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Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; REECY, J. M.; POLETI, M. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; OLIVEIRA, G. B. de; MOREIRA, G. C. M.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. L.; KOLTES, J. E.; Fritz-Waters, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; BEIKI, H.; GEISTLINGER, L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L..
Background: Integration of high throughput DNA genotyping and RNA-sequencing data allows for the identification of genomic regions that control gene expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), on a whole genome scale. Intramuscular fat (IMF) content and carcass composition play important roles in metabolic and physiological processes in mammals because they influence insulin sensitivity and consequently prevalence of metabolic diseases such as obesity and type 2 diabetes. However, limited information is available on the genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. Thus, our hypothesis was that eQTL analyses could identify putative regulatory regions and transcription factors (TFs) associated with...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; EQTL; Ácidos graxos; Doenças metabólicas; Expression quantitative trait loci; Gene expression; Fatty acids; Mammals; Metabolic diseases.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102203
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Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle ArchiMer
Harrang, Estelle.
The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître plate Européenne; Ostre edulis; Bonamiose; Bonamia ostreae; Marqueurs SNP; Expression génique; Activité hémocytaire; Cartographie de liaison; QTL; EQTL; Populations naturelles; Diversité génétique; Sélection naturelle; European flat oyster; Ostrea edulis; Bonamiosis; Bonamia ostreae; SNP markers; Gene expression; Haemocytic activity; Linkage map; QTL; EQTL; Natural populations; Genetic diversity; Genetic structure; Natural selection.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00127/23785/21702.pdf
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Apports de la génomique fonctionnelle à la cartographie fine de QTL Inra
Le Mignon, G.; Blum, A.; Demeure, O.; Diot, C.; Le Bihan-Duval, E.; Le Roy, P.; Lagarrigue, S..
De nombreux progrès ont été réalisés ces dernières années en génomique. Le développement de technologies à base de supports miniaturisés,permet aujourd’hui d’explorer les génomes tant au niveau de leur structure que de leur expression. Les puces à ADN permettentainsi de génotyper plusieurs milliers de marqueurs SNP d’un génome ou encore de mesurer le niveau d’expression de plusieursmilliers de gènes d’un tissu. Combiner l’information génotypique avec des mesures phénotypiques élémentaires (ARNm, protéines ouencore métabolites) ouvre de nouvelles perspectives dans l’étude du fonctionnement du vivant et a donné naissance à un nouveauconcept, la «génétique génomique». Cet article est centré sur les apports de la «génétique génomique» dans le contexte de la...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  génomique; QTL; EQTL; Puces à ADN; Animaux d’élevage.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011b4761a7f&uri=/notices/prodinra1/2011/05/
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Dyslexia risk variant rs600753 is linked with dyslexia-specific differential allelic expression of DYX1C1 Genet. Mol. Biol.
Müller,Bent; Boltze,Johannes; Czepezauer,Ivonne; Hesse,Volker; Wilcke,Arndt; Kirsten,Holger.
Abstract An increasing number of genetic variants involved in dyslexia development were discovered during the last years, yet little is known about the molecular functional mechanisms of these SNPs. In this study we investigated whether dyslexia candidate SNPs have a direct, disease-specific effect on local expression levels of the assumed target gene by using a differential allelic expression assay. In total, 12 SNPs previously associated with dyslexia and related phenotypes were suitable for analysis. Transcripts corresponding to four SNPs were sufficiently expressed in 28 cell lines originating from controls and a family affected by dyslexia. We observed a significant effect of rs600753 on expression levels of DYX1C1 in forward and reverse sequencing...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Dyslexia; SNP; EQTL; Differential allelic expression.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572018000100041
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Delineamento de experimentos em genética genômica R. Bras. Zootec.
Rosa,Guilherme Jordão de Magalhães.
Genética genômica é um termo utilizado para representar o estudo de processos genéticos controladores de caracteres fenotípicos de herança complexa, a partir da análise conjunta de informação relativa a fenótipos, estruturas de parentesco, marcadores moleculares e expressão gênica. Estudos de genética genômica são utilizados, por exemplo, para a estimação da herdabilidade de níveis de transcrição, para o mapeamento de locos controladores da expressao gênica (eQTL, do inglês expression Quantitative Trait Loci), e para o estudo de redes regulatórias. Genética genômica geralmente envolve experimentos com microarrays, os quais são ainda bastante caros e trabalhosos, limitando o tamanho amostral e conseqüentemente o poder estatístico de tais estudos. Desta...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Delineamentos ótimos; EQTL; Fenotipagem seletiva; Genética genômica; Microarray.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982007001000019
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