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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B. da; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado Zebu; Gado de corte; Cattle; Dairy cattle; Bos indicus; Single nucleotide polymorphism; Genomics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007818
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Genetic diversity, population structure, and correlations between locally adapted zebu and taurine breeds in Brazil using SNP markers. Repositório Alice
CAMPOS, B. M.; CARMO, A. S. do; EGITO, A. A. do; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. S. M. do; GOUVEIA, J. J. S. de; MALHADO, C. H. M.; VERARDO, L. L.; SILVA, M. V. G. B. da; CARNEIRO, P. L. S..
bitstream/item/181022/1/Campos2017-Article-GeneticDiversityPopulationStru.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Naturalized bovine; Conservation; Genomics; Introgression.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080451
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B. da; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Background: Meat quality involves many traits, such as marbling, tenderness, juiciness, and backfat thickness, all of which require attention from livestock producers. Backfat thickness improvement by means of traditional selection techniques in Canchim beef cattle has been challenging due to its low heritability, and it is measured late in an animal?s life. Therefore, the implementation of new methodologies for identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) linked to backfat thickness are an important strategy for genetic improvement of carcass and meat quality. Results: The set of SNPs identified by the random forest approach explained as much as 50% of the deregressed estimated breeding value (dEBV) variance associated with backfat thickness,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Metabolismo lipídico; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Machine learning; Tecido adiposo subcutâneo; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Lipid metabolism; Artificial intelligence; Subcutaneous fat.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/977539
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Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B. da; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genome wide association studies; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003463
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Mapeamento de QTLS para peso ao nascimento no cromossomo 14 de bovinos Repositório Alice
MYTATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. da; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Produção de leite; Raças Holandesas; Marcador molécula.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47156
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Predição da resistência genética ao carrapato de bovinos Braford e Hereford a partir de um painel denso de marcadores moleculares. Infoteca-e
CARDOSO, F. F.; GOMES, C. C. G.; OLIVEIRA, M. M. de; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B. da; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
O problema do carrapato bovino. A alternativa da seleção genômica. Resultados experimentais. Procedimentos para aplicação prática. Considerações finais.
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Carrapato bovino; Rhipicephalus; Boophilus microplus.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/945515
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Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro: resultado do Teste de Progênie - 12º Grupo. Infoteca-e
VERNEQUE, R. da S.; MARTINEZ, M. L.; TEODORO, R. L.; SILVA, M. V. G. B. da; PAULA, L. R. de O.; LEDIC, I. L.; TAKAMURA, A. E..
bitstream/item/81952/1/Programa-nacional-de-melhoramento-96.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovinos de leite; Melhoramento genético.; Gir Leiteiro; Melhoramento; Teste de Progênie..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/594805
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Programa nacional de melhoramento do Gir Leiteiro: resultado do teste de progênie - 13º grupo. Infoteca-e
MARTINEZ, M. L.; VERNEQUE, R. da S.; TEODORO, R. L.; SILVA, M. V. G. B. da; LEDIC, I. L.; FERNANDES, A. R..
bitstream/item/81960/1/Programa-nacional-de-melhroamento-102.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovino de leite; Melhoramento genéticon animal; Raça gir.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/594929
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Programa nacional de melhoramento do gir leiteiro: sumário brasileiro de touros resultado do teste de progênie - maio 2007. Infoteca-e
VERNEQUE, R. da S.; TEODORO, R. L.; PEIXOTO, M. G. C. D.; LEDIC, I. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. da; FERNANDES, A. R..
bitstream/item/81997/1/Programa-Nacional-de-Melhoramento-do-Gir-Leiteiro.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovino de leite; Melhoramento genéticon animal; Raça gir.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/596681
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Programa nacional de melhoramento do gir leiteiro sumário brasileiro de touros resultado do teste de progênie - maio 2008. Infoteca-e
VERNEQUE, R. da S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERCESI FILHO, A. E.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. da; FERNANDES, A. R.; MACHADO, C. H. C..
0 sucesso de qualquer programa de melhoramento genético de rebanhos leiteiros depende basicamente do planejamento dos acasalamentos. Para que os acasalamentos possam ocorrer dentro dos objetivos estabelecidos pelo criador, é necessário que este disponha de informações confiáveis dos animais a serem acasalados. As informações sobre as produções das fêmeas podem ser obtidas rotineiramente no próprio rebanho, e em geral o criador sabe quais são as suas melhores vacas, principalmente pelo controle leiteiro. Todavia, o mesmo não ocorre com os touros, que contribuem com mais de 70% do progresso genético dos rebanhos, mas não manifestam a característica fenotipicamente.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovino de leite; Raça gir.; Melhoramento Genético Animal..
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/595990
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Programa nacional de melhoramento do Gir Leiteiro: Sumário brasileiro de touros: resultado do teste de progênie - maio 2009. Infoteca-e
VERNEQUE, R. da S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERCESI FILHO, A. E.; MACHADO, M. A.; REIS FILHO, J. C.; SILVA, M. V. G. B. da; FERNANDES, A. R.; MACHADO, C. H. C..
bitstream/item/82587/1/Programa-nacional-de-meloramento-do-gir.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovino de leite; Raça gir.; Melhoramento Genético Animal..
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/595652
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Programa nacional de melhoramento do gir leiteiro - Sumário brasileiro de touros - Resultados do teste de progênie - maio 2006. Infoteca-e
MARTINEZ, M. L.; VERNEQUE, R. da S.; TEODORO, R. L.; SILVA, M. V. G. B. da; MACHADO, M. A.; LEDIC, I. L.; FERNANDES, A. R..
bitstream/item/89917/1/DOC-108-Gir.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovinos leiteiros - melhoramento.; Melhoramento Animal..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/595224
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Programa Nacional de Melhoramento do Guzerá para Leite: resultados do Teste de Progênie, do Arquivo Zootécnico Nacional e do Núcleo Moet. Infoteca-e
TEODORO, R. L.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINEZ, M. L.; SILVA, M. V. G. B. da; PENNA, V. M.; PEIXOTO, M. G. C. D..
bitstream/item/81963/1/Programa-nacional-de-melhoramento-103.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Raça Guzerá; Bovino de leite.; Melhoramento Genético Animal..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/594928
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Programa Nacional de Melhoramento do Guzerá para Leite: resultados do Teste de Progênie, do Arquivo Zootécnico Nacional e do Núcleo Moet Infoteca-e
TEODORO, R. L.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINEZ, M. L.; SILVA, M. V. G. B. da; PENNA, V. M..
bitstream/item/81954/1/Programa-nacional-de-melhoramento-97.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovinos de leite; Raça Guzerá; Núcleo Moet; Melhoramento genético.; Melhoramento; Teste de Progênie..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/594806
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Programa Nacional de Melhoramento do Guzerá para Leite: resultados do Teste de Progênie, do Arquivo Zootécnico Nacional e do Núcleo Moet. Infoteca-e
TEODORO, R. L.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINEZ, M. L.; SILVA, M. V. G. B. da; PENNA, V. M.; PEIXOTO, M. G. C. D..
bitstream/item/89918/1/DOC-109-Guzera.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Raça Guzerá; Bovino de leite.; Melhoramento Genético Animal..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/595688
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. da.
bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Molecular mechanisms; Raças bovinas; Genomic markers; Sires.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069769
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