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Genotipagem e avaliação do potencial enterotoxigênico de amostras de Staphylococcus aureus isolados de mastite caprina e bovina. Repositório Alice
SILVA, E. R. da..
Resumo: O objetivo deste trabalho foi o de identificar subtipos de Staphylococcus aureus isolados de mastite caprina e bovina, por meio da análise do polimorfismo do gene da proteína coagulase. Adicionalmente, pesquisou-se a presença de genes que codificam para as enterotoxinas estafllocócicas dos tipos A, B e C. Utilizaram-se 36 amostras de S. aureus isoladas do leite de cabras pertencentes a rebanhos localizados nas regiões Norte do Ceará e Serrana do Rio de Janeiro e 64 amostras isoladas do leite de vacas pertencentes a rebanhos localizados em municípios de Minas Gerais. Dentre os isolados de origem caprina identificaram-se 11 diferentes genótipos, sendo que nos rebanhos da região Norte do Ceará o tipo predominante foi encontrado em 60% das amostras,...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Enterodoxina estafilocócica; Genotipagem; Caprino; Bovino; Doença animal; Staphylococcus aureus; Mamite; Goats; Mastitis; Mammary gland diseases; Animal diseases; Bovine mastitis; Genotypes.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/531104
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Identificação varietal e genotipagem: serviços oferecidos pelo Laboratório de Biologia Molecular da Embrapa Uva e Vinho. Infoteca-e
REVERS, L. F.; MACHADO, C. A. E..
2005
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Viticultura; Uva; Biologia molecular; Variedade; Identificação; Genotipagem; Embrapa Uva e Vinho; Laboratório de biologia molecular.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/541444
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Strategic marker selection to detect quantitative trait loci in chicken UnB - FAB
Ruy, Deborah Clea; Nones, Kátia; Baron, Erica Elias; Ledur, Mônica Corrêa; Melo, Cláudio Manoel Rodrigues de; Ambo, Marcel; Campos, Raquel de Lello Rocha; Coutinho, Luiz Lehmann.
ABSTRACT: Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts...
Tipo: Article Palavras-chave: QTL; Ave; Genotipagem; Peso corporal.
Ano: 2005 URL: http://hdl.handle.net/10482/6801
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Genotipagem de amostras de Corynebacterium pseudotuberculosis originadas de casos de linfadenite caseosa no Distrito Federal UnB - FAB
Arruda, Lorena Fernandes.
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2006.
Tipo: Dissertation Palavras-chave: Genotipagem; Ovino; Bioquímica; Distrito Federal (Brasil).
Ano: 2006 URL: http://hdl.handle.net/10482/5070
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Genetic variability of Brazilian rice landraces determined by SSR markers. Repositório Alice
BORBA, T. C. de O.; MENDES, C. dos A.; GUIMARÃES, E. P.; BRUNES, T. O.; FONSECA, J. R.; BRONDANI, R. V.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de variedades locais de arroz (Oryza sativa), coletadas em pequenas propriedades rurais. Doze marcadores microssatélites (SSR) caracterizaram 417 variedades locais, coletadas em 1986, 1987 e 2003, no Estado de Goiás. O número de variedades locais com tipo de grão longo e fino aumentou no intervalo de tempo avaliado, provavelmente em razão da demanda de mercado. Conforme os dados moleculares, houve aumento na variabilidade genética e, por meio da análise fatorial de correspondência, observou-se que a maior parte dos acessos foi agrupada de acordo com o ano de coleta. A incorporação de cultivares modernas de arroz às áreas de cultivo das variedades locais e a seleção realizada pelos pequenos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade genética; Microsatélite; Genotipagem; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento; Genótipo; Rice; Microsatellite repeats; Genetic resources; Genotype.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/428289
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Divergência genética entre genótipos de tucumã-do-pará (Astrocaryum vulgare Mart.) desejáveis para frutos por meio de marcadores moleculares. Repositório Alice
OLIVEIRA, N. P. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de; MOURA, E. F..
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Palmeira; Amazônia; Genotipagem; RAPD.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880777
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Diversity panel of the caprine TMEM154 gene and its relation to the susceptibility to caprine lentivirus. Repositório Alice
SIDER, L. H.; PINHEIRO, R. R.; ANDRIOLI, A.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; MONTEIRO, J. P.; SHIOTSUKI, L.; SANTIAGO, L. B..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brasil; Caprino; Virus; Lentivirus; Genética animal; Artrite encefalite caprina; Genotipagem; Goats; CAE; Caprine arthitis-encephalitis; Genotyping..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935108
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; REHH; Snps.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943057
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Aplicabilidade da técnica PCR-RAPD para a determinação do perfil genotipico de variedades de romã (Punica granatum). Repositório Alice
OLIVEIRA, E. M. M.; LIMA, I. S. de.; CARNEIRO, B. T.; NOGUEIRA, R. I.; FREITAS-SILVA, O..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Romã; Genotipagem; RAPD.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935878
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Construção de um pipeline para identificação e análise de CNVs utilizando dados de chips de genotipagem de SNPs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. de P.; GIACHETTO, P. F..
O objetivo desse estudo foi construir um pipeline de bioinformática para a identificação e análise de CNVs a partir dos dados gerados pelos chips de genotipagem de SNPs da plataforma Illumina, o qual tem sido largamente utilizado na genotipagem de rebanhos bovinos da Embrapa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de base única; Genotipagem; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/954566
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Allelic database and accession divergence of a Brazilian mango collection based on microsatellite markers. Repositório Alice
RIBEIRO, I. C. N. dos S.; LIMA NETO, F. P.; SANTOS, C. A. F..
Allelic patterns and genetic distances were examined in a collection of 103 foreign and Brazilian mango (Mangifera indica) accessions in order to develop a reference database to support cultivar protection and breeding programs. An UPGMA dendrogram was generated using Jaccard coefficients from a distance matrix based on 50 alleles of 12 microsatellite loci. The base pair number was estimated by the method of inverse mobility. The cophenetic correlation was 0.8. The accessions had a coefficient of similarity of from 30 to 100%, which reflects high genetic variability. Three groups were observed in the UPGMA dendrogram; the first group was formed predominantly by foreign accessions, the second group was formed by Brazilian accessions, and the Dashehari...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mangifera indica; Genotipagem; Manga.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/942952
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Aprimoramento de protocolos de extração de DNA de sangue armazenado em cartões FTA. Repositório Alice
SILVA, N. M. A.; ARAÚJO, R. O. de; LACERDA, T. S.; GULIAS-GOMES, C. C.; CARDOSO, F. F.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/942403
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; Zebu; Genotype; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946719
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Caracterização molecular de fungos filamentosos da coleção de micro-organismos de interesse da indústria de alimentos. Repositório Alice
SILVA, J. P. L. da; VIANA, L. de A. N.; SOUZA, E. F. de; LIMA, I. S. de; FRAGA, M. E.; OLIVEIRA, E. M. M..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Identificação; Genotipagem; Potencial aflatoxigênico.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935928
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Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..
O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975703
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Small ruminant lentivirus genetic subgroups associate with sheep TMEM154 genotypes. Repositório Alice
SIDER, L. H.; HEATON, M. P.; CHITKO-McKOWN, C. G.; HARHAY, G. P.; SMITH, T. P. L.; LEYMASTER, K. A.; LAEGREID, W. W.; CLAWSON, M. L..
Abstract: Small ruminant lentiviruses (SRLVs) are prevalent in North American sheep and a major cause of production losses for the U.S. sheep industry. Sheep susceptibility to SRLV infection is influenced by genetic variation within the ovine transmembrane 154 gene (TMEM154). Animals with either of two distinct TMEM154 haplotypes that both encode glutamate at position 35 of the protein (E35) are at greater risk of SRLV infection than those homozygous with a lysine (K35) haplotype. Prior to this study, it was unknown if TMEM154 associations with infection are influenced by SRLV genetic subgroups. Accordingly, our goals were to characterize SRLVs naturally infecting sheep from a diverse U.S. Midwestern flock and test them for associations with TMEM154 E35K...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: TMEM154; SRLV; Genotipagem; Ovino; Doença animal; Genética animal; Virus; Virologia; Filogenia; Sheep; Diseases; Animal genetic; Lentivirus; Small ruminants; Genotyping; Genotypes; Virology; Phylogeny.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971944
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Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genotipagem; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981977
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O USO da tecnologia de genotipagem para o aumento da produtividade reprodutiva em rebanhos ovinos: programa 04. Infoteca-e
2014
Tipo: Prosa Rural (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genotipagem; Mutação genética; Ovinocultor; Reprodução; Ovino; Ovelha; Ovulação.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/987613
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Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B..
In order to investigate whether or not the ?missing? genotypes actually reveal genomic variant hotspots, we examined BovineHD missing genotypes from a total of 1,709 Nelore DNA samples and used sequence data from eight of them to identify putative polymorphisms flanking the assayed SNPs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Genotyping; Cattle.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033991
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Padronização da técnica de high resolution melting para detecção de um SNP no gene da calmodulina em galinhas. Repositório Alice
KOWACIC, R. da C.; SAVOLDI, I. R.; IBELLI, A. M. G.; PALUDO, E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Temperatura de dissociação; Gallus gallus.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032233
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