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Application of broad-range bacterial PCR amplification and direct sequencing on the diagnosis of neonatal sepsis BJM
Ruppenthal,Rubia Denise; Pereira,Fabiana de Souza; Cantarelli,Vlademir Vicente; Schrank,Irene Silveira.
A broad-range bacterial PCR target to conserved regions of the 23S rDNA was applied to 306 blood culture samples from 295 infants (up to one year of age) admitted to a neonatal intensive care unit. Classic blood culture results were compared to DNA sequencing analysis of the PCR amplification products. Culture results were in agreement to DNA sequencing in 90.5% (277) of 306 samples tested, including 263 PCR and culture negative samples and 29 culture and PCR positive samples. The sensitivity of the PCR method combined with sequencing was 88%, and the specificity was 96.3%, with positive and negative predictive values of 74.3 e 98.5%, respectively. The PCR-based approach directly applied to blood culture samples, correlated well with blood culture results...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Sepsis; Molecular diagnosis; Neonatal; PCR.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822005000100006
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Fatal bacteremia due to Anaerobiospirillum succiniciproducens: first description in Brazil BJID
Secchi,Carina; Cantarelli,Vlademir Vicente; Pereira,Fabiana de Souza; Wolf,Hilda Helena Chaer; Brodt,Teresa Cristina Zenobini; Amaro,Maria Cristina O.; Inamine,Éverton.
Anaerobiospirillum succiniciproducens is an anaerobic, Gram-negative, spiral shaped bacteria, which is motile by means of bipolar tuffs of flagella. This organism appears to be a rare cause of bacteremia in humans, and it usually affects patients submitted to immunosuppressive therapy. Anaerobiospirillum succiniciproducens resembles Campylobacter spp. in Gram-stained preparations, however, it is considered resistant to most antimicrobial drugs that are used to treat Campylobacter infections. We observed Gram-negative, spiral shaped bacteria in Gram-stained preparations from blood culture flasks. Growth occurred only under anaerobic incubation, and identification to the species level was achieved by PCR amplification of the 16S rRNA gene, followed by direct...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Bacteremia; Anaerobiospirillum spp.; Anaerobiospirillum succiniciproducens.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-86702005000200008
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Fatal case of bacteremia caused by an atypical strain of Corynebacterium mucifaciens BJID
Cantarelli,Vlademir Vicente; Brodt,Teresa Cristina. Z.; Secchi,Carina; Inamine,Everton; Pereira,Fabiana de Souza; Pilger,Diogo Andre.
Corynebacterium species have often been considered normal skin flora or contaminants; however, in recent years they have been increasingly implicated in serious infections. Moreover, many new species have been discovered and old species renamed, especially after molecular biology techniques were introduced. Corynebacterium mucifaciens is mainly isolated from blood and from other normally-sterile body fluids; it forms slightly yellow, mucoid colonies on blood agar. We report a fatal case of bacteremia due to an atypical strain of C. mucifaciens. This strain had atypical colony morphology; analysis of the 16S rRNA gene was used to define the species.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Bacteremia; Blood infection; Corynebacterium; Corynebacterium mucifaciens.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-86702006000600013
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Physical quality of an Oxisol cultivated with maize submited to cover crops in the pre-cropping period Rev. Bras. Ciênc. Solo
Pereira,Fabiana de Souza; Andrioli,Itamar; Beutler,Amauri Nelson; Almeida,Cinara Xavier de; Pereira,Faber de Souza.
The intensive use of land alters the distribution of the pore size which imparts consequences on the soil physical quality. The Least Limiting Water Range (LLWR) allows for the visualization of the effects of management systems upon either the improvement or the degradation of the soil physical quality. The objective of this study was to evaluate the physical quality of a Red Latosol (Oxisol) submited to cover crops in the period prior to the maize crop in a no-tillage and conventional tillage system, using porosity, soil bulk density and the LLWR as attributes. The treatments were: conventional tillage (CT) and a no-tillage system with the following cover crops: sunn hemp (Crotalaria juncea L.) (NS), pearl millet (Pennisetum americanum (L.) Leeke) (NP)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Management systems; Physical attributes; Least limiting water range.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832010000100021
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Qualidade estrutural de um latossolo vermelho submetido à compactação Rev. Bras. Ciênc. Solo
Oliveira,Paula Regina de; Centurion,José Frederico; Centurion,Maria Aparecida Pessôa da Cruz; Rossetti,Karina de Vares; Ferraudo,Antonio Sergio; Franco,Helena Baroni Junqueira; Pereira,Fabiana de Souza; Bárbaro Júnior,Laerte Souza.
A modificação estrutural do solo provocada pela sua compactação é fator limitante ao crescimento e desenvolvimento das plantas. O objetivo desta pesquisa foi avaliar, em um Latossolo Vermelho eutroférrico no município de Jaboticabal, SP, os parâmetros físicos do solo como a estabilidade de agregados, a condutividade hidráulica e o índice "S". O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado com parcelas subdivididas (quatro níveis de compactação e duas profundidades), com quatro repetições e uma área de mata nativa (MN) como testemunha. Os tratamentos de compactação foram: C0= 0; C1= 2; C2= 4; e C3= 6 passadas de um trator de 11 Mg. Verificou-se que a MN apresentou elevada relação aos índices diâmetro médio geométrico (DMG) e diâmetro médio...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Física do solo; Agregação; Retenção de água; Análise multivariada.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832013000300006
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Qualidade física de um Latossolo Vermelho cultivado com soja submetido a níveis de compactação e de irrigação Rev. Bras. Ciênc. Solo
Oliveira,Paula Regina de; Centurion,José Frederico; Centurion,Maria Aparecida Pessôa da Cruz; Franco,Helena Baroni Junqueira; Pereira,Fabiana de Souza; Bárbaro Júnior,Laerte Souza; Rossetti,Karina de Vares.
Manter uma boa qualidade física do solo é importante para preservar o meio ambiente, além de maximizar a produtividade das plantas. Um solo compactado poderá interferir na densidade, na porosidade e na resistência do solo à penetração, influenciando no crescimento radicular. A presente pesquisa objetivou avaliar a qualidade física de um Latossolo Vermelho eutroférrico, textura argilosa, com a cultivar de soja CAC-1, submetido a quatro níveis de compactação e três níveis de irrigação, utilizando os atributos físicos do solo, assim como a correlação do sistema radicular com a produtividade da cultura. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso, com parcelas subdivididas, com quatro repetições. Os níveis de compactação foram: C0 = 0, C2 = 2, C4 = 4 e...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Produtividade; Sistema radicular; Resistência do solo à penetração.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832012000200028
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Qualidade física de um Latossolo Vermelho submetido a sistemas de manejo avaliado pelo Índice S Rev. Bras. Ciênc. Solo
Pereira,Fabiana de Souza; Andrioli,Itamar; Pereira,Faber de Souza; Oliveira,Paula Regina de; Centurion,José Frederico; Falqueto,Ricardo Jorge; Martins,Alba Leonor da Silva.
O monitoramento da qualidade do solo pelos atributos físicos é importante para a avaliação e manutenção da sustentabilidade dos sistemas agrícolas. Um atributo indicador da qualidade do solo deve ser sensível às variações do manejo ao qual está sendo submetido. Este estudo teve como objetivo avaliar o parâmetro S como indicador da qualidade física do solo e a agregação de um Latossolo Vermelho distrófico, submetido a sistemas de manejo sem ou com a inclusão de plantas de cobertura em pré-safra durante 11 anos. Os tratamentos foram: sistema convencional (SC) e sistemas conservacionistas compostos por plantas de cobertura, crotalária (SDC), milheto (SDM) e lablabe (SDL). O delineamento experimental foi o de blocos casualizados, com quatro tratamentos e seis...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Atributos físicos; Agregados; Plantas de cobertura.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832011000100008
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Quality control for microbiological culture media: Is it enough to follow the NCCLS M22-A2 procedures? BJM
Cantarelli,Vlademir Vicente; Inamine,Everton; Brodt,Teresa Cristina Zenobin; Secchi,Carina; Pereira,Fabiana de Souza; Amaro,Maria Cristina; Batalha,Alice Aurora; Ligiero,Simone Dornellas.
Stringent quality control protocols must be used in order to guaranty that a particular medium is able to recover all sort of organism that may be present in clinical samples. Our aim was to evaluate an alternative protocol that would allow us to detect medium failure to yield quantitative growth of selected pathogens, and compare with the document M22-A2 from NCCLS. The detection limit of Haemophilus influenzae was significantly different depending on media source. We conclude that for some fastidious microorganisms, quantitative verification of the growth capacity of the culture medium is advised.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Quality control; Culture medium; NCCLS.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000500003
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Utility of the ceftazidime-imipenem antagonism test (CIAT) to detect and confirm the presence of inducible AmpC beta-lactamases among enterobacteriaceae BJID
Cantarelli,Vlademir Vicente; Inamine,Everton; Brodt,Teresa Cristina Z.; Secchi,Carina; Cavalcante,Bianca C.; Pereira,Fabiana de Souza.
Detection of AmpC beta-lactamase production by enterobacteria has been problematic. Contrary to ESBLs, no specific guidelines are available for detection and confirmation of AmpC production by clinical relevant microorganisms. Moreover, some bacterial species may produce inducible AmpC beta-lactamases that can be easily overlooked by routine susceptibility tests. We reported here a new test based on the strong inducible effect of imipenem on AmpC genes and the consequent antagonism with ceftazidime. This test is very simple and proved to be helpful in detecting AmpC-inducible enzymes among several species of clinical isolates.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AmpC; Inductible beta-lactamases; Screening tests; Imipenem; Cefoxitin screening.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-86702007000200014
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