Data/hora: 01/06/2024 01:02:53

Provedor de dados: | 86
País: | Brazil
Título: | Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel
Autores: | Nascimento,Moysés; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e.
Data: | 2011-11-01
Ano: | 2011
Palavras-chave: | Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal.
Resumo: | O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change").
Tipo: | Info:eu-repo/semantics/article
Idioma: | Português
Identificador: | http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100010

Editor:

Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento

Pesquisa Agropecuária Brasileira

Relação: | 10.1590/S0100-204X2011001100010
Formato: | text/html
Fonte: | Pesquisa Agropecuária Brasileira  v.46 n.11 2011
Fonte: | info:eu-repo/semantics/openAccess