| Resumo: |
L’identification des événements de transmission successifs par lesquels un agent pathogène sepropage peut être un objectif en soi ou un moyen de paramétrer précisément un modèleépidémiologique. Des informations génétiques (proximité phylogénétique entre isolats) ouépidémiologiques (dates probables d’infection, période infectieuse) peuvent être utilisées pourtendre vers cet objectif. En général, aucune de ces sources d’information n’est suffisante pourreconstituer l’historique des événements de transmission impliqués dans une épidémie ; enrevanche, ces informations de nature différente devraient avoir un effet synergique si l’onparvient à les intégrer dans un cadre probabiliste commun. Du fait de leur taux de mutation trèsélevé, les virus à ARN sont un modèle idéal pour ce type d’étude. Lors de l’épidémie de fièvreaphteuse (causée par le FMDV) qui a sévi au Royaume-Uni en 2001, de nombreux échantillonsviraux ont été collectés, ainsi que les données épidémiologiques correspondantes (dated’infection, date d’abattage, localisation spatiale des fermes infectées…). Les génomescomplets des isolats de FMDV prélevés dans 15 fermes de l’un des foyers ont été séquencés etutilisés conjointement aux données épidémiologiques afin de définir les chaînes detransmission possibles. La structuration spatiale de l’arbre de transmission le plusvraisemblable obtenu pour ce foyer montre l’intérêt et les limites des enquêtesépidémiologiques de terrain.
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