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A virus serologically related to Tomato ringspot virus in blackberries in Rio Grande do Sul, Brazil Trop. Plant Pathol.
Nickel,Osmar; Fajardo,Thor V. M.; Vanni,Marcos F.; Pagot,Eduardo.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582005000300021
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Absolute quantification of viruses by TaqMan real-time RT-PCR in grapevines Ciência Rural
Fajardo,Thor Vinícius Martins; Vanni,Marcos Fernando; Nickel,Osmar.
ABSTRACT: The absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RT-qPCR; GRSPaV; GVA; GVD; GLRaV-3 and -4.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782017000600155
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Avaliação da variabilidade do Grapevine leafroll-associated virus 1 e 3 por análise de seqüências de nucleotídeos e polimorfismo conformacional de fita simples Trop. Plant Pathol.
Fajardo,Thor V.M.; Eiras,Marcelo; Schenato,Paula G.; Nickel,Osmar; Kuhn,Gilmar B..
As principais espécies de vírus envolvidas na etiologia do enrolamento da folha da videira (Vitis spp.) são Grapevine leafroll-associated virus 1 e 3 (GLRaV-1 e -3). Neste estudo da variabilidade desses vírus, foram amplificados dois fragmentos de DNA (396 bp do GLRaV-1 e 602 bp do GLRaV-3) por RT-PCR, a partir de RNA total extraído de nervuras e pecíolos de videiras infetadas, utilizando-se dois pares de oligonucleotídeos. Os DNAs amplificados foram clonados e reamplificados, a partir dos clones recombinantes, e comparados quanto às diferenças conformacionais das fitas simples desnaturadas (SSCP). Foram observados dois padrões distintos de perfis eletroforéticos para cada vírus, tendo sido seqüenciado pelo menos um clone viral correspondente a cada...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Videira; Vitis; GLRaV-1; GLRaV-3; SSCP.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582005000200013
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Desempenho agronômico de videiras com e sem sintomas de viroses, e comparação molecular de isolados virais PAB
Nascimento,Monique Bezerra; Fajardo,Thor Vinícius Martins; Eiras,Marcelo; Czermainski,Ana Beatriz Costa; Nickel,Osmar; Pio-Ribeiro,Gilvan.
Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de viroses em videiras sintomáticas e assintomáticas sobre as variáveis agronômicas relacionadas ao vigor das plantas e à qualidade enológica da uva, e comparar os isolados virais obtidos nessas duas condições. Realizaram-se dois experimentos com quatro cultivares. Todas as plantas foram indexadas, por meio da reação em cadeia da polimerase via transcrição reversa (RT-PCR) em tempo real, quanto à provável ocorrência dos seguintes vírus: Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV-1 ao -4, GLRaV-4 estirpe 5), Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV) e Grapevine fleck virus (GFkV). As variáveis avaliadas foram:...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Grapevine; Vitis; Complexo do lenho rugoso; Enrolamento-da-folha; PCR em tempo real..
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2015000700541
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Detecção de um isolado de Grapevine virus A e caracterização do gene da proteína capsidial Trop. Plant Pathol.
Fajardo,Thor V. M.; Nickel,Osmar; Eiras,Marcelo; Kuhn,Gilmar B..
O Grapevine virus A (GVA) está associado à "Acanaladura do lenho de Kober", uma doença do complexo rugoso da videira (Vitis spp.). Neste trabalho, um isolado brasileiro de GVA (GVA-RS) foi caracterizado biologicamente por transmissão mecânica para cinco hospedeiras herbáceas e por enxertia na videira indicadora cv. Kober 5BB, e também por sorologia. O RNA total foi extraído de videira infetada cv. Pirovano 65. Para a RT-PCR, dois pares de oligonucleotídeos foram utilizados. Dois fragmentos de DNA, 430 e 451 pb, apresentando sobreposição parcial de nucleotídeos, foram amplificados por PCR. A seqüência do gene da proteína capsidial do GVA-RS com 597 nucleotídeos e 198 aminoácidos deduzidos, com massa molecular calculada de 21,6 kDa, foi alinhada a outros...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Videira; Vitis; GVA; Vitivirus.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582003000500009
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Detecção e caracterização biológica e molecular de Rupestris stem-pitting associated virus e seu efeito na fotossíntese de videiras Trop. Plant Pathol.
Fajardo,Thor V.M.; Eiras,Marcelo; Santos,Henrique P.; Nickel,Osmar; Kuhn,Gilmar B..
Rupestris stem pitting associated virus (RSPaV) é o agente causal das "caneluras do tronco de Rupestris" da videira (Vitis spp.). Neste trabalho, um isolado de RSPaV, encontrado em videiras cv. Cabernet Franc no Rio Grande do Sul, foi estudado. O vírus foi detectado biologicamente, por enxertia em videira indicadora cv. Rupestris du Lot, em 26,2% das amostras avaliadas. A seqüência parcial do gene da replicase do RSPaV, isolado sul-brasileiro, com 831 nucleotídeos amplificados por RT-PCR e 276 aminoácidos deduzidos, apresentou maior identidade de nucleotídeos (98,1%) e aminoácidos deduzidos (99,6%), com dois isolados norte-americanos. O RSPaV estudado apresentou baixa homologia (37-41%) com outros vírus do gênero Foveavirus. A maioria das mudas de videira...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Vitis; RSPaV; Foveavirus; Caracterização.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582004000200016
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Detecção e caracterização molecular dos genes da proteína capsidial de ilarvírus e ampelovírus que infectam fruteiras temperadas Ciência Rural
Fajardo,Thor Vinícius Martins; Nickel,Osmar; Eiras,Marcelo.
Dentre os principais patógenos que incidem em fruteiras temperadas, destacam-se o Prune dwarf virus (PDV), o Apple mosaic virus (ApMV) e o Grapevine leafroll-associated virus 1 (GLRaV-1). Neste trabalho foram realizadas a detecção e a caracterização molecular dos genes da proteína capsidial de isolados destas três espécies virais. RNAs totais foram extraídos de amostras de folhas de pessegueiros, macieiras e videiras e, nas reações de RT-PCR, foram utilizados oligonucleotídeos específicos para cada espécie viral. Os cDNAs amplificados foram clonados e sequenciados. Foram verificadas altas identidades entre as sequências de nucleotídeos dos genes da proteína capsidial dos isolados brasileiros de PDV, ApMV e GLRaV-1 e isolados de outros países, independente...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: PDV; ApMV; GLRaV-1; Pessegueiro; Macieira; Videira.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011000100002
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Detecção e caracterização molecular parcial do Grapevine fleck virus em videiras Trop. Plant Pathol.
Fajardo,Thor V.M.; Eiras,Marcelo; Schenato,Paula G.; Nickel,Osmar; Kuhn,Gilmar B..
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582004000400020
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Detecção e identificação molecular de vírus associados a videiras sintomáticas e assintomáticas Ciência Rural
Basso,Marcos Fernando; Fajardo,Thor Vinícius Martins; Eiras,Marcelo; Ayub,Ricardo Antônio; Nickel,Osmar.
A propagação vegetativa da videira favorece infecções virais múltiplas, com expressão diferencial de sintomas em função da combinação da cultivar ou espécie da hospedeira com a espécie viral. Os objetivos deste trabalho foram detectar e identificar as espécies virais presentes em duas espécies/cultivares de videira: uma sintomática e outra assintomática. DsRNA de ambas as amostras foi submetido à RT-PCR com 17 pares de oligonucleotídeos específicos para a detecção de Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine fanleaf virus (GFLV), Arabis mosaic virus (ArMV), Grapevine chrome mosaic virus (GCMV), Rupestris stem pitting-associated virus (RSPaV), Grapevine leafroll-associated virus 1 a 4...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RSPaV; GLRaV-2; GLRaV-3; Vitis; Diagnose; Variabilidade.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782010001100001
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Detection and partial molecular characterization of Grapevine fleck virus, Grapevine virus D, Grapevine leafroll-associated virus -5 and -6 infecting grapevines in Brazil Ciência Rural
Fajardo,Thor Vinícius Martins; Eiras,Marcelo; Nickel,Osmar; Dubiela,Carla Rosa; Souto,Eliezer Rodrigues de.
Grapevine fleck, rugose wood and leafroll are three grapevine viral diseases whose causal agents (or associated viruses) respectively are Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine virus D (GVD) and Grapevine leafroll-associated virus 5 and 6 (GLRaV-5 and -6). The objective of this work was to perform a partial molecular characterization of local isolates of these four viral species that infect grapevines. The nucleotide and deduced amino acid sequences of complete genes of the coat protein (CP) (of GFkV), the CP and the RNA binding protein (of GVD), the CP and the partial hHSP70 gene (of GLRaV-5) and the partial hHSP70 gene (of GLRaV-6) were aligned and compared in silico with other isolates. These data extend the available information about Brazilian...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Diagnosis; Sequencing; Maculavirus; Vitivirus; Ampelovirus; Vitis.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782012001200004
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Development of virus resistant transgenic papayas expressing the coat protein gene from a Brazilian isolate of Papaya ringspot virus Trop. Plant Pathol.
Souza Júnior,Manoel T.; Nickel,Osmar; Gonsalves,Dennis.
Translatable and nontranslatable versions of the coat protein (cp) gene of a Papaya ringspot virus (PRSV) isolate collected in the state of Bahia, Brazil, were engineered for expression in Sunrise and Sunset Solo varieties of papaya (Carica papaya). The biolistic system was used to transform secondary somatic embryo cultures derived from immature zygotic embryos. Fifty-four transgenic lines, 26 translatable and 28 nontranslatable gene versions, were regenerated, with a transformation efficiency of 2.7%. Inoculation of cloned R0 plants with PRSV BR, PRSV HA or PRSV TH, Brazilian, Hawaiian and Thai isolates, respectively, revealed lines with mono-, double-, and triple-resistance. After molecular analysis and a preliminary agronomic evaluation, 13 R1 and R2...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Carica papaya; Potyvirus; Resistance; Breeding; Virus.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582005000400004
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Diagnóstico biológico e molecular e análise da seqüência de nucleotídeos do gene da proteína capsidial de um isolado do Apple stem pitting virus Trop. Plant Pathol.
Radaelli,Paula; Nickel,Osmar; Schons,Jurema; Aragão,Francisco J.L.; Fajardo,Thor V. M..
O Apple stem pitting virus (ASPV) foi detectado por RT-PCR em amostras de cultivares de pereiras européias (Pyrus communis L.) cvs. Starkrimson e Abate Fetel, e asiáticas (P. pyrifolia var. culta) cvs. Kousui e Housui coletadas no início do outono de 2003 em pomar da Estação Experimental da Embrapa Uva e Vinho, Vacaria, RS. Utilizando várias combinações de oligonucleotídeos, foram amplificados fragmentos de DNA de 269 e 1554 pb, este último contendo o gene completo (1131 nt) da proteína capsidial do ASPV. Outro fragmento amplificado de 291 pb compreende parte do gene da polimerase viral. Estes fragmentos constituem-se em um excelente instrumento de diagnóstico do ASPV em pereiras. A comparação das seqüências de nucleotídeos do gene da proteína capsidial do...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pyrus communis; P. pyrifolia; Malus spp.; Flexiviridae; ASPV; Dot-ELISA; Imunoblot; RT-PCR.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582006000100009
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Expression of Grapevine leafroll-associated virus 3 coat protein gene in Escherichia coli and production of polyclonal antibodies Trop. Plant Pathol.
Fajardo,Thor V.M.; Barros,Danielle R.; Nickel,Osmar; Kuhn,Gilmar B.; Zerbini,F. Murilo.
Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRaV-3), the main viral species of the grapevine leafroll complex, causes yield and quality reduction in grapes (Vitis spp.). The coat protein gene was RT-PCR-amplified from total RNA extracted from infected grapevine leaves and the amplified fragment was cloned and completely sequenced. The fragment was subsequently subcloned into the pRSET-C expression vector. The recombinant plasmid was used to transform Escherichia coli BL21:DE3 and express the capsid protein. The coat protein, fused to a 6 His-tag, was purified by affinity chromatography using an Ni-NTA resin. The identity of the purified protein was confirmed by SDS-PAGE and Western blot. The in vitro-expressed protein was quantified and used for rabbit...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Grapevine; GLRaV-3; Recombinant protein; Serology; Antibodies.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582007000600007
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Incidência de vírus em videiras no Nordeste brasileiro e caracterização molecular parcial de isolados virais locais Ciência Rural
Catarino,Aricléia de Moraes; Fajardo,Thor Vinícius Martins; Pio-Ribeiro,Gilvan; Eiras,Marcelo; Nickel,Osmar.
Os objetivos deste trabalho foram identificar as espécies virais presentes em vinhedos comerciais de duas regiões do Nordeste do Brasil e realizar a caracterização molecular parcial de isolados de três espécies virais. A diagnose foi realizada por meio de RT-PCR em tempo real para a detecção de Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine leafroll-associated virus 2, 3 e 4 (GLRaV-2, -3 e -4), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV) e Grapevine fanleaf virus (GFLV). Exceto para GFLV, os vírus avaliados estão amplamente disseminados nas áreas amostradas, frequentemente em altas incidências e em infecções múltiplas, de até 98% e 76,4%, na Zona da...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Proteína capsidial; Levantamento; Detecção; Variabilidade; Vitis.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782015000300379
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Molecular characterization of GSyV-1 and GLRaV-3 and prevalence of grapevine viruses in a grape-growing area Scientia Agricola
Moura,Cátia Jacira Martins de; Fajardo,Thor Vinícius Martins; Eiras,Marcelo; Silva,Fábio Nascimento da; Nickel,Osmar.
ABSTRACT: The aims of this study were to determine the prevalence of viruses in 119 samples from 32 grapevine cultivars, collected from nine vineyards in a specific grape-growing area in southeastern Brazil, perform a partial molecular characterization of 14 isolates of Grapevine Syrah virus 1 (GSyV-1) and Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRaV-3) and assess the coat protein genetic variability of these viruses. The detection of viruses was implemented by real-time RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) aiming to detect seven viruses and one viroid. With the exception of the Grapevine Cabernet Sauvignon reovirus (GCSV), the viruses and viroid that were evaluated were widespread in the sampled areas, often in high prevalence and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Vitis; Diagnosis; Variability; Incidence; Leafroll.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162018000100043
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Molecular characterization of Prunus necrotic ringspot virus isolated from rose in Brazil Ciência Rural
Fajardo,Thor Vinícius Martins; Nascimento,Monique Bezerra; Eiras,Marcelo; Nickel,Osmar; Pio-Ribeiro,Gilvan.
ABSTRACT: There is no molecular characterization of Brazilian isolates of Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV), except for those infecting peach. In this research, the causal agent of rose mosaic was determined and the movement (MP) and coat (CP) protein genes of a PNRSV isolate from rose were molecularly characterized for the first time in Brazil. The nucleotide and deduced amino acid sequences of MP and CP complete genes were aligned and compared with other isolates. Molecular analysis of the MP and CP nucleotide sequences of a Brazilian PNRSV isolate from rose and others from this same host showed highest identities of 96.7% and 98.6%, respectively, and Rose-Br isolate was classified in PV32 group.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Diagnosis; Sequencing; Ilarvirus; PNRSV; ApMV; ArMV.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782015001202197
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Molecular variants of Grapevine rupestris stem pitting-associated virus infecting grapevines (Vitis spp.) in Brazil Ciência Rural
Fajardo,Thor Vinícius Martins; Kin,Aléxis Cardama; Nickel,Osmar.
ABSTRACT: Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV) is one of the most common viruses of grapevine. It is involved in the graft-transmissible disease rupestris stem pitting of the rugose wood complex. The objective of the research was to perform the molecular characterization of the coat protein (CP) gene of sixteen Brazilian GRSPaV isolates aiming to determine the occurrence of molecular variants (strains) of this virus. Nine grapevine samples were evaluated, from which dsRNA was extracted. Nucleotide sequences were generated by Next generation sequencing (NGS). Fifteen complete sequences of the GRSPaV CP gene were obtained and phylogenetically analyzed. Multiple alignments of the sequences showed identities of nucleotides ranging from...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: GRSPaV; Foveavirus; Strains; Lineages; Genetic variability.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782017001100153
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Polyclonal antibodies to the coat protein of Apple stem grooving virus expressed in Escherichia coli: production and use in immunodiagnosis Trop. Plant Pathol.
Nickel,Osmar; Targon,Maria L.P.N.; Fajardo,Thor V.M.; Machado,Marcos A.; Trivilin,Ana P..
The coat protein gene of Apple stem grooving virus (ASGV) was amplified by RT-PCR, cloned, sequenced and subcloned in the expression vector pMal-c2. This plasmid was used to transform Escherichia coli BL21c+ competent cells. The ASGV coat protein (cp) was expressed as a fusion protein containing a fragment of E. coli maltose binding protein (MBP). Bacterial cells were disrupted by sonication and the ASGVcp/MBP fusion protein was purified by amylose resin affinity chromatography. Polyclonal antibodies from rabbits immunized with the fusion protein gave specific reactions to ASGV from infected apple (Malus domestica) cv. Fuji Irradiada and Chenopodium quinoa at dilutions of up to 1:1,000 and 1:2,000, respectively, in plate trapped ELISA. The ASGVcp/MBP...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Recombinant antigen; Latent virus; ELISA; Malus domestica.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582004000500017
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Produção de antissoro policlonal utilizando a proteína capsidial recombinante do Rupestris stem pitting-associated virus Ciência Rural
Basso,Marcos Fernando; Fajardo,Thor Vinícius Martins; Eiras,Marcelo; Ayub,Ricardo Antônio; Nickel,Osmar.
O Rupestris stem pitting-associated virus (RSPaV) é o agente causal das caneluras do lenho da videira. Este trabalho teve como objetivo produzir antissoro policlonal a partir da proteína capsidial (CP) recombinante do RSPaV e avaliar a sua especificidade e sensibilidade. O gene da CP do RSPaV, com 780pb, foi previamente caracterizado. Esse gene foi subclonado no sítio de restrição EcoRI, no vetor de expressão pRSET-B e o plasmídeo recombinante foi utilizado para induzir a expressão da CP em Escherichia coli. A CP, ligada a uma cauda de seis histidinas, foi purificada por meio de cromatografia de afinidade em coluna de Ni-NTA a partir do extrato de proteínas totais extraídas de E. coli. A identidade da proteína purificada foi confirmada em SDS-PAGE e...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Videira; RSPaV; Detecção; Sorologia.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782010001100022
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Production of polyclonal antisera using recombinant coat proteins of Grapevine leafroll-associated virus 2 and Grapevine virus B PAB
Radaelli,Paula; Fajardo,Thor Vinícius Martins; Nickel,Osmar; Eiras,Marcelo; Pio-Ribeiro,Gilvan.
The objective of this work was to produce and characterize specific antisera against Brazilian isolates of Grapevine leafroll-associated virus 2 (GLRaV-2) and Grapevine virus B (GVB), developed from expressed coat proteins (CPs) in Escherichia coli, and to test their possible use for the detection of these two viruses in diseased grapevines. The coat protein (CP) genes were RT-PCR-amplified, cloned and sequenced. The CP genes were subsequently subcloned, and the recombinant plasmids were used to transform E. coli cells and express the coat proteins. The recombinant coat proteins were purified, and their identities were confirmed by SDS-PAGE and Western blot and used for rabbit immunizations. Antisera raised against these proteins were able to recognize the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Vitis; GLRaV-2; GVB; Indirect ELISA; Recombinant protein; Western blot.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008001000020
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