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Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..
O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975703
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Allelic database and accession divergence of a Brazilian mango collection based on microsatellite markers. Repositório Alice
RIBEIRO, I. C. N. dos S.; LIMA NETO, F. P.; SANTOS, C. A. F..
Allelic patterns and genetic distances were examined in a collection of 103 foreign and Brazilian mango (Mangifera indica) accessions in order to develop a reference database to support cultivar protection and breeding programs. An UPGMA dendrogram was generated using Jaccard coefficients from a distance matrix based on 50 alleles of 12 microsatellite loci. The base pair number was estimated by the method of inverse mobility. The cophenetic correlation was 0.8. The accessions had a coefficient of similarity of from 30 to 100%, which reflects high genetic variability. Three groups were observed in the UPGMA dendrogram; the first group was formed predominantly by foreign accessions, the second group was formed by Brazilian accessions, and the Dashehari...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genotipagem; Melhoramento genético; Dendrogram.; Manga; Variedade; Mangifera Indica.; Genotyping.; Variability.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/942952
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Análise de associação genômica ampla (GWAS) dos grupos comerciais do feijão-comum. Repositório Alice
SILVA, E. M. da; GOMES, L. M.; TORGA, P. P.; VIANELLO, R. P.; SOUZA, T. L. P. O. de; RESENDE, M. P. M..
Esse trabalho objetivou identificar regiões genômicas do feijão relacionadas ao grupos comerciais a partir da metodologia GWAS.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Coleção nuclear; Genotipagem; Mapeamento associativo; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Melhoramento Genético Vegetal; Coleção de Planta.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1141044
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Aplicabilidade da técnica PCR-RAPD para a determinação do perfil genotipico de variedades de romã (Punica granatum). Repositório Alice
OLIVEIRA, E. M. M.; LIMA, I. S. de; CARNEIRO, B. T.; NOGUEIRA, R. I.; FREITAS-SILVA, O..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genotipagem; RAPD.; Romã..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/935878
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Aprimoramento de protocolos de extração de DNA de sangue armazenado em cartões FTA. Repositório Alice
SILVA, N. M. A.; ARAÚJO, R. O. de; LACERDA, T. S.; GULIAS-GOMES, C. C.; CARDOSO, F. F.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Genotipagem.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/942403
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Biopsia Embrionária Manual. Infoteca-e
CAMARGO, L. S. de A.; QUINTAO, C. C. R.; FREITAS, C. de; OLIVEIRA, C. S..
Este documento mostra um protocolo otimizado para biópsia manual, sem auxílio de micromanipuladores, em embriões fertilizados in vitro em estádio de blastocisto. Com a utilização deste protocolo obteve-se taxa de gestação e de nascimentos semelhantes à de embriões não biopsiados, demonstrando a viabilidade da biópsia embrionária em nossas condições experimentais e a possibilidade de sua aplicação em um sistema comercial, sugerindo seu uso para genotipagem objetivando a SGE (seleção genômica embrionária).
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genotipagem; Seleção genômica embrionária; SGE; Protocolo; Melhoramento Genético Animal.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1101180
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Caracterização da diversidade genética de genitores de amendoim forrageiro por meio de marcadores microssatélites. Repositório Alice
FERREIRA, J. A.; SILVA, H. F.; ASSIS, G. M. L. de; CAMPOS, T. de.
O amendoim forrageiro é uma leguminosa herbácea tropical com destaque em sua utilização na agropecuária. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar molecularmente nove acessos do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Acre utilizados como genitores em cruzamentos de Arachis spp. por meio de marcadores microssatélites. Foram utilizados seis locos microssatélites para a caracterização dos acessos de A. pintoi e A. repens. Através da genotipagem molecular dos locos foi possível caracterizar os nove genitores, estimar a distância genética entre eles e agrupá-los em um dendrograma. Os acessos mais similares foram Ap53 e Ap75, e o que mais apresentou isolamento no agrupamento foi Ar67 único representante da espécie A. repens. A utilização de marcadores...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Arachis repens; Marcador microssatélite; Embrapa Acre; Acre; Genotipagem; Desenvolvimento de cultivares; Fitomejoramiento; Leguminosas forrajeras; Hibridación; Repeticiones de microsatélite; Variación genética; Conservación del germoplasma; Rio Branco (AC); Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental.; Hibridação; Marcador Molecular; Seleção Genótipa; Melhoramento Genético Vegetal; Leguminosa Forrageira; Banco de Germoplasma.; Variação Genética; Plant breeding; Germplasm conservation.; Forage legumes; Arachis pintoi; Hybridization; Microsatellite repeats; Genetic variation; Genotyping.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/941804
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; REHH; Snps.; Bos Indicus..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943057
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Caracterização molecular de fungos filamentosos da coleção de micro-organismos de interesse da indústria de alimentos. Repositório Alice
SILVA, J. P. L. da; VIANA, L. de A. N.; SOUZA, E. F. de; LIMA, I. S. de; FRAGA, M. E.; OLIVEIRA, E. M. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genotipagem; Potencial aflatoxigênico.; Identificação..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/935928
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Certificação molecular de hibridação intraespecífica em amendoim forrageiro por meio de marcadores SSRS. Repositório Alice
FERREIRA, J. A.; CUNHA, M. O. da; ASSIS, G. M. L. de; CAMPOS, T. de.
Arachi pintoi é uma leguminosa de grande interesse agropecuário devido à alta produção de forragem, capacidade de fixar nitrogênio e boa tolerância ao sombreamento. Através da técnica de hibridação, a variabilidade genética da espécie pode ser utilizada em programas de melhoramento para geração de novos cultivares. A natureza codominante e multialélica dos marcadores microssatélites faz com que estes sejam ideais para o estudo de identificação molecular de cruzamentos. O objetivo desse trabalho foi selecionar um conjunto polimórfico de locos microssatélites para certificar hibridação em cruzamentos de A. pintoi. A partir de um conjunto de vinte e um marcadores foi possível selecionar seis locos com adequado padrão de leitura. Estes marcadores foram...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Rio Branco (AC); Cacahuetes forrajeros; Marcador microssatélite; Genotipagem; Desenvolvimento de cultivares; Fitomejoramiento; Leguminosas forrajeras; Hibridación; Repeticiones de microsatélite; Variación genética; Conservación del germoplasma; Embrapa Acre; Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental.; Melhoramento Genético Vegetal; Leguminosa Forrageira; Seleção Genótipa; Hibridação; Marcador Molecular; Variação Genética; Banco de Germoplasma.; Plant breeding; Forage legumes; Arachis pintoi; Hybridization; Microsatellite repeats; Genetic variation; Germplasm conservation.; Genotyping.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/941803
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Construção de um pipeline para identificação e análise de CNVs utilizando dados de chips de genotipagem de SNPs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. de P.; GIACHETTO, P. F..
O objetivo desse estudo foi construir um pipeline de bioinformática para a identificação e análise de CNVs a partir dos dados gerados pelos chips de genotipagem de SNPs da plataforma Illumina, o qual tem sido largamente utilizado na genotipagem de rebanhos bovinos da Embrapa.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de base única; Genotipagem; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/954566
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Desenvolvimento de ferramenta molecular para a análise e certificação racial de bovinos da raça Pantaneira. Repositório Alice
GODOY, A. P. de J.; LIMA, T. P. C.; JULIANO, R. S.; OLIVEIRA, M. V. M.; EGITO, A. A. do.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genotipagem; Bovino; Raça; Dna; Genetica animal.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066866
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Desenvolvimento de teste de genotipagem em bovinos para o SNP A1/A2 do gene da beta caseína, usando a técnica de tetra-primer ARMS-PCR. Repositório Alice
MALUF, V. H. H. K.; LIMA, T. R. de; CAMPOS, R. A.; SOARES, I. K. de A.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A..
O leite é um alimento rico em nutriente e proteínas, sendo um alimento muito importante na saúde humana. A beta caseína é uma das proteínas mais abundantes no leite bovino, e 12 variantes já foram descritas na literatura. As mais encontradas são as variantes A1 e A2, que diferem entre si por uma troca de nucleotídeo (SNP), que acarreta uma troca de aminoácido. A digestão da beta caseína A1 no trato gastrintestinal humano tem como um de seus produtos finais um peptídeo bioativo denominado beta casomorfina 7, que foi relacionado a várias doenças em humanos. Amostras de DNA de touros da raça Girolando, previamente genotipados para este SNP, foram usados para o desenvolvimento de uma metodologia de genotipagem por tetra-primer ARMS-PCR. Após várias...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Beta-caseína; A1A2; Genotipagem; ARMS-PCR; Bovino.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134696
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Desenvolvimento e validação do chip de genotipagem 26K Axiom® SNP array em Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
A produção mundial de café é altamente afetada pelas mudanças climáticas, consequentemente, obter plantas adaptadas a este cenário de clima alterado torna-se muito importante. Com os recentes avanços na genômica do cafeeiro, como o sequenciamento do genoma de C. canephora, o objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar o chip de genotipagem de DNA para C. canephora (26K Axiom SNP array), visando uma plataforma de genotipagem confiável e de alto rendimento, a ser utilizada nos programas de melhoramento da espécie. A construção do chip foi feita utilizando-se dados gerados a partir do resequenciamento genômico de pools formados por indivíduos dos diferentes grupos de diversidade encontrados na espécie e por indivíduos de C. canephora Conilon,...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genotipagem; SNP array; Melhoramento genético.; Coffea canephora; DNA; Gene; Genoma..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084718
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Diagnóstico e genotipagem do vírus da pseudoraiva por nested-PCR e análise de restrição enzimática Ciência Rural
Fonseca Júnior,Antônio Augusto; Carmagos,Marcelo Fernandes; D'Ambros,Régia Maria Feltrin; Braga,Alexandre Carvalho; Ciacci-Zanella,Janice; Heinemann,Marcos Bryana; Leite,Rômulo Cerqueira; Reis,Jenner Karlisson Pimenta dos.
A pseudoraiva (PR) é uma enfermidade viral responsável por consideráveis perdas econômicas na indústria de suínos. O vírus da pseudoraiva (PrV) apresenta apenas um sorotipo, mas, por análise de restrição enzimática, foi classificado em quatro genótipos denominados I, II, III e IV. Os métodos usados para genotipagem dependem do isolamento do vírus, da purificação do DNA viral, da restrição enzimática do genoma completo e da visualização após eletroforese. O objetivo deste trabalho foi estabelecer um método mais rápido e sensível para detectar e genotipar o PrV por nested-PCR e análise de restrição enzimática. Vinte isolados do PrV das regiões Sul e Sudeste do Brasil e a estirpe padrão Shope foram replicadas em células PK-15 e submetidas à nested-PCR para o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genotipagem; Nested-PCR; Pseudoraiva; Restrição enzimática.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782010000400027
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Divergência genética entre genótipos de tucumã-do-pará (Astrocaryum vulgare Mart.) desejáveis para frutos por meio de marcadores moleculares. Repositório Alice
OLIVEIRA, N. P. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de; MOURA, E. F..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Palmeira; Genotipagem; RAPD.; Amazonia..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880777
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Diversity panel of the caprine TMEM154 gene and its relation to the susceptibility to caprine lentivirus. Repositório Alice
SIDER, L. H.; PINHEIRO, R. R.; ANDRIOLI, A.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; MONTEIRO, J. P.; SHIOTSUKI, L.; SANTIAGO, L. B..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Brasil; Artrite encefalite caprina; CAE; Genotipagem; Caprine arthitis-encephalitis.; Caprino; Virus; Genética animal.; Goats; Lentivirus; Genotyping..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/935108
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Frequência alélica e genotípica do SNP ligado ao fenótipo slick hair no gene do receptor da prolactina (PRLR) em bovinos da raça Caracu. Repositório Alice
NASCIMENTO, J. C.; SEIBERLICK, O. S. G.; CARVALHO, B. O.; PEREIRA, H. P.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B..
Resumo: Em ambientes tropicais e subtropicais, a expressão de características produtivas em bovinos é dificultada pelos efeitos ambientais como o estresse térmico, agravado pelo aquecimento global. Regiões genômicas associadas à tolerância ao calor foram recentemente descritas e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) relacionados a essa variação foram identificados. Uma mutação no gene do receptor de prolactina, no SNP 39136666 foi relacionada à presença de um tipo diferente de pelagem denominada “slick hair” em animais da raça Carora e Caracu, que está associado com a maior tolerância ao calor. Foram genotipados neste trabalho, 61 animais da raça Cararu Caldeano, utilizando a técnica tetra-primers ARMSPCR. A frequência alélica e genotípica foi...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genotipagem; Caracu caldeano; Tetra-primer; ARNS-PCR.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112049
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Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. Repositório Alice
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genotipagem; Copy number variations; SNP genotyping; Gado de corte; Bioinformatics; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; High-throughput nucleotide sequencing; Genotyping.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047683
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Genomic prediction applied to high-biomass sorghum for bioenergy production. Repositório Alice
OLIVEIRA, A. A. de; PASTINA, M. M.; SOUZA, V. F. de; PARRELLA, R. A. da C.; NODA, R. W.; SIMEONE, M. L. F.; SCHAFFERT, R. E.; MAGALHAES, J. V. de; DAMASCENO, C. M. B.; MARGARIDO, G. R. A..
The increasing cost of energy and finite oil and gas reserves have created a need to develop alternative fuels from renewable sources. Due to its abiotic stress tolerance and annual cultivation, high-biomass sorghum (Sorghum bicolor L. Moench) shows potential as a bioenergy crop. Genomic selection is a useful tool for accelerating genetic gains and could restructure plant breeding programs by enabling early selection and reducing breeding cycle duration. This work aimed at predicting breeding values via genomic selection models for 200 sorghum genotypes comprising landrace accessions and breeding lines from biomass and saccharine groups. These genotypes were divided into two sub-panels, according to breeding purpose. We evaluated the following phenotypic...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genotipagem; Bioenergia; Biomassa.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096210
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