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A multi-approach analysis of the genetic diversity in populations of Astyanax aff. bimaculatus Linnaeus, 1758 (Teleostei: Characidae) from Northeastern Brazil Neotropical Ichthyology
Pamponet,Vanessa de Carvalho Cayres; Carneiro,Paulo Luiz Souza; Affonso,Paulo Roberto Antunes de Mello; Miranda,Viviam Souto; Silva Júnior,Juvenal Cordeiro; Oliveira,Claudine Gonçalves de; Gaiotto,Fernanda Amato.
Few reports are available about the ichthyofauna of typical semi-arid rivers, although the regional diversity has been constantly threatened by human activities, mainly related to impoundment and construction of dams. The goal of the present work was to evaluate using different methods, the population genetic structure of a characin fish, Astyanax aff. bimaculatus, widespread throughout hydrographic basins of Bahia, Northeastern Brazil. Morphological (meristic and morphometric data), cytogenetic (karyotype and Ag-NOR), and molecular (RAPD and SPAR) analyses were carried out in specimens collected upstream and downstream of Pedra Dam, in the main channel of Contas River (Contas River Basin), and in the Mineiro stream, which belongs to the adjacent Recôncavo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Morphometry; Cytogenetics; RAPD; Population structure; Contas River.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252008000400010
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A simple method for DNA isolation from Xanthomonas spp. Scientia Agricola
Gomes,Luiz Humberto; Duarte,Keila Maria Roncato; Andrino,Felipe Gabriel; Tavares,Flavio Cesar Almeida.
A simple DNA isolation method was developed with routine chemicals that yields high quality and integrity preparations when compared to some of the most well known protocols. The method described does not require the use of lysing enzymes, water bath and the DNA was obtained within 40 minutes The amount of nucleic acid extracted (measured in terms of absorbancy at 260 nm) from strains of Xanthomonas spp., Pseudomonas spp. and Erwinia spp. was two to five times higher than that of the most commonly used method.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: DNA; Xanthomonas; RAPD.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162000000300028
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Análise cromossômica e molecular do javali europeu Sus scrofa scrofa e do suíno doméstico Sus scrofa domesticus Braz. J. Vet. Res. Anim. Sci.
Gimenez,Danilo Lucano; Mota,Lígia Souza Lima Silveira da; Curi,Rogério Abdallah; Rosa,Guilherme Jordão de Magalhães; Gimenes,Marcos Aparecido; Lopes,Catalina Romero; Lucca,Edmundo José de.
A presente investigação teve como objetivos: analisar animais presentes em diferentes criações de javalis no estado de São Paulo, com o intuito de auxiliar a identificação de javalis "puros" assim como javalis híbridos provenientes do cruzamento com o suíno doméstico, para tanto foram utilizadas avaliação do fenótipo dos animais, análises citogenéticas e da técnica molecular de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).O estudo do número de cromossomos nas células diplóides em 104 animais destinados a análise citogenética e fenotípica, revelou polimorfismo de 2n=36, 37 e 38 cromossomos. Por meio da técnica de bandamento GTG foi possível identificação da translocação Robertsoniana entre os cromossomos 15 e 17 como responsável por esse polimorfismo. Todavia,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Javali; Híbrido; Citogenética; RAPD; Fenótipos.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-95962003000200009
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Análise da diversidade genética em Stylosanthes guianensis utilizando marcadores RAPD. Infoteca-e
CHIARI, L.; VALLE, J. V. R. do; RESENDE, R. M. S.; CANÇADO, L. J.; SALGADO, L. R.; LEGUIZÁMON, G. O. de C..
O conhecimento da variabilidade genética e da relação entre diferentes acessos de Stylosanthes guianensis é importante para maximizar o uso dos recursos genéticos disponíveis. Este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética em 20 acessos dessa espécie, pertencentes ao banco de germoplasma da Embrapa Gado de Corte, usando marcadores RAPD (DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso). Foram selecionados 40 primers randômicos, que produziram um total de 210 bandas; destas, 82 polimórficas (39,05%). Os dados obtidos foram utilizados para gerar uma matriz de similaridade genética usando o coeficiente de Jaccard. A similaridade genética variou de 0,747 a 0,945, o que indicou uma variabilidade genética pouco acentuada entre os acessos estudados. Os...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Campo Grande; Mato Grosso do Sul; Brasil.; Leguminosa Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Pastagem; Stylosanthes Guianensis..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/326900
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Análise da variabilidade genética de Plutella xylostella (Lepidoptera : Noctuidae) utilizando marcadores moleculares RAPD. Infoteca-e
MARTINS, E. S.; QUEIROZ, P. R.; LIMA, L. H. C.; MONNERAT, R. G..
Neste trabalho indivíduos de uma mesma população de P. xylostella foram caracterizados geneticamente por meio de RAPD-PCR. Para isso, foi utilizada uma metodologia já estabelecida para a extração de DNA a partir de lepidópteros e selecionados primers OPA-03, OPA-04, OPA-10, OPA-11 e OPA-13. Foi encontrada alta variabilidade genética, apontada por um coeficiente de similaridade que variou de 35 a 90%.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Caracterização molecular.; Plutella Xylostella.; Insecta..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187146
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Análise da variabilidade genética de uma população de Anticarsia gemmatalis (Lepidoptera: Noctuidae) por meio de marcadores moleculares RAPD. Infoteca-e
MARTINS, E. S.; QUEIROZ, P. R.; LIMA, L. H. C.; MONNERAT, R. G..
bitstream/CENARGEN/27360/1/bp091.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Caracterização molecular.; Anticarsia Gemmatalis.; Insecta..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/186381
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Análise genética em populações de Butia eriospatha (Mart. ex Drude) Becc utilizando marcadores moleculares RAPD. Infoteca-e
GAVIÃO, C. F. C.; SUJII, P. S.; INGLIS, P. W.; CIAMPI, A. Y..
bitstream/CENARGEN/29611/1/cot170.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Marcadores moleculares; RAPD; Análise genética.; Butia eriospatha..
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/188806
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ANALYSES OF GENETIC VARIABILITY IN LENTINULA EDODES THROUGH MYCELIA RESPONSES TO DIFFERENT ABIOTIC CONDITIONS AND RAPD MOLECULAR MARKERS BJM
Maki,Cristina Sayuri; Teixeira,Flavia França; Paiva,Edilson; Paccola-Meirelles,Luzia Doretto.
The growth of thirty-four Lentinula edodes strains submitted to different mycelial cultivation conditions (pH and temperature) was evaluated and strain variability was assessed by RAPD molecular markers. The growth at three pH values (5, 6 and 7) and four different temperatures (16, 25, 28 and 37ºC) was measured using the in vitro mycelial development rate and water retention as parameters. Mycelial cultivation was successful at all pH tested, while the ideal temperature for mycelial cultivation ranged between 25 and 28ºC. The water content was lower in strains grown at 37ºC. Among 20 OPA primers (Operon Technologies, Inc.) used for the RAPD analyses, seventeen presented good polymorphism (OPA01 to OPA05, OPA07 to OPA14, OPA17 to OPA20). The clustering...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Edible mushroom; RAPD; Mycelial growth.
Ano: 2001 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822001000300002
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Analysis by RAPD of the genetic structure of Astyanax altiparanae (Pisces, Characiformes) in reservoirs on the Paranapanema River, Brazil Genet. Mol. Biol.
Leuzzi,Maria Sueli Papa; Almeida,Fernanda Simões de; Orsi,Mário Luís; Sodré,Leda Maria Koelblinger.
In this study, the RAPD technique was used to analyze the genetic structure of populations of the fish Astyanax altiparanae (Characidae, Tetragonopterinae) living in the lower, middle and upper Paranapanema River, Brazil. The aim was to assess this structure regarding fish handling and conservation programs. The genetic variability (P) was found to be 42.64%, 75% and 75% in the low, middle and upper reaches, respectively. The dendrogram of genetic similarity, obtained by comparative analysis of the sets of samples from the three sites, showed the formation of three clusters. All of the genetic parameters used indicate that the population in the lower Paranapanema is genetically different from those in the middle and upper sections. The theta P test shows...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Astyanax altiparanae; RAPD; Genetic structure; Genetic conservation; Fish.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000300009
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Analysis of genetic diversity among Indian niger [Guizotia abyssinica (L. f.) Cass.] cultivars based on randomly amplified polymorphic DNA markers Electron. J. Biotechnol.
Nagella,Praveen; Hosakatte,Niranjana Murthy; Ravishankar,K.V.; Hahn,Eun-Joo; Paek,Kee-Yoeup.
Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used to estimate genetic diversity among 18 cultivars of niger from India. Total genomic DNA was extracted and subjected to RAPD analysis using 80 arbitrary 10-mer primers; 17 primers were selected, which yielded a total of 124 bands, 41.20% of them polymorphic. None of the primers produced unique banding pattern for each cultivar. RAPD data were used to calculate a Squared-Euclidean Distance matrix which revealed a minimum genetic distance between cultivars JNC-6 and N-48 and a maximum distance between IGP-76 and JN-30. Based on the distance matrix, a cluster analysis was done using a minimum variance algorithm. The dendrogram generated, based on Ward’s method, grouped 18 niger cultivars...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Genetic diversity; Guizotia abyssinica; Molecular markers; RAPD.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582008000100014
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Analysis of molecular and morphological diversity of Arbutus unedo in the interior North and Center of Portugal. IPB - Escola Superior Agrária
Lopes, Lucas; Sá, Olga; Baltasar, José Luís; Pereira, J.A.; Baptista, Paula.
In the Mediterranean Basin, the strawberry tree (Arbutus unedo L.) has medicinal, ornamental, economical, and environmental importance. During the last decades, several occurrences have caused the decline of the strawberry tree in Portugal being replaced by other species. In this context, the knowledge of genetic variability in the wild populations is essential for a proper conservation. This work aimed to characterize genetically and morphological 38 A. unedo genotypes, 30 of which located in Trás-os-Montes e Alto Douro region, and the remaining 8 genotypes in Beira Interior region, to assess their biodiversity. The genetic diversity was assessing by RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) markers. The dendrogram was obtained from the matrix of...
Tipo: ConferenceObject Palavras-chave: Arbutus unedo; Genetic diversity; RAPD.
Ano: 2010 URL: http://hdl.handle.net/10198/4580
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Aspectos fenotípicos, genotípicos e de diagnóstico da bactéria A. pleuropneumoniae Ciência Rural
Costa,Mateus Matiuzzi da; Klein,Cátia Silene; Collares,Roberta Mattos; Vaz,Clarissa Silveira Luiz; Balestrim,Raquel; Schrank,Augusto; Silva,Sergio Ceroni da; Piffer,Itamar Antônio; Shrank,Irene Silveira.
A pleuropneumonia suína (PPS) provoca prejuízos significativos na suinocultura no mundo. O agente etiológico é a bactéria Actinobacillus pleuropneumoniae (App), que apresenta 15 sorotipos descritos, os quais variam consideravelmente em relação a sua patogenicidade. Nesse sentido, a precisa caracterização patotípica desta bactéria é de grande importância para a adoção de medidas de controle e profilaxia. O diagnóstico e a sorotipificação deste patógeno são realizados pelas técnicas microbiológicas convencionais. Entretanto, problemas nestes esquemas podem ser observados, especialmente em isolados de rebanhos sem histórico de PPS. No Brasil, diversos esforços vêm sendo aplicados no sentido de desenvolver técnicas moleculares que auxiliem no diagnóstico da...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: A. pleuropneumoniae; Diagnóstico; PCR; RDNA 16S; RAPD.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782004000400057
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Assessment of genetic diversity among Pakistani wheat (Triticum aestivum L.) advanced breeding lines using RAPD and SDS-PAGE Electron. J. Biotechnol.
Ahmed,Muhammad Farooq; Iqbal,Muhammad; Masood,Muhammad Shahid; Rabbani,Malik Ashiq; Munir,Muhammad.
Genetic diversity was assessed among 32 advanced wheat breeding lines included in the National Uniform Wheat Yield Trials (2006-07) of Pakistan using molecular (DNA) and biochemical (SDS-PAGE) markers. Of the 72 RAPD primers used for initial screening, 15 were found polymorphic. A total of 140 bands (61.4% polymorphic) were generated by the 15 random decamer primers. Genetic similarity coefficients ranged from 0.81 to 0.94 for rainfed and from 0.70 to 0.93 for the normal seeding date group. Cluster analysis using the unweighted pair group method of arithmetic averages (UPGMA) clustered the 32 advanced wheat breeding lines into one major and three small groups. Maximum level of polymorphism (90%) was observed for the primer OPA-05. Lines N9 and N11 showed...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Genetic diversity; Molecular markers; Polymorphism; RAPD; SDS-PAGE; Wheat.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000300001
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Assessment of Genetic Fidelity of in vitro Raised Plants in Swertia chirayita through ISSR, RAPD analysis and Peroxidase Profiling during Organogenesis BABT
Sharma,Vikas; Belwal,Nidhi; Kamal,Barkha; Dobriyal,Anoop Kumar; Jadon,Vikash Singh.
ABSTRACT An efficient in vitro regeneration protocol for medicinally important herb Swertia chirayita was developed and the genetic fidelity was assessed using RAPD and ISSR markers. The best shoot regeneration was observed on MS basal supplemented with 1.0 mg/L Benzyl amino purine (BAP) in combination with Indole-3-acetic acid (IAA) (0.5 mg/L) that resulted in the increase by multiplication rate (7.65) with an average of 33.33 numbers of shoots and average shoot length of 2.70 cm. It was further enhanced by the addition of adenine sulfate (0.007%) that resulted in an average of 42 shoots per clum with 4.13 cm of average shoot length and the increase in multiplication fold to 9.75 that further resulted in the reduced use of other cytokinins and auxins. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Swertia chirayita; Micropropagation; Adenine sulfate; Ascorbate peroxidase; RAPD; ISSR.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100434
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Assessment of genetic relationship between Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca samples isolated from a dental office J. Venom. Anim. Toxins incl. Trop. Dis.
Pimenta-Rodrigues,MV; Fusco-Almeida,AM; Bertoni,BW; Pietro,RCLR.
The present study aimed to analyze the genetic similarity between genomic profiles of thirteen Klebsiella oxytoca and seven Klebsiella pneumoniae samples isolated from two different collections carried out in different places of dental offices. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique and similarity coefficients (calculated by Sorensen-Dice and simple matching) were applied to determine their genetic profile of randomic DNA sequences. The majority of the isolates of K. pneumoniae and K. oxytoca presented similar coefficient values (e" 0.80). Thus, it was possible to identify that strain dissemination occurred mainly via the hands of the surgeon-dentists and, finally, to determine the genetic similarity of the strains from dental office environments.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Klebsiella oxytoca; Klebsiella pneumoniae; RAPD; Dental office.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1678-91992008000400012
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Attempt to select cucumber (Cucumis sativus L.) double haploid lines to downy mildew tolerance by molecular markers National Institute of Agronomic Research
Śmiech, M.; Sztangret-Wiśniewska, J.; Gałecka, T.; Korzeniewska, A.; Marzec, M.; Kolakowska, G.; Piskurewicz, U.; Niemirowicz-Szczytt, K..
The main goal was to identify RAPD molecular markers associated with downy mildew resistance. RAPD markers that differentiated susceptible and resistant H and DH plants were identified. Further research is needed to verify linkage between the identified markers and the susceptible and resistant phenotypes.
Tipo: Poster Palavras-chave: Pseudoperonospora cubensis; Haploid; Double haploid; RAPD; Cucumber sativus; Downy mildew; Resistance.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/2174/244
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Avaliação da fidelidade genotípica por marcadores RAPDs de brotações de pereira (Pyrus communis L.) cv. Carrick, regeneradas in vitro Ciência Rural
Erig,Alan Cristiano; Schuch,Márcia Wulff.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a fidelidade genotípica de brotações de pereira (Pyrus communis L.) cultivar Carrick, regeneradas in vitro, utilizando marcadores RAPDs. O DNA genômico foi extraído de folhas oriundas das brotações de pereira regeneradas a partir de diferentes tratamentos e de plantas matrizes micropropagadas (planta controle), utilizando-se o protocolo descrito por FERREIRA & GRATTAPAGLIA (1996). Para triagem dos primers foram utilizados os kits OPAN, OPA e OPF (Operon Technologies, Inc.) e, destes, foram escolhidos sete primers: OPAN-03, OPAN-14, OPAN-15, OPAN-16, OPA-02, OPA-08 e OPF-04. A separação dos produtos da amplificação foi realizada através de eletroforese horizontal em gel de agarose 1,2%, corado com brometo de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pereira; Variação somaclonal; Marcadores moleculares; RAPD.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782003000300009
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Avaliação da origem de variações fenotípicas da manga 'Keitt' cultivada em São Paulo com base em marcadores RAPD. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; PINTO, A. C. de Q.; ROSSETTO, C. J.; FRAGA, L. M. S.; ANDRADE, S. R. M. de; BELLON, G..
bitstream/CPAC-2009/26861/1/p2005_52.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Agronomic characters.; Características Agronômicas; Manga; Mangifera Indica; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal.; Genetic markers; Mangoes; Plant breeding..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/569471
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Avaliação de diversidade genética em subespécies e cruzamento de avestruzes (Struthio camelus) com o uso de marcadores RAPD - DOI: 10.4025/actascianimsci.v27i2.1222 Animal Sciences
Cunha Godoy, Lisandra; UEM; Cardozo, Rejane Machado; UEM; Moraes, Gentil Vanini de; UEM.
Na estrutiocultura as ligações entre características físicas e desempenho precisam de investigação adicional e as informações sobre diversidade genética são mínimas. Portanto, o presente trabalho representa um importante passo em estudos de genética de avestruzes. Foram coletadas amostras de sangue de 30 animais, machos e fêmeas, das subespécies Blue Neck, African Black e do cruzamento Red Blue (Red Neck X Blue Neck), para extração de DNA. Após amplificação, os produtos foram analisados e interpretados pela técnica RAPD, fornecendo dados de similaridade genética entre os indivíduos com a utilização do coeficiente de Jaccard e dados de distância genética entre as subespécies e diversidade genética dentro de subespécies através do coeficiente de Nei. Os...
Palavras-chave: 5.04.05.00-4 Produção Animal avestruzes; Blue Neck; African Black; Red Blue; RAPD; Diversidade genética 5.04.05.00-4 Produção Animal.
Ano: 2005 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/1222
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Avaliação rápida da diversidade de formigas em sistemas de uso do solo no sul da Bahia Neotropical Entomology
Braga,Danielle L; Louzada,Júlio N C; Zanetti,Ronald; Delabie,Jacques.
We aimed to compare the soil ant diversity in different land use systems from Atlantic Forest area, in Southern Bahia state, Brazil. The ants were sampled in 16 sites: two primary forest sites (un-logged forest); three young secondary forests (<8 years old); three intermediate secondary forests (8-20 years old); three old secondary forests (&gt;20 years old); three Eucalyptus grandis plantations (3-7 years old), and two introduced pastures. Each site was sampled in three sampling points 15 m apart, and distant over 50 m from the site edge. In each sampling point we gathered the litter from a 1 m² and extracted the ants with Winkler extractors during 48h. We found 103 ant species from 29 genera and eight subfamilies. The five richest genera were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Formicidae; Community structure; Agroecosystem; RAPD.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2010000400002
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