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Accuracy of genomic prediction for tick resistance in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; GOMES, C. C. G.; COMIN, H. B.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
This work aimed to determine the accuracy and bias of genomic predictions of Braford (BO) and Hereford (HH) cattle genetic resistance to ticks.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Resistência a carrapatos; Tick resistance; Gado de corte; Beef cattle; Marker-assisted selection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003697
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Accuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
PICCOLI, M. L.; BRACINNI NETO, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S..
The main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/995739
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Aplicação da seleção genômica em citros. Repositório Alice
CRISTOFANI-YALY, M.; GOIS, I.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIANEL, M.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Citros; Melhoramento genético; Seleção genômica.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009543
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Associações genômicas para perímetro escrotal ao desmame em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P..
O objetivo deste trabalho foi estudar a associação entre polimorfismos de base única (SNP) com os valores genéticos do perímetro escrotal mensurado ao desmame (PED) em bovinos de corte de raça sintética. Neste estudo foram utilizados 285 animais da raça Canchim e 114 animais do grupo genético MA (utilizados na formação da raça Canchim), genotipados com o painel de alta densidade (786.799 SNPs). Após o controle de qualidade de informações (genótipos e fenótipos) restaram 672.778 SNPs e 392 animais. Foram observadas associações para PED nos cromossomos 20 e 28. Após a correção para múltiplos testes (?false discovery rate?) ao nível de 10%, 12 SNPs foram significativamente associados, ao longo do cromossomo, com PED. Novos e promissores genes associados com...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Melhoramento genético; Seleção genômica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964251
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Breeding by genomic selection: capturing the missing heritability of complex traits in forest trees. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramente genético; Seleção genômica; Árvore.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/910742
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COMBATE ao carrapato com seleção de genes resistentes: programa 01. Infoteca-e
2014
Tipo: Prosa Rural (INFOTECA-E) Palavras-chave: Seleção genômica; Gado Braford; Gene; Carrapato; Gado de corte; Tristeza parasitária; Sanidade animal; Gado Hereford; Acaricida.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/983602
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Controle de qualidade de dados genotípicos para estudos genômicos em clones de eucalipto. Repositório Alice
FARIA, G. M. P. de; PEREIRA, C. S.; GRANATO, I. S. C.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SASALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalipto; Espécie exótica; Clone; Seleção genômica; Valor genético.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968428
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Desequilíbrio de ligação nos cromossomos 10 e 23 em populações Gir, F1 e F2 (Gir x Holandês) Repositório Alice
O. P. I; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; G. S. E. F.; MACHADO, M. A..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GWAS; Seleção genômica.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072303
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Estimation of linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size of Brazilian Hereford and Braford breeds. Repositório Alice
BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; CARDOSO, L. L.; GULIAS-GOMES, C. C.; HIGA, R. H.; DIONELLO, N. J. L.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F..
A set of 41,241 SNP genotypes from 2,435 Hereford (HH) and Braford (BO) bovines were analyzed to estimate linkage disequilibrium (LD) levels, persistence of phase and effective population size of these populations. LD levels were estimated using the squared correlation of alleles at two loci (r2) at varying distances. Average r2 between adjacent SNP was 0.21 for HH and 0.16 for BO. Average inter-marker distance was 61 kb in both breeds. Useful LD values (r2>0.2) were observed at 0-60 kb bins in HH and 0-20 kb bins in BO. Breeds demonstrated moderate to strong persistence of phase at all distances (range=0.53- 0.97). The greatest phase correlations (r>0.9) were found in 0-50 kb bins. LD estimates decreased rapidly with increasing distances between...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Gado de corte; Melhoramento genético animal.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/995727
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Estudo de associações genômicas para idade ao primeiro e segundo parto em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P..
Recentemente, programas de melhoramento genético de bovinos de corte têm dado maior ênfase para características reprodutivas de fêmeas devido à sua importância econômica para o sistema de produção. O objetivo deste trabalho foi estudar a associação entre polimorfismos de base única (SNP) com os valores genéticos das características idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto em bovinos de corte de raça sintética. Neste estudo foram utilizados 285 animais da raça Canchim e 114 animais do grupo genético MA (utilizados na formação da raça Canchim), genotipados com o painel de alta densidade (786.799 SNPs). Após o controle de qualidade de informações (genótipos e fenótipos) restaram 672.778 SNPs e 392 animais. Foram observadas associações para IPP nos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Melhoramento genético; Seleção genômica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964254
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Estudo genômico do nível de infecção por Babesia bovis em bovinos da raça angus. Repositório Alice
SANTANA, C. H..
bitstream/item/170181/1/santana-ch-me-jabo-1.pdf
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Rhipicephalus (Boophilus) microplus; Seleção genômica; Babesia Bovis; Angus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1049838
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Ganhos em acurácia com a utilização de informações genômicas na avaliação genética de suínos. Repositório Alice
GARCIA, D. A.; LOPES, J. S.; FARAH, M. M.; OTAVIANO, A. R.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C..
Objetivou-se avaliar o impacto da inclusão de informações genômicas nos ganhos em acurácia no momento da seleção e a associação dos valores genéticos na seleção com futuras predições de alta acurácia (rEBV). As características idade para atingir 110 kg (ID110), conversão alimentar (CA) e número de leitões viáveis ao quinto dia (LV5) foram estudadas nas raças Landrace (LA) e Large White (LW). As análises foram realizadas reproduzindo um período de avaliação genética semanal em que tanto o valor genético tradicional (EBV)quanto o valor genético genômico (GEBV)dos animais genotipados estivessem disponíveis . Ganhos em acurácia e correlação entre EBV e GEBV foram avaliados. Além disso, foram mensuradas as associações entre EBVs e GEBVs com os valores genéticos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Single step; Large White; Landrace.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032817
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Genetic diversity and genomic selection in Eucalyptus benthamii. Repositório Alice
AGUIAR, A. V. de; SOUZA, B.; ABREU, L.; PAPPAS, M. de C. R.; AZEVEDO, V. C. R.; SANTOS, P. E. T. dos; SOUSA, V. A. de; SANTOS, R..
bitstream/item/184826/1/2018-RAC-Ananda-IMEC-Genetic.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Seleção genômica; Genetic diversity; Genomic selection; Eucalyptus benthamii.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1097868
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Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; Seleção genômica; SNP genotyping; Espécie exótica; Eucalipto; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Genetic relationships; Marker-assisted selection; Plant breeding.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080149
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Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; SNP genotyping; Genetic relationships; Seleção genômica; Eucalipto; Espécie exótica; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Marker-assisted selection; Genetic relationships; Plant breeding.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080081
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Genomic selection for growth traits in Eucalyptus benthamii and E. pellita populations using a genome-wide Eucalyptus 60K SNPs chip. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; KIRST, M.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; GRATTAPAGLIA, D..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus; Espécie exótica; Espécie florestal; Seleção genômica; Melhoramento genético.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022008
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Genomic selection for tick resistance in Braford and Hereford cattle using single-step methodology. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; GULIAS-GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M.; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; YOKOO, M. J. I..
Resumo.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/940293
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Genomic selection in a seedling seed orchard of the Eucalyptus urophylla using microsatellite markers. Repositório Alice
PUPIN, S.; NUNES, A. C. P.; RESENDE, M. D. V. de; ROSSE, L. N.; MARINO, C. L.; ROSSINI, B. C.; SEBBENN, A. M.; MORAES, M. L. T. de.
bitstream/item/193796/1/2019-RAC-M.Deon-CEG-Genomic.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Espécie exótica; Seleção genômica; Eucalyptus Urophylla; Eucalipto.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1106778
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Genomic selection in forage breeding: designing an estimation population. Repositório Alice
RESENDE, R. M. S.; CASLER, M.; RESENDE, M. D. V. de.
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Melhoramento genético; Forrageira.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966457
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Genotipagem por sequenciamento e dosagem alélica em Panicum maximum. Repositório Alice
LARA, L. A. de C.; CAVALCANTE, D. N. C.; DÉO, T. G.; SANTOS, M. F.; CHIARI, L.; JANK, L.; VILELA, M. de M.; ZENG, Z. B.; GARCIA, A. A. F..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pastagem tropical; Seleção genômica; Genotipagem; Panicum maximum.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066378
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