Data/hora: 13/06/2024 03:44:47

Provedor de dados: 	20	
País: 	Belgium	
Título: 	Código de barras de ADN  de las especies cubanas de peces  dulceacuícolas.	
Autores: 	Lara Lorenzo, A.	
Data: 	2014-06-19	
Ano: 	2008	
Palavras-chave: 	CDNA; Genes; Fishes; Fish wastes.	
Resumo: 	En el presente trabajo se realizó el análisis del código de barras ADN de 24 especies de la  ictiofauna dulceacuícola cubana. Para ello,  se secuenciaron 652pb del gen mitocondrial  citocromo oxidasa I (COI) de 96 individuos provenientes de diferentes áreas geográficas y  representativos, en la mayoría de los casos, de la distribución espacial de cada especie. En  el análisis se utilizó la distancia genética Kimura 2 parámetros (K2P), considerando como  cota superior el valor de 3%, para identificar los límites de divergencia entre especies.  Complementariamente se llevó a cabo un análisis de agregación poblacional para  identificar grupos poblacionales  indicativos de linajes evolutivos independientes. El  estimado promedio de divergencia genética entre individuos coespecíficos fue de 0.96%,  mientras que el valor encontrado entre especies congenéricas alcanzó el 10.2%. La  identificación de las especies a través de este marcador molecular coincidió en un 96% con  la clasificación taxonómica establecida. Solo se observaron incongruencias en el caso del  género Rivulus, donde no se pudo identificar molecularmente a la especie  R.  insulaepinorum. Por otra parte, el género  Gambusia presentó una mayor diversidad de  especies, al identificarse varios linajes evolutivos significativos. De manera general, el  código de barras del ADN constituye una herramienta eficaz para la identificación de los  peces de agua dulce de Cuba y una vía rápida para identificar posibles linajes  independientes que puedan ser motivo de estudios posteriores más profundos.	
Tipo: 	Theses and Dissertations	
Idioma: 	Espanhol	
Identificador: 	http://hdl.handle.net/1834/5514	
Relação: 	1.  Alayo, P., 1973. Lista de peces fluviatiles de Cuba. Torreia. Nueva serie (29): 53pp.  2.  Alayo, P., 1974. Guía elemental de las aguas dulces de Cuba. Torreia. Nueva serie (37):  66-68.  3.  Anónimo, 2007. How DNA Barcoding Can Help Science.  http://www.sciencedaily.com/  4.  Avise, J.C., 1994. Molecular markers, natural history and evolution. Chapman and Hall,  edits. N. Y. London.   5.  Avise, J.C.; J. Arnold; M. R. Ball; E. Berminghan; T. Lamb; J.E. Neigel; C.A Reeb and  N.C. Saunders, 1987. Intraspecific Phylogeography: the mitochondrial DNA Bridge  between population genetics and systematics.  Annual  Review of Ecology and  Systematics 18: 489-522.  6.  Ayala, F.J., 1997. Vagaries of the molecular clock.  Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:  7776–7783.  7.  Ballard, J.W.O. and M.C. Whitlock, 2004.  The incomplete natural history of  mitochondria. Mol Ecol 13: 729-744.   8.  Barber P. and S.L. Boyce, 2006. Estimating diversity of Indo-Pacific coral reef  stomatopod larvae. Proc. R. Soc. B. doi: 10.1098/rspb.2006.3540.  9.  Barus, V.; J. Liborsvársky and F. G. Padron, 1981. Notes on  Toxus  creolus      (Poeciliidae) from Cuba. Folia Zoologica. 30 (4): 363-370.  10. Barus, V. and J. Liborsvársky, 1987. Observations on Glaridichthys uninotatus and G.  falcatus (Poeciliidae) from Cuba. Folia Zoologica 37(2): 167-182.  11. Bellwood, D. R.; T.P. Hughes; C. Folke and M. Nystron, 2004. Confronting the coral  reef crisis. Nature 429: 827-833. . Bensasson D, D-X Zhang; D.L. Hartl  and G.M. Hewitt, 2001. Mitochondrial  pseudogenes: Evolution's misplaced witnesses. Trends Ecol Evol 16: 314-321.  13. Bhadury, P.; M.C. Austen; D.T. Bilton; P.J.D. Lambshead; A.D. Rogers and G.R.  Smerdon, 2006. Development and evaluation of a DNA-barcoding approach for the  rapid identification of nematodes. Marine Ecology Progress Series 320: 1-9.  14. Blaxter, M.; J. Mann; T. Chapman; F. Thomas; C. Whitton; R. Floyd and Eyualem- Abebe, 2005. Defining operational taxonomic units using DNA barcode data.  Phil.  Trans. R. Soc. B. 360 (1462): 1935-1943.  15. Boore, J. L., 1999. Animal mitochondrial genomes.  Nucleic Acids Res 27(8): 1767- 1780.   16. Bourlat, S.J.; H. Nakano; M. Akerman; M.J. Telford; M.C. Thorndyke and M. Obst,  2008. Feeding ecology of Xenoturbella bocki  (phylum Xenoturbellida) revealed by  genetic barcoding. Molecular Ecology Resources 8(1): 18-22. . Brower, A. V. Z., 2006. Problems with DNA barcodes for species delimitation: ¨ten  species¨of Astraptes fugerator reassessed (Lepidoptera: Hesperiidae). Systematics and  Biodiversity 4: 127-132.  18. Bucklin, A.; P.H. Wiebe; S.B. Smolenack; N.J.Copley; J.G. Beaudet; K.G. Bonner; J.  Färber-Lorda and J.J. Pierson, 2007. DNA  barcodes for species identification of  euphausiids (Euphausiacea, Crustacea). Journal of Plankton Research 29(6): 483-493.  19. Burgess, G. H. y R. Franz 1989. Zoogeography of the Antillean freshwater fish fauna.  En Biogeography of the West Indies: past, present and future, Charles A. Woods (ed.),  Sand hill Crane Press, Gainesville, Florida, pp: 263-304.  20. Bussing, W. A., 2002. Peces de las aguas continentales de Costa Rica. Segunda edición.  Editorial de la Universidad de Costa Rica, Costa Rica. 504 pp.  21. Chang,Y.S.; F.L. Huang and T.B. Lo, 1994. The complete nucleotide sequence and  gene organization of carp (Cyprinus carpio) mitochondrial genome.  J. Mol. Evol.  38  (2): 138-155.  22. Damas, T., 1999. Biología de los peces vivíparos. Mar y Pesca 321: 57-58.  23. Davis, J. I. y K. C. Nixon, 1992. Populations, genetic variation, and the delimitation of  phylogenetic species. Syst. Bio. 41 (4): 421-435.  24. de la Cruz, J. y A. M Dubitsky,  1976. Dos nuevas especies de peces dulceacuícolas del  género Rivulus, Poey (Cyprinodontidae) de Cuba e Isla de Pinos.  Poeyana (Ser. A) 1- 6.  25. DeSalle, R., M. G Egan and M. Siddall, 2005. The unholy trinity: taxonomy, species  delimitation, and DNA barcoding. Phil. Trans. R. Soc. B. 360 (1462): 1905 -1916.  26. DeSalle, R., 2006. Species discovery versus species identification in DNA barcoding  efforts: response to Rubinoff. Conservation Biology 20 (5): 1545-1547.   27. Ebach, M. C. and C. Holdrege, 2005. DNA barcoding is no substitute for taxonomy.  Nature 434 697 doi: 10.1038/434697b.  28. Echelle, A. A.; L. Fuselier; R. A. Van Den Bussche; C. M. L. Rodríguez and M. L.  Smith, 2005. Molecular systematics of Hispaniolan pupWshes (Cyprinodontidae:  Cyprinodon): Implications for the biogeography of insular Caribbean Wshes. Molecular  Phylogenetics and Evolution 39 (2006): 855–864.  29. Eigenmann, C. H.,   1903. The fresh-water fishes of western Cuba. Bulletin of the U. S.  Fish Commission 22: 211-236.   30. Elvira, B. and A. Almodóvar, 2001. Freshwater fish introductions in Spain: facts and  figures at the beginning of the 21st century. Journal of Fish Biology, 59: 323-331.  31. Felsenstein, J., 1981. Evolutionary trees  from DNA sequences: A maximun likelihood  approach. J. Mol. Evol. 17: 368-376.  32. Franz, R. and G. H. Burgess, 1983. A new Poeciliid killifish, Limia rivasi, from Haiti.  Northeast Gulf Science 6 (1): 51-54. 3. Funk, D. J and K. E Omland, 2003. Species-level paraphyly and polyphyly: frequency,  causes and consequences, with insights from animal mitonchondria DNA.  Annual  Review of Ecology, Evolution and Systematics 34: 397-423.  34. García, I. y L. Koldenkova, 1990. Clave pictórica para las principales especies de peces  larvívoros de Cuba. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí, Cuba 1-55.  35. García-Debrás, A.; A. Pérez y J. Yanger,  1999. Distribución geográfica de los peces  ciegos (Ophidiiformes, Bythitidae). Troglobio, 4: 2-3.  36. Graur, D. and W. H. Li, 2000. In Fundamentals of Molecular Evolution, pp. 1-481.  USA: Sinaurer Asociates.  37. Hajibabaei, M.; G. A. C. Singer and D. A Hickey, 2006. Benchmarking DNA barcodes:  an assessment using available primate sequences. Genome 49(7): 851-854.  38. Hajibabaei, M.; D. H. Janzen; J.M. Burns; W. Hallwachs and P. D. N. Hebert, 2006b.  DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103(4): 968–971.  39. Hall, T. A., 1999. BioEdit: A user- friendly biological sequences alignment editor and  analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser. 41:95-98.  40.  Hebert, P.D.N; A. Cywinska; S.L.  Ball and J.R. deWaard, 2003a. Biological  identifications through DNA barcodes. Proc. R. Soc. Lond. B. 270: 313-322.    41. Hebert, P. D. N.; S. Ratnasingham, and J. R. deWaard, 2003b. Barcoding animal life:  cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc. R.  Soc. B. 270: S96–S99.  42. Hebert, P. D. N.; E. H Penton; J. M Burns; D. H. Janzen and W Hallwachs, 2004a. Ten  Species in One: DNA Barcoding Reveals Cryptic Species in the Neotropical Skipper  Butterfly Astraptes fulgerator. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(41): 14812-14817.  43. Hebert, P. D. N.; Stoeckle M. Y.; Zemlak T. S.and Francis C. M., 2004b. Identification  of Birds through DNA Barcodes. PLoS Biology 2(10): 1657- 1663.  44. Hill, J. E., 2002.  Exotic fishes in Florida. Florida fishes. Lakeline. 39-41.  45. Hubert. N, R. Hanner, E. Holm, N. Mandrak, E. Taylor, M. Burridge, D. Watkinson, A.  Curry, P. Bentzen P, Zhang, J. April and L. Bernatchez, 2008. Identifying Canadian  freshwater fishes through DNA barcodes. PloS ONE (en prensa).  46. John, G. C. and J. C. Avise, 1998. A comparative summary of genetic distances in the  vertebrates from the mitochondrial cytochromo b gene. Mol. Biol. Evol. 15(11): 1481- 1490.   47. Kimura, M., 1980. A simole method for stimateg evolutionary rate of base  susbstitutions trough comparative  statisc of nucleotides sequences.  J. Mol. Evol.  16:  111-120.  48. Kingman, J.F.C., 1982. The coalescent. Stochastic Process and their Applications 13:  245-248.  49. Koldenkova, L. y I. García, 1987. Nota sobre la resistencia a la desecación de los  huevos de  Rivulus cylindraceus  (Teleostei, Cyprinodontidae). Miscelánea Zoológica  29: 4-5. Bibliografía      50. Kressk, W. J. and D. L. Erickson, 2008.  DNA barcodes: Genes, genomics, and  bioinformatics. PNAS 105 (8): 2761–2762.  51. Kumar, S.; K. Tamura and M. Nei, 2004. MEGA3: Integrated software for Molecular  Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics  5:150-163.  52. Kumar Pradeep, N.; A.R. Rajavel; R. Natarajan and P. Jambulingam, 2007. DNA  Barcodes Can Distinguish Species of Indian Mosquitoes (Diptera: Culicidae). Journal  of Medical Entomology 44(1): 1-7.  53.   Lambert, D. M.; A. Baker; L Huynen; O. Haddrath; P. D. N. Hebert and C. D. Millar,  2005. Is a Large-Scale DNA-Based Inventory of Ancient Life Possible?  Journal of  Heredity 96(3): 279-284.  54. Landry, J.F., 2007.  Taxonomic review of the leek moth genus Acrolepiopsis  (Lepidoptera: Acrolepiidae) in North America. The Canadian Entomologist 139(3):  319-353.  55. La Roche, J.; M. Snyder; D. I. Cook;  K. Fuller and E. Zouros, 1990. Molecular  caracterization of a repeat element causing large-scale size variation in the  mitochondrial DNAof the sea Scallop Placopecten magellanicus. Mol. Biol Evol. 7(1):  45-64.  56. Lee, D.S.; S.P. Platania and G.H. Burgess, 1983. Atlas of North American freshwater  fishes, supplement. Occasional Papers of the North Carolina Biological Survey no.  1983-6. North Carolina State Museum of Natural History, Raleigh, N.C. 67 pp.  57. Lemera S.; D. Aurelle; L. Vigliola; J.D. Durand and P. Borsa, 2007. Cytochrome b  barcoding, molecular systematics and geographic differentiation in rabbitfishes  (Siganidae). Comptes Rendus Biologies 330(1): 86-94.   58. Lucinda, P.H.F., 2003. Checklist of the Freshwater Fishes of South and Central  America. Porto Alegre: EDIPUCRS, Brazil. p. 555-581.  59.  Menéndez, Z.; E. Manso; M. Castex; O. Fuentes; N. Hernández; I. García, 2007.  Algunos aspectos ecológicos de la ictiofauna larvífaga presente en Cayo Santa María,  Cuba. Rev. Cubana Med. Trop., 59(3): 73-76.  60. Meyer,C. P. and G. Paulay, 2005. DNA Barcoding: Error Rates Based on  Comprehensive Sampling. PLoS Biol 3(12): e422.  61. Moritz, C. and C. Cicero, 2004. DNA  Barcoding: Promise and Pitfalls.  PLoS Biol  2(10): e354.  62. Moura, C. J.; D. J. Harris; M. R Cunha; and A. D. Rogers, 2008.  DNA barcoding  reveals cryptic diversity in marine hydroids (Cnidaria, Hydrozoa) from coastal and  deep-sea environments. Zoologica Scripta 37(1): 93-108.  63. Mullis, K. and F. Faloona, 1987. Specific synthesis of DNA  invitro via a polymerase- catalyzed chain reaction. Methods in Enzymology 155: 335–350.  64. Myers, S., 1938: Fresh-water fishes and West Indian Zoogeography. En: Annual Report  of the Board of Regents of the Smithsonian Institution, 92 (1938 for the year 1937):  339-364. Bibliografía      65. Nelson, L.A.; J.F. Wallman and M. Dowton, 2007. Using COI barcodes to identify  forensically and medically important blowflies. Medical and Veterinary Entomology  21(1): 44-52.  66. Newmaster, S.G.; A.J. Fazekas; R.A.D. Steeves and J. Janovec, 2007. Testing candidate  plant barcode regions in the Myristicaceae. Molecular Ecology Notes. OnlineEarly.  67. Nielsen, J.G.; D.M. Cohen; D.F. Markle and C.R. Robins, 1999. FAO Species  Catalogue. Ophidiiform Fishes of the World (Order Ophidiiformes). Vol 18, 178pp.   68. Okimoto, R.; J. L. MacFarlane; D. O. Clary and D. R. Wolstenholme, 1992. The  mitochondrial genomes of two nematodes, Caenorhabditis elegans and Ascaris suum.  Genetcs 130: 471-498.  69. Page, L.M. and B.M. Burr. 1991. A field guide to freshwater fishes of North America  north of Mexico. Houghton Mifflin Company, Boston. 432 pp.  70. Poey, F., 1854. Los guajacones, pececillos de  agua dulce. Memorias de la Historia  Natural de la Isla de Cuba 1 (32): 374-390.  71. Rauchenberger, M., 1989. Systematics and Biogeography of the genus  Gambusia  (Cyprinodontiformes: Poecilidae). Novitataes. 74pp.   72. Rivas, L. R., 1944. Contributions to the study of the Poecilid fishes of Cuba. I.  Descriptions of six new species of the subfamily Gambusiinae. Proceedings of the New  England Zoölogical 23: 41-53.   73. Rivas, L. R., 1958. The origin, evolution, dispersal and geographical distribution of the  Cuban poeciliid fishes of the tribe Girardinini. The American Philisophical Society 102  (3): 281-320.  74. Rivas, L. R. and G. S. Myers, 1950. A new genus of Poeciliid Fishes from Hispaniola,  with Notes on genera allied to Poecilia and Mollienesia. Copeia 4: 288-294.  75. Rivero, L. H., 1951. Peces larvívoros. Boletín de historia natural de la Sociedad  Zoológica Felipe Poey 2 (6): 90-97.   76. Rivero, L. H. and L. R. Rivas, 1944. Studies of Cyprinodont fishes. Two new genera of  the tribe Girardinini, from Cuba. Torreia 12: 3-19.  77. Robins, C.R. and G.C. Ray,  1986.  A field guide to Atlantic coast fishes of North  America. Houghton Mifflin Company, Boston, U.S.A. 354 pp.  78. Rodríguez, C. M., 1997. Phylogenetic  analysis of the Tribe Poeciliini  (Cyprinodontiformes: Poeciliidae). Copeia 4:663-679.  79. Rodríguez, J.; E. González;  N. Hernández; V. Capó y I. García, 2004. Comparación  morfológica e histológica  del tubo digestivo de Gambusia puncticulata  y Girardinus  metallicus, peces utilizados en el control biológico de mosquitos. Rev. Cubana Med.  Trop. 56(1): 73-76.  80. Rodríguez, R., 2007. Ecología de los peces del arroyo Govea,  Bejucal Provincia  Habana. Tesis de diploma. 54 pp.	
Formato: 	66	
Fonte: 	http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/