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SITIS - Plant Phenotyping Platform. Repositório Alice
PEREIRA, R. C.; GUIMARÃES, C. M.; HEINEMANN, A. B.; LANNA, A. C.; LOPES JUNIOR, S.; NARCISO, M. G.; STONE, L. F.; VIANELLO, R. P.; CASTRO, A. P..
Plant phenotyping in greenhouse requires high physical effort for management and data collection. To minimize this effort, SITIS Platform of Plant Phenotyping for Drought Tolerance was projected and built by Embrapa Rice and Beans to automate the management and data collections in greenhouse and consists of 384 columns of soil (diameter: 25 cm; height: 100 cm) placed on an digital scale with individualized monitoring of the water supply. SITIS is composed by two integrated modules: 1) SITIS Web ? responsible by the planning and supervision of the environment variables, irrigation during the experiment and recording the results
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Plataforma Sitis; Fenotipo; Resistência a seca; Estufa; Phenotype; Greenhouses.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078438
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SNP discovery in genomic regions flanking the common bean anthracnose resistance locus Co-4. Repositório Alice
CIESLAK, J. F.; COELHO, G. R. C.; SOUZA, T. L. P. O.; VIANELLO, R. P..
The main goal of this work was to characterize the genetic variability of genomic regions flanking the anthracnose resistance locus Co-4 aiming to develop SNP markers for specific identification of the different alleles presented by this locus, mainly of the Co-42.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Doença de planta; Antracnose; Colletrotrichum lindemuthianum; Fungo; Marcador molecular.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1025174
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Superexpressão do gene PLDα1 para aumento da tolerância à deficiência hídrica da cultivar de arroz αBRSMG Curinga. Repositório Alice
ABREU, F. R. M.; OLIVEIRA, J. A. V. de; MENDONÇA, J. A.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
Este trabalho objetivou a obtenção de plantas de arroz geneticamente modificadas (GM) mais tolerantes ao deficit hídrico. O gene PLDα1, expresso constitutivamente, está diretamente relacionado a respostas de plantas à deficiência hídrica por meio do seu produto enzimático, o ácido fosfatídico. Esse gene foi clonado em vetor binário p7i2x-Ubi e inserido, via Agrobacterium, no genoma da cultivar de arroz BRSMG Curinga, moderadamente tolerante à deficiência hídrica.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Gene.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084750
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Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P..
Este estudo foi realizado com o objetivo de promover uma ampla caracterização de genes do feijoeiro comum relacionados à seca.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; RNA-seq; Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência a seca; Beans.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078772
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Um estudo comparativo de softwares para alinhamento e detecção de Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Infoteca-e
NARCISO, M. G.; RODRIGUES, A. M.; CIESLAK J. F.; SILVEIRA, R. D. D.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
Introdução. Materiais e Métodos. Resultados e Discussão. BWA e SAMtools. Bowtie2 e SAMtools. Panati. Mosaik. VarScan. GATK. CLC Genomics. Tempo de execução do software. Resumo sobre cada software. Conclusões. Referências.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software; Alinhamento de sequencia; Detecção de SNPs; Marcador molecular; Polimorfismo genético; Marcador genético.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/990798
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Validação de genes candidatos para tolerância à seca via qPCR em um amplo grupo de genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica. Repositório Alice
ARAÚJO, R. B. de; PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; LANNA, A. C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Tem como objetivo avaliar o perfil de expressão de dezenas de genes previamente identificados como responsivos em condições de seca em genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência à seca; Deficiência hídrica; Gene; Genótipo.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039457
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Yield QTL analysis of Oryza sativa x O. glumaepatula introgression lines. Repositório Alice
RANGEL, P. N.; VIANELLO, R. P.; MELO, A. T. O.; RANGEL, P. H. N.; MENDONÇA, J. A.; BRONDANI, C..
The objective of this work was to evaluate the yield performance of two generations (BC2F2 and BC2F9) of introgression lines developed from the interspecific cross between Oryza sativa and O. glumaepatula, and to identify the SSR markers associated to yield. The wild accession RS-16 (O. glumaepatula) was used as donor parent in the backcross with the high yielding cultivar Cica-8 (O. sativa). A set of 114 BC2F1 introgression lines was genotyped with 141 polymorphic SSR loci distributed across the whole rice genome. Molecular analysis showed that in average 22% of the O. glumaepatula genome was introgressed into BC2F1 generation. Nine BC2F9 introgression lines had a significantly higher yield than the genitor Cica-8, thus showing a positive genome...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: O. glumaepatula; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético vegetal; Marcador molecular; Rice; Quantitative trait loci.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/959733
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