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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Separatas Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203
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Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240
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Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395
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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation.; Genetic improvement..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1073455
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1056239
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Association between P-glycoprotein gene polymorphisms and multidrug resistance in Haemonchus contortus. Repositório Alice
MELLO, S. S.; ROCHA, M. I. P.; GIGLIOTI, R.; CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ESTEVES, S. N.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Manegement practices; PCR; Drug resistance.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/937406
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Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Network analysis; Systems biology.; Gene expression..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075630
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Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tenderness is an important trait of meat quality and is known to be influenced by several factors including genetic composition.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Network analysis; System biology.; Gene expression..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080848
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Comparação de diferentes protocolos para visualização de DNA separado por eletroforese em gel de agarose utilizando-se os corantes fluorescentes brometo de etídeo e GelRedr. Repositório Alice
BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M. G.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A..
O brometo de etídio é um corante fluorescente mutagênico utilizado para a visualização de ácidos nucléicos separados pela técnica analítica de eletroforese em gel. Há um corante alternativo, apresentado comercialmente como GelRedR (Biotium), que tem se destacado por não ter ação mutagênica. Sua estrutura ainda não é de conhecimento público por estar sob processo de patente, porém sabe-se que sua massa molar é pelo menos 3 vezes maior do que a do primeiro. Comumente, o brometo de etídeo, e mais recentemente o GelRed são utilizados segundo diferentes protocolos, utilizados no gel de agarose antes da polimerização do mesmo, em banho, após a eletroforese ou diretamente na amostra.
Tipo: Separatas Palavras-chave: CORANTE FLUORESCENTE; BROMETO DE ETÍDIO; GELREDr.; Eletroforese.; DNA.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/876160
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Controle epigenético da expressão do gene CAST, relacionado à maciez de carne em bovinos de corte. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P..
Sob orientação da Dra. Simone Méo Niciura
Tipo: Teses Palavras-chave: Controle epigenético; Gene CAST; Maciez de Carne; Gado de Corte.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/969315
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Differentially expressed genes in Longissimus dorsi muscle of Nelore steers divergent for average daily gain. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; NEUBERN, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: RNA-seq; ADG; Gado Zebu; Zebu.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1056895
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DNA methylation may affect beef tenderness through signal transduction in Bos indicus. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; PAN, Z.; ZHOU, H.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; KOLTES, J. E.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background:Beef tenderness is a complex trait of economic importance for the beef industry. Understanding the epigenetic mechanisms underlying this trait may help improve the accuracy of breeding programs. However, little is known about epigenetic effects on Bos taurus muscle and their implications in tenderness, and no studies have been conducted in Bos indicus.Results:Comparing methylation profile of Bos indicus skeletal muscle with contrasting beef tenderness at 14 days after slaughter, we identified differentially methylated cytosines and regions associated with this trait. Interestingly, muscle that became tender beef had higher levels of hypermethylation compared to the tough group. Enrichment analysis of predicted target genes suggested...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nelore; Epigenoma; Músculo de nelore; RRBS; GNAS; EBF3; Força de cisalhamento; Shear force; Epigenome; Muscle; Metilação; Bos Taurus; Bos Indicus; Músculo; Cattle; Methylation; DNA methylation.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144144
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Efeitos de sistemas nanoestruturados sobre a expressão gênica em fibroblastos bovinos in vitro Repositório Alice
BUZZATO, V. C.; OLIVEIRA, A. L. de; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S. de; NICIURA, S. C. M..
Editado por Ana Rita de Araújo Nogueira, Simone Cristina Méo Niciura
Tipo: Separatas Palavras-chave: Nanoestrutura; Expressão gênica; Fibroblastos.; Bovino..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/965581
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Estabelecimento de cultura celular primária de mioblastos de bovinos com diferentes genótipos para um SNP no gene CAST: resultados preliminares. Repositório Alice
OLIVEIRA, A. de L.; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S.; BUZATTO, V. C.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: CULTURA CELULAR; MIOBLASTOS DE BOVINOS.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946685
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Estudo da metilação de ilhas CpG no gene da calpastatina, relacionado à maciez de carne em bovinos de corte: resultados preliminares. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; BUZATTO, V. C.; OLIVEIRA, A. de L.; BRESSANI, F. A.; MALAGO JUNIOR, W.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: MITILAÇÃO DE ILHAS; Calpastatina.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946124
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Expressão relativa dos genes CAPN1, CAST, DGAT e leptina relacionados à maciez de carne e à deposição de gordura em bovinos. Repositório Alice
GROMBONI, J. G. G.; MELLO, S. S. de; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M.; VENERONI, G. B.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bovino; Carne.; Genes..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/910291
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Frequência de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) em genes relacionados à maciez de carne e à deposição de gordura em bovinos oriundos de abatedouro. Repositório Alice
GROMBONI, J. G. G.; MELLO, S. C. de; ROCHA, M. I. P.; NICIURA, S. C. M..
A bovinocultura de corte tem como objetivo a obtenção de carne de qualidade. A maciez e a deposição de gordura subcutânea e intramuscular são algumas características que estão diretamente relacionadas à produtividade, à qualidade e ao preço do produto final. A maciez da carne é um dos atributos mais apreciado pelo consumidor. Os genes e leptina estão relacionados a essas características de interesse comercial, sendo assim, o objetivo do presente trabalho foi determinar a frequência dos SNP descritos na literatura nos genes , , e leptina em amostras bovinas que foram obtidas a partir de 35 úteros gravídicos coletados em abatedouro. Para tanto as amostras de útero materno e de pele fetal foram submetidas à extração de DNA com solvente orgânico e à...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Polimorphismo; Núcleo único; SNP; Maciez.; Carne..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/865657
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Frequência do polimorfismo F200Y no gene da b-tubulina em em rebanhos ovinos do Estado de São Paulo. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. de C.; GROMBONI, J. G. G.; OTSUK, I. P.; NICIURA, S. C. M..
A ovinocultura é uma atividade econômica que está em crescimento na maioria dos Estados brasileiros, inclusive em São Paulo. Um dos maiores entraves na criação de ovinos a pasto é a alta prevalência de helmintos gastrintestinais, dentre os quais se destaca o . Além disso, o controle das helmintoses gastrintestinais tem sido dificultado em função da resistência que os parasitas adquirem aos produtos químicos. Estudos demonstraram correlação entre a resistência ao benzimidazol (BZD) e a mutação no isotipo 1 do gene da b-tubulina, em que a transversão T > A leva à substituição do aminoácido fenilalanina por tirosina na posição 200 (F200Y). Assim, o presente trabalho teve como objetivo conhecer a frequência do polimorfismo F200Y no gene da -tubulina em...
Tipo: Separatas Palavras-chave: B-tubulina; Frequência.; Haemonchus Contortus; Ovino; Polimorfismo..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/865659
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Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: RNA-seq; Eficiência alimentar.; Bos Indicus..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1054252
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