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Análise de restrição do DNA ribossômico amplificado (ARDRA) para uma distinção rápida entre DNA bacteriano e de cana-de-açúcar Infoteca-e
SCHWAB, S.; SANTOS, C. M. dos; BALDANI, J. I..
2014
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Metagenômica; Microbiota do solo; Bactéria endofítica.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002884
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Bacterial diversity of soil under eucalyptus assessed by 16S rDNA sequencing analysis. Repositório Alice
SILVEIRA, E.L. da; PEREIRA, R.M.; SCAQUITTO, D.C.; PEDRINHO, E.A.N.; VAL-MORAES, S.P.; WICKERT, E.; CARARETO-ALVES, L.M.; LEMOS, E.G. de M..
Studies on the impact of Eucalyptus spp. on Brazilian soils have focused on soil chemical properties and isolating interesting microbial organisms. Few studies have focused on microbial diversity and ecology in Brazil due to limited coverage of traditional cultivation and isolation methods. Molecular microbial ecology methods based on PCR amplified 16S rDNA have enriched the knowledge of soils microbial biodiversity. The objective of this work was to compare and estimate the bacterial diversity of sympatric communities within soils from two areas, a native forest (NFA) and an eucalyptus arboretum (EAA). PCR primers, whose target soil metagenomic 16S rDNA were used to amplify soil DNA, were cloned using pGEM-T and sequenced to determine bacterial diversity....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genetic diversity; Metagenomic; Microbial communities; Diversidade genética; Metagenômica; Comunidades microbianas.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/121634
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Dinâmica do microbioma ruminal de ovinos Ovis aries e sua relação com a degradação da biomassa. Repositório Alice
ROMAGNOLI, E. M..
Considerando a dieta como um fator modulador do microbioma ruminal, neste trabalho objetivou-se investigar o impacto do bagaço da cana-de-açúcar sobre a composição e funcionalidade das espécies microbianas residentes no rúmen de carneiros (Ovis aries). Foram utilizados seis animais machos fistulados de O. aries, dos quais três foram alimentados com uma dieta composta por 70% de volumoso e 30% de concentrado (tratamento controle) e outros três animais alimentados com uma dieta similar a anterior, mas com 14% do volumoso substituído por bagaço de cana-de-açúcar (tratamento bagaço). O conteúdo ruminal (líquido e fibra) foram amostrados quinzenalmente durante 60 dias. A partir dessas amostras foram acessadas a estrutura e a composição da comunidade microbiana...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Rúmen; Metagenômica; Metatranscriptômica 165 rRNA; Bagaço; Cana-de-açúcar; Metagenomics; Sugarcane bagasse.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1065429
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Identificação de enzimas expressas em clones metagenômicos por espectrometria de massa. Repositório Alice
DUTRA, F. R. P..
2014
Tipo: Outras publicações científicas (ALICE) Palavras-chave: Metagenômica; Expressão proteica; Espectrometria de massa.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008569
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Identification of glycosyl hydrolases in the microbial biodiversity of Brazil using a metagenomic approach. Repositório Alice
QUIRINO, B. F.; BERGMAN, J. C.; COSTA, O. Y. A.; PALUAN, S. G.; RAMOS, N. S. P. L.; SOUTO, B. de M.; BARRETO, C. C.; KRUGER, R. H..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Metagenômica; Biodiversidade microbiana; Brasil.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/924173
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Land use and seasonal effects on the soil microbiome of a Brazilian dry forest. Repositório Alice
LACERDA JÚNIOR, G. V.; NORONHA, M. F.; CABRAL, L.; DELFORNO, T. P.; SOUSA, S. T. P. de; FERNANDES JUNIOR, P. I.; MELO, I. S. de; OLIVEIRA. V. M..
Drylands occupy approximately 41% of the Earth?s terrestrial surface. Climate change and land use practices are expected to affect biogeochemical cycling by the soil microbiome in these ecosystems. Understanding how soil microbial community might respond to these drivers is extremely important to mitigate the processes of land degradation and desertification. The Caatinga, an exclusively Brazilian biome composed of an extensive seasonal tropical dry forest, is exposed to variable spatiotemporal rainfall patterns as well as strong human-driven pressures. Herein, an integrated analysis of shotgun metagenomics approach coupled to meteorological data was employed to unravel the impact of seasonality and land use change on soil microbiome from preserved and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Floresta seca; Bioma Caatinga; Floresta seca tropical; Comunidades microbianas do solo; Metagenômica; Sazonalidade; Floresta Nativa; Floresta; Caatinga; Solo; Uso da Terra; Floresta Tropical; Ecossistema; Dry forests.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115430
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Land use and seasonal effects on the soil microbiome of a Brazilian dry forest. Repositório Alice
LACERDA JÚNIOR, G. V.; NORONHA, M. F.; CABRAL, L.; DELFORNO, T. P.; SOUSA, S. T. P. de; FERNANDES JUNIOR, P. I.; MELO, I. S.; OLIVEIRA. V. M..
Drylands occupy approximately 41% of the Earth?s terrestrial surface. Climate change and land use practices are expected to affect biogeochemical cycling by the soil microbiome in these ecosystems. Understanding how soil microbial community might respond to these drivers is extremely important to mitigate the processes of land degradation and desertification. The Caatinga, an exclusively Brazilian biome composed of an extensive seasonal tropical dry forest, is exposed to variable spatiotemporal rainfall patterns as well as strong human-driven pressures. Herein, an integrated analysis of shotgun metagenomics approach coupled to meteorological data was employed to unravel the impact of seasonality and land use change on soil microbiome from preserved and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Floresta seca; Bioma Caatinga; Floresta seca tropical; Comunidades microbianas do solo; Metagenômica; Sazonalidade; Floresta Nativa; Floresta; Caatinga; Solo; Uso da Terra; Floresta Tropical; Ecossistema; Dry forests.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108220
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Metagenomic analysis of the rhizosphere microbiome of the common bean resistant to Fusarium oxysporum. Repositório Alice
MENDES, L. W.; MENDES, R.; TSAI, S. M..
The rhizosphere microbiome plays a key role in the functioning of the host plant, influencing its physiology and development. It has been suggested that plants use mechanisms present in the rhizosphere microbiome to fend off infections, such as fungal diseases. This work aimed to assess the microbial community inhabiting the common bean rhizosphere in order to identify potential groups related to the suppression of the soil-borne pathogen Fusarium oxysporum. Therefore, using shotgun metagenomic sequencing (Illumina Miseq), we investigated the phylogenetic and potential functional diversity of microbial communities colonizing the rhizosphere of four cultivars of common bean with different levels of resistance to the fungus, ranging from high susceptibility...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Metagenômica; Feijão; Fusarium oxysporum; Metagenomics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036658
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Metagenômica e sua aplicação no estudo de diversidade e função de microrganismos de solos do Cerrado. Infoteca-e
PESSOA FILHO, M. A. C. de P..
2010
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Solo; Cerrado; Metagenômica; Microrganismo do solo; Environmental genomics; Savanna soil; Soil microorganism.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/884750
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The microbiome of brazilian mangrove sediments as revealed by metagenomics. Repositório Alice
ANDREOTE, F. D.; JIMENEZ, D. J.; CHAVES, D.; DIAS, A. C. F.; LUVIZOTTO, D. M.; DINI-ANDREOTE, F.; FASANELLA, C .C.; VARON LOPEZ, M.; BAENA, S.; TAKETANI, R. G.; MELO, I. S. de.
ABSTRACT: Here we embark in a deep metagenomic survey that revealed the taxonomic and potential metabolic pathways aspects of mangrove sediment microbiology. The extraction of DNA from sediment samples and the direct application of pyrosequencing resulted in approximately 215 Mb of data from four distinct mangrove areas (BrMgv01 to 04) in Brazil. The taxonomic approaches applied revealed the dominance of Deltaproteobacteria and Gammaproteobacteria in the samples. Paired statistical analysis showed higher proportions of specific taxonomic groups in each dataset. The metabolic reconstruction indicated the possible occurrence of processes modulated by the prevailing conditions found in mangrove sediments. In terms of carbon cycling, the sequences indicated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Metagenômica; Mangue; Bactéria; Sedimento; Mangrove forests; Sediments; Metagenomics; Delta-Proteobacteria; Gamma-Proteobacteria.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943451
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Triagem de Bibliotecas Metagenômicas para Isolamento de Clones com Atividade de Celobiohidrolase. Repositório Alice
CARVALHO, L. S.; KRUGER, R. H.; QUIRINO, B. F..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Metagenômica; Celobiohidrolases; Celulases.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/938973
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