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The characterization of a new set of EST-derived simple sequence repeat (SSR) markers as a resource for the genetic analysis of Phaseolus vulgaris. Repositório Alice
GARCIA, R. A. V.; RANGEL, P. N.; BRONDANI, C.; MARTINS, W. S.; MELO, L. C.; CARNEIRO, M. S.; BORBA, T. C. O.; BRONDANI, R. P. V..
Background: Over recent years, a growing effort has been made to develop microsatellite markers for the genomic analysis of the common bean (Phaseolus vulgaris) to broaden the knowledge of the molecular genetic basis of this species. The availability of large sets of expressed sequence tags (ESTs) in public databases has given rise to an expedient approach for the identification of SSRs (Simple Sequence Repeats), specifically EST-derived SSRs. In the present work, a battery of new microsatellite markers was obtained from a search of the Phaseolus vulgaris EST database. The diversity, degree of transferability and polymorphism of these markers were tested. Results: From 9,583 valid ESTs, 4,764 had microsatellite motifs, from which 377 were used to design...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Microssatélite; Análise genética; Feijão; Phaseolus vulgaris; Genética; Marcador molecular.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894904
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Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P..
Este estudo foi realizado com o objetivo de promover uma ampla caracterização de genes do feijoeiro comum relacionados à seca.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; RNA-seq; Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência a seca; Beans.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078772
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Um estudo comparativo de softwares para alinhamento e detecção de Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Infoteca-e
NARCISO, M. G.; RODRIGUES, A. M.; CIESLAK J. F.; SILVEIRA, R. D. D.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
Introdução. Materiais e Métodos. Resultados e Discussão. BWA e SAMtools. Bowtie2 e SAMtools. Panati. Mosaik. VarScan. GATK. CLC Genomics. Tempo de execução do software. Resumo sobre cada software. Conclusões. Referências.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software; Alinhamento de sequencia; Detecção de SNPs; Marcador molecular; Polimorfismo genético; Marcador genético.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/990798
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Uso de marcadores de RFLP no estudo da tolerância a toxidez do Al em milho. Repositório Alice
GUIMARAES, V.D.; BRONDANI, C.; PARENTONI, S. N.; PAIVA, E..
1993
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Aluminio; Tolerancia; Toxidez; Marcadores moleculares; RFLP; Zea mays; Maize; Aluminium; Tolerance; Toxicity.
Ano: 1993 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/482781
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Utilização de marcadores microssatélites no melhoramento populacional do arroz. Infoteca-e
BRONDANI, C.; BRONDANI, R. P. V.; BORBA, T. C. O.; BRUNES, T.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, E. P..
Introdução; Estudo de caso - análise molecular da cultivar Tio Taka por marcadores microssatélites; Análise dos genitores da população CNA-IRAT; Variabilidade genética do germoplasma de arroz; Escolha de genitores para a composição de novas populações de seleção recorrente; Considerações finais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético; Seleção recorrente; Marcador molecular.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/191516
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Utilização de marcadores moleculares em programas de ampliação da base genética de espécies cultivadas. Infoteca-e
BRONDANI, C.; BRONDANI, R. P. V.; RANGEL, P. H. N..
Introdução; Utilização de germoplasma em programas de melhoramento genético; Determinação da variabilidade genética em acessos do banco de germoplasma; Cruzamentos amplos; Marcadores moleculares no melhoramento de plantas; Obtenção de mapas moleculares; Mapeamento de QTLs; Análise de AB-QTLs; Seleção assistida por marcadores; Considerações finais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético; Banco de germoplasma; Análise genômica; Método de aplicação; Marcador molecular.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/212599
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Validação de genes candidatos para tolerância à seca via qPCR em um amplo grupo de genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica. Repositório Alice
ARAÚJO, R. B. de; PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; LANNA, A. C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Tem como objetivo avaliar o perfil de expressão de dezenas de genes previamente identificados como responsivos em condições de seca em genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência à seca; Deficiência hídrica; Gene; Genótipo.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039457
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Variabilidade alélica de genes candidatos expressos sob déficit hídrico em arroz. Repositório Alice
ADORNO, D. R.; VALDISSER, P. A.; VIANELLO, R.; BRONDANI, C..
Este trabalho tem como objetivo identificar variabilidade alélica de genes previamente relacionados à tolerância à seca em estudo conduzido previamente no CNPAF.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Deficiência hídrica; Variação genética.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031304
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Variabilidade genética de acessos asiáticos de arroz pertencentes ao banco ativo de germoplasma da Embrapa. Repositório Alice
BENICIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi caracterizar, através de 24 marcadores SSR fluorescentes, 146 acessos asiáticos de arroz do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Banco de germoplasma; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883320
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Variação genética entre ciclos da população de seleção recorrente CNA-IRAT 4 por marcadores SSR. Repositório Alice
PINHEIRO, L. S.; BRUNES, T. O.; BRONDANI, R. P. V.; RANGEL, P. H. N.; BRONDANI, C..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Seleção recorrente.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/214124
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Variacao isoenzimatica de tres especies do genero Manihot (Euphorbiaceae) relacionadas morfologicamente a mandioca (Manihot esculenta crantz). Repositório Alice
BRONDANI, C..
Eletroforese em gel de amido e analise isoenzimatica foram empregadas para estimar a similidade genetica entre Manihot flabellifolia, M. peruviana e M. pilosa, as quais sao morfologicamente semelhantes a mandioca, e que podem ter estreita relacao filogenetica com esta especie. Foram testados os seguintes sistemas isoenzimaticos: SKD, LAP, HK, SOD, ACP, ALP, PGD, PGI, ALD, IDH, MDH, PGM, AK, GOT, NADHDH, GDH e NADPHDH. Foram utilizados 11 acessos de M. flabellifolia, 5 de M. peruviana e 3 de M. pilosa. Empregou-se o indice de similaridade genetica de Jaccard, os dados indicaram que M. flabellifolia, M. peruviana e M. esculenta formaram um grupo bastante relacionado, enquanto M. pilosa formou um grupo a parte.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Similaridade genetica; Isoenzimas; Especies silvestres; Genetic similary; Isozymes; Wild Species.
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/104080
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Yield QTL analysis of Oryza sativa x O. glumaepatula introgression lines. Repositório Alice
RANGEL, P. N.; VIANELLO, R. P.; MELO, A. T. O.; RANGEL, P. H. N.; MENDONÇA, J. A.; BRONDANI, C..
The objective of this work was to evaluate the yield performance of two generations (BC2F2 and BC2F9) of introgression lines developed from the interspecific cross between Oryza sativa and O. glumaepatula, and to identify the SSR markers associated to yield. The wild accession RS-16 (O. glumaepatula) was used as donor parent in the backcross with the high yielding cultivar Cica-8 (O. sativa). A set of 114 BC2F1 introgression lines was genotyped with 141 polymorphic SSR loci distributed across the whole rice genome. Molecular analysis showed that in average 22% of the O. glumaepatula genome was introgressed into BC2F1 generation. Nine BC2F9 introgression lines had a significantly higher yield than the genitor Cica-8, thus showing a positive genome...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: O. glumaepatula; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético vegetal; Marcador molecular; Rice; Quantitative trait loci.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/959733
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