Data/hora: 13/06/2024 05:08:03

Provedor de dados: | 86
País: | Brazil
Título: | Desenho e validação de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira
Autores: | Machado,Edna Lôbo; Silva,Simone Alves.
Data: | 2013-11-01
Ano: | 2013
Palavras-chave: | Ricinus communis; GenBanK/NCBI; Genoma.
Resumo: | O objetivo deste trabalho foi desenhar, validar e otimizar pares de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira. O desenho dos pares de iniciadores foi feito por meio do aplicativo Websat, a partir de sequências depositadas no GenBank do National Center for Biotechnology Information (GenBank/NCBI), e a sua qualidade foi aferida com uso do aplicativo web NetPrimer. Foram utilizadas diferentes concentrações de DNA, cloreto de magnésio, pares de iniciadores, dNTPs e temperatura de anelamento para otimização das condições de PCR. Um total de 30 pares de iniciadores SSR foi desenhado, sintetizado e otimizado. O gel de agarose foi utilizado para detecção dos produtos amplificados, e o gel desnaturante de poliacrilamida, na otimização das condições de PCR e na identificação de polimorfismo. Os pares de iniciadores apresentaram percentagem média de guanina/citosina (GC) igual a 47,29% e produtos amplificados com tamanhos entre 128 e 381 pb. Vinte e nove pares de iniciadores SSR (96,7%) foram validados, dos quais nove foram polimórficos (23,3%). As concentrações otimizadas para amplificação são: DNA, 25 ng; cloreto de magnésio, 1,2 mmol L-1; iniciadores Forward e Reverse, 0,4 mmol L-1; dNTPs, 0,1 mmol L-1; e temperatura de anelamento, 62 a 64ºC. As ferramentas de bioinformática Websat e Net Primer podem ser utilizadas para desenvolver iniciadores microssatélites de qualidade, para a mamoneira, a partir de sequências depositadas no GenBank/NCBI.
Tipo: | Info:eu-repo/semantics/article
Idioma: | Português
Identificador: | http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013001100006

Editor:

Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento

Pesquisa Agropecuária Brasileira

Relação: | 10.1590/S0100-204X2013001100006
Formato: | text/html
Fonte: | Pesquisa Agropecuária Brasileira  v.48 n.11 2013
Fonte: | info:eu-repo/semantics/openAccess