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	Provedor de dados Repositório Alice (18) Infoteca-e (1) Autor CAETANO, A. R. (19) SILVA, N. M. A. da (19) PAIVA, S. R. (16) YAMAGISHI, M. E. B. (9) VARELA, E. S. (8) ALVES, A. L. (7) GIACHETTO, P. F. (7) LOBO, F. P. (7) VILLELA, L. C. V. (7) BIAZIO, G. R. de (6) NEPOMUCENO, A. R. (6) CARNEIRO, P. C. F. (5) CAVALCANTI, L. C. G. (5) CINTRA, L. C. (5) FARIA, D. A. de (5) MARIA, A. N. (5) SANCHES, E. G. (5) BRAVO, I. A. F. (4) IANELLA, P. (4) MCMANUS, C. (4) Mais... Palavra-chave Aquicultura. (4) Bioinformatics (3) Genome assembly (3) Single nucleotide polymorphism (3) Análise genômica (2) Bioinformática (2) Cobia (2) Colossoma Macropomum. (2) Gado de corte (2) Genomics (2) Marcadores SNP (2) Peixe (2) Peixe. (2) Peixes nativos. (2) Sequenciamento de genoma (2) Tambaqui (2) ATP6 (1) Aquaculture (1) Babesiose (1) Bijuirá. (1) Mais... Tipo do documento Anais e Proceedings de eventos (9) Separatas (5) Parte de livro (4) Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) (1) Ano 2017 (3) 2016 (4) 2015 (2) 2014 (7) 2013 (3) País Brazil (19) Idioma Português (11) Inglês (8)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 19 Primeira ... 1 ... Última Análise filogeográfica de populações selvagens e em cativeiro do bijupirá (Rachycentron canadum) na costa brasileira. Repositório Alice NEPOMUCENO, A. R.; FARIA, D. A. de; CAVALCANTI, L. C. G.; BIAZIO, G. R. de; SILVA, N. M. A. da; SANCHES, E. G.; CARNEIRO, P. C. F.; MARIA, A. N.; BRAVO, I. A. F.; FOGACA, F. H. dos S.; MCMANUS, C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.. Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bijuirá.; Peixe.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002042 Análise filogeográfica de populações selvagens e em cativeiro do Bijupirá (Rachycentron canadum)na costa brasileira. Repositório Alice NEPOMUCENO, A. R.; FARIA, D. A. de; CAVALCANTI, L. C. G.; BIAZIO, G. R. de; SILVA, N. M. A. da; SANCHES, E. G.; CARNEIRO, P. C. F.; MARIA, A. N.; BRAVO, I. A. F.; FOGACA, F. H. S.; MCMANUS, C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Cobia; ATP6; MtDNA. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1000941 Characterization of the IGF2 imprinted gene methylation status in bovine oocytes during folliculogenesis. Repositório Alice MENDONÇA, A. dos S.; GUIMARÃES, A. L. S.; SILVA, N. M. A. da; CAETANO, A. R.; DODE, M. A. N.; FRANCO, M. M.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Bovine; Embryogenesi. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1030772 Comparação de Diferentes Métodos de Extração do DNA Genômico de Músculo de Camarão-cinza (Litopenaeus vannamei). Infoteca-e SILVA, N. M. L.; BIAZIO, G. R. de; SILVA, N. M. A. da; NEPOMUCENO, A. R.; CAETANO, A. R.; IANELLA, P.. bitstream/item/164166/1/boletim-de-pesquisa-e-desenvolvimento-3263.pdf Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Kit de extração; L vannamei; Extração de DNA. Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1075983 Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Repositório Alice VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. The cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G.... Tipo: Separatas Palavras-chave: Cachara; Peixe-gato; Mitogenome.; Filogenia; Melhoramento genético animal; Peixe de água doce; RNA; Aquicultura.; Pseudoplatystoma reticulatum; Mitochondrial genome; Siluriformes; Phylogeny; Catfish; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074198 De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. Repositório Alice CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.. Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Gado de corte; Zebu; Cattle; Bioinformatics. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006398 de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. The Tambaqui (Colossoma macropomum) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin which has historically been widely exploited by community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last ten years. Current production is above 120,000 metric tons per year with a strong growth trend, making it the most important native aquaculture species in Brazil. Data for generating the draft assembly were produced from shotgun libraries with two different insert sizes and mate-paired libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequência genômica.; Tambaqui; Colossoma Macropomum.; Genome assembly; Sequence analysis.. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1013201 Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos.; Aquicultura.; Aquaculture; Fish; Genomics; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003702 Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos.; Aquicultura.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1000716 Estrutura genética de populações de Bijupirá (Rachycentron canadum) a partir de marcadores microssatélites. Repositório Alice NEPOMUCENO, A. R.; FARIA, D. A. de; CAVALCANTI, L. C. G.; BIAZIO, G. R. de; SILVA, N. M. A. da; SANCHES, E. G.; CARNEIRO, P. C. F.; MARIA, A. N.; BRAVO, I. F.; FOGACA, F. H. dos S.; MCMANUS, C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Cobia; Microssatélites. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1000935 Estrutura genética de populações de bijupirá (Rachycentron canadum) a partir de marcadores microssatélites. Repositório Alice NEPOMUCENO, A. R.; FARIA, D. A. de; CAVALCANTI, L. C. G.; BIAZIO, G. R. de; SILVA, N. M. A. da; SANCHES, E. G.; CARNEIRO, P. C. F.; MARIA, A. N.; BRAVO, I. A. F.; FOGACA, F. H. dos S.; MCMANUS, C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.. Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bijupirá.; Peixe.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1001969 Filogeografia de Rachycentron canadum em cinco Estados da costa brasileira. Repositório Alice NEPOMUCENO, A. R.; FARIA, D. A. de; CAVALCANTI, L. C. G.; BIAZIO, G. R. de; SILVA, N. M. A. da; SANCHES, E. G.; CARNEIRO, P. C. F.; MARIA, A. N.; BRAVO, I. A. F.; FOGAÇA, F. H. dos S.; McMANUS, C.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Filogeografia; Bijupirá; Citocromo.; Peixe; Piscicultura; Aquicultura.. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/978863 Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). Repositório Alice LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma; Bioinformatics; Genomics; Genome assembly; Sequence analysis. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1038884 Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. Repositório Alice CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.. Session 25, Poster 34 Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Genoma. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/976509 Quantificação e estimativas de parâmetros genéticos de níveis de infecção de Babesia bovis em bovinos Braford e Hereford. Repositório Alice CAVANI, L.; CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; CAETANO, A. R.; SILVA, N. M. A. da; GIGLIOTI, R.; OKINO, C. H.; OLIVEIRA, M. C. de S.; OLIVEIRA, H. N.. O objetivo desse trabalho foi quantificar o nível de infecção por Babesia bovis (B. bovis) em bovinos das raças Braford e Hereford por meio de técnicas moleculares baseadas em PCR e estimar parâmetros genéticos para essa característica. Tipo: Separatas Palavras-chave: Herdabilidade; QPCR; Bovino; Babesiose; Genética animal; Gado de corte. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084195 Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). Repositório Alice VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. A cachara. (P. reticulstum) é uma espécie de bagre Neotropical de égua doce (Pimelodidae. Silurifonnes) de relativa importância econômica para a aquicultura brasileira, mas cuja biologia básica ainda é pouco conhecida. Informações referentes ao mtDNA podem contribuir para melhorar o conhecimento biológico sobre uma espécie e são utilizadas em estudos filogenéticos, filogeográficos, de evolução, genética de populações e conservação. O objetivo deste trabalho é apresentar a sequência completa do mtDNA (mitogenoma) da cachara, obtida a partir do sequenciamento e montagem de novo de seu transcriptoma. Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Mitogenoma; Cachara.; Peixe; Pseudoplatystoma reticulatum.. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1064616 Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. Repositório Alice CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.. Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequenciamento de genoma; Bioinformática.; Bos Indicus.; Genome assembly; Bioinformatics; Nellore.. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/974758 SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. Repositório Alice IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. P0484. Tipo: Separatas Palavras-chave: Tambaqui. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1063494 SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. Repositório Alice IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. Tambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genômica.; Colossoma Macropomum.; Single nucleotide polymorphism; Genomics.. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1038891 Registros recuperados: 19 Primeira ... 1 ... Última

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