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Registro completo
Provedor de dados:  Repositório Alice
País:  Brazil
Título:  Montagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis.
Autores:  PEZENTI, L. F.
GONÇALVES, K. B.
SOUZA, R. F.
VILAS-BOAS, L. A.
SOSA-GOMEZ, D. R.
ROSA, R. da
Data:  2016-12-27
Ano:  2016
Palavras-chave:  Genética
Lagarta-da-soja
RNA
Transcriptoma
Resumo:  Anticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e suscetíveis, tratadas e não-tratadas com a proteína bioinseticida de Bacillus thuringiensis - Cry1Ac), e analisados o seu perfil transcricional através do RNA-seq. Foram construídas doze bibliotecas de cDNA (protocolo Illumina TruSeq Stranded mRNA LS) a partir de doze amostras de RNA extraídas conforme protocolo adaptado utilizando TRIzol® Reagent e o SV Total RNA Isolation System Promega. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina HiSeq 2500 V4 com leitura paired-end de 125pb. A qualidade dos reads obtidos foram verificados com FastQC v0.11.4, e trimados com Prinseq v0.20.4. A montagem do transcriptoma foi realizada na plataforma Trinity v2.2.0 com a estratégia de novo, pois não existe um genoma de referência para o mapeamento dos transcritos e construção de contigs. Os transcritos de uma das bibliotecas foram anotados e categorizados usando o software Blast2go v3.2.7, logo após a busca por similaridade dos transcritos contra banco de dados. O transcriptoma das doze bibliotecas de A. gemmatalis apresentou 754.280 transcritos, montados a partir de 503.590.692 reads, com uma média de 41.965.891 milhões de reads por biblioteca, e N50 variando de 1146 a 1520. Os dados apresentados são preliminares, porém este estudo nos permite reportar a montagem do transcriptoma de A. gemmatalis e apresentar dados preliminares de anotação funcional. Estes resultados abrem novas perspectivas para o estudo genômico de A. gemmatalis, e possibilitará a posterior identificação de genes candidatos relacionados aos mecanismos de resistência de importantes pragas agrícolas.

2016
Tipo:  Resumo em anais de congresso (ALICE)
Idioma:  Português
Identificador:  37106

http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1059312

http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/152327/1/Anais.2016.p.43.pdf
Editor:  In: ENCONTRO PARANAENSE DE GENÉTICA, 13., GENÉTICA NAS FÉRIAS, 10., 2016. Tempos modernos: anais. Londrina: UEL, 2016.
Relação:  Embrapa Soja - Resumo em anais de congresso (ALICE)
Formato:  p. 43.
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