhoramento e seleção de bovinos de corte.
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP; Expressão gênica; Sítio de ligação de fator de transcriçã0; Ilha CpG; Qualidade da carne; Bos Indicus.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115556
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Associação entre variantes da região upstream do gene CTGF e medidas fenotípicas de eficiência alimentar em bovinos Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. S. DE; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; REGITANO, L. C. de A..
A eficiência alimentar bovina é uma característica de produção de suma importância para o agronegócio, agroindústria e meio ambiente, porém por possuir mensuração onerosa e tardia é de difícil integração a programas de melhoramento animal. Análises genômicas podem acrescentar informações para a identificação de potenciais biomarcadores, com a finalidade de auxiliar os programas de melhoramento, na seleção de bovinos Nelore mais eficientes quanto ao aproveitamento do alimento consumido. A partir dessas ferramentas, estudos prévios identificaram a expressão diferencial do gene connective tissue growth factor (CTGF) entre animais com fenótipos divergentes para eficiência alimentar, observando maiores níveis de expressão em animais ineficientes.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: SNP; Expressão gênica; Sítio de ligação de fator de transcrição; Bos Indicus; Fenótipo.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1131319
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Componentes do microbioma fecal e ruminal associados à suscetibilidade à infecção por Haemonchus contortus em ovinos Morada Nova. Repositório Alice
CONTEVILLE, L. C.; SILVA, W. DOS S.; CARDOSO, T. F.; ANDRADE, B. G. N.; REGITANO, L. C. de A.; SILVA, J. V.; CHAGAS, A. C. de S.; KAPRITCHKOFF, R. T. I.; OKINO, C. H.; BRUSCADIN, J.; AFONSO, J..
Morada Nova é uma raça de ovelhas deslanadas adaptadas ao clima tropical do país e que possuem aptidão relacionada à produção de carne e couro.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Nematóides; Biomarcadores; Amplicon Sequencing Variants; Bactérias; Bioinformática.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1150813
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Different media used for selection of competent swine oocytes with Brilliant cresyl blue staining. Repositório Alice
SANTOS, E. C. da S.; PRADIEÉ, J.; GONÇALVES, O. de A.; MADEIRA, E. M.; LAZZARI, J. C.; CARDOSO, T. F.; SCHIAVON, R. S.; PEGORARO, L. M. C.; MONDADORI, R. G.; VIEIRA, A. D.; LUCIA JR, T..
Publicado no: Proceedings of the 17th International Congress on Animal Reproduction (ICAR) Vancouver, Canada; 29 July - 2 August 2012.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bovino..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/934501
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Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. Repositório Alice
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus)...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismos de nucleotídeo único; Expressão gênica; Expressão alelo específica; Cis-regulation; ASE; Allele-specific expression; Fenótipo; Single nucleotide polymorphism; Gene expression; Phenotype; Beef.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1151168
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Effect of ß-Mercaptoetanol and cysteine on post-thawing quality and oxidative activity of ram sperm and on the viability of vitrified sheep embryos. Repositório Alice
PRADIEÉ, J.; CARDOSO, T. F.; SILVA, E. F.; GONÇALVES, A. O.; GASTAL, G. D. A.; ROSA, C. E.; MONDADORI, R. G.; PEGORARO, L. M. C.; VIEIRA, A. D.; LUCIA JUNIOR, T..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Sheep embryos; Antioxidant; Frozen ram sperm.; Reactive oxygen species; Vitrification..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053502
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Influence of speerm processing on IVP of bovine embryos. Repositório Alice
GONÇALVES, A. O.; CARDOSO, T. F.; SILVA, E. F.; PRADIEÉ, J.; MADEIRA, E. M.; SANTOS, E. C. D S.; LAZZARI, J. C.; PEGORARO, L. M. C.; DINIZ, A..
Publicado no: Proceedings of the 26th Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society (SBTE), August 30th to September 2nd, 2012, Foz do Iguaçu, PR, Brazil.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Reprodução Animal..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/935940
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Influência de diferentes gradientes de densidade na seleção espermática para a produção in vitro de embriões bovinos das raças angus e jersey. Repositório Alice
CARDOSO, T. F.; GONÇALVES, A. de O.; PRADIEÉ, J.; MADEIRA, E. M.; SANTOS, E. C. da S.; LAZZARI, J. C.; VIANNA, L. L.; VIEIRA, A. D.; PEGORARO, L. M. C..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bovinos.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/948880
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Multi-omics approach reveals miR-SNPs affecting muscle fatty acids profile in Nelore cattle. Repositório Alice
CARDOSO, T. F.; COUTINHO, L. L.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; SILVEIRA, J. C. DA; CHIARATTI, M. R.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
MicroRNAs (miRNAs) are key regulators of gene expression, potentially affecting several biological processes, whose function can be altered by sequence variation. Hence, the integration of single nucleotide polymorphisms (SNP) and miRNAs can explain individual differences in economic traits. To provide new insights into the effects of SNPs on miRNAs and their related target genes, we carried out a multi-omic analysis to identify SNPs in miRNA mature sequences (miR-SNPs) associated with fatty acid (FA) composition in the Nelore cattle. As a result, we identified 3 miR-SNPs in different miRNAs (bta-miR-2419-3p, bta-miR-193a-2, and bta-miR-1291) significantly associated with FA traits (p-value < 0.02, Bonferroni corrected). Among these, the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Análise multiômica; Expressão gênica; Polimorfismo de nucleotídeo único; Association analysis; MiRNAs; Bos Indicus; Beef quality; Polymorphism; Gene expression; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1131655
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Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. Repositório Alice
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. de; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A..
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Functional genomics; Regulação gênica; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gene regulation; Animal biotechnology; Bos Indicus; Gado Nelore; Animal breeding; Gene expression; Genetic markers; Genetics; Genome; Genomics; Genotype; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1131654
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Muscle allele-specific expression QTLs may affect meat quality traits in Bos indicus. Repositório Alice
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. de; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specific expression (ASE SNPs) were previously identified in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specific expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specific expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Loci de característica quantitativa; Expressão alélica; Imprint genômico; Allelic expression; Allele-specific expression; Gado Nelore; Bos Indicus; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci; Genomic imprinting.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1133623
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Percoll® e optiprep® como mini gradientes para seleção espermática no sistema de produção in vitro de embriões bovinos. Repositório Alice
GONÇÇALVES, A. de O.; CARDOSO, T. F.; PRADIEÉ, J.; MADEIRA, E. M.; SANTOS, E. S. da S.; LAZZARI, J. C.; VIEIRA, A. D.; PEGORARO, L. M. C..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Embriões.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/952292
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Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency helps to reduce environmental impacts from livestock production, improving beef cattle profitability. We identified potential biomarkers (hub genes) for feed efficiency, by applying co-expression analysis in Longissimus thoracis RNA-Seq data from 180 Nelore steers. Six co-expression modules were associated with six feed efficiency-related traits (p-value &#8804; 0.05). Within these modules, 391 hub genes were enriched for pathways as protein synthesis, muscle growth, and immune response. Trait-associated transcription factors (TFs) ELF1, ELK3, ETS1, FLI1, and TCF4, were identified with binding sites in at least one hub gene. Gene expression of CCDC80, FBLN5, SERPINF1, and OGN was associated with multiple feed efficiency-related traits...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Longissimus thoracis; Biomarcadores; Expressão gênica; Feed efficiency; Hub genes; Systems biology; WGCNA; Bos Indicus; Gene expression.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124356
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Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Repositório Alice
ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A..
Background: The impact of extreme changes in weather patterns on the economy and human welfare is one of the biggest challenges our civilization faces. From anthropogenic contributions to climate change, reducing the impact of farming activities is a priority since it is responsible for up to 18% of global greenhouse gas emissions. To this end, we tested whether ruminal and stool microbiome components could be used as biomarkers for methane emission and feed efficiency in bovine by studying 52 Brazilian Nelore bulls belonging to two feed intervention treatment groups, that is, conventional and by-product-based diets. Results: We identified a total of 5,693 amplicon sequence variants (ASVs) in the Nelore bulls? microbiomes. A Differential abundance analysis...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Association; Feed efficiency; Methane emission; Bactéria; Bos Indicus; Archaea; Biomarkers.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1145925
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