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Brazilian microbiome project: revealing the unexplored microbial diversity - challenges and prospects. Repositório Alice
PYLRO, V. S.; ROESCH, L. F. W.; ORTEGA, J. M.; AMARAL, A. M. do; TÓTOLA, M. R.; HIRSCH, P. R.; ROSADO, A. S.; GÓES-NETO, A.; SILVA, A. L. da C.; ROSA, C. A.; MORAIS, D. K.; ANDREOTE, F. D.; DUARTE, G. F.; MELO, I. S. de; SELDIN, L.; LAMBAIS, M. R.; HUNGRIA, M.; PEIXOTO, R. S.; KRUGER, R. H.; TSAI, S. M.; AZEVEDO, V..
The Brazilian Microbiome Project (BMP) aims to assemble a Brazilian Metagenomic Consortium/Database. At present, many metagenomic projects underway in Brazil are widely known. Our goal in this initiative is to co-ordinate and standardize these together with new projects to come. It is estimated that Brazil hosts approximately 20 % of the entire world's macroorganism biological diversity. It is 1 of the 17 countries that share nearly 70 % of the world's catalogued animal and plant species, and is recognized as one of the most megadiverse countries. At the end of 2012, Brazil has joined GBIF (Global Biodiversity Information Facility), as associated member, to improve the access to the Brazilian biodiversity data in a free and open way. This was an important...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Diversidade microbiana; Biodiversidade; Microrganismo; Biodiversity.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1000621
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Comparison of DNA extraction protocols for microbial communities from soil treated with biochar. Repositório Alice
LEITE, D. C. A.; BALIEIRO, F. C.; C. A. PIRES; MADARI, B. E.; ROSADO, A. S.; COUTINHO, H. L. C.; PEIXOTO, R. S..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Extração de DNA; PCR-DGGE; Comunidades microbianas; Índice de pureza do DNA.; Biochar..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1007986
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Efeito de diferentes tipos de biomassa carbonizada (biocarvão) nas comunidades de bactérias e fungos associados às rizosferas de plantas de arroz (Oryza sativa) cultivar BRSMG curinga. Repositório Alice
LEITE, D. C. de A.; BALIEIRO, F. de C.; PIRES, C. de A.; MADARI, B. E.; ROSADO, A. S.; COUTINHO, H. L. da C.; PEIXOTO, R. S..
A cultura de arroz ocupa posição de destaque sob o ponto de vista sócio-econômico.Entretanto, é bastante dependente do uso da adubação nitrogenada. Alternativamente, estudos recentes apontam o potencial promissor do uso de biocarvão no solo, devido a sua capacidade em sequestrar carbono e aumentar produtividade vegetal. Todavia, o efeito sobre a microbiota associada às rizosferas de plantas inoculadas com diferentes biocarvões ainda é pouco conhecido. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar o efeito de diferentes tipos de biocarvão sobre a estrutura e abundância das comunidades bacteriana e fúngica associadas à rizosfera de plantas de arroz (Oryza sativa L.) cultivar BRSMG Curinga. O experimento foi conduzido na Embrapa Arroz e Feijão em casa...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Comunidades microbianas; Arroz; Bactéria; Fungo.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1143044
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Effect of sugarcane burning or green harvest methods on the brazilian cerrado soil bacterial community structure. Repositório Alice
RACHID, C. T. C. C.; SANTOS, A. L.; PICCOLO, M. C.; BALIEIRO, F. C.; COUTINHO, H. L. C.; PEIXOTO, R. S.; TIEDJE, J. M.; ROSADO, A. S..
The Brazilian Cerrado is one of the most important biodiversity reservoirs in the world. The sugarcane cultivation is expanding in this biome and necessitates the study of how it may impact the soil properties of the Cerrado. There is a lack of information especially about the impacts of different sugarcane management on the native bacterial communities of Cerrado soil. Therefore, our objective was to evaluate and compare the soil bacterial community structure of the Cerrado vegetation with two sugarcane systems.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bacterial Community.; Cerrado.; Sugarcane..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/981944
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Impacto de diferentes níveis de palhada de cana-de-açúcar sobre comunidade fúngica total de latossolo do cerrado. Repositório Alice
PIRES, C. A.; LEITE, D. C. A.; COSTA, C. T. R. C.; ANGELINI, G. A. R.; PEIXOTO, R. S.; ROSADO, A. S.; COUTINHO, H. L. C.; ZANATTA, J.; SALTON, J.; BALIEIRO, F. C..
O Brasil atualmente é o líder na produção de cana-de-açúcar, com aproximadamente 5,5 milhões de hectares plantados e produção de 423 milhões de toneladas de colmos na safra 2005/2006. Os resíduos da indústria sucroalcooleira também constituem fontes alternativas de matéria orgânica, nutrientes e energia para o agronegócio nacional, dentre eles a palhada que fica sobre solo após a colheita mecanizada. O presente trabalho buscou avaliar o impacto da retirada total e parcial da palhada de cana-de-açúcar na estrutura da comunidade microbiana total do solo. As coletas foram feitas na Fazenda Cristal, do Grupo Unialco (Dourados AS Álcool e Açúcar), no município de Dourados, MS. Os tratamentos do experimento correspondem a três níveis de palhada remanescente após...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Cana-de-açucar.; Cerrado; Latossolo..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/920016
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Integrated crop-livestock-forest system presents a different soil microbial structure in comparison to other land uses. Repositório Alice
LEITE, D. C. A.; BALIEIRO, F. de C.; LEITE, L. F. C.; MADARI, B. E.; RIBEIRO, A. de F.; PEIXOTO, R. S.; ROSADO, A. S..
Soil organic matter (SOM) conservation is essential for environmental services maintenance, especially in tropical agroecosytems where this component is essential for soil fertility, structure and biological activity. Soil microorganisms are the main driver of nutrient cycling, since key processes, such as C and N mineralization, N immobilization, xenobiotics decomposition, denitrification and others are mediated by them. However when the agroecosystems are manipulated, these active components of soils are impacted, changing the carbon and nutrient dynamics. Therefore, the monitoring of the microbial communities is a good tool to indicate changes in soil dynamics. Our objective was to characterize the soil microbial communities under different land uses by...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Uso da terra; Microbiologia do solo.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1022253
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Intercropped silviculture systems, a key to achieving soil fungal community management in eucalyptus plantations. Repositório Alice
RACHID, C. T. C. C.; BALIEIRO, F. de C.; FONSECA, E. S.; PEIXOTO, R. S.; CHAER, G. M.; TIEDJ, J. M.; ROSADO, A. S..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Fungi diversity.; Soil management; Acacia mangium..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1010390
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Intercropped silviculture systems, a key to achieving soil fungal community management in eucalyptus plantations. Repositório Alice
RACHID, C. T. C. C.; BALIEIRO, F. C.; FONSECA, E. S.; PEIXOTO, R. S.; CHAER, G. M.; TIEDJE, J. M.; ROSADO, A. S..
Fungi are ubiquitous and important contributors to soil nutrient cycling, playing a vital role in C, N and P turnover, with many fungi having direct beneficial relationships with plants. However, the factors that modulate the soil fungal community are poorly understood. We studied the degree to which the composition of tree species affected the soil fungal community structure and diversity by pyrosequencing the 28S rRNA gene in soil DNA. We were also interested in whether intercropping (mixed plantation of two plant species) could be used to select fungal species. More than 50,000 high quality sequences were analyzed from three treatments: monoculture of Eucalyptus; monoculture of Acacia mangium; and a mixed plantation with both species sampled 2 and 3...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Eucalipto; Silvicultura..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1019687
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Physical-chemical and microbiological changes in Cerrado Soil under differing sugarcane harvest management systems. Repositório Alice
RACHID, C. T. C. C.; PICCOLO, M. C.; LEITE, D. C. A.; BALIEIRO, F. de C.; COUTINHO, H. L. da C.; ELSAS, J. D. van; PEIXOTO, R. S.; ROSADO, A. S..
Abstract Background: Sugarcane cultivation plays an important role in Brazilian economy, and it is expanding fast, mainly due to the increasing demand for ethanol production. In order to understand the impact of sugarcane cultivation and management, we studied sugarcane under different management regimes (pre-harvest burn and mechanical, unburnt harvest, or green cane), next to a control treatment with native vegetation. The soil bacterial community structure (including an evaluation of the diversity of the ammonia oxidizing (amoA) and denitrifying (nirK) genes), greenhouse gas flow and several soil physicochemical properties were evaluated. Results: Our results indicate that sugarcane cultivation in this region resulted in changes in several soil...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Soil microbiology; DGGE; Integrated analysis; Cerrado; Nitrogen cycle; Sugarcane.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/935854
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Plant and bird presence strongly influences the microbial communities in soils of admiralty bay, maritime antarctica. Repositório Alice
TEIXEIRA, L. C. R. S.; YEARGEAU, E.; BALIEIRO, F. de C.; PICCOLO, M. C.; PEIXOTO, R. S.; GREER, C. W.; ROSADO, A. S..
Understanding the environmental factors that shape microbial communities is crucial, especially in extreme environments, like Antarctica. Two main forces were reported to influence Antarctic soil microbes: birds and plants. Both birds and plants are currently undergoing relatively large changes in their distribution and abundance due to global warming. However, we need to clearly understand the relationship between plants, birds and soil microorganisms. We therefore collected rhizosphere and bulk soils from six different sampling sites subjected to different levels of bird influence and colonized by Colobanthus quitensis and Deschampsia antarctica in Admiralty Bay, King George Island, Maritime Antarctic. Microarray and qPCR assays targeting 16S rRNA genes...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Maritime antarctica; Microbial communit.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/960600
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Quantificação de genes-chave relacionados ao ciclo de nitrogênio microbiano em rizosfera plantas de arroz (Oryza sativa) cultivar BRSMG curinga tratadas com diferentes tipos de biocarvão. Repositório Alice
LEITE, D. C. de A.; BALIEIRO, F. de C.; MADARI, B. E.; ROSADO, A. S.; COUTINHO, H. L. da C.; PEIXOTO, R. S..
Resumo A cultura de arroz se destaca no Brasil por fazer parte da dieta de quase 100% da sua população, todavia sua produção é bastante dependente de adubação nitrogenada. O biocarvão pode ser usado como um condicionador do solo sendo capaz de influenciar a estrutura, porosidade, granulometria e densidade do solo e ainda, alterar a capacidade de armazenamento de água e a dinâmica nutricional e microbiana no solo. Assim, este trabalho teve por objetivo avaliar o efeito do uso de diferentes tipos biocarvão de na abundância de populações bacterianas relacionadas ao ciclo do N associadas à rizosfera de plantas de arroz (Oryza sativa L.) cultivar BRSMG Curinga. O experimento foi conduzido na Embrapa Arroz e Feijão em casa de vegetação no município de Santo...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genes-chave; Nitrogênio microbiano; Biocarvão; Ciclo do N; QPCR; Arroz.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/951523
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Sugarcane trash levels in soil affects the fungi but not bacteria in a short-term field experiment. Repositório Alice
RACHID, C. T. C. C.; PIRES, C. A.; LEITE, D. C. A.; COUTINHO, H. L. C.; PEIXOTO, R. S.; ROSADO, A. S.; SALTON, J.; ZANATTA, J. A.; MERCANTE, F. M.; ANGELINI, G. A. R.; BALIEIRO, F. de C..
The sugarcane in Brazil is passing through a management transition that is leading to the abolition of pre-harvest burning. Without burning, large amounts of sugarcane trash is generated, and there is a discussion regarding the utilization of this biomass in the industry versus keeping it in the field to improve soil quality. To study the effects of the trash removal on soil quality, we established an experimental sugarcane plantation with different levels of trash over the soil (0%, 50% and 100% of the original trash deposition) and analyzed the structure of the bacterial and fungal community as the bioindicators of impacts. The soil DNA was extracted, and the microbial community was screened by denaturing gradient gel electrophoresis in two different...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Palhada de cana-de-açúcar; Qualidade do solo; Estrutura da comunidade de fungos.; Microbiologia do Solo..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052739
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Use of rpoB and 16S rRNA genes to analyse bacterial diversity of a tropical soil using PCR and DGGE. Repositório Alice
PEIXOTO, R. S.; COUTINHO, H. L. da C.; RUMJANEK, N. G.; MACRAE, A.; ROSADO, A. S..
Aim: To evaluate the rpoB gene as a biomarker for PCR-DGGE microbial analyses using soil DNA from the Cerrado, Brazil. Methods: DNA extraction from soil was followed by Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification of rpoB and 16S rRNA genes. PCR products were compared by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) to compare gene/community profiles. Results: The rpoB DGGE profiles comprised fewer bands than the 16S rDNA profiles and were easier to delineate and therefore to analyse. Comparison of the community profiles revealed that the methods were complementary. Conclusions, Significance and Impact of the Study: The gene for the beta subunit of the RNA polymerase, rpoB, is a single copy gene unlike 16S rDNA. Multiple copies of 16S rRNA genes in...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: DNA extraction; Tropical soils; Polymerase chain reaction.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134559
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