Data/hora: 15/06/2024 21:37:43

Provedor de dados: | 94
País: | Brazil
Título: | Identificação de microssatélites para o mamoeiro por meio da exploração do banco de dados de DNA
Autores: | Oliveira,Eder Jorge de; Dantas,Jorge Luiz Loyola; Castellen,Milene da Silva; Machado,Marlos Dourado.
Data: | 2008-09-01
Ano: | 2008
Palavras-chave: | Marcador molecular; Carica papaya L.; SSR; GenBank.
Resumo: | Os marcadores microssatélites são ferramentas úteis em diversas análises genéticas em plantas. No caso do mamoeiro (Carica papaya L.), poucos locos de microssatélites foram descritos até o momento. Assim, o objetivo deste trabalho foi explorar a base de dados do GenBank / NCBI (National Center of Biotechnoloy Information) à procura de microssatélites de mamoeiro, visando a seu futuro uso em estudos genéticos e moleculares aplicados ao melhoramento genético. As seqüências foram obtidas no GenBank / NCBI, no formato FASTA, e analisadas para a presença de microssatélites com um mínimo de 20; 7 e 5 repetições dos motivos de mono-, di- e trinucleotídeos, respectivamente, e acima de 4 repetições para tetra- e pentanucleotídeos. Seqüências com mais de 90% de similaridade foram consideradas redundantes e, portanto, eliminadas das análises. Foram analisadas 44.591 seqüências, das quais 3.180 foram não-redundantes e apresentaram 3.947 microssatélites. Desse total, 3.587 foram classificados como microssatélites perfeitos, 8 imperfeitos, 65 interrompidos, 239 compostos-perfeitos, 8 compostos-imperfeitos e 40 compostos-interrompidos. As repetições de di- e trinucleotídeos representaram 65,7 e 14,4% do total de seqüências analisadas, respectivamente. Somente os motivos do tipo AT/TA representaram 44,1% dos microssatélites encontrados. Os motivos mais comuns de tri-, tetra- e pentanucleotídeos foram AAT, AATT e TTTAA, respectivamente. Observou-se que, nas seqüências disponíveis, o genoma do mamoeiro apresenta, em média, um microssatélite a cada 5,65 kb.
Tipo: | Info:eu-repo/semantics/article
Idioma: | Português
Identificador: | http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452008000300049
Editor: | Sociedade Brasileira de Fruticultura
Relação: | 10.1590/S0100-29452008000300049
Formato: | text/html
Fonte: | Revista Brasileira de Fruticultura  v.30 n.3 2008
Fonte: | info:eu-repo/semantics/openAccess