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Genetic variability of Meloidogyne paranaensis populations and their aggressiveness to susceptible coffee genotypes. Repositório Alice
SANTOS, M. F. A.; CORREA, V. R.; PEIXOTO, J. R.; MATTOS, V. S.; SILVA, J. G. P.; MOITA, A. W.; SALGADO, S. M. L.; CASTAGNONE-SERENO, P.; CARNEIRO, R. M. D. G..
The objectives of this study were to assess the genetic variability, aggressiveness and virulence of seven different M. paranaensis populations on susceptible and resistant Coffea spp. All seven RKN populations were identified by biochemical and molecular methods.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Esterase phenotypes; Molecular markers; Coffea; Root-knot nematodes; Virulence.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101386
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Genomics of coffee, one of the world's largest traded commodities. Repositório Alice
LASHERMES, P.; ANDRADE, A. C.; ETIENNE, H..
bitstream/item/177518/1/SP-19574-ID-30669-220-242-CHAPTER-9-COMPLETO.pdf
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Coffee; Commodities; Café; Coffea.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190384
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Germinação in vitro de grãos de pólen de cafeeiro Acauã para estimativa de viabilidade. Repositório Alice
ANGELO, P. C. da S..
O estudo dos grãos de pólen ou micrósporos é interessante sob vários aspectos científicos, desde a ciência básica até a biotecnologia. A fase progâmica é quando os gametas masculinos competem para realizar fecundações. Estudos sobre esta competição e sobre a duração da fase progâmica em café foram publicados há alguns anos. O presente trabalho teve como objetivos testar condições para a germinação in vitro de grãos de pólen de cafeeiro Acauã e utilizar as melhores condições para comparar a viabilidade em diferentes estádios de desenvolvimento da flor e alterações na viabilidade dos grãos, nos dias seguintes à coleta. As flores e anteras foram examinadas sob microscópio estereoscópico para seleção de anteras íntegras, pré e pós-deiscência. Foram testados...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gametogênese; Cultivo in vitro; Coffea; Gametogenesis; In vitro culture.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032625
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Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café. Repositório Alice
PENA, G. F.; CAIXETA, E. T.; FERREIRA, J. L.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SSR; EST-SSR; Marcador molecular; Coffea.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903733
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Identificação e caracterização molecular de genes envolvidos no metabolismo de diterpenos específicos do cafeeiro. Repositório Alice
FERREIRA, L. P.; PLENER, L.; MARRACCINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; POT, D..
Apesar de pouco estudado, os lipídeos do café desempenham papel importante na qualidade da bebida e do aroma. Cerca de dez a vinte por cento da fração lipídica do café corresponde a diterpenos que além da provável relação com a qualidade também estão relacionados com a questão do café e a saúde. As espécies de Coffea são as únicas capazes de sintetizar os diterpenos cafestol, caveol e seus compostos derivados (16-O-metilcafestol, 16-O-metilcaveol). Visando um entendimento maior dos genes envolvidos na formação dos diterpenos de café, foi realizado um estudo in silico da expressão de três genes que codificam para as primeiras etapas da sua via de biossíntese ? copalil difosfato sintase (CPS), caureno sintase (KS) e caureno oxidase (KO). Posteriormente foi...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Coffee; Coffea; Expressão gênica; Maturação; Gene expression; Maturation..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906314
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Impacts of drought and temperature stress on coffee physiology and production: a review Braz. J. Plant Physiol.
DaMatta,Fábio M.; Ramalho,José D. Cochicho.
Overall, drought and unfavourable temperatures are the major climatic limitations for coffee production. These limitations are expected to become increasingly important in several coffee growing regions due to the recognized changes in global climate, and also because coffee cultivation has spread towards marginal lands, where water shortage and unfavourable temperatures constitute major constraints to coffee yield. In this review, we examine the impacts of such limitations on the physiology, and consequently on the production of mainly Coffea arabica and C. canephora, which account for about 99 % of the world coffee bean production. The first section deals with climatic factors and the coffee plant’s requirements. The importance of controlling oxidative...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea; Chilling; Frost; Heat; Photosynthesis; Water deficit; Water use; Yield.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100006
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In silico analysis of cytochrome p450 genes involved in the metabolism of diterpenes in Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; ANDRADE, D. S.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
2011
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Diterpenes; Cafestol; Kahweol; Cyt P450.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902474
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In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880494
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In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases Genet. Mol. Biol.
Alvarenga,Samuel Mazzinghy; Caixeta,Eveline Teixeira; Hufnagel,Bárbara; Thiebaut,Flávia; Maciel-Zambolim,Eunize; Zambolimand,Laércio; Sakiyama,Ney Sussumu.
Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; In silico; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572010000400031
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Influência do ambiente na diversidade de fungos associados a Hypothenemus hampei (Ferrari) (Coleoptera, Scolytidae) e frutos de Coffea canephora. Repositório Alice
GAMA, F. de C.; TEIXEIRA, C. A. D.; GARCIA, A.; COSTA, J. N. M.; LIMA, D. K. S..
Hypothenemus hampei, é uma importante praga do café no Brasil e no mundo. A maioria dos trabalhos referentes à associação entre este inseto e fungos teve como alvo a parte aérea de plantas de Coffea canephora. Estudos de campo foram realizados em plantios de C. canephora, em Ouro Preto do Oeste, Rondônia, para levantar a micota associada à broca e frutos de café. Brocas e galerias foram obtidas a partir da dissecção de frutos de C. canephora brocados e não brocados. Os resultados mostraram que existe uma grande diversidade de fungos associados aos insetos. Nas brocas do solo foram encontrados 110 isolados (10 gêneros) e na parte aérea 91 isolados (10 gêneros). Em relação aos frutos brocados (galerias) foram registrados 5 gêneros no solo e 2 na parte aérea...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Micota; Coffea; Interações insetos-fungos; Mycobiota; Insect-fungus interactions.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/710594
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Leaf anatomy and carbon isotope composition in Coffea species related to photosynthetic pathway Braz. J. Plant Physiol.
Carelli,Maria Luiza Carvalho; Queiroz-Voltan,Rachel Benetti; Fahl,Joel Irineu; Trivelin,Paulo César Ocheuze.
Possible presence of vascular bundle sheath cells and its relation to photosynthetic pathway, leaf anatomy and carbon isotope composition (delta13C) were examined in six species of genus Coffea: C. arabica (cvs. Catuaí Vermelho, Mundo Novo, Bourbon Vermelho and Icatu Amarelo), C. canephora (cvs. Apoatã and Guarini), C. liberica, C. dewevrei, C. salvatrix and C. stenophylla. In all genotypes, the vascular bundle was surrounded by a layer of cells with numerous chloroplasts in a centrifugal position. Visually no differences could be seen between the spongy parenchyma cells and the bundle sheath cells, neither in size nor in chloroplast number. The leaf delta13C values ranged between a maximum of - 26.2 ‰ in C. salvatrix and a minimum of -29.7 ‰ in C....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bundle sheath cells; Coffea; Leaf anatomy; Leaf carbon isotope composition.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202003000100003
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Lipídios em grãos de café. Repositório Alice
LAGO, R. C. A..
2001
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Cafestol; Caveol; Café solúvel.
Ano: 2001 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/414069
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Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; MACIEL, B. H.; ZAMBOLIM, E. M.; XAVIER, K. V.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma café; Coffea; Oligonucleotídeos iniciadores específicos.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906349
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Low temperature impact on photosynthetic parameters of coffee genotypes. Repositório Alice
PARTELLI, F. L.; VIEIRA, H. D.; VIANA, A. P.; BATISTA-SANTOS, P.; RODRIGUES, A. P.; LEITÃO, A. E.; RAMALHO, J. C..
Abstract - The objective of this work was to evaluate photoprotective mechanisms related to low positive temperatures in Coffea canephora (Conilon clones 02 and 153) and C. arabica ('Catucaí' IPR 102) genotypes, involved in cold temperature tolerance. To accomplish this, one-year-old plants were successively submitted to: temperature decrease of 0.5ºC day-1, from 25/20ºC to 13/8ºC; a three-day chilling cycle at 13/4ºC; and a recovery period of 14 days (25/20ºC). During the experiment, leaf gas exchange, chlorophyll a fluorescence and leaf photosynthetic pigment content were evaluated. Total activity of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) and ribulose-5-phosphate kinase (Ru5PK) were quantified to measure the activity of photosynthesis...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Carotenoids; Photoprotection; Photosynthesis; Ribisco.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/661750
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Low temperature impact on photosynthetic parameters of coffee genotypes PAB
Partelli,Fábio Luiz; Vieira,Henrique Duarte; Viana,Alexandre Pio; Batista-Santos,Paula; Rodrigues,Ana Paula; Leitão,António Eduardo; Ramalho,José Cochicho.
The objective of this work was to evaluate photoprotective mechanisms related to low positive temperatures in Coffea canephora (Conilon clones 02 and 153) and C. arabica ('Catucaí' IPR 102) genotypes, involved in cold temperature tolerance. To accomplish this, one-year-old plants were successively submitted to: temperature decrease of 0.5ºC day-1, from 25/20ºC to 13/8ºC; a three-day chilling cycle at 13/4ºC; and a recovery period of 14 days (25/20ºC). During the experiment, leaf gas exchange, chlorophyll a fluorescence and leaf photosynthetic pigment content were evaluated. Total activity of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) and ribulose-5-phosphate kinase (Ru5PK) were quantified to measure the activity of photosynthesis key...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea; Carotenoids; Photoprotection; Photosynthesis; Rubisco.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2009001100006
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Metabolism of alkaloids in coffee plants Braz. J. Plant Physiol.
Ashihara,Hiroshi.
Coffee beans contain two types of alkaloids, caffeine and trigonelline, as major components. This review describes the distribution and metabolism of these compounds. Caffeine is synthesised from xanthosine derived from purine nucleotides. The major biosynthetic route is xanthosine -> 7-methylxanthosine -> 7-methylxanthine -> theobromine -> caffeine. Degradation activity of caffeine in coffee plants is very low, but catabolism of theophylline is always present. Theophylline is converted to xanthine, and then enters the conventional purine degradation pathway. A recent development in caffeine research is the successful cloning of genes of N-methyltransferases and characterization of recombinant proteins of these genes. Possible biotechnological...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea; Caffeine; Purine alkaloids; Pyridine alkaloids; Theobromine; Trigonelline.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100001
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Micronutrientes silicatados na cafeicultura. Infoteca-e
YNAMA, R.; PRIMAVESI, O..
1973
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Café; Solo; Soil; Coffea.
Ano: 1973 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/43241
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Molecular markers useful to discriminate Coffea arabica cultivars with high genetic similarity. Repositório Alice
SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
New cultivars are released every year to meet market demands. However, in species with a narrow genetic base, such as Coffea arabica, the cultivars are closely related and phenotypically similar. This hinders the accurate discrimination of genotypes sing morphological descriptors in distinctness, uniformity, and stability (DUS) testing, which is required for the registration and protection of new cultivars. In this sense, molecular markers are an auxiliary tool for accurate and precise discrimination of cultivars. This study aimed to verify the informative capacity and effectiveness of a molecular marker set to discriminate among C. arabica varieties, create a database of DNA profiles and allele frequencies, analyze the genetic diversity in this...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Molecular profiling; Protection of plant cultivars; Cultivars register; SSR marker; Coffea; DNA fingerprinting; Genetic variation; Cultivar identification.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067171
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Molecular responses of coffee plants to drought stress. Repositório Alice
MARRACCINI, P.; VIEIRA, N. G.; DUARTE, K. E.; AQUINO, S. O.; CARNEIRO, F. A.; COSTA, T. S.; SUJII, P. S.; VINECKY, F.; ALEKCEVETCH, J. C.; ALVES, G. S. C.; LEROY, T.; BELLIS, F. de; FERRÃO, M. A. G.; DAMATTA, F. M.; POT, D.; SILVA, V. A.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C..
With the aim to investigate the molecular mechanisms underlying drought tolerance in coffee plants of C. canephora and C. arabica, qPCR experiments identified more than 80 candidate genes (CGs) presenting differential gene expression between drought-tolerant and drought-susceptible clones/cultivars cultivated under different (with or without) irrigation conditions.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tolerância à seca; Café; Water stress; Coffea; Drought tolerance.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979069
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New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S..
Microsatellite markers (SSR) have broad utility in genetic studies due to a high rate of polymor-phisms, a codominant nature and multiallelism. EST?SSRs are markers derived from the expressed sequences of a genome and represent transcribed genes. Despite the importance of the genus Coffea , only a small number of EST?SSR markers are currently available. Thus, this study was designed to mine and develop a new set of EST?SSR markers from the Brazilian Coffee Genome Project. We investigated 130,792 expressed sequence tags (ESTs), from which 24,031 DNA sequences with microsatellites were identified. After stability and amplification testing, 101 new EST?SSR markers were developed and analyzed in different coffee species. The average rate of transferability was...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Brazilian Coffee Genome Project; Microsatellites; Coffea; Coffea arabica; Genetic markers.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040767
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