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Genomic prediction for additive and dominance effects of censored traits in pigs. Repositório Alice
SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F..
Age at the time of slaughter is a commonly used trait in animal breeding programs. Since studying this trait involves incomplete observations (censoring), analysis can be performed using survival models or modified linear models, for example, by sampling censored data from truncated normal distributions. For genomic selection, the greatest genetic gains can be achieved by including non-additive genetic effects like dominance. Thus, censored traits with effects on both survival models have not yet been studied under a genomic selection approach. We aimed to predict genomic values using the Cox model with dominance effects and compare these results with the linear model with and without censoring. Linear models were fitted via the maximum likelihood method....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GBLUP; Modelo mixto; Censored data; Mixed model; Survival models; Porco; Suíno; Swine; Animal breeding.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072712
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Iberian origin of Brazilian local pig breeds based on Cytochrome b (MT-CYB) sequence. Repositório Alice
SOUZA, C. A.; PAIVA, S. R.; PEREIRA, R. W.; GUIMARÃES, S. E. F.; DUTRA JUNIOR, W. M.; MURATA, L. S.; MARIANTE, A. da S..
bitstream/item/178629/1/SP-19910-ID-32667.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Conservation genetics; Livestock evolution; MtDNA; Sus scrofa; Genetic resources.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/783701
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Identificação de novos alelos microssatélites na raça gir Repositório Alice
AZEVEDO, A. L. S.; GOMEZ, A. L.; GASPARINI, K.; CAMPOS, A. L.; DOMINGUES, R.; VIEIRA, T. R.; MENDONÇA, P. R. F.; GUIMARÃES, S. E. F.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; REGITANO, L. C. de A.; MACHADO, M. A..
Estudos arqueológicos e de miDNA comprovam que os bovinos taurinos e zebuínos foram domesticados em duas regiões distintas e divergiram há mais de 610.000 anos. É possível verificar, como conseqüência desse processo, grandes diferenças entre estas subespécies, tanto para características fenotípicas como adaptação ao ambiente tropical e também a nível genômico. O grande avanço das técnicas moleculares nos últimos anos possibilitou identificar e catalogar essa grande diversidade genômica existente entre taurinos e zebuínos, por meio da formação de bancos de dados com informação de diversos tipos de marcadores e sequências de DNA. O USDA (United States Department of Agriculture) disponibiliza um mapa de ligação bovino altamente saturado com informações sobre...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcadores moleculares; SSR; Bovino; Bos indicus.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/48707
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Mapeamento de QTL para características de crescimento de suínos por meio de modelos de regressão aleatória. Repositório Alice
PINHEIRO, V. R.; SILVA, F. F. e; GUIMARÃES, S. E. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F..
O objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância ?identical‑by‑descent? associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Sus scrofa; Curva de crescimento; Dados longitudinais; Identical-by-descent; Locos de característica quantitativas; Seleção assistida por marcadores.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966562
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Paternidade em rebanhos caprinos por meio de microssatélites de DNA. Repositório Alice
ARAÚJO, A. M. de; GUIMARÃES, S. E. F.; PEREIRA C. S.; LOPES, P. S.; RODRIGUES, M. T.; COLUMBIANO, V. S..
2004
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caprino; Estrutura populacional; Genética de populações; Microssatélites; Raça naturalizada; Teste de paternidade; Microsatellite.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/534250
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Paternity in Brazilian goats through the use of DNA microsatellites. Repositório Alice
ARAUJO, A. M. de; GUIMARÃES, S. E. F.; PEREIRA, C. S.; LOPES, P. S.; RODRIGUES, M. T.; MACHADO, T. M. M..
A total of 292 animals from three breeds (Alpine and Saanen dairy breeds, and the Brazilian naturalized breed Moxotó) were genotyped, comprising 276 paternity cases. Statistical analyses were carried out by using TFPGA and CERVUS programs. Heterozygosis ranged from 0.542 (ILSTS005) to 0.825 (INRA006), with an average of 0.717 for all loci. Polymorphic information content (PIC) was 0.676 and 0.542, and combined exclusion probabilities (EP) were 0.999591 and 0.988375 for known and unknown maternal genotypes, respectively. The microsatellite system reveals 10% of paternity misidentification in evaluated registers.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Exclusão de paternidade; Polimorfismo; Raça naturalizada.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/877898
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Perfil de ácidos graxos na carne de cordeiros de quatro genótipos. Repositório Alice
LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; BOMFIM, M. A. D.; FACO, O.; FERNANDES JÚNIOR, G. A..
Trinta e quatro cordeiros contemporâneos de quatro grupos genéticos, desmamados com idade média de 84 dias, foram utilizados neste estudo para avaliar o perfil de ácidos graxos no músculo Longissimus dorsi. A idade e o peso médio dos cordeiros ao abate foram 200,18 ± 7,54 dias e 20,62 ± 3,46 kg, respectivamente. As diferenças genéticas entre os grupos estudados foram responsáveis pelas diferenças em seus perfis de ácidos graxos. A raça Morada Nova (MO) apresentou os maiores valores de CLA, ácidos graxos poliinsaturados e P:S. Cordeiros MO e ½ Dorper x ½ MO (F1) apresentaram carne com maior proporção de ácidos graxos essenciais (EFA). O índice aterogênico e atividade relativa da enzima dessaturase foram semelhantes nos cordeiros F1, MO e Santa Inês. A raça...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: CLA; Índice aterogênico; Ovino; Qualidade da carne; Lipídio; Hair sheep; Meat quality; Lipids; Atherogenic index.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/916581
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Perfil de expressão gênica global no músculo esquelético de ovinos por meio de microarrays. Repositório Alice
LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CARDOSO, F. F.; SILVA, F. F. e..
O perfil de expressão gênica global no músculo esquelético de cordeiros de quatro grupos genéticos de ovinos foi comparado por meio de microarrays de oligonucleotídeos. As análises indicaram 262 transcritos diferencialmente expressos entre os grupos genéticos. Um total de 23 transcritos de funções conhecidas foram diferencialmente expressos, sendo dez deles apenas na comparação Morada Nova x Somalis Brasileira. Dentre os genes diferencialmente expressos, aqueles envolvidos com características de importância para a produção de carne, destacaram-se: MyoD e IGFBP4 (desenvolvimento muscular), PGDS e SCD (biosíntese de ácidos graxos), C/EBP δ e PPARγ (adipogênese) e PYGL, GLUT-3, GGTA1 e ATP5G1 (metabolismo energético). Os resultados da...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: MyoD; Marmoreio; QPCR; Genética animal; Ovino; Cordeiro; Expressão gênica; Genética molecular; Crescimento; Carcaça; Longissimus dorsi.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903016
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Perfil eletrolítico e peso corporal em suínos submetidos a dietas com diferentes teores de fósforo. Repositório Alice
DANTAS, W. de M. F.; RIBEIRO FILHO, J. D.; GUIMARÃES, J. D.; FARIAS, S. K.; GUIMARÃES, S. E. F.; SARAIVA, A.; OLIVEIRA, T. T. de.
Resumo ? O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de dietas, com diferentes teores de fósforo, no perfil eletrolítico sanguíneo e no ganho de peso corporal em suínos. Foram utilizados 60 suínos híbridos comerciais, machos castrados, com peso corporal médio inicial de 61,07±0,86 kg, com aproximadamente 110 dias de idade. Os animais foram distribuídos em blocos ao acaso, com 5 tratamentos e 12 repetições cada um. Os tratamentos foram constituídos de dietas com 0,135, 0,200, 0,265, 0,330 e 0,395% de fósforo disponível. No início e no final do período experimental, foi determinado o peso corporal e foram coletadas amostras de sangue, sem jejum dos animais, para a mensuração de sódio, potássio, cloreto, magnésio total, fósforo e cálcio ionizado....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioquímica clínica; Desempenho; Exigência nutricional; Leitões.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/877939
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Phylogenetic relationships among brazilian sheep breeds. Repositório Alice
PAIVA, S. R.; FARIA, D. A.; SILVÉRIO, V. C.; MCMANUS, C.; EGITO, A. A.; DERGAM, J. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; CASTRO, S. R.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; MARIANTE, A. S..
bitstream/item/178490/1/ID-25665.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética da conservação; Caracterização genética; MtDNA; Ovino; Ovis Aries; Introgression.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186172
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Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; PETERNELLI, L. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S..
A principal contribuição da genética molecular é a utilização direta das informações de DNA no processo de identifi cação de indivíduos geneticamente superiores. Sob esse enfoque, idealizou-se a seleção genômica ampla (Genome Wide Selection - GWS), a qual consiste na análise de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) amplamente distribuídos no genoma. Devido a esse grande número de SNPs, geralmente maior que o número de indivíduos genotipados, e à alta colinearidade entre eles, métodos de redução de dimensionalidade são requeridos. Dentre estes, destaca-se o método de regressão via Quadrados Mínimos Parciais (Partial Least Squares - PLS), que além de solucionar tais problemas, permite uma abordagem multivariada, considerando múltiplos fenótipos....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Suíno; Melhoramento genético; Seleção genômica; Redução de dimensionalidade; Análise multivariada.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966386
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Regressão via componentes independentes aplicada à seleção genômica para características de carcaça em suínos. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão via componentes independentes (ICR) na estimação de valores genéticos genômicos e dos efeitos de marcadores SNP para características de carcaça de uma população F2 de suínos (Piau x linhagem comercial). Os métodos foram avaliados por meio da concordância entre os valores genéticos preditos e os fenótipos corrigidos, observados por validação cruzada, e também foram comparados com outros métodos geralmente utilizados para os mesmos propósitos, tais como RR-BLUP, PCR e PLS. Os métodos ICR e PCR apresentam resultados similares, mas o método ICR apresenta maiores valores de acurácia.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Metódo de melhoramento; Melhoramento animal; Suíno.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969295
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Regularized quantile regression for SNP marker estimation of pig growth curves. Repositório Alice
BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F.; SERÃO, N. V. L.; CRUZ, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. L.; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F..
Background: Genomic growth curves are generally defined only in terms of population mean; an alternative approach that has not yet been exploited in genomic analyses of growth curves is the Quantile Regression (QR). This methodology allows for the estimation of marker effects at different levels of the variable of interest. We aimed to propose and evaluate a regularized quantile regression for SNP marker effect estimation of pig growth curves, as well as to identify the chromosome regions of the most relevant markers and to estimate the genetic individual weight trajectory over time (genomic growth curve) under different quantiles (levels). Results: The regularized quantile regression (RQR) enabled the discovery, at different levels of interest...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome association; Pig; Regularized quantile regression; QTL; Melhoramento genético animal; Porco; Suíno; Growth curves; Swine.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084057
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Seleção genômica ampla para curvas de crescimento. Repositório Alice
SILVA, F. F.; ROCHA, G. S.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; PETERNELLI, L. A.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C..
Foi proposta uma metodologia para avaliação genética de curvas de crescimento considerando-se informações de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Em um primeiro passo foram ajustados modelos de crescimento não lineares (logístico) aos dados de peso-idade de cada animal, e em um segundo passo as estimativas dos parâmetros de tais modelos foram consideradas como fenótipos em um modelo de regressão (LASSO Bayesiano ? BL) cujas covariáveis foram os genótipos dos marcadores SNPs. Este enfoque possibilitou estimar os valores genéticos genômicos (GBV) para peso em qualquer tempo da trajetória de crescimento, refletindo na confecção de curvas de crescimento genômicas, as quais permitiram a identificação de grupos de indivíduos geneticamente...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético; SNP; Dados longitudinais; LASSO bayesiano; Longitudinal data; Bayesian LASSO.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974473
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Teste de paternidade em caprinos. Infoteca-e
ARAÚJO, A. M. de; GUIMARÃES, S. E. F..
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Teste de paternidade; Caprino; Genética animal; Goats; Paternity tests; Parents.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/532492
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Uso de LOCI microssatélites na conservação dos recursos genéticos de Ovis aries no Brasil. Repositório Alice
SILVÉRIO, V. C.; PAIVA, S. R.; FARIA, D. A.; PAIXÃO, D. M.; SOLLERO, B. P.; MCMANUS, C.; EGITO, A. A.; DERGAM, J. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; CASTRO, S. R.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; MARIANTE, A. S..
2004
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/185887
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