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A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. Repositório Alice
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868482
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909360
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908712
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Algoritmos no comando das nossas vidas. Infoteca-e
LOPES, M. A..
Algoritmos fazem, cada vez mais, parte das nossas vidas, razão por que precisamos entender o que são e as possibilidades que nos oferecem. Esse é um campo do conhecimento que vem alcançando avanços vertiginosos nos últimos anos, a ponto de muitos afirmarem que o futuro pertence aos algoritmos, que estarão no comando de indústrias, do comércio, de veículos autônomos e até de robôs que mimetizarão seres humanos nas mais variadas atividades.
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Inteligência artificial; Análise de Dados; Dado; Tecnologia da Informação; Data analysis; Algorithms; Information technology; Artificial intelligence.
Ano: 2019 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1123785
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Aplicativo para análise de componentes principais. Infoteca-e
PALUMBO, F. V. P.; CARVALHO, J. R. P. de; MOURA, M. F..
Análise por componentes principais. Entrada de dados para o aplicativo: Procedimento. Opções do aplicativo. Especificação de algoritmos: Descrição de método. Cálculo usando a matriz de variâncias e covariâncias(S). Cálculo usando a matriz de correlação (R). Cálculo usando a Matriz Parcial.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algoritmos; Software NTIA; Análise de componentes principais; Análise multivariada; Algorithms; Computer software; Principal component analysis; Multivariate analysis.
Ano: 1999 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/6923
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Aquisição automática de sintomas para diagnóstico de doenças em plantas. Repositório Alice
FERNANDES, T.; BARBEDO, J. G. A..
O objetivo deste trabalho foi implementar um método capaz de realizar a aquisição automática de sintomas para o diagnóstico de doenças em plantas, que muitas vezes pode ser de difícil obtenção para inúmeros agricultores, devido ao grande número de doenças encontradas hoje em dia ou em algumas vezes pelo baixo conhecimento do profissional sobre o assunto.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Diagnóstico de doenças; Doenças em plantas; Algoritmo; Plant diseases and disorders; Algorithms.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975712
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ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..
P1018.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/932803
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ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..
In this work, we report for the first time a comprehensive study of SNPs within tandem repeats of a model organism. Our results show that, due their widespread occurrence, SNPs within TR deserves attention; even though some of them may be explained by simple base-calling errors.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/935333
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Correction and Accuracy of High- and Low-Resolution CTD Data from Animal-Borne Instruments ArchiMer
Siegelman, Lia; Roquet, Fabien; Mensah, Vigan; Riviere, Pascal; Pauthenet, Etienne; Picard, Baptiste; Guinet, Christophe.
Most available CTD Satellite Relay Data Logger (CTD-SRDL) profiles are heavily compressed before satellite transmission. High-resolution profiles recorded at the sampling frequency of 0.5 Hz are, however, available upon physical retrieval of the logger. Between 2014 and 2018, several loggers deployed on elephant seals in the Southern Ocean have been set in continuous recording mode, capturing both the ascent and descent for over 60 profiles per day during several months, opening new horizons for the physical oceanography community. Taking advantage of a new dataset made of seven such loggers, a postprocessing procedure is proposed and validated to improve the quality of all CTD-SRDL data: that is, both high-resolution profiles and compressed low-resolution...
Tipo: Text Palavras-chave: Algorithms; Data processing; In situ oceanic observations.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00494/60567/64043.pdf
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DATA MINING FOR THE ASSESSMENT OF MANAGEMENT AREAS IN PRECISION AGRICULTURE REA
Schemberger,Elder E.; Fontana,Fabiane S.; Johann,Jerry A.; Souza,Eduardo G. De.
ABSTRACT Precision Agriculture (PA) uses technologies with the aim of increasing productivity and reducing the environmental impact by means of site-specific application of agricultural inputs. In order to make it economically feasible, it is essential to improve the current methodologies as well as proposing new ones, in which data regarding productivity, soil, and compound indicators are used to determine Management Areas (MAs). These units are heterogeneous areas within the same region. With these methodologies, data mining (DM) techniques and algorithms may be used. In order to integrate DM techniques to PA, the aim of this study was to associate MAs created for soy productivity using the Fuzzy C-means algorithm by SDUM software over a 9.9-ha plot as...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Algorithms; EM; KDD; K-means; Weka.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-69162017000100185
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Detecting wheat Fusarium head blight using hyperspectral imaging. Repositório Alice
BARBEDO, J.; TIBOLA, C.; FERNANDES, J. M..
The objective of this study was to detect FHB in wheat kernels using HSI. An algorithm, based on mathematical morphological operations and linear thresholding, was developed and implemented in order to be both simple and accurate.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Hyperspectral images; Algoritmo; Fusarium head blight; Algorithms; Image analysis; Deoxynivalenol.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034034
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Impacto da amostragem aleatória uniforme para o aumento da escalabilidade na geração de agrupamentos hierárquicos de séries espaço-temporais. Repositório Alice
MENDES, R. M. S.; RAZENTE, H.; BARIONI, M. C. N.; ROMANI, L. A. S..
Este trabalho apresenta resultados do emprego de uma abordagem escalável para o agrupamento hierárquico de séries espaço-temporais de imagens de satélite visando a redução da complexidade de tempo de execução e espaço do algoritmo. Para tanto são exploradas as técnicas de pré-processamento para redução da numerosidade, particularmente por meio de amostragem de dados. O experimento indica que é necessário o desenvolvimento de uma estratégia mais eficiente que a seleçao ingênua de amostras (amostragem uniforme).
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Imagem de satélite; Pré-processamento; Algoritmos hierárquicos; Amostragem aleatória; Pre-processing techniques; Sensoriamento remoto; Remote sensing; Algorithms; Cluster analysis; Sampling.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1064878
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Natural variability of bio-optical properties in Case 1 waters: attenuation and reflectance within the visible and near-UV spectral domains, as observed in South Pacific and Mediterranean waters ArchiMer
Morel, A.; Claustre, H.; Antoine, D.; Gentili, B..
The optical properties of Case 1 waters have been empirically related to the chlorophyll concentration, [Chl], historically used as an index of the trophic state and of the abundance of the biological materials. The well-known natural variability around the mean statistical relationships is here examined by comparing the apparent optical properties (spectral downward irradiance attenuation and reflectance) as a function of [Chl] in two Case 1 environments, the Pacific and Mediterranean waters. These oceanic zones apparently represent two extremes of the possible bio-optical variability range around the mean. The systematic deviations, in both directions with respect to the average laws, mainly result from the differing contents in non-algal detrital...
Tipo: Text Palavras-chave: Light absorption; Algal biomass; Ocean color; Chlorophyll; Sea; Phytoplankton; Model; Coefficients; Algorithms.
Ano: 2007 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00209/32012/30549.pdf
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Problema de alocação de áreas de florestas. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; LORENA, L. A. N..
Para indústrias que exploram recursos de florestas é interessante manter áreas de reserva ou ainda áreas para reflorestamento. Assim, uma dada floresta pode ser dividida em vários setores para que alguns sejam explorados e outros fiquem de reserva ou sejam recuperados. Deve-se levar em conta também os fatores (restrições) como transporte dos produtos, manutenção da biodiversidade, etc.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Problema de alocação; Algoritmo genético construtivo; Floresta; Forests; Algorithms.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/6922
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Understanding vocalization might help to assess stressful conditions in piglets. Repositório Alice
CORDEIRO, A. F. da S.; NÄÄS, I. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; VIOLARO, F.; NEVES, D. P..
Abstract: Assessing pigs? welfare is one of the most challenging subjects in intensive pig farming. Animal vocalization analysis is a noninvasive procedure and may be used as a tool for assessing animal welfare status. The objective of this research was to identify stress conditions in piglets reared in farrowing pens through their vocalization. Vocal signals were collected from 40 animals under the following situations: normal (baseline), feeling cold, in pain, and feeling hunger. A unidirectional microphone positioned about 15 cm from the animals? mouth was used for recording the acoustic signals. The microphone was connected to a digital recorder, where the signals were digitized at the 44,100 Hz frequency. The collected sounds were edited and analyzed....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Algoritmo.; Suíno; Suinocultura.; Swine; Young animals; Piglets; Algorithms; Mathematical models.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/966129
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Utilizando técnicas preditivas que combinam modelagem e seleção de atributos. Infoteca-e
VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M..
Percebe-se nos últimos anos, devido principalmente ao grande avanço da área de tecnologia de informação, que um enorme volume de dados cresce de forma acelerada em diversos campos de conhecimento, o que dificulta sua interpretação, pois o volume destes dados é maior que o poder de interpretá-los.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Mineração de dados; Boosting; Lasso; Random forest; Algorithms; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1033086
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