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Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Repositório Alice
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R..
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcadores SNP; Regressão Bayesiana; Statistics; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084055
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Genetic evaluation using multi-trait and random regression models in Simmental beef cattle. Repositório Alice
MOTA, R. R.; MARQUES, L. F. A.; LOPES, P. S.; SILVA, L. P. da; RESENDE, M. D. V. de; TORRES, R. A..
The Brazilian Association of Simmental and Simbrasil Cattle Farmers provided 29,510 records from 10,659 Simmental beef cattle; these were used to estimate (co)variance components and genetic parameters for weights in the growth trajectory, based on multi-trait (MTM) and random regression models (RRM). The (co)variance components and genetic parameters were estimated by restricted maximum likelihood. In the MTM analysis, the likelihood ratio test was used to determine the significance of random effects included in the model and to define the most appropriate model. All random effects were significant and included in the final model. In the RRM analysis, different adjustments of polynomial orders were compared for 5 different criteria to choose the best fit...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Simental; Peso; Tragetória de crescimento; Componente de variância.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/966526
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Genomic wide-selection for tick resistance in Hereford and Braford cattle via reaction norm model. Repositório Alice
MOTA, R. R.; TEMPELMAN, R. J.; CARDOSO, F. F.; AGUILAR, I. G.; LOPES, P. S..
The objective of this study was to compare a conventional genomic model (GBLUP) and its extension to a linear reaction norm model (GLRNM) specifying genotype by environment interaction (G*E) for tick resistance in Brazilian cattle. Tick counts (TC) from 4,363 Hereford and Braford cattle from 146 contemporary groups (CG) were available of which 3,591 animals had BovineSNP50 Illumina v2 BeadChip genotypes. The reaction norm covariate was based on CG estimates of TC from a first-step model. Analysis was conducted based on adapting the single step GBLUP/REML procedure. Fivefold cross validation based on K-means and random partitioning was used to compare the fit of the two models. Cross validation correlations were strong and not significantly different...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/995749
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Genotype by environment interaction for tick resistance of Hereford and Braford beef cattle using reaction norm model. Repositório Alice
MOTA, R. R.; TEMPELMAN, R. J.; LOPES, P. S.; AGUILAR, I.; SILVA, F. F.; CARDOSO, F. F..
The cattle tick is a parasite that adversely affects livestock performance in tropical areas. Although countries such as Australia and Brazil have developed genetic evaluations for tick resistance, these evaluations have not considered genotype by environment (G*E) interactions. Genetic gains could be adversely affected, since breed-stock comparisons are environmentally dependent on the presence of G*E interactions, particularly if residual vari-ability is also heterogeneous across environments. The objective of this study was to infer upon the existence of G*E interactions for tick resistance of cattle based on various models with different assumptions of genetic and residual variability.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Gado de corte; Gado Hereford; Carrapato.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039996
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Inclusão de animais oriundos da técnica de transferência de embriões, na estimação de parâmetros genéticos de bovinos da raça Simental. Repositório Alice
MOTA, R. R.; MARQUES, L. F. A.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. G. da.
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Raça Simental; Herdabilidade; Avaliação genética; Peso coroporal.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946618
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Influence of animals obtained using embryo transfer on the genetic evaluation of growth in Simmental beef cattle with random regression models. Repositório Alice
MOTA, R. R.; LOPES, P. S.; MARQUES, L. F. A.; SILVA, L. P.; PESSOA, M. C.; TORRES, R. A.; RESENDE, M. D. V. de.
Weight records of Simmental beef cattle were used in a genetic evaluation of growth with and without embryo transfer (ET). A random regression model in which ET individuals were excluded (RRM1) contained 29,510 records from 10,659 animals, while another model that did not exclude these animals (RRM2) contained 62,895 records from 23,160 animals. The fixed and random regressions were represented by continuous functions, and a model with an order of three for the fixed curve and random effects was used to consider the homogeneity of residual variance. In general, the (co)variance components were similar in both models, except the maternal permanent environment and residual components. The direct heritability in RRM1 and RRM2 showed the same behavior with...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Body weight; (Co)variance components; Heritability; Maternal effects.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/974629
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Modelos hierárquicos bayesianos na estimativa de interação genótipo x ambiente para resistência ao carrapato em bovinos de corte Hereford e Braford via normas de reação. Repositório Alice
MOTA, R. R.; CARDOSO, F. F.; LOPES, P. S.; TEIXEIRA, B. B. M..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Valor nutritivo; Parasito de animal.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971891
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Soluções computacionais para a predição de valores genéticos em animais de produção: manual da versão 1.3 do programa Intergen. Infoteca-e
CARDOSO, F. F.; JUNQUEIRA, V. S.; MOTA, R. R..
Este documento tem por objetivo descrever a funcionalidade e utilização da Versão 1.3 do programa INTERGEN, originalmente descrito em Cardoso (2008, 2010). O programa foi desenvolvido na Embrapa Pecuária Sul em linguagem Fortran 90/95 com capacidade de implementar modelos hierárquicos de Bayes e estimar seus parâmetros por meio de métodos Monte Carlo via cadeias de Markov (MCMC) e dos melhores preditores lineares não viesados (BLUP) (Sorensen; Gianola, 2002).
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genética Animal; Produção Animal; Programa de Computador.
Ano: 2019 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1112810
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The influence of animals from embryo transfer on the genetic evaluation of growth in Simmental beef cattle by using multi-trait models. Repositório Alice
MOTA, R. R.; LOPES, P. S.; MARQUES, L. F. A.; SILVA, L. P. da; RESENDE, M. D. V. de; TORRES, R. de A..
The weight records from Simmental beef cattle were used in a genetic evaluation of growth with or without the inclusion of animals obtained by embryo transfer. A multi-trait model in which embryo transfer individuals were excluded (MTM1) contained 29,510 records from 10,659 animals, while another model without exclusion of these animals (MTM2) contained 62,895 weight records from 23,160 animals. The weight records were adjusted for ages of 100, 205, 365, 450, 550 and 730 days. The (co)variance components and genetic parameters were estimated by the restricted maximum likelihood method. The (co)variance components were similar in both models, except for maternal permanent environment variance. Direct heritabilities (h2 d) in MTM1 were 0.04, 0.11, 0.20,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Simental; Herdabilidade; Peso; Componente de covariância.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966567
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