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Molecular characterization of Prunus necrotic ringspot virus isolated from rose in Brazil. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; NASCIMENTO, M. B.; EIRAS, M.; NICKEL, O.; PIO-RIBEIRO, G..
ABSTRACT There is no molecular characterization of Brazilian isolates of Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV), except for those infecting peach. In this research, the causal agent of rose mosaic was determined and the movement (MP) and coat (CP) protein genes of a PNRSV isolate from rose were molecularly characterized for the first time in Brazil. The nucleotide and deduced amino acid sequences of MP and CP complete genes were aligned and compared with other isolates. Molecular analysis of the MP and CP nucleotide sequences of a Brazilian PNRSV isolate from rose and others from this same host showed highest identities of 96.7% and 98.6%, respectively, and Rose-Br isolate was classified in PV32 group. Key words: diagnosis, sequencing, Ilarvirus, PNRSV,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diagnosis; Sequencing; Ilarvirus; PNRSV; ApMV; ArMV.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032952
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Grapevine fleck virus: detecção via RT-PCR em tempo real e caracterização molecular do gene da proteína capsidial. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; DUBIELA, C. R.; EIRAS, M.; SOUTO, E. R.; NICKEL, O..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Detecção de vírus; Mancha das nervuras; Caracterização molecular; Proteína capsidial; Gene; Viticultura; Uva; Doença de planta; Vírus; Genética.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/898419
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Production of polyclonal antisera using recombinant coat proteins of Grapevine leafroll-associated virus 2 and Grapevine virus B. Repositório Alice
RADAELLI, P.; FAJARDO, T.V.M.; NICKEL, O.; EIRAS, M.; PIO-RIBEIRO, G..
The objective of this work was to produce and characterize specific antisera against Brazilian isolates of Grapevine leafroll-associated virus 2 (GLRaV-2) and Grapevine virus B (GVB), developed from expressed coat proteins (CPs) in Escherichia coli, and to test their possible use for the detection of these two viruses in diseased grapevines. The coat protein (CP) genes were RT-PCR-amplified, cloned and sequenced. The CP genes were subsequently subcloned, and the recombinant plasmids were used to transform E. coli cells and express the coat proteins. The recombinant coat proteins were purified, and their identities were confirmed by SDS-PAGE and Western blot and used for rabbit immunizations. Antisera raised against these proteins were able to recognize the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Vitis; GLRaV-2; GVB; Indirect ELISA; Recombinant protein; Western blot; ELISA indireto; Proteína recombinante; Western blot.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/122230
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First report of Hop stunt viroid infecting Vitis gigas, V. flexuosa and Ampelopsis heterophylla. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; NICKEL, O..
Hop stunt viroid (HSVd) is one of the most common viroids that infect grapevine ( Vitis spp.) worldwide. Sixteen sequences of the HSVd genome were obtained from infected grapevines in Brazil by next generation sequencing (NGS). Multiple alignments of the sequences showed nucleotide identities ranging from 94.6% to 100%. This is the first report of HSVd infecting two wild grape species and Ampelopsis heterophylla . These HSVd isolates along with others from V. vinifera and V. labrusca were phylogenetically analyzed. Keywords: Next generation sequencing . HSVd . Incidence . Genetic variability . Vitis
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Next generation sequencing; HSVd; Grapevine; Genetic variability; Vitis Labrusca; Vitis Vinifera; Incidence; Vitis; Hop stunt viroid; Viroids; Brazil.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088430
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Citrus exocortis viroid and Hop stunt viroid doubly infecting grapevines in Brazil. Repositório Alice
EIRAS, M.; TARGON, M. L. P. N.; FAJARDO, T. V. M.; FLORES, R.; KITAJIMA, E. W..
Viroids, non-protein-coding small (246-40 I nt) eircular single-stranded RNAs with autonornous replication, are currently classified into two farnilics. Within the farnily Pospiviroidae, Citrus exocortis viroid (CEVd) belongs to lhe genus Pospiviroid while Hop stunt viroid (HSVd) is the single rnembcr of the genus Hostuviroid. These pathogens are distributcd worldwide and infect a large nurnbcr of hosts. In Brazil, isolates of CEVd and HSVd have been detected in both citrus and grapevine. To characterize and study the genetic variability of thcse viroids, total RNA frorn leaves of grapevine Vitis vinifera 'Cabemet Sauvignon' and V Iabrusca 'Niagara Rosada' frorn Bento Gonçalves, RS, was used as a tcmplate for RTPCR amplification with specific primers for...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: CEVd; HSVd; Doença de Planta; Uva; Vírus; Viticultura; Hostuviroid; Pospiviroid; Pospiviroidae.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/541733
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Caracterização molecular parcial de um isolado de Prunus necrotic ringspot virus de roseira. Repositório Alice
NASCIMENTO, M. B.; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; NICKEL, O.; PIO-RIBEIRO, G..
O objetivo deste trabalho foi identificar o agente causal do mosaico da roseira e caracterizar um isolado de PNRSV de roseira.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Roseira; Prunus necrotic ringspot; Virus; Doença de planta; DNA.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/994026
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Detecção e caracterização molecular do gene da proteína capsidial do Rupestris stem ptting-associated virus. Repositório Alice
RADAELLI, P.; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; KUHN, G. B.; PIO-RIBEIRO, G.; NICKEL, O..
bitstream/item/194609/1/DETECCAO-E-CARACTERIZACAO.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Rupestris stem pitting-associated virus; Caracterização molecular; Doença de Planta; Genética; Uva; Vírus; Viticultura.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/542404
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Simultaneous detection of Brazilian isolates of grapevine viruses by TaqMan real-time RT-PCR. Repositório Alice
DUBIELA, C. R.; FAJARDO, T. V. M.; SOUTO, E. R.; NICKEL, O.; EIRAS, M.; REVERS, L. F..
The aim of this work was to evaluate the efficiency of real-time RT-PCR for detection of different isolates of ten important virus species that infect grapevines in Brazil: Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV-1, -2, -3 and -5), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine fleck virus (GFkV) and Grapevine fanleaf virus (GFLV). The reactions consisted of individual (simplex) and simultaneous (duplex) virus detections. Thirty six grapevine accessions, regenerated after thermotherapy and tissue culture treatments, have been analysed. All the above-mentioned viruses were sensitively detected in simplex reactions in samples infected with different virus...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diagnóstico; Betaflexiviridae; Closteroviridae; Viticultura; Uva; Doença de planta; Vírus.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/960405
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Avanços e perspectivas no estudo das doenças virais e subvirais em videira com ênfase na realidade brasileira. Repositório Alice
BASSO, M. F.; FAJARDO, T. V. M.; PIO-RIBEIRO, G.; EIRAS, M.; ZERBINI, F. M..
A videira (Vitis spp.) é cultivada em praticamente todos os continentes e o intercâmbio de material de propagação vegetativa entre países tem contribuído para a disseminação de vírus e agentes subvirais. Até o presente, foram detectadas, em todo o mundo, cerca de 60 espécies de vírus e agentes subvírais nesta cultura, além de inínneras estirpes virais distintas. No Brasil já foram relatadas em videira pelo menos 13 espécies de vírus, dois viroides, um possível novo vírus de DNA circular e duas possíveis viroses, cujos agentes ainda não foram caracterizados. Embora nem todas essasviroses tenham importância econômica, de modo geral apresentam influência negativa no rendimento, qualidade e longevidade dos vinhedos. O uso de material propagativo livre de vírus...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Videira; Viticultura; Uva; Doenca de planta; Virus; Controle integrado; Material de propagacao.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/993440
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Detecção por RT-PCR em Tempo Real e caracterização molecular do Grapevine virus D e Grapevine leafroll-associated virus 5 em videira. Repositório Alice
DUBIELA, C. R.; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; REVERS, L. F.; SOUTO, E. R. de; NICKEL, O..
O objetivo deste trabalho foi verificar a ocorrência destes dois vírus em videiras por meio de RT-PCR em Tempo Real, além de caracterizar molecularmente três dos isolados obtidos.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Viticultura; Uva; Doença de planta; Vírus; Genética; Complexo do lenho rugoso; Enrolamento da folha da videira; Grapevine leafroll-associated virus 5; Grapevine virus D.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908445
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Reação de genótipos de feijão-caupi revela resistência às coinfecções pelo Cucumber mosaic virus, Cowpea aphid-borne mosaic virus e Cowpea severe mosaic virus. Repositório Alice
OLIVEIRA, C. R. R. de; FREIRE FILHO, F. R.; NOGUEIRA, M. do S. da R.; BARROS, G. B.; EIRAS, M.; RIBEIRO, V. Q.; LOPES, A. C. de A..
O rendimento do feijão-caupi pode ser afetado por diversos fatores, em especial as viroses. As principais espécies de vírus que infectam o feijão-caupi, no Brasil, são: Cucumber mosaic virus (CMV), Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) e o Bean golden mosaic virus (BGMV). Este trabalho foi realizado em duas etapas e teve como objetivo avaliar a reação de genótipos de feijão-caupi quanto à resistência à infecção simples pelo CMV e mista nas combinações CMV+CABMV, CMV+CPSMV-I e MV+CABMV+CPSMV-I. Inicialmente, foram incluídos 57 genótipos, sendo três avaliações em gaiolas com tela antiafídeos sob infecção controlada, e uma em condição de campo sob infecção natural. Em seguida, foram selecionados 18 genótipos para serem...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Vigna unguiculata; Resistência a vírus; Efeito sinérgico.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/940785
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Incidência de vírus em videiras no Nordeste brasileiro e caracterização molecular parcial de isolados virais locais. Repositório Alice
CATARINO, A. de M.; FAJARDO, T. V. M.; PIO-RIBEIRO, G.; EIRAS, M.; NICKEL, O..
Os objetivos deste trabalho foram identificar as espécies virais presentes em vinhedos comerciais de duas regiões do Nordeste do Brasil e realizar a caracterização molecular parcial de isolados de três espécies virais. A diagnose foi realizada por meio de RT-PCR em tempo real para a detecção de Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine leafroll-associated virus 2, 3 e 4 (GLRaV-2, -3 e -4), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV) e Grapevine fanleaf virus (GFLV). Exceto para GFLV, os vírus avaliados estão amplamente disseminados nas áreas amostradas, frequentemente em altas incidências e em infecções múltiplas, de até 98% e 76,4%, na Zona da...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Proteína capsidial; Espécies virais; Variabilidade; Vitis; Videira; Uva; Levantamento; Coat protein.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1023196
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Variáveis agronômicas e variabilidade viral entre videiras sintomáticas e assintomáticas para viroses. Repositório Alice
NASCIMENTO, M. B.; BASSANIZ, B. G.; FAJARDO, T. V. M.; GROHS, D. S.; EIRAS, M.; NICKEL, O.; PIO-RIBEIRO, G..
Os objetivos deste trabalho foram avaliar variáveis agronômicas em videiras com e sem sintomas de virose e caracterizar isolados virais destas plantas.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Videira; Niágara Rosada; Merlot; Virus; Uva; Doença de planta.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/994043
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Detection and partial molecular characterization of Grapevine fleck virus, Grapevine virus D, Grapevine leafroll-associated virus -5 and -6 infecting grapevines in Brazil. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; NICKEL, O.; DUBIELA, C. R.; SOUTO, E. R..
2012
Tipo: Nota Técnica/Nota Científica (ALICE) Palavras-chave: Diagnóstico; Sequenciamento genético; Maculavirus; Vitivirus; Ampelovirus; Detecção; Caracterização; Brasil; Viticultura; Uva; Doença de planta; Vírus.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/941752
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Detection of three Allexivirus species infecting garlic in Brazil. Repositório Alice
MELO FILHO, P. de A.; NAGATA, T.; DUSI, A.N.; BUSO, J.A.; TORRES, A.C.; EIRAS, M.; RESENDE, R. de O..
Garlic viruses often occur in mixed infections under field conditions. In this study, garlic samples collected in three geographical areas of Brazil were tested by Dot-ELISA for the detection of allexiviruses using monoclonal specific antibodies to detect Garlic virus A (GarV-A), Garlic virus B (GarV-B), Garlic virus C (GarV-C) and a polyclonal antiserum able to detect the three virus species mentioned plus Garlic virus D (GarV-D). The detected viruses were biologically isolated by successive passages through Chenopodium quinoa. Reverse Transcriptase Polimerase Chain Reaction (RT-PCR) was performed using primers designed from specific regions of the coat protein genes of Japanese allexiviruses available in the Genetic Bank of National Center of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Allium sativum; Virus detection; Coat protein; Dot-ELISA; RT-PCR; Detecção de vírus; Proteínas capsidiais.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/112506
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Reações inespecíficas na avaliação de fitoplasmas em videiras por nested-PCR. Repositório Alice
SANTOS, C. Z. dos; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; NICKEL, O..
A videira (Vitis spp.) é acometida por doenças que afetam a produção, causando prejuízos econômicos, com destaque para o "amarelo da videira", induzido por fitoplasmas (Mollicutes), que ocorrem em diversas regiões vitícolas do mundo.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fitlopasmas (molliculites); Videira; Amarelo da videira; Regiões vitícolas; Cigarrinhas (Cicadellidae); Limbo foliar; Bordos foliares; Nested-PCR; Vitis Vinifera.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096911
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Desempenho agronômico de videiras com e sem sintomas de viroses, e comparação molecular de isolados virais. Repositório Alice
NASCIMENTO, M. B.; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; CZERMAINSKI, A. B. C.; NICKEL, O.; PIO-RIBEIRO, G..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Vitis; Complexo do lenho rugoso; Enrolamento-da-folha; PCR em tempo real; Grapevine.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1021374
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High-throughput sequencing applied for the identification of viruses infecting grapevines in Brazil and genetic variability analysis. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; SILVA, F. N.; EIRAS, M.; NICKEL, O..
The application of high-throughput sequencing technologies (HTS) enables the recovery of many nucleotide sequence fragments from diseased plants and may help in pathogen identification. This study was designed to identify viruses infecting 15 grapevine (Vitis spp.) samples collected from experimental fields and vine collections and assess the genetic variability of the identified viruses. The virus-enriched dsRNAs were extracted from bark scrapings and sequenced using an Illumina platform. The paired-end reads were analyzed, assembled contigs were generated and identified as related to viruses. Contigs of 14 viruses have been identified, some of them covering large extensions of viral genomes or resulting in assembly of near-complete or complete genomes....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diagnosis; HTS; Next-generation sequencing; NGS; Vitis; Variability.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1077833
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Levantamento e caracterização molecular de vírus e viroide em vinhedos no Município de São Roque, SP. Repositório Alice
MOURA, C. J. M. de; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; NICKEL, O..
Cerca de 65 espécies virais infectam videiras no mundo, podendo causar significativos impactos econômicos. O objetivo deste trabalho foi determinar a incidência de vírus e viroide em 9 vinhedos do município de São Roque, SP e caracterizar molecularmente o gene da proteína capsidial (CP) de isolados locais.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vinhedo; Espécies virais; Viroide; Videira; Uva; Virus; Doença de planta.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1049029
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Detection and partial molecular characterization of isolates of Grapevine leafroll-associated virus 4 and Grapevine rupestris vein feathering virus. Repositório Alice
CATARINO, A. D. M.; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; RIBEIRO, G. P..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização molecular parcial de isolados; Grapevine leafroll-associated virus 4; Grapevine rupestris vein feathering virus; Viticultura; Uva; Doença de planta; Vírus.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979484
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