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Adaptabilidade e estabilidade de acessos de uma coleção nuclear de arroz PAB
Bueno,Luíce Gomes; Vianello,Rosana Pereira; Rangel,Paulo Hideo Nakano; Utumi,Marley Marico; Cordeiro,Antônio Carlos Centeno; Pereira,José Almeida; Franco,Daniel Fernandez; Moura Neto,Francisco; Mendonça,João Antônio; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Oliveira,Jaison Pereira de; Brondani,Claudio.
O objetivo deste trabalho foi determinar o potencial produtivo e a interação entre genótipos e ambientes em 550 acessos da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa. O desempenho, a adaptação e a estabilidade produtiva de cada genótipo foram avaliados por meio da metodologia de análise dos efeitos principais aditivos e interações multiplicativas (AMMI), em nove experimentos de campo, realizados em seis Estados, em condição de sequeiro e irrigada, durante três anos agrícolas. Foi realizada a análise por meio de modelos lineares mistos, e as estimativas de componentes de variância foram obtidas pelo método de máxima verossimilhança residual (REML), com aplicação do procedimento de melhor predição linear não viesada (BLUP) para a predição dos valores genéticos dos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Oryza sativa; AMMI; Caracterização agronômica; Modelo linear misto; Recursos genéticos; Variedades tradicionais.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2012000200010
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Assessment of genetic variability within and among coffee progenies and cultivars using RAPD markers Genet. Mol. Biol.
Silveira,Sheila Recepute; Ruas,Paulo Maurício; Ruas,Claudete de Fátima; Sera,Tumoru; Carvalho,Valdemar de Paula; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes.
The RAPD technique associated with restriction digestion of genomic DNA was used to assess the genetic variability within and among nine populations of Coffea arabica, including six progenies belonging to the Sarchimor germplasm, the progeny PR 77054-40-10 (Catuaí Vermelho IAC 81 x Icatu), and two commercial cultivars (IAPAR 59 and Catuaí Vermelho IAC-81). These populations were evaluated using analysis of molecular variance (AMOVA), genetic similarity among progenies, and percentage of polymorphic loci. A total of 99 RAPD markers were evaluated of which 67 (67.67%) were polymorphic. AMOVA showed that 38.5% and 61.5% of the genetic variation was distributed among and within populations, respectively. The fixation index (F ST) of the genotypes was 0.385....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffee breeding; Genetic variability; Molecular variance; RAPD markers.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000300018
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Association mapping for yield and grain quality traits in rice (Oryza sativa L.) Genet. Mol. Biol.
Borba,Tereza Cristina de Oliveira; Brondani,Rosana Pereira Vianello; Breseghello,Flávio; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Mendonça,João Antônio; Rangel,Paulo Hideo Nakano; Brondani,Claudio.
Association analysis was applied to a panel of accessions of Embrapa Rice Core Collection (ERiCC) with 86 SSR and field data from two experiments. A clear subdivision between lowland and upland accessions was apparent, thereby indicating the presence of population structure. Thirty-two accessions with admixed ancestry were identified through structure analysis, these being discarded from association analysis, thus leaving 210 accessions subdivided into two panels. The association of yield and grain-quality traits with SSR was undertaken with a mixed linear model, with markers and subpopulation as fixed factors, and kinship matrix as a random factor. Eight markers from the two appraised panels showed significant association with four different traits,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Association analysis; Core collection; Genetic structure.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572010000300023
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Comparative linkage mapping of Oryza glumaepatula and Oryza sativa interspecific crosses based on microsatellite and expressed sequence tag markers Genet. Mol. Biol.
Rangel,Priscila Nascimento; Brondani,Rosana Pereira Vianello; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Rangel,Paulo Hideo Nakano; Brondani,Claudio.
Molecular linkage maps representing the rice genome have been an important tool for breeding programs because they allow the elucidation of polygenic traits and are an efficient tool for monitoring wild introgressions in interspecific crosses. Common markers among rice genetic maps are important in defining the homology of chromosomes and the synteny between genomic target regions. We used 148 markers (expressed sequence tags, microsatellites and single nucleotide polymorphisms) to construct a molecular linkage map based on co-dominant markers for an interspecific backcross population using a wild rice (Oryza glumaepatula) from Brazil and performed a comparative analysis with other interspecific maps. The comparative analysis revealed a Spearman...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Comparative linkage map; Molecular markers; Oryza glumaepatula; Rice.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000400019
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Divergência entre subpopulações de cagaiteira (Eugenia dysenterica) em resposta a padrões edáficos e distribuição espacial PAB
Telles,Mariana Pires de Campos; Silva,Rossana Serrato Mendonça; Chaves,Lázaro José; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Diniz Filho,José Alexandre Felizola.
A domesticação e a utilização de espécies nativas em sistemas de produção muitas vezes são inviabilizadas pela falta de conhecimento prévio sobre a variabilidade genética. Uma vez quantificada, esta variabilidade pode ser útil tanto para o melhoramento genético da espécie quanto em programas de conservação. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diferenciação, com base em caracteres genéticos e fenotípicos, entre dez subpopulações de Eugenia dysenterica DC. nativas da região sudeste do Estado de Goiás. Foram utilizados testes de Mantel a fim de comparar os padrões de variação genética, com base em oito locos isoenzimáticos, e caracteres fenotípicos (caracteres morfológicos e demográficos), entre as subpopulações, e estabelecer suas relações com as...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Isoenzimas; Fenótipos; Variação genética; Fatores ambientais.
Ano: 2001 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2001001100009
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Factorial analysis of bootstrap variances of population genetic parameter estimates Genet. Mol. Biol.
Carlini-Garcia,Luciana Aparecida; Vencovsky,Roland; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes.
We presented an alternative way to verify the relative contribution to the total variance, of the sources of variation due to populations (P), individuals within populations (I), the (P*I) interaction, and the standard error of the following parameter estimates: total (F) and intrapopulation (f) fixation indices, and divergence among populations (q). The knowledge of this relative contribution is important to establish sampling strategies of natural populations. To attain these objectives, the bootstrap method was used to resample simultaneously populations and individuals, considering different combinations of P and I. This procedure was repeated five times for a given combination of each analyzed data set. For each data set, five estimates of these...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Population structure; Resampling; Natural populations.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572006000200019
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Genetic structure and gene flow in Eugenia dysenterica DC in the Brazilian Cerrado utilizing SSR markers Genet. Mol. Biol.
Zucchi,Maria Imaculada; Brondani,Rosana Pereira Vianello; Pinheiro,José Baldin; Chaves,Lázaro José; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Vencovsky,Roland.
The ''cagaita tree'' (Eugenia dysenterica) is a plant found widespread in the Brazilian Cerrado. Its fruit is used for popular consumption and for industrial purposes. This study opens a new perspective for the generation of population genetic data and parameters estimates for devising sound collection and conservation procedures for Eugenia dysenterica. A battery of 356 primer pairs developed for Eucalyptus spp. was tested on the ''cagaita tree''. Only 10 primer pairs were found to be transferable between the two species. Using a polyacrilamide gel, an average of 10.4 alleles per locus was detected, in a sample of 116 individuals from 10 natural ''cagaita tree'' populations. Seven polymorphic loci allowed estimation of genetic parameters, including...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: SSR; Myrtaceae; Cerrado; Tropical tree; Genetic diversity and transferability.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000400008
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Genetic structure and gene flow of Eugenia dysenterica natural populations PAB
Zucchi,Maria Imaculada; Pinheiro,José Baldin; Chaves,Lázaro José; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Couto,Mansuêmia Alves; Morais,Lizz Kezzy de; Vencovsky,Roland.
This study was carried out to assess the genetic variability of ten "cagaita" tree (Eugenia dysenterica) populations in Southeastern Goiás. Fifty-four randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) loci were used to characterize the population genetic variability, using the analysis of molecular variance (AMOVA). A phiST value of 0.2703 was obtained, showing that 27.03% and 72.97% of the genetic variability is present among and within populations, respectively. The Pearson correlation coefficient (r) among the genetic distances matrix (1 - Jaccard similarity index) and the geographic distances were estimated, and a strong positive correlation was detected. Results suggest that these populations are differentiating through a stochastic process, with restricted...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Myrtaceae; Cerrado; Tropical species; Genetic diversity.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2005001000005
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Genome-wide analysis of the transcriptional response to drought stress in root and leaf of common bean Genet. Mol. Biol.
Pereira,Wendell Jacinto; Melo,Arthur Tavares de Oliveira; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Rodrigues,Fabiana Aparecida; Mamidi,Sujan; Alencar,Sérgio Amorim de; Lanna,Anna Cristina; Valdisser,Paula Arielle Mendes Ribeiro; Brondani,Claudio; Nascimento-Júnior,Ivanildo Ramalho do; Borba,Tereza Cristina de Oliveira; Vianello,Rosana Pereira.
Abstract Genes related to the response to drought stress in leaf and root tissue of drought-susceptible (DS) and tolerant (DT) genotypes were characterized by RNA-Seq. In total, 54,750 transcripts, representative of 28,590 genes, were identified; of these, 1,648 were of high-fidelity (merge of 12 libraries) and described for the first time in the Andean germplasm. From the 1,239 differentially expressed genes (DEGs), 458 were identified in DT, with a predominance of genes in categories of oxidative stress, response to stimulus and kinase activity. Most genes related to oxidation-reduction terms in roots were early triggered in DT (T75) compared to DS (T150) suggestive of a mechanism of tolerance by reducing the damage from ROS. Among the KEGG enriched by...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Water deficit; Functional genomics; Single nucleotide polymorphism (SNP).
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572020000100309
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Intrapopulation fixation index dynamics in finite populations with variable outcrossing rates Scientia Agricola
Coelho,Alexandre Siqueira Guedes; Vencovsky,Roland.
The intrapopulation fixation index ( f ) is inversely related to the outcrossing rate (t). Results obtained from data on molecular markers of natural populations have shown that these values are highly variable, even when measured in the same group of individuals. It is thus suggested that factors besides those described in Wright's genetic equilibrium must be operating. Using simulated data sets this study shows that the finite size condition of a population is sufficient to spread the estimated f values along a range at equilibrium, as opposed to keeping them at the theoretical equilibrium point. The variation in outcrossing rates can amplify this range considerably. Correlation between estimated f values obtained from different loci in this condition...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Population genetics; Inbreeding; Computer simulation.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162003000200015
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Método bootstrap aplicados em níveis de reamostragem na estimação de parâmetros genéticos populacionais Scientia Agricola
Carlini-Garcia,Luciana Aparecida; Vencovsky,Roland; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes.
Marcadores isoenzimáticos ou moleculares têm sido empregados em estudos da estrutura genética e do sistema reprodutivo de populações naturais. Parâmetros genéticos populacionais de interesse são estimados, porém, há pouca informação sobre o erro associado a essas estimativas em função dos diferentes níveis de amostragem. Neste trabalho, o método de reamostragem bootstrap foi aplicado sobre locos, indivíduos, populações e indivíduos e populações concomitantemente, em dados de populações naturais. Para os parâmetros índice de fixação total (F ), índice de fixação intrapopulacional ( f ), diversidade entre populações (teta) e taxa aparente de cruzamento (t a) foram obtidos, em função das fontes de reamostragem, os erros associados às estimativas desses...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Estrutura populacional; Genética de populações; Estimação.
Ano: 2001 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162001000400021
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Variance additivity of genetic populational parameter estimates obtained through bootstrapping Scientia Agricola
Carlini-Garcia,Luciana Aparecida; Vencovsky,Roland; Coelho,Alexandre Siqueira Guedes.
Studying the genetic structure of natural populations is very important for conservation and use of the genetic variability available in nature. This research is related to genetic population structure analysis using real and simulated molecular data. To obtain variance estimates of pertinent parameters, the bootstrap resampling procedure was applied over different sampling units, namely: individuals within populations (I), populations (P), and individuals and populations simultaneously (I, P). The considered parameters were: the total fixation index (F or F IT), the fixation index within populations (f or F IS) and the divergence among populations or intrapopulation coancestry (theta or F ST). The aim of this research was to verify if the variance...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Population structure; Resampling; Molecular markers; Natural populations; Simulation.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162003000100015
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