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Selection signatures in Canchim beef cattle. Repositório Alice
URBITANI, I.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; MORKRY, F. B; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Selection signature (SS) was assessed in this study by means of the integrated haplotype score (iHS) method, which determines the decay of homozygosity in the surroundings of a core single nucleotide polymorphism (SNP) marker. Canchim breed animals were genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip; which has almost 800 thousand SNP markers. Genotype quality control (QC) was applied to exclude SNP with genotype calling score lower than 0.20; SNP with minor allele frequency lower than 0.01; and call rate for SNP and samples which were lower than 0.95 and 0.90, respectively. Only autosomal SNPs with known genome position were used. After the QC, 687,655 SNPs and 396 samples remained for SS analysis. Signals of SS were detected on chromosomes 5, 6, 8, and...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: EHH; IHS; REHH PACKAGE.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/993734
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Selection signatures in Canchim beef cattle Repositório Alice
URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P..
Background: Recent technological advances in genomics have allowed the genotyping of cattle through single nucleotide polymorphism (SNP) panels. High-density SNP panels possess greater genome coverage and are useful for the identification of conserved regions of the genome due to selection, known as selection signatures (SS). The SS are detectable by different methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the EHH. The aim of this study was to identify SS regions in Canchim cattle (composite breed), genotyped with high-density SNP panel. Results: A total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis after the genotype quality control. The iHS statistic for each...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Polimorfismo de nucleotídeo único; Extended haplotype homozygosity; Gado de corte; Composite breeds; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Quantitative trait loci.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1061492
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Selection signatures in Canchim beef cattle. Repositório Alice
URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P..
bitstream/item/144539/1/Urbinati-JASB-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNP; Cruzamento; Cruzamento Animal; Genótipo; Genomics.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047351
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Single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with gastrointestinal nematode infection in goats. Repositório Alice
BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; GIGLIOTI, R.; MEIRELLHES, S. L. C.; COUTINHO, L. L.; BENVENUTI, C. L.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; VIEIRA, L. S.; ZAROS, L. G.; CARRILHO, E.; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Single nucleotide polymorphism; Capra hircus; Cytokine; Gastrointestinal infection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002812
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Síntese de DNA complementar (cDNA). Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A..
2007
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: DNA; Síntese complementar.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/45684
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SNP 22684390C>T do gene COX4I2 (citrocome c oxidase, subunit 4, isoform 2) nas linhagens de corrida e trabalho da raça Quarto de Milha. Repositório Alice
PEREIRA, G. L.; CURI, R. A.; REGITANO, L. C. de A.; DONATONI, F. A. B.; SILVA, J. A. II V.; MOTA, M. D. S..
Por possuírem diferentes aptidões, a seleção de forma divergente na raça Quarto de Milha culminou com a formação de diferentes linhagens, entre as quais a de corrida e a de trabalho. A isoforma 2 da proteína COX4 codificada pelo gene COX4I2 (citocromo c oxidade, subunit 4, isoform 2) tem sido associada com maior volume de mitocôndrias nas células. Neste sentido foi proposto que este gene estaria ligado ao aumento da eficiência da respiração celular. O polimorfismo 22684390C>T do COX4I2 foi associado ao melhor desempenho em corridas de equinos da raça Puro-Sangue Inglês, sendo que animais de genótipo TT tiveram desempenho superior aos de genótipos CT e CC. Foram genotipados, por meio de PCR-RFLP, 229 equinos Quarto de milha, sendo 161 da linhagem de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cavalo; Desempenho; Genótipos; PCR-RFLP; Equino.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964303
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SNP do gene da tireoglobulina não afeta a espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; SANTIANGO, A. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A raça Canchim é uma raça composta que vem crescendo no mercado de gado de corte. Apesar da elevada capacidade de produção de carne a raça possui pouca gordura de cobertura, justificando pesquisas com o objetivo de aumentar a deposição de gordura nessa raça. Essas pesquisas incluem a procura por marcadores moleculares que podem auxiliar a identificação de animais com maior potencial genético para a característica. Em várias populações bovinas, inclusive na população em estudo, a região centromérica do cromossomo 14 (BTA14) foi associada com deposição de gordura. O gene da tireoglobulina está localizado à 4,46 Mb nesse cromossomo e relatos descrevem a influência de um polimorfismo na seqüência 5´ líder desse gene sobre o marmoreio e a espessura de gordura....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Canchim; Espessura de gordura; Marcador molecular; Tireoglobulina.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47006
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Study of Polled Nellore lineages for carcass characteristic and meat quality. Repositório Alice
MAGNABOSCO, C. de U.; MOREIRA, L. da C.; LOPES, F. B.; REGITANO, L. C. de A.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; CASTRO, L. M. de; SAINZ, R. D..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ancestry; Carcass; Quality; Meat tenderness; Selection; Race Zebu.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/992598
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Study on the introgression of beef breeds in canchim cattle using single nucleotide polymorphism markers. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; BERNARDES, P. A.; SANTOS, D. J. de A.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; MUDADU, M. de A.; ZANELLA, R.; SILVA, M. V. G. B.; LI, C.; SCHENKE, F. S.; MUNARI, D. P..
The aim of this study was to evaluate the level of introgression of breeds in the Canchim (CA: 62.5% Charolais?37.5% Zebu) and MA genetic group (MA: 65.6% Charolais?34.4% Zebu) cattle using genomic information on Charolais (CH), Nelore (NE), and Indubrasil (IB) breeds. The number of animals used was 395 (CA and MA), 763 (NE), 338 (CH), and 37 (IB). The Bovine50SNP BeadChip from Illumina panel was used to estimate the levels of introgression of breeds considering the Maximum likelihood, Bayesian, and Single Regression method. After genotype quality control, 32,308 SNPs were considered in the analysis. Furthermore, three thresholds to prune out SNPs in linkage disequilibrium higher than 0.10, 0.05, and 0.01 were considered, resulting in 15,286, 7,652, and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Canchim cattle; Beef cattle; Polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1070093
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Termorregulação de novilhas Nelore, Senepol X Nelore, e Angus x Nelore submetidas a teste de tolerância ao calor na região Sudeste do Brasil. Repositório Alice
RIBEIRO, A. R. B.; ALENCAR, M. M. de; FREITAS, A. R. de; REGITANO, L. C. de A.; OLIVEIRA, M. C. de S.; IBELLI, A. M. G.; CHIMENEZ, V..
O objetivo foi avaliar as respostas relacionadas à termorregulação de 45 novilhas Nelore (NE), Angus x Nelore (AN) e Senepol x Nelore (SN) submetidas a teste de tolerância ao calor, na Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE), São Carlos, SP. Foram realizadas três medidas diárias de temperatura retal (TR), freqüência respiratória (FR) e taxa de sudação (TS), durante três dias, totalizando 9 medidas repetidas (Med). As medidas foram tomadas às 7:00h, às 13:00h (após 6h no curral, sem acesso à água e à sombra) e às 15:30h (após 1 hora no curral, com acesso à sombra mas não à água). Nas medidas das 7h e 13h foi também avaliado o nível sérico de proteína total (PT). Houve significância para efeitos principais de grupo genético (GG) para FR (P<0,05), TS (P<O,OI)...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Cruzamento; Parâmetros fisiológicos; Estresse térmico.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/83244
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Termorregulação de novilhas Senepol submetidas a um teste de tolerância ao calor na região Sudeste do Brasil. Repositório Alice
STARLING, J. M. C.; RIBEIRO, A. R. B.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P.; SAVEGNAGO, R. P.; FERNANDES JÚNIOR, J. A.; PAÇO, A. L.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo do trabalho foi avaliar as respostas relacionadas à termorregulação de 53 novilhas puras da raça Senepol submetidas a um teste de tolerância ao calor. Foram realizadas duas medidas diárias de temperatura retal (TR), freqüência respiratória (FR), taxa de sudação (TS) e temperatura do pelame nas regiões do hipotálamo (TPH), paleta (TPP), costado (TPC) e garupa (TPG), durante três dias. As medidas foram feitas às 7 h (M) e às 14 h (T). Nos mesmos horários, mediu-se também a temperatura ambiente (TA) e a pressão parcial de vapor (PV). As médias de TA e PV medidas M e T foram: 21,25oC e 31,61oC e 2,10 e 2,68 kPa, respectivamente. A partir do dendograma da análise de agrupamento hierárquico, dividiu-se os animais em três grupos homogêneos,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Adaptação; Bos taurus; Estresse térmico; Tolerância ao calor; Gado de corte.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/859595
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Teste de associação de um SNP do gene IGFBP3 com espessura de gordura subcutânea, área de olho de lombo e peso aos 18 meses em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; MELLO, S. S.; IBELLI, A. M. G.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A raça Canchim tem possui pouca gordura de cobertura o que limita o valor da carcaça produzida. O cromossomo 4 já foi associado com deposição de gordura em bovinos. O gene IGFBP3 foi relacionado ao metabolismo de gorduras e encontra-se no cromomosso 4. Este trabalho objetivou identificar polimorfismos no gene IGFBP3, investigar associação desses SNPs com espessura de gordura, área de olho de lombo e peso aos 18 meses de bovinos da raça Canchim. Um total de 647 animais, compreendendo machos e fêmeas, nascidos de 2003 a 2006, criados em regime de pastagem em oito fazendas localizadas nos estados de SP e GO, foi avaliado para espessura de gordura subcutânea, área de olho de lombo e peso aos 18 meses de idade. Para a identificação dos SNPS foram calculados os...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Gado de corte; Raça canchim.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/660900
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Teste de associação do hormônio liberador de corticotrofina (CRH) com espessura de gordura em bovinos da raça Canchim Repositório Alice
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; MELLO, S. S.; IBELLI, A. M. G.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Raça canchim; Espessura de gordura; Hormônio; Corticotrofina.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/576969
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Teste de paternidade na raça Nelore por meio de exame do DNA. Repositório Alice
ROSA, A. J. de M.; PACKER, I. U.; REGITANO, L. C. de A.; RAZOOK, A. G.; FIGUEIREDO, L. G.; COUTINHO, L. L..
Foi estimado as freqüências gênicas para os marcadores RFLP Kapa-caseina e hormônio do crescimento e os microssatélites.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovinos; Gado Nelore; DNA; Bovines; Nellore.
Ano: 1997 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/43965
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Testing a software for paternity exclusion using a high density snp chip and nelore cattle samples. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, F.; SIQUEIRA, A. N.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SILVA, L. O. C. da; REGITANO, L. C. de A..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Paternity exclusion; SNP Chip; Nelore cattle; Software.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904728
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The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. Repositório Alice
KASARAPU, P.; PORTO NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A..
Numerical approaches to high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data are often employed independently to address individual questions. We linked independent approaches in a bioinformatics pipeline for further insight. The pipeline driven by heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) analyses was applied to characterize Bos taurus and Bos indicus ancestry. We infer a gene co-heterozygosity network that regulates bovine fertility, from data on 18,363 cattle with genotypes for 729,068 SNP. Hierarchical clustering separated populations according to Bos taurus and Bos indicus ancestry. The weights of the first principal component were subjected to Normal mixture modelling allowing the estimation of a gene?s contribution to the Bos taurus-Bos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Hardy-Weinberg equilibrium; Bos Indicus; Bos Taurus.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074938
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The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. Repositório Alice
KASARAPU, P.; PORTO-NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A..
Numerical approaches to high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data are often employed independently to address individual questions. We linked independent approaches in a bioinformatics pipeline for further insight. The pipeline driven by heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) analyses was applied to characterize Bos taurus and Bos indicus ancestry. We infer a gene co-heterozygosity network that regulates bovine fertility, from data on 18,363 cattle with genotypes for 729,068 SNP. Hierarchical clustering separated populations according to Bos taurus and Bos indicus ancestry. The weights of the first principal component were subjected to Normal mixture modelling allowing the estimation of a gene's contribution to the Bos taurus-Bos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Hardy-Weinberg equilibrium; Bos taurus; Bos indicus; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086886
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Tissue tropism in host transcriptional response to members of the bovine respiratory disease complex. Repositório Alice
BEHURA, S. K.; TIZIOTO, P. C.; KIM, J.; GRUPIONI, N. V.; SEABURY, C. M.; SCHNABEL, R. D.; GERSHWIN, L. J.; VAN EEnenNAAM, A. L.; TOAF-FROSENSTEIN, R.; NEIBERGS, H. L.; REGITANO, L. C. de A.; TAYLOR, J. F..
Bovine respiratory disease (BRD) is the most common infectious disease of beef and dairy cattle and is characterized by a complex infectious etiology that includes a variety of viral and bacterial pathogens. We examined the global changes in mRNA abundance in healthy lung and lung lesions and in the lymphoid tissues bronchial lymph node, retropharyngeal lymph node, nasopharyngeal lymph node and pharyngeal tonsil collected at the peak of clinical disease from beef cattle experimentally challenged with either bovine respiratory syncytial virus, infectious bovine rhinotracheitis, bovine viral diarrhea virus, Mannheimia haemolytica or Mycoplasma bovis. We identified signatures of tissue-specific transcriptional responses indicative of tropism in the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: MRNA; Bovinos de corte; BRD; Doença Respiratória; Gado de Corte; Beef cattle; Bovine respiratory disease.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1106292
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Tournaments between markers as a strategy to enhance genomic predictions. Repositório Alice
FERREIRA FILHO, D.; BUENO FILHO, J. S. de S.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; ALVES, R. R.; BAENA, M. M.; MEIRELLES, S. L. C..
Analysis of a large number of markers is crucial in both genome-wide association studies (GWAS) and genome-wide selection (GWS). However there are two methodological issues that restrict statistical analysis: high dimensionality (p>>n) and multicollinearity. Although there are methodologies that can be used to fit models for data with high dimensionality (eg,the Bayesian Lasso), a big problem that can occurs in this cases is that the predictive ability of the model should perform well for the individuals used to fit the model, but should not perform well for other individuals, restricting the applicability of the model. This problem can be circumvent by applying some selection methodology to reduce the number of markers (but keeping the markers...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; GWAS; GWS; SNPs; Genomic Breeding Values; Genótipo; Genoma; Genotyping.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110534
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Transcriptome profile in Longissimus dorsi muscle from Nellore steers with extreme GEBV for intramuscular fat percentage. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; KOLTES, J.; FRITZ-WATERS, E. R.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GEBV; Transcriptome profile.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988784
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