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Alchemy Web: uma proposta de interface gráfica para o Sistema Alchemy. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; VALDISSER, P. A. M. R.; BENÍCIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
A Embrapa Arroz e Feijão utiliza a plataforma de genotipagem BeadXpress Reader (Illumina), que utiliza a fluorescência como método de detecção. A interface gráfica foi construída utilizando-se a linguagem JavaScript. Para exemplificar o acesso e o uso do Alchemy Web, foram utilizados dados obtidos em feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.), no Laboratório de Biotecnologia da Embrapa Arroz e Feijão, através da plataforma BeadXpress (Illumina).
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software; Interface gráfica; Marcador molecular.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/984524
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Análise ampla do genoma funcional de feijoeiro em condições de deficiência hídrica. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; COELHO, A. S. G.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo desenvolver e sequenciar bibliotecas de cDNA a partir de diferentes tecidos e genótipos de feijão e analisar em resposta aos tratamentos específicos os níveis diferenciais de expressão gênica. Foram avaliados os genótipos fenotipicamente divergentes BAT477, caracterizado como tolerante à seca, e Pérola, como suscetível.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica; Genoma.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039617
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Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P..
O objetivo desse estudo foi avaliar o poder de informação genética dos marcadores SSRs e SNPs para aplicações no melhoramento genético do feijoeiro comum.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964150
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Análise de associação genômica ampla (GWAS) para tolerância à seca em feijoeiro comum. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; MORAIS JUNIOR, O. P. de; MENDONÇA, J. A.; SARTORI, D. E. L.; LIMA, LUANN V. V. O.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; ZUCCHI, M. I.; VIANELLO, R. P..
O objetivo deste estudo foi identificar locos genéticos associados à tolerância à seca através da análise de associação genômica ampla (GWAS).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Resistência a seca; Deficiencia hídrica; Phaseolus vulgaris.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078828
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Análise em feijoeiro comum da expressão diferencial de genes relacionados à tolerância à seca. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo avaliar o nível de expressão 19 genes, relacionados com tolerância à seca, previamente identificados via sequenciamento de transcriptoma utilizando tecnologia de RNA-seq em plataforma Illumina.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequenciamento de transcriptoma; Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência a seca.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1030942
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Análise preliminar de dados de sequenciamento por captura (Capture-seq na identificação de marcadores SNPs associados a tolerância à seca em arroz. Repositório Alice
VIEIRA, A. F.; VALDISSER, P. A. M. R.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; NEVES, L. G.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi analisar um conjunto de dados de sequenciamento de captura de 300 genótipos de arroz de terras altas para 2.500 unigenes previamente identificados como relacionados a tolerância à seca na espécie.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Marcador molecular; Resistência à seca.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066152
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Avaliação da expressão de genes candidatos para tolerância à deficiência hídrica em arroz de terras altas na plataforma de fenotipagem SITIS. Repositório Alice
SANTOS, F. F. dos; LANNA, A. C.; BRONDANI, C.; MENDONÇA, J. A.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P..
O arroz de terras altas (Oryza sativa L.) é uma alternativa agrícola com menor demanda hídrica que o arroz irrigado, cultivado com lâmina de água. O objetivo deste estudo foi avaliar 25 genótipos de arroz de terras altas, cultivados em dois ambientes contrastantes de água no solo (com e sem deficiência hídrica), quanto ao parâmetro de produtividade e à expressão diferencial de 22 genes previamente identificados como responsivos em condições de deficiência hídrica.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Plataforma SITIS; Arroz; Oryza sativa; Deficiência hídrica.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084183
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Avaliação de acessos da CONFE sob sistema irrigado por aspersão (Phaseolus vulgaris L.) em ambiente de campo. Repositório Alice
SARTORI, D. E. L.; MENDONÇA, J. A.; SOUZA, R. O.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P.; GUIMARÃES, C. M.; MELO, L. C.; RAMALHO, I..
O objetivo deste estudo foi caracterizar quanto a tolerância à alta temperatura, os acessos de feijão-comum que integram a coleção nuclear de feijão da Embrapa, em experimento de campo
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coleção nuclear; Feijão; Phaseolus vulgaris; Irrigação; Banco de germoplasma.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066131
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Avaliação dos componentes de produtividade em acessos de feijão-comum do pool gênico mesoamericano, cultivado sob deficiência hídrica em campo. Repositório Alice
LIMA, L. V. V. de O.; VALDISSER, P. A. M. R.; SARTORI, D. E. L.; SOUZA, M. G. de; MENDONÇA, J. A.; GUIMARÃES, C. M.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Este trabalho teve como objetivo avaliar os componentes de produtividade do feijão-comum sob irrigação adequada (controle) e deficiência hídrica em ensaios de campo.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica; Resistência a seca.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084482
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Caracterização do germoplasma de feijoeiro comum com base em marcadores DArt-Seq. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; ZUCCHI, M. I.; PEREIRA, W. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo identificar e caracterizar SNPs em um conjunto de acessos de feijão com alta diversidade genética através da metodologia de GbS via DArT-Seq.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GBS; SNPs; Feijão; Phaseolus vulgaris; Gemoplasma; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022480
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Caracterização molecular dos acessos de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris) que compõem os ensaios de VCU. Repositório Alice
VEIGA, M. M. A.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, R. P. V.; CIESLAK, J. F.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; BORBA, T. C. de O..
Nesse estudo, o objetivo foi o de caracterizar a variabilidade genética de linhagens de feijoeiro comum que compõem experimentos de VCU conduzidos nos anos de 2009/2010.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade genética; Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883250
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Caracterização molecular dos acessos de feijoeiro comum que compõem os ensaios de Valor de Cultivo e Uso (VCU) dos anos de 2009/2010. Repositório Alice
VEIGA, M. M. A.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, R. P. V.; CIESLAK, J. F.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; BORBA, T. C. O..
O objetivo foi o de caracterizar a variabilidade genética de linhagens de feijoeiro comum que compõem experimentos de VCU conduzidos nos anos de 2009/2010.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Microssatélite; Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento genético vegetal; Marcador molecular.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/866743
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Construção de um mapa genético para o feijão usando marcadores SNP e a população de RILs Rudá x AND 277. Repositório Alice
SOUZA, T. L. P. O.; VIANELLO, R. P.; PASSOS, A. L.; VALDISSER, P. A. M. R.; BARROS, E. G.; FONSECA, C. E. L.; PASTOR-CORRALES, M. A.; SONG, Q.; GREGAN, P. B..
O principal objetivo deste trabalho foi construir um mapa genético robusto para o feijoeiro-comum usando 376 RILs Rudá x AND 277 e 5.398 marcadores SNP (BARBean6K_3 Illumina BeadChip).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mapa genético; Feijão; Phaseolus vulgaris; Marcador molecular.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/992374
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Discrimination of common bean cultivars using multiplexed microsatellite markers. Repositório Alice
CARDOSO, P. C. B.; BRONDANI, C.; MENEZES, I. P. P.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; DEL PELOSO, M. J.; VIANELLO, R. P..
Analysis of DNA polymorphisms allows for the genetic identification and precise discrimination of species with a narrow genetic base such as common bean. The primary objectives of the present study were to molecularly characterize commercial common bean varieties developed at various research institutions using microsatellite markers and to determine the degree of genetic diversity among the bean varieties analyzed. Fifty cultivars representing 12 grain classes and 64 genitors, i.e., accessions used to develop these cultivars, were characterized. Based on an analysis of 24 simple sequence repeats, the estimates for the average number of alleles and genetic diversity were 8.29 and 0.646, respectively. The combined probability of identity was estimated at...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Feijão; Phaseolus vulgaris; DNA; Marcador molecular.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085520
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Estrutura e diversidade genética de cultivares de arroz do Banco de Germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão lançadas entre os anos de 1983-2005. Repositório Alice
COELHO, G. R. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; MENEZES, I. P. P. de; BORBA, T. C. de O.; MENDONÇA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade de 29 cultivares, lançadas por programas de melhoramento genético de arroz do Brasil entre os anos de 1983 e 2005, por meio de 24 marcadores microssatélites.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade gênica; Discriminação de cultivar; Recurso genético; Banco de germoplasma; Arroz; Variedade; Marcador genético.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064619
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Estudo da expressão e validação de genes candidatos induzidos em condições de deficiência hídrica em feijão (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
ARAÚJO, R. B. de; LANNA, A. C.; COELHO, G. R. C.; PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
O objetivo deste trabalho foi conduzir o experimento de deficiência hídrica em 25 genótipos de feijão, incluindo variedades tradicionais e linhagens/cultivares em ambiente controlado de casa de vegetação, selecionar e avaliar os perfis de expressão de genes candidatos previamente identificados como associados à tolerância à deficiência hídrica e altas temperaturas.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066114
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Fenotipagem da CONFE quanto à produtividade em condições experimentais de campo com restrição hídrica. Repositório Alice
SILVA, S. N. A.; SOUZA, R. O.; GUIMARAES, C. M.; MELO, L. C.; MENDONCA, J. A.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Os empregos de sistemas de irrigação aumentam expressivamente a produtividade da lavoura, entretanto, reduz a lucratividade, além de ser acessível a uma pequena parcela dos produtores. Para a fenotipagem, os acessos da CONFE foram avaliados a campo em 2014 na estação seca/inverno, no Sítio de Fenotipagem de Tolerância à Seca de Porangatu, GO.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Produtividade; Deficiência hídrica; Irrigação.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039053
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Genetic diversity of high performance cultivars of upland and irrigated Brazilian rice. Repositório Alice
COELHO, G. R. C.; BRONDANI, C.; HOFFMANN, L. V.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MENDONÇA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; MENEZES, I. P. P. de..
The objective of this study was to analyze the diversity and discrimination of high-performance Brazilian rice cultivars using microsatellite markers. Twenty-nine rice cultivars belonging to EMBRAPA Arroz e Feijão germplasm bank in Brazil were genotyped by 24 SSR markers to establish their structure and genetic discrimination. It was demonstrated that the analyzed germplasm of rice presents an expressive and significant genetic diversity with low heterogeneity among the cultivars. All 29 cultivars were differentiated genetically, and were organized into two groups related to their upland and irrigated cultivation systems. These groups showed a high genetic differentiation, with greater diversity within the group that includes the cultivars for irrigated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cultivar discrimination; Arroz; Oryza sativa; Variação genética; Recurso genético; Rice; Genetic variation; Genetic resources; Microsatellite repeats.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078383
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Genetic diversity of high performance cultivars of upland and irrigated Brazilian rice. Repositório Alice
COELHO, G. R. C.; BRONDANI, C.; HOFFMANN, L. V.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. de O.; MENDONCA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; MENEZES, I. P. P. de.
The objective of this study was to analyze the diversity and discrimination of high-performance Brazilian rice cultivars using microsatellite markers. Twenty-nine rice cultivars belonging to EMBRAPA Arroz e Feijão germplasm bank in Brazil were genotyped by 24 SSR markers to establish their structure and genetic discrimination. It was demonstrated that the analyzed germplasm of rice presents an expressive and significant genetic diversity with low heterogeneity among the cultivars. All 29 cultivars were differentiated genetically, and were organized into two groups related to their upland and irrigated cultivation systems. These groups showed a high genetic differentiation, with greater diversity within the group that includes the cultivars for irrigated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Banco de germoplasma; Recurso genético; Arroz; Irrigação; Marcador molecular; Genetic diversity; Genetic resources; Rice; Irrigation; Molecular marker.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082851
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Genome prediction accuracy of common bean via Bayesian models. Repositório Alice
BARILI, L. D.; VALE, N. M. do; SILVA, F. R. e; CARNEIRO, J. E. de S.; OLIVEIRA, H. R. de; VIANELLO, R. P.; VALDISSER, P. A. M. R.; NASCIMENTO, M..
We aimed to apply genomic information based on SNP (single nucleotide polymorphism) markers for the genetic evaluation of the traits ?stay-green? (SG), plant architecture (PA), grain aspect (GA) and grain yield (GY) in common bean through Bayesian models. These models were compared in terms of prediction accuracy and ability for heritability estimation for each one of the mentioned traits. A total of 80 cultivars were genotyped for 377 SNP markers, whose effects were estimated by five different Bayesian models: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e Ridge regression (BRR). Although, prediction accuracies calculated by means of cross-validation have been similar within each trait, the BB model stood out for the trait SG, whereas the BRR was indicated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Validação cruzada; Cross-validation; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Marcador Molecular; Beans; Genetic markers; Marker-assisted selection.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1095835
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