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Genome prediction accuracy of common bean via Bayesian models. Repositório Alice
BARILI, L. D.; VALE, N. M. do; SILVA, F. R. e; CARNEIRO, J. E. de S.; OLIVEIRA, H. R. de; VIANELLO, R. P.; VALDISSER, P. A. M. R.; NASCIMENTO, M..
We aimed to apply genomic information based on SNP (single nucleotide polymorphism) markers for the genetic evaluation of the traits ?stay-green? (SG), plant architecture (PA), grain aspect (GA) and grain yield (GY) in common bean through Bayesian models. These models were compared in terms of prediction accuracy and ability for heritability estimation for each one of the mentioned traits. A total of 80 cultivars were genotyped for 377 SNP markers, whose effects were estimated by five different Bayesian models: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e Ridge regression (BRR). Although, prediction accuracies calculated by means of cross-validation have been similar within each trait, the BB model stood out for the trait SG, whereas the BRR was indicated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Validação cruzada; Cross-validation; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Marcador Molecular; Beans; Genetic markers; Marker-assisted selection.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1095835
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Identificação de marcadores SNPs para teor de amilose em arroz pela estratégia de Machine Learning. Repositório Alice
SARTORI, D. E. L.; RODRIGUES, A. H. A.; CERRI, R.; BASSINELLO, P. Z.; NARCISO, M. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
O objetivo deste estudo foi identificar, por meio da estratégia Machine Learning, marcadores SNPs relacionados com TA para uso na seleção assistida por marcadores no programa de melhoramento genético de arroz irrigado.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Machine Learning; Arroz; Marcador Genético; Amilose; Melhoramento Genético Vegetal.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1104335
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Marcadores SNPs relacionados a tolerância à seca em arroz a partir do sequenciamento de 2500 genes candidatos. Repositório Alice
VIEIRA, A. F.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; CASTRO, A. P. de; NEVES, L. G.; BRONDANI, C..
Este trabalho objetivou identificar marcadores moleculares SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) relacionados com a tolerância à seca para uso na seleção assistida de genitores e linhagens do programa de melhoramento genético do arroz.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz Sequeiro; Oryza Sativa; Marcador Molecular; Drought tolerance.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1104830
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Avaliação dos genes Rubisco e AVP na cultivar de arroz (Oryza sativa) em dois níveis de fertilidade de solo. Repositório Alice
SARTORI, D. E. L.; OLIVEIRA, J. A. V. de; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P.; MENDONÇA, J. A..
O objetivo desse estudo foi avaliar a produtividade de grão da cultivar BRSMG Curinga geneticamente modificada (GM) pela superexpressão dos genes AVP e Rubisco.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cultivar BRSMG; Geneticamente modificada; Arroz; Oryza Sativa; Fertilidade do Solo; Organismo Transgênico.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1104507
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Marker-assisted elimination of drought-susceptible accessions in upland rice breeding. Repositório Alice
VIEIRA, A. F.; PANTALIÃO, G. F.; ABREU, F. M.; SILVEIRA, R. D.; GARCIA, A. L. B.; NEVES, L. G.; VIANELLO, R. P.; CASTRO, A. P. de; BRONDANI, C..
Breeding for water-deficit tolerance is fundamental to guarantee the sustainability of upland rice production, mainly due to the possibility of an increased frequency of drought episodes due to climate change. This work aimed to identify single nucleotide polymorphism (SNP) markers, derived from RNA sequencing (RNA-Seq), genome-wide association study (GWAS) and candidate genes from Arabidopsis, with potential for use in marker-assisted selection (MAS) for drought tolerance. RNA-Seq and GWAS were efficient in identifying useful SNP markers from the data obtained from three years of field experiments for 175 upland rice accessions, which were sequenced using 32 genes by Capture-Seq. Three genes were equally able to generate SNP markers that discriminated 95%...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Melhoramento genético vegetal; Resistência a seca; Rice; Genotyping by sequencing; Plant breeding; Genetic techniques and protocols; Single nucleotide polymorphism; Nucleotide sequences; Sequence analysis; Drought tolerance.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088846
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Mapeamento da resistência à antracnose na cultivar de feijão carioca BRS Cometa. Repositório Alice
MORAIS, S. R. P. de; VIEIRA, A. F.; RODRIGUES, L. A.; VIANELLO, R. P.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. de.
Diante disso, este trabalho teve como objetivo estudar a herança e mapear a resistência à antracnose na cultivar de feijão carioca BRS Cometa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Fungo; Antracnose; Colletotrichum Lindemuthianum; Doença de Planta; Resistência.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1104740
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Genome-wide association and regional heritability mapping of plant architecture, lodging and productivity in Phaseolus vulgaris. Repositório Alice
RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
The availability of high-density molecular markers in common bean has allowed to explore the genetic basis of important complex agronomic traits with increased resolution. Genome-Wide Association Studies (GWAS) and Regional Heritability Mapping (RHM) are two analytical approaches for the detection of genetic variants. We carried out GWAS and RHM for plant architecture, lodging and productivity across two important growing environments in Brazil in a germplasm of 188 common bean varieties using DArTseq genotyping strategies. The coefficient of determination of G · E interaction (c2 int) was equal to 17, 21 and 41%, respectively for the traits architecture, lodging, and productivity. Trait heritabilities were estimated at 0.81 (architecture), 0.79 (lodging)...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RHM QTL; GWAS QTL; DArTseq; Herdabilidade; Phaseolus Vulgaris; Feijão; Melhoramento Genético Vegetal; Heritability; Beans; Plant breeding.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1095838
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