SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..

Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...

A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery.

Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868482

NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..

Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...

A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery.

Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909360

NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..

A web-based software for randomization tests of cluster analysis of invertebrate biodiversity in a rice ecosystem

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908712

International Rice Research Institute

Zhang, W. J.; Zhang, R. J.; Gu, D. X..

p.32-34

Palavras-chave: Biodiversity; Invertebrates; Computer software; Cluster analysis; Random sampling; Algorithms.

Ano: 2004

URL: http://hdl.handle.net/123456789/985

Algoritmos no comando das nossas vidas.

Alocação otimizada de torres para detecção de incêndios florestais.

LOPES, M. A..

Algoritmos fazem, cada vez mais, parte das nossas vidas, razão por que precisamos entender o que são e as possibilidades que nos oferecem. Esse é um campo do conhecimento que vem alcançando avanços vertiginosos nos últimos anos, a ponto de muitos afirmarem que o futuro pertence aos algoritmos, que estarão no comando de indústrias, do comércio, de veículos autônomos e até de robôs que mimetizarão seres humanos nas mais variadas atividades.

Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Inteligência artificial; Análise de Dados; Dado; Tecnologia da Informação; Data analysis; Algorithms; Information technology; Artificial intelligence.

Ano: 2019

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1123785

AGUIAR, M. O.; LEITE, C. C. C.; VIANA, J. C. C.; MATIAS, H. de B.; SILVA, R. F.; FIGUEIREDO, E. O..

O controle de incêndios florestais através da alocação de torres para a detecção de fumaça é considerado um sistema eficaz para o controle inicial do fogo. O desafio imposto aos pesquisadores é a inserção das torres em posições que otimizem a área de abrangência de cada uma delas. Desta forma, o objetivo deste estudo é propor um novo método heurístico capaz de alocar, de maneira otimizada, as torres em áreas florestais. Conclui-se que o algoritmo implementado foi capaz de alocar as torres respeitando todas as restrições do problema.

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.

Palavras-chave: Torre de detecção de fumaça; Otimização da área de abrangência; Heurística; Heuristic; Algoritmo heurístico; P-mediana; Bujari (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Floresta tropical; Floresta nativa; Incêndio florestal; Controle ambiental; Programação linear; Tropical rain forests; Forest fire management; Smoke; Linear programming; Algorithms; Western Amazon; Bosque tropical húmedo; Manejo de incendios forestales; Humo; Programación lineal; Algoritmos; Amazonia Occidental.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067265

Aplicativo para análise de componentes principais.

HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..

O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.

Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.

Ano: 2010

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883623

PALUMBO, F. V. P.; CARVALHO, J. R. P. de; MOURA, M. F..

Análise por componentes principais. Entrada de dados para o aplicativo: Procedimento. Opções do aplicativo. Especificação de algoritmos: Descrição de método. Cálculo usando a matriz de variâncias e covariâncias(S). Cálculo usando a matriz de correlação (R). Cálculo usando a Matriz Parcial.

Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Algoritmos; Software NTIA; Análise de componentes principais; Análise multivariada; Algorithms; Computer software; Principal component analysis; Multivariate analysis.

Ano: 1999

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/6923

Aquisição automática de sintomas para diagnóstico de doenças em plantas.

FERNANDES, T.; BARBEDO, J. G. A..

O objetivo deste trabalho foi implementar um método capaz de realizar a aquisição automática de sintomas para o diagnóstico de doenças em plantas, que muitas vezes pode ser de difícil obtenção para inúmeros agricultores, devido ao grande número de doenças encontradas hoje em dia ou em algumas vezes pelo baixo conhecimento do profissional sobre o assunto.

Classificação de áreas de café em Minas Gerais por meio do novo algoritmo QMAS em imagem espectral Geoeye-1.

Palavras-chave: Diagnóstico de doenças; Doenças em plantas; Algoritmo; Plant diseases and disorders; Algorithms.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975712

COLTRI, P. P.; CORDEIRO, R. L. F.; SOUZA, T. T. de; ROMANI, L. A. S.; ZULLO JÚNIOR, J.; TRAINA JÚNIOR, C.; TRAINA, A. J. M..

Diante do grande desafio que é classificar imagens de sensoriamento remoto de café, o objetivo deste trabalho foi aplicar o novo algoritmo QMAS para classificar áreas de café comparando os resultados com o método tradicional de Classificação Supervisionada MAXVER, em imagens Geoeye-1. Os resultados indicam que o algoritmo QMAS obteve mais êxito na classificação das áreas de café do que o MAXVER, configurando-se em uma alternativa viável a classificação de imagens de satélite.

ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats.

Palavras-chave: Cafe; Cafeicultura; Padrão espectral; Algoritmo de classificação QMAS; Coffee crops; Spectral pattern; Algorithms.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/895471

NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..

In this work, we report for the first time a comprehensive study of SNPs within tandem repeats of a model organism. Our results show that, due their widespread occurrence, SNPs within TR deserves attention; even though some of them may be explained by simple base-calling errors.

ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats.

Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935333

NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..

2012

Correction and Accuracy of High- and Low-Resolution CTD Data from Animal-Borne Instruments

Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/932803

ArchiMer

Siegelman, Lia; Roquet, Fabien; Mensah, Vigan; Riviere, Pascal; Pauthenet, Etienne; Picard, Baptiste; Guinet, Christophe.

Most available CTD Satellite Relay Data Logger (CTD-SRDL) profiles are heavily compressed before satellite transmission. High-resolution profiles recorded at the sampling frequency of 0.5 Hz are, however, available upon physical retrieval of the logger. Between 2014 and 2018, several loggers deployed on elephant seals in the Southern Ocean have been set in continuous recording mode, capturing both the ascent and descent for over 60 profiles per day during several months, opening new horizons for the physical oceanography community. Taking advantage of a new dataset made of seven such loggers, a postprocessing procedure is proposed and validated to improve the quality of all CTD-SRDL data: that is, both high-resolution profiles and compressed low-resolution...

Tipo: Text

Palavras-chave: Algorithms; Data processing; In situ oceanic observations.

Ano: 2019

URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00494/60567/64043.pdf

DATA MINING FOR THE ASSESSMENT OF MANAGEMENT AREAS IN PRECISION AGRICULTURE

REA

Schemberger,Elder E.; Fontana,Fabiane S.; Johann,Jerry A.; Souza,Eduardo G. De.

ABSTRACT Precision Agriculture (PA) uses technologies with the aim of increasing productivity and reducing the environmental impact by means of site-specific application of agricultural inputs. In order to make it economically feasible, it is essential to improve the current methodologies as well as proposing new ones, in which data regarding productivity, soil, and compound indicators are used to determine Management Areas (MAs). These units are heterogeneous areas within the same region. With these methodologies, data mining (DM) techniques and algorithms may be used. In order to integrate DM techniques to PA, the aim of this study was to associate MAs created for soy productivity using the Fuzzy C-means algorithm by SDUM software over a 9.9-ha plot as...

Tipo: Info:eu-repo/semantics/article

Palavras-chave: Algorithms; EM; KDD; K-means; Weka.

Ano: 2017

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-69162017000100185

Detecting wheat Fusarium head blight using hyperspectral imaging.

BARBEDO, J.; TIBOLA, C.; FERNANDES, J. M..

The objective of this study was to detect FHB in wheat kernels using HSI. An algorithm, based on mathematical morphological operations and linear thresholding, was developed and implemented in order to be both simple and accurate.

Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo.

Palavras-chave: Hyperspectral images; Algoritmo; Fusarium head blight; Algorithms; Image analysis; Deoxynivalenol.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034034

HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.

A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Análise biclustering; Algorithms.

Ano: 2010

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885589

Impacto da amostragem aleatória uniforme para o aumento da escalabilidade na geração de agrupamentos hierárquicos de séries espaço-temporais.

MENDES, R. M. S.; RAZENTE, H.; BARIONI, M. C. N.; ROMANI, L. A. S..

Este trabalho apresenta resultados do emprego de uma abordagem escalável para o agrupamento hierárquico de séries espaço-temporais de imagens de satélite visando a redução da complexidade de tempo de execução e espaço do algoritmo. Para tanto são exploradas as técnicas de pré-processamento para redução da numerosidade, particularmente por meio de amostragem de dados. O experimento indica que é necessário o desenvolvimento de uma estratégia mais eficiente que a seleçao ingênua de amostras (amostragem uniforme).

Problema de alocação de áreas de florestas.

Palavras-chave: Imagem de satélite; Pré-processamento; Algoritmos hierárquicos; Amostragem aleatória; Pre-processing techniques; Sensoriamento remoto; Remote sensing; Algorithms; Cluster analysis; Sampling.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1064878

NARCISO, M. G.; LORENA, L. A. N..

Para indústrias que exploram recursos de florestas é interessante manter áreas de reserva ou ainda áreas para reflorestamento. Assim, uma dada floresta pode ser dividida em vários setores para que alguns sejam explorados e outros fiquem de reserva ou sejam recuperados. Deve-se levar em conta também os fatores (restrições) como transporte dos produtos, manutenção da biodiversidade, etc.

Soybean crop area estimation by Modis/Evi data.

Palavras-chave: Problema de alocação; Algoritmo genético construtivo; Floresta; Forests; Algorithms.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/6922

Um método heurístico para otimizar a formação de Unidades de Produção Anual no manejo de florestas nativas na Amazônia.

GUSSO, A.; FORMAGGIO, A. R.; RIZZI, R.; ADAMI, M.; RUDORFF, B. F. T..

The objective of this work was to develop a procedure to estimate soybean crop areas in Rio Grande do Sul state, Brazil. Estimations were made based on the temporal profiles of the enhanced vegetation index (Evi) calculated from moderate resolution imaging spectroradiometer (Modis) images. The methodology developed for soybean classification was named Modis crop detection algorithm (MCDA). The MCDA provides soybean area estimates in December (first forecast), using images from the sowing period, and March (second forecast), using images from the sowing and maximum crop development periods. The results obtained by the MCDA were compared with the official estimates on soybean area of the Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística. The coefficients of...

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Algoritmo; Área agrícola; Perfil temporal; Glycine max; Mapa; Soja; Algorithms.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/930528

LEITE, C. C. C.; SILVA. E. F. da; SILVA, R. F.; AGUIAR, M. O.; FIGUEIREDO, E. O.; SILVA, M. L. M. da.

Uma área de Manejo Florestal Sustentável dividida em compartimentos de igual tamanho não corresponderá a uma distribuição regular de volume, renda e espécies. Como alternativa, a formação das Unidades de Produção Anual (UPAs) pode ser modelada como um problema clássico conhecido como P-medianas. Desse modo, os objetivos desse estudo foram: 1) Apresentar um modelo de programação linear inteira binária para realizar a formação de UPAs, promovendo a regulação da produção florestal e; 2) propor um método heurístico para a obtenção de soluções viáveis sub-ótimas. A área de estudo consiste em uma área de manejo florestal 1.057,41 ha de floresta tropical nativa localizada no Estado do Acre. Os dados utilizados são provenientes do inventário florestal censitário...