Consulta: creatorFacets:"Azevedo,Camila Ferreira"
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Data/hora: 12/06/2024 09:17:24

Use of regularized quantile regression to predict the genetic merit of pigs for asymmetric carcass traits
Provedor de dados: 86
Autores: Santos,Patricia Mendes dos; Nascimento,Ana Carolina Campana; Nascimento,Moysés; Silva,Fabyano Fonseca e; Azevedo,Camila Ferreira; Mota,Rodrigo Reis; Guimarães,Simone Eliza Facioni; Lopes,Paulo Sávio.
Abstract: The objective of this work was to evaluate the use of regularized quantile regression (RQR) to predict the genetic merit of pigs for asymmetric carcass traits, compared with the Bayesian lasso (Blasso) method. The genetic data of the traits carcass yield, bacon thickness, and backfat thickness from a F2 population composed of 345 individuals, generated by crossing animals from the Piau breed with those of a commercial breed, were used. RQR was evaluated considering different quantiles (τ = 0.05 to 0.95). The RQR model used to estimate the genetic merit showed accuracies higher than or equal to those obtained by Blasso, for all studies traits. There was an increase of 6.7 and 20.0% in accuracy when the quantiles 0.15 and 0.45 were considered in...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Sus scrofa; Blasso; Shrinkage.
Ano: 2018
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000901011

Mapeamento de QTL para características de crescimento de suínos por meio de modelos de regressão aleatória
Provedor de dados: 86
Autores: Pinheiro,Valeria Rosado; Silva,Fabyano Fonseca e; Guimarães,Simone Eliza Facioni; Resende,Marcos Deon Vilela de; Lopes,Paulo Sávio; Cruz,Cosme Damião; Azevedo,Camila Ferreira.
O objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância "identical‑by‑descent" associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve efeito de QTL, ou nulo,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Sus scrofa; Curvas de crescimento; Dados longitudinais; "identical‑by‑descent"; Locos de características quantitativas; Seleção assistida por marcadores.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000200009

Regressão via componentes independentes aplicada à seleção genômica para características de carcaça em suínos
Provedor de dados: 86
Autores: Azevedo,Camila Ferreira; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Lopes,Paulo Sávio; Guimarães,Simone Eliza Facioni.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão via componentes independentes (ICR) na estimação de valores genéticos genômicos e dos efeitos de marcadores SNP para características de carcaça de uma população F2 de suínos (Piau x linhagem comercial). Os métodos foram avaliados por meio da concordância entre os valores genéticos preditos e os fenótipos corrigidos, observados por validação cruzada, e também foram comparados com outros métodos geralmente utilizados para os mesmos propósitos, tais como RR-BLUP, PCR e PLS. Os métodos ICR e PCR apresentam resultados similares, mas o método ICR apresenta maiores valores de acurácia.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Sus scrofa; BLUP; Marcadores SNP; Regressão aleatória; Redução dimensional.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000600007

Genomic prediction of leaf rust resistance to Arabica coffee using machine learning algorithms
Provedor de dados: 63
Autores: Sousa,Ithalo Coelho de; Nascimento,Moysés; Silva,Gabi Nunes; Nascimento,Ana Carolina Campana; Cruz,Cosme Damião; Silva,Fabyano Fonseca e; Almeida,Dênia Pires de; Pestana,Kátia Nogueira; Azevedo,Camila Ferreira; Zambolim,Laércio; Caixeta,Eveline Teixeira.
ABSTRACT Genomic selection (GS) emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers over the genome. Several statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit. In general, such methodologies require certain assumptions about the data, such as the normality of the distribution of phenotypic values. To circumvent the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (GBLASSO). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and related possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting. This study aimed to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Statistical learning; Plant breeding; Artificial intelligence.
Ano: 2021
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162021000401102

Triple categorical regression for genomic selection: application to cassava breeding
Provedor de dados: 63
Autores: Lima,Leísa Pires; Azevedo,Camila Ferreira; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Viana,José Marcelo Soriano; Oliveira,Eder Jorge de.
ABSTRACT: Genome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: G-BLUP; BLASSO; Genomic prediction; Genomic heritability.
Ano: 2019
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162019001500368

New insights into genomic selection through population-based non-parametric prediction methods
Provedor de dados: 63
Autores: Lima,Leísa Pires; Azevedo,Camila Ferreira; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Suela,Matheus Massariol; Nascimento,Moysés; Viana,José Marcelo Soriano.
ABSTRACT: Genome-wide selection (GWS) is based on a large number of markers widely distributed throughout the genome. Genome-wide selection provides for the estimation of the effect of each molecular marker on the phenotype, thereby allowing for the capture of all genes affecting the quantitative traits of interest. The main statistical tools applied to GWS are based on random regression or dimensionality reduction methods. In this study a new non-parametric method, called Delta-p was proposed, which was then compared to the Genomic Best Linear Unbiased Predictor (G-BLUP) method. Furthermore, a new selection index combining the genetic values obtained by the G-BLUP and Delta-p, named Delta-p/G-BLUP methods, was proposed. The efficiency of the proposed...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genomic prediction; Selection index; Genetic gain; Asian rice.
Ano: 2019
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162019001400290

Modelagem hierárquica Bayesiana na avaliação de curvas de crescimento de suínos genotipados para o gene halotano
Provedor de dados: 65
Autores: Macedo,Leandro Roberto de; Silva,Fabyano Fonseca e; Cirillo,Marcelo Ângelo; Nascimento,Moysés; Paixão,Débora Martins; Guimarães,Simone Eliza Facioni; Lopes,Paulo Sávio; Santos,Jussara Aparecida dos; Azevedo,Camila Ferreira.
Para avaliar a influência do gene halotano sobre a curva de crescimento de suínos, bem como sua interação com o sexo do animal, foi proposta uma modelagem hierárquica Bayesiana. Nesta abordagem, os parâmetros dos modelos não-lineares de crescimento (Logístico, Gompertz e von Bertalanffy) foram estimados conjuntamente com os efeitos de sexo e genótipos do gene halotano. Foram utilizados 344 animais F2(Comercial x Piau) pesados ao nascer, aos 21, 42, 63, 77, 105 e 150 dias. O modelo Logístico foi aquele que apresentou melhor qualidade de ajuste por apresentar menor DIC (Deviance Information Criterion) que os demais. As amostras das distribuições marginais a posteriori para as diferenças entre as estimativas dos parâmetros do modelo Logístico indicaram que o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Melhoramento; Modelos não-lineares; Síndrome do estresse suíno.
Ano: 2014
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782014001001853

Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos
Provedor de dados: 65
Autores: Azevedo,Camila Ferreira; Silva,Fabyano Fonseca e; Rezende,Marcos Deon Vilela de; Peternelli,Luiz Alexandre; Guimarães,Simone Eliza Facione; Lopes,Paulo Sávio.
A principal contribuição da genética molecular é a utilização direta das informações de DNA no processo de identificação de indivíduos geneticamente superiores. Sob esse enfoque, idealizou-se a seleção genômica ampla (Genome Wide Selection - GWS), a qual consiste na análise de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) amplamente distribuídos no genoma. Devido a esse grande número de SNPs, geralmente maior que o número de indivíduos genotipados, e à alta colinearidade entre eles, métodos de redução de dimensionalidade são requeridos. Dentre estes, destaca-se o método de regressão via Quadrados Mínimos Parciais (Partial Least Squares - PLS), que além de solucionar tais problemas, permite uma abordagem multivariada, considerando múltiplos fenótipos....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Seleção genômica; Redução de dimensionalidade; Análise multivariada.
Ano: 2013
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782013000900017

Combined index of genomic prediction methods applied to productivity
Provedor de dados: 65
Autores: Suela,Matheus Massariol; Lima,Leísa Pires; Azevedo,Camila Ferreira; Resende,Marcos Deon Vilela de; Nascimento,Moysés; Silva,Fabyano Fonseca e.
ABSTRACT:  Rice cultivation has great national and global importance, being one of the most produced and consumed cereals in the world and the primary food for more than half of the world’s population. Because of its importance as food, developing efficient methods to select and predict genetically superior individuals in reference to plant traits is of extreme importance for breeding programs. The objective of this research was to evaluate and compare the efficiency of the Delta-p, G-BLUP (Genomic Best Linear Unbiased Predictor), BayesCpi, BLASSO (Bayesian Least Absolute Shrinkage and Selection Operator), Delta-p/G-BLUP index, Delta-p/BayesCpi index, and Delta-p/BLASSO index in the estimation of genomic values and the effects of single nucleotide...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Palavras-chave: Genomic prediction; Selection index; Genetic gain.
Ano: 2019
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782019000600404

Classificação multivariada de curvas de progresso da requeima do tomateiro entre acessos do banco de germaplasma de hortaliças da UFV
Provedor de dados: 65
Autores: Azevedo,Camila Ferreira; Silva,Fabyano Fonseca e; Ribeiro,Natália Barbosa; Silva,Derly Jose Henriques da; Cecon,Paulo Roberto; Barili,Leiri Daiane; Pinheiro,Valeria Rosado.
O objetivo deste trabalho foi apresentar uma metodologia de análise de experimentos em fitopatologia que considera a comparação de curvas de progressos de doenças na presença de um grande número de tratamentos por meio da análise de cluster. Foram cultivados 42 acessos do Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH) da Universidade Federal de Viçosa (UFV). Ajustou-se o modelo exponencial aos dados de percentagem de severidade de requeima, e as estimativas obtidas quanto à incidência inicial da doença (y o) e taxa de progresso da doença (r) foram submetidas à análise de variância multivariada (Manova), seguindo o delineamento de blocos casualizados. As médias ajustadas foram submetidas à análise de agrupamento hierárquico, o método centroide. Observou-se um...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report
Palavras-chave: Análise de cluster; Melhoramento genético.
Ano: 2012
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782012000300005