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Rapport d'activité 1990 de l'Unité de Recherche en Génétique Quantitative et Ecloserie (URGE) La Tremblade ArchiMer
Gerard, Andre.
Rapport d'activité 1990 de l'Unité de Recherche en Génétique Quantitative et Ecloserie (URGE) La Tremblade
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique; Ecloserie; Génétique des populations; Rapport Activité.
Ano: 1990 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00072/18282/15852.pdf
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Amélioration de la qualité chez l'huître creuse Crassostrea gigas par sélection de souches performantes - Contrat de Plan Etat Région Poitou-Charentes 1994-1998 - Rapport année 1995 ArchiMer
Boudry, Pierre; Naciri, Yamama; Heral, Maurice; Collet, Bertrand; Bougrier, Serge; Geffard, Olivier; Ledu, Christophe; Phelipot, Pascal; Heurtebise, Serge; Gerard, Andre.
Le programme de recherche présenté ci-dessous est le fruit d'une réflexion conjointe entre généticiens et physiologistes afin de mettre sur pied un ensemble d'expériences permettant d'étudier les bases génétiques de la variabilité des caractères impliqués dans la croissance chez l'huître creuse, Crassostrea gigas.
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique; Sélection génétique; Génétique des populations; Croissance; Crassostrea gigas.
Ano: 1995 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15518/12905.pdf
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Ressources génétiques chez l'huître creuse Crassostrea gigas : variabilité, différenciation et adaptation aux conditions de production en Charente Maritime ArchiMer
Huvet, Arnaud; Boudry, Pierre; Baud, Jean-pierre; Nourry, Max; Phelipot, Pascal; Gerard, Andre; Ledu, Christophe; Heurtebise, Serge; Cornette, Florence; Blouin, Frederic; Bedier, Edouard; Lapegue, Sylvie.
es marqueurs génétiques, particulièrement bien adaptés à ces problématiques car hypervariables, ont été mis au point récemment dans notre laboratoire en collaboration avec le laboratoire Génome et Populations de Montpellier (CNRS). Ils permettent désormais l'analyse approfondie et la discrimination fine de populations d'huîtres creuses Crassostrea gigas et de rechercher si certaines d'entre-elles n'auraient pas des caractéristiques intéressantes pour l'ostréiculture locale (croissance, résistance estivale, affinage ... ). La diffusion de telles populations auprès de la profession serait plus rapide car il s'agit de la même espèce. Selon les recommandations du CIEM, il faut effectuer une mise en quarantaine des huîtres importées (après contrôles sanitaires)...
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique; Génétique des populations; Marqueurs génétiques; Microsatellite; Huître creuse; Crassostrea gigas.
Ano: 1998 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15563/12952.pdf
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Etude du niveau d'aneuploïdie dans les populations des zones de captage du bassin de Marennes-Oléron - Contrat Plan Etat Région Poitou-Charentes 1999 - Rapport 1999 ArchiMer
Lapegue, Sylvie; Thiriot Quievreux, Catherine; Mccombie, Helen; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Robert, Stephane; Soletchnik, Patrick; Goulletquer, Philippe; Gerard, Andre.
Divers travaux, menés depuis 1984, montrent qu'il existe, chez l'huître creuse Crassotrea gigas, des cellules montrant un nombre anormal de chromosomes (2n = 19, 18 ou même 17 au lieu de 2n = 20). Le niveau d'aneuploïdie est déterminé par le décompte des chromosomes à partir de suspensions cellulaires de tissu branchial. Le pourcentage de cellules aneuploïdes est toujours significativement supérieur dans les "lots de queue", c'est-à-dire les huîtres présentant des croissances plus faibles, et peut atteindre plus de 30 %. Récemment, une étude réalisée au sein du programme européen « Genephys » a démontré que plus de 50 % de la variance pour la vitesse de croissance était liée au taux d'aneuploïdie. Le but de l'expérimentation menée en 1999 est de faire un...
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique; Aneuploïdie; Génétique des populations; Biochimie; Marennes-Oléron; Huître creuse; Crassostrea gigas.
Ano: 1999 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15522/12909.pdf
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Ressources génétiques et phylogéographie des huîtres creuses Crassostrea gigas et C. angulata : variabilité, différenciation et adaptation des populations naturelles et introduites ArchiMer
Huvet, Arnaud.
L 'huître creuse japonaise Crassostrea gigas et portugaise C. angulata ont été respectivement décrites par Thunberg (1793) et Lamarck (1819). Mais les similitudes morphologiques et l 'homogénéité des fréquences allozymiques entre populations ont conduit de nombreux auteurs à proposer l'existence d'une seule et mênle espèce. L'analyse récente d'un gène mitochondrial a pennis de déterminer l'origine asiatique de C. angulata, soulignant l'intérêt de l'étude de la différenciation génétique et phénotypique entre les deux taxons. La notion biologique d'espèce a tout d'abord été examinée. Des croisements de 1ère et 2ème génération ont montré la viabilité et fertilité des hybrides. L'analyse de la compétition spennatique par marqueurs microsatellites ne montre pas...
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique des populations; Crassostrea; Isolement reproducteur; Marqueurs moléculaires; Écophysiologie; Aquaculture.
Ano: 2000 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00034/14564/11867.pdf
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Phylogéographie des huîtres creuses des mangroves de l'Atlantique Sud par l'apport des marqueurs moléculaires ArchiMer
Verdon, Beatrice.
La taxonomie des huîtres est longtemps restée basée sur des critères morphologiques tel que la coquille et les organes internes ou sur la répartition géographique. Ces critères se révèlent aujourd'hui peut fiable du fait de la grande plasticité des caractères morphologiques des huîtres en fonction des conditions environnementales, et du transport d'espèce par l'ostréiculture ou accidentellement. La biologie moléculaire et en particulier les marqueurs génétiques sont des outils très utiles pour différencier les espèces. La phylogéographie des huîtres creuses de l'Atlantique Sud a ainsi été étudié grâce à différentes méthodes d'observation du polymorphisme de l'ADN. Ces techniques ont dans un premier temps été appliquées à des fragments mitochondriaux (16S)...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître creuse; Crassostrea gasar; Génétique des populations; Marqueurs nucléaires.
Ano: 2000 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14409/11706.pdf
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Diversité et différentiation génétique chez l'huître plate européenne : de la population à l'individu (Actes) ArchiMer
Boudry, Pierre; Launey, Sophie; Diaz-almela, A.; Naciri-graven, Yamama; Ledu, Christophe; Mira, S.; Taris, Nicolas; Bonhomme, Francois; Lapegue, Sylvie.
PCR-based DNA markers enable the study of diversity and differentiation of marine organisms at different stages of their life cycle. Our study of European fiat oyster (Ostrea edulis) populations aimed to describe their spatial and temporal dynamics. First, we analyzed adults sampled over the natural range of the species. An Atlantic/Mediterranean differentiation pattern was observed. Similar patterns of variation were found using allozymes, microsatellites and mitochondrial DNA, aIl which support an isolation by distance model. High variability was observed in the range of diversity between populations using a mitochondrial marker, a reflection of small effective population sizes in sorne locations. A 10fold quantitative difference was observed in Fst,...
Tipo: Text Palavras-chave: Recruitment; Diversity; Molecular markers; Population genetics; Ostrea edulis; Flat oyster; Dynamique de recrutement; Diversité génétique; Microsatellites; Marqueurs moléculaires; Génétique des populations; Ostrea edulis; Huître plate.
Ano: 2003 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/acte-2851.pdf
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Identification de polymorphismes de gènes chez l'huître plate Ostrea edulis L. et variabilité au sein de populations européennes ArchiMer
Chupeau, Gaelle.
Le but de ce travail était de rechercher des marqueurs non neutres afin de comparer ces données obtenues avec celles données par les marqueurs précédemment étudiés (marqueurs neutres ou supposés l'être à savoir microsatellites, enzymatique et mitochondriales). Dû à des soucis d'ADN extrait des populations qui avaient été étudiées jusqu'alors, il a fallu effectuer un nouvel échantillonnage de l'huître plate Européenne, Ostrea edulis, sur son aire de répartition. Nous avons donc analysé en plus du but majeur, les données microsatellites pour ces nouvelles populations de manière à avoir un jeu de données de marqueurs non neutres. Ces analyses ont ainsi complété l'arbre phylogénétique déjà existant, et ont confirmé dans une moindre mesure puisque tous les...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître plate; Ostrea edulis; Génétique des populations; Nucleotide Polymorphisme (SNP); Test de neutralisté; Microsatellites.
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14417/11712.pdf
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Diversité et différentiation génétiques des populations de tortues vertes (Chelonia mydas) dans les sites de ponte et d'alimentation du sud-ouest de l'océan Indien : application aux stratégies de conservation de l'espèce ArchiMer
Taquet, Coralie.
The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples)....
Tipo: Text Palavras-chave: Management units; Microsatellites; Mitochondrial DNA; Foraging sites; Nesting sites; South Western Indian Ocean; Population genetics; Chelonia mydas; Green turtle; Unités de gestion (MUs); Microsatellites; ADN mitochondrial; Sites d'alimentation; Sites de ponte; Génétique des populations; Chelonia mydas; Tortue verte.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
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Apport de la génétique pour une meilleure connaissance des populations naturelles et une amélioration des populations cultivées d'huîtres plates et creuses ArchiMer
Lapegue, Sylvie.
In the framework of the French diploma "Habilitation à Diriger des Recherches", Sylvie Lapègue's synthesis of research includes ten years (1998-2007) of work in bivalve genetics, and mainly cupped and flat oysters. This research has been developed in (1) flat oyster population genetics at the European level and cupped oyster populations and species genetics at a global scale, (2) the characterization of a cytogenetic particularity observed in oysters that corresponds to a high rate of aneuploidy in somatic cells, and (3) more recently in the use of molecular markers for the construction or improvement of genetic maps, allowing (4) the identification of areas of the genome related to the resistance to summer mortality in the Pacific oyster and the...
Tipo: Text Palavras-chave: Ostrea; Crassostrea; Oysters; QTLs; Genetic maps; Breeding; Aneuploidy; Population genetics; Ostrea; Crassostrea; Huître; QTLs; Cartes génétiques; Amélioration; Aneuploïdie; Génétique des populations.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3478.pdf
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Fragmentation des populations naturelles d'Ostrea edulis: une adaptation locale de l'huître plate européenne ArchiMer
Harrang, Estelle; Bierne, Nicolas; Heurtebise, Serge; Morga, Benjamin; Lapegue, Sylvie.
L'huître plate européenne Ostrea edulis a connu une période faste dans l'aquaculture jusqu'à la fin des années 1960, lorsque deux parasites, Marteilia refringens (1969) et Bonamia ostreae (1979), ont successivement décimé les bancs naturels de cette espèce endémique, déjà affaiblis par la sur-exploitation de ses gisements. Historiquement présente sur toute la côte européenne, de la Mer du Nord à la Mer Méditerranée, en passant par l'Océan Atlantique, la Mer Adriatique et la Mer Noire, les bancs naturels de cette espèce sont devenus très localisés, laissant penser à des phénomènes d'adaptation locale de l'huître vis à vis de son environnement biotique et abiotique. La diversité et la structuration génétique de plusieurs populations de l'espèce, à l'échelle...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître plate; Ostrea edulis; Génétique des populations; Sélection Génétique.
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12547/9417.pdf
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Génomique de l'adaptation de l'huître creuse, Crassostrea gigas, dans le contexte de sa récente expansion géographique en Europe ArchiMer
Rohfritsch, Audrey; Bierne, Nicolas; Boudry, Pierre; Heurtebise, Serge; Cornette, Florence; Lapegue, Sylvie.
Originaire du nord de l’Asie, l'huître creuse, Crassostrea gigas, a été introduite et transférée, principalement pour l’aquaculture, dans plusieurs pays européens depuis le début des années 1970. Le caractère invasif de cette espèce a été observé au cours de la dernière décennie dans plusieurs pays et elle a même été considérée comme une espèce nuisible dans certaines régions, telles que la mer de Wadden. Dans le cadre du projet HiFlo, soutenu par l’ANR, nous avons pour objectif d'identifier les caractéristiques d'une telle espèce florissante: son succès peut-il être expliqué par le hasard des opportunités (expansion de leur niche écologique) ou est-il lié à des processus évolutifs, ce qui impliquerait une adaptation génétique de l'espèce à de nouvelles...
Tipo: Text Palavras-chave: Huîtres; Crassostrea gigas; Génétique; Génétique des populations.
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12552/9418.pdf
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CAMP Connectivité des Aires Marines Protégées. Mars 2009-Octobre 2012. Rapport Final ArchiMer
Bourjea, Jerome; Evano, Hugues; Muths, Delphine.
The main objective of the CAMP project (2009-2011) was to estimate the effective connectivity between Marine Protected Areas (MPA) in the southwest Indian Ocean (SWIO) through population genetics of 3 biological models Epinephelus merra, Lutjanus kasmira and Myripristis berndti. The ultimate goal is to provide scientific results for managers to contribute significantly to the design of the MPA network in SWIO. At the end of the project and thank to the cooperation with the Natural Marine Reserve of La Réunion and 5 international partners from the SWIO, 414 M. berndti, 623 L. kasmira and 731 E. merra were sampled in 16 different sites (Reunion, Mayotte, Geyser, Europa, Juan de Nova, Glorioso, Rodrigues, Mauritius, Moheli, Grande Comore, Seychelles, Kenya,...
Tipo: Text Palavras-chave: Aires Marines Protégées; Génétique des populations; Connectivité; Poisson corallien; Myripristis berndti; Epinephelus merra; Lutjanus kasmira : océan Indien.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00107/21808/19382.pdf
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Structure et connectivité de la mégafaune marine à l’échelle d’une région océanique. Enjeux pour la gestion durable des tortues vertes dans l’océan Indien occidental ArchiMer
Bourjea, Jerome.
This thesis is a comprehensive work aiming to improve scientific knowledge on the green turtle (Chelonia mydas) in order to provide key scientific evidences needed for the implementation of coherent and effective management measures to protect at the Western Indian Ocean scale this threatened species. In a first step, this work aimed to established baseline data on the abundance of green turtles nesting females and long term trends of some key nesting populations of the region by applying different modelling methods. In a second step, this work determined the regional genetic structure of this species and the relationships that exists between the different populations. Finally, the conservation of marine turtles being closely dependant to external...
Tipo: Text Palavras-chave: Tortues marines; Tortue verte; Chelonia mydas; Mégafaune; Évaluation de population; Tendance sur long terme; Structure génétique; Génétique des populations; Capture accidentelle; Biologie de la conservation; Unité de gestion; Océan Indien; Marines turtles; Green turtle; Chelonia mydas; Megafauna; Population assessment; Long term trend; Genetic structure; Population genetic; By-catch; Incidental catch; Biological conservation; Management units; Indian ocean.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00244/35505/34009.pdf
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