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| Registros recuperados: 49 | |
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| RIBEIRO, I. C. N. dos S.; LIMA NETO, F. P.; SANTOS, C. A. F.. |
| Allelic patterns and genetic distances were examined in a collection of 103 foreign and Brazilian mango (Mangifera indica) accessions in order to develop a reference database to support cultivar protection and breeding programs. An UPGMA dendrogram was generated using Jaccard coefficients from a distance matrix based on 50 alleles of 12 microsatellite loci. The base pair number was estimated by the method of inverse mobility. The cophenetic correlation was 0.8. The accessions had a coefficient of similarity of from 30 to 100%, which reflects high genetic variability. Three groups were observed in the UPGMA dendrogram; the first group was formed predominantly by foreign accessions, the second group was formed by Brazilian accessions, and the Dashehari... |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: Mangifera indica; Genotipagem; Manga. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/942952 |
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| SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI. |
| A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de... |
| Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; REHH; Snps. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943057 |
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| SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.. |
| A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de... |
| Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; Zebu; Genotype; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946719 |
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| MALUF, V. H. H. K.; LIMA, T. R. de; CAMPOS, R. A.; SOARES, I. K. de A.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.. |
| O leite é um alimento rico em nutriente e proteínas, sendo um alimento muito importante na saúde humana. A beta caseína é uma das proteínas mais abundantes no leite bovino, e 12 variantes já foram descritas na literatura. As mais encontradas são as variantes A1 e A2, que diferem entre si por uma troca de nucleotídeo (SNP), que acarreta uma troca de aminoácido. A digestão da beta caseína A1 no trato gastrintestinal humano tem como um de seus produtos finais um peptídeo bioativo denominado beta casomorfina 7, que foi relacionado a várias doenças em humanos. Amostras de DNA de touros da raça Girolando, previamente genotipados para este SNP, foram usados para o desenvolvimento de uma metodologia de genotipagem por tetra-primer ARMS-PCR. Após várias... |
| Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Beta-caseína; A1A2; Genotipagem; ARMS-PCR; Bovino. |
| Ano: 2021 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134696 |
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| CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C.. |
| A produção mundial de café é altamente afetada pelas mudanças climáticas, consequentemente, obter plantas adaptadas a este cenário de clima alterado torna-se muito importante. Com os recentes avanços na genômica do cafeeiro, como o sequenciamento do genoma de C. canephora, o objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar o chip de genotipagem de DNA para C. canephora (26K Axiom SNP array), visando uma plataforma de genotipagem confiável e de alto rendimento, a ser utilizada nos programas de melhoramento da espécie. A construção do chip foi feita utilizando-se dados gerados a partir do resequenciamento genômico de pools formados por indivíduos dos diferentes grupos de diversidade encontrados na espécie e por indivíduos de C. canephora Conilon,... |
| Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Genotipagem; SNP array; Coffea canephora; DNA; Gene; Melhoramento genético; Genoma. |
| Ano: 2017 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084718 |
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| Fonseca Júnior,Antônio Augusto; Carmagos,Marcelo Fernandes; D'Ambros,Régia Maria Feltrin; Braga,Alexandre Carvalho; Ciacci-Zanella,Janice; Heinemann,Marcos Bryana; Leite,Rômulo Cerqueira; Reis,Jenner Karlisson Pimenta dos. |
| A pseudoraiva (PR) é uma enfermidade viral responsável por consideráveis perdas econômicas na indústria de suínos. O vírus da pseudoraiva (PrV) apresenta apenas um sorotipo, mas, por análise de restrição enzimática, foi classificado em quatro genótipos denominados I, II, III e IV. Os métodos usados para genotipagem dependem do isolamento do vírus, da purificação do DNA viral, da restrição enzimática do genoma completo e da visualização após eletroforese. O objetivo deste trabalho foi estabelecer um método mais rápido e sensível para detectar e genotipar o PrV por nested-PCR e análise de restrição enzimática. Vinte isolados do PrV das regiões Sul e Sudeste do Brasil e a estirpe padrão Shope foram replicadas em células PK-15 e submetidas à nested-PCR para o... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Genotipagem; Nested-PCR; Pseudoraiva; Restrição enzimática. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782010000400027 |
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| NASCIMENTO, J. C.; SEIBERLICK, O. S. G.; CARVALHO, B. O.; PEREIRA, H. P.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.. |
| Resumo: Em ambientes tropicais e subtropicais, a expressão de características produtivas em bovinos é dificultada pelos efeitos ambientais como o estresse térmico, agravado pelo aquecimento global. Regiões genômicas associadas à tolerância ao calor foram recentemente descritas e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) relacionados a essa variação foram identificados. Uma mutação no gene do receptor de prolactina, no SNP 39136666 foi relacionada à presença de um tipo diferente de pelagem denominada ?slick hair? em animais da raça Carora e Caracu, que está associado com a maior tolerância ao calor. Foram genotipados neste trabalho, 61 animais da raça Cararu Caldeano, utilizando a técnica tetra-primers ARMSPCR. A frequência alélica e genotípica foi... |
| Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Genotipagem; Caracu caldeano; Tetra-primer; ARNS-PCR. |
| Ano: 2019 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112049 |
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| BORBA, T. C. de O.; MENDES, C. dos A.; GUIMARÃES, E. P.; BRUNES, T. O.; FONSECA, J. R.; BRONDANI, R. V.; BRONDANI, C.. |
| O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de variedades locais de arroz (Oryza sativa), coletadas em pequenas propriedades rurais. Doze marcadores microssatélites (SSR) caracterizaram 417 variedades locais, coletadas em 1986, 1987 e 2003, no Estado de Goiás. O número de variedades locais com tipo de grão longo e fino aumentou no intervalo de tempo avaliado, provavelmente em razão da demanda de mercado. Conforme os dados moleculares, houve aumento na variabilidade genética e, por meio da análise fatorial de correspondência, observou-se que a maior parte dos acessos foi agrupada de acordo com o ano de coleta. A incorporação de cultivares modernas de arroz às áreas de cultivo das variedades locais e a seleção realizada pelos pequenos... |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: Variabilidade genética; Microsatélite; Genotipagem; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento; Genótipo; Rice; Microsatellite repeats; Genetic resources; Genotype. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/428289 |
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| SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.. |
| Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results... |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genotipagem; Copy number variations; SNP genotyping; Gado de corte; Bioinformatics; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; High-throughput nucleotide sequencing; Genotyping. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1047683 |
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| Registros recuperados: 49 | |
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