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Permanent genetic resources added to molecular ecology. Resources database 1 December 2010-31 January 2011. Repositório Alice
AGATA, K.; ALASAAD, S.; ALMEIDA-VAL, V. M. F.; ÁLVAREZ-DIOS, J. A.; BARBISAN, F.; BEADELL, J. S.; BELTRÁN, J. F.; BENÍTEZ, M.; BINO, G.; BLEAY, C.; BLOOR, P.; BOHLMANN, J.; BOOTH, W.; BOSCARI, E.; CACCONE, A.; CAMPOS, T. de; CARVALHO, B. M.; CLIMACO, G. T.; CLOBERT, J.; CONGIU, L.; COWGER, C.; DIAS, G.; DOADRIO, I.; FARIAS, I. P.; FERRAND, N.; FREITAS, P. D.; FUSCO, G.; GALETTI, P. M.; GALLARDO-ESCÁRATE, C.; GAUNT, M. W.; OCAMPO, Z. G.; GONÇALVES, H.; GONZALEZ, E. G.; HAYE, P.; HONNAY, O.; HYSENI, C.; JACQUEMYN, H.; JOWERS, M. J.; KAKEZAWA, A.; KAWAGUCHI, E.; KEELING, C. I.; YE-SEUL, K.; LA SPINA, M.; WAN-OK, L.; LESNIEWSKA, M.; YANG, L.; HAIXIA, L.; XIAOLIN, L.; LOPES, S.; MARTÍNEZ, P.; MEEUS, S.; MURRAY, B. W.; NUNES, A. G.; OKEDI, L. M.; OUMA, J. O.; PARDO, B. G.; PARKS, R.; PAULA-SILVA, M. N.; PEDRAZA-LARA, C.; PERERA, O. P.; PINO-QUERIDO, A.; RICHARD, M.; ROSSINI, B. C.; SAMARASEKERA, N. G.; SÁNCHEZ, A.; SANCHEZ, J. A.; SANTOS C. H. dos A.; SHINOHARA, W.; SORIGUER, R. C.; SOUSA, A. C. B.; SOUSA, C. F. da S.; STEVENS, V. M.; TEJEDO, M.; VALENZUELA-BUSTAMANTE, M.; VLIET, M. S. V. de; VANDEPITTE, K.; VERA, M.; WANDELER, P.; WEIMIN, W.; YONG-JIN, W.; YAMASHIRO, A.; YAMASHIRO, T.; CHANGCHENG, Z..
This article documents the addition of 238 microsatellite marker loci to theMolecular EcologyResources Database. Lociwere developed for the following species: Alytes dickhilleni, Arapaima gigas, Austropotamobius italicus, Blumeria graminis f. sp. tritici, Cobitis lutheri, Dendroctonus ponderosae, Glossina morsitans morsitans, Haplophilus subterraneus, Kirengeshoma palmata, Lysimachia japonica, Macrolophus pygmaeus, Microtus cabrerae, Mytilus galloprovincialis, Pallisentis (Neosentis) celatus, Pulmonaria officinalis, Salminus franciscanus, Thais chocolata and Zootoca vivipara. These loci were cross-tested on the following species: Acanthinamonodon, Alytes cisternasii, Alytes maurus, Alytes muletensis, Alytes obstetricans almogavarii, Alytes obstetricans...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético vegetal; Recurso genético; Marcador molecular; Marcador genético; Banco de germoplasma; Plant breeding; Plant genetic resources; Genetic markers; Gene banks; Fitomejoramiento; Recursos genéticos de las plantas; Marcadores genéticos; Bancos de genes.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902583
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Prolificidade dos animais caprinos selecionados para Estudos de Associação Ampla do Genoma (GWAS). Repositório Alice
AGUIAR, A. L. de; ALBUQUERQUE, M. A. M. de; PEREIRA, A. H. R.; GALVÃO, M. A. A.; SILVA, K. de M..
O estudo teve como objetivo identificar marcadores moleculares do tipo SNP associados à prolificidade em caprinos. Ao se agrupar as matrizes meias-irmãs pela linha paterna e analisar a prolificidade média, observou-se que existe variabilidade genética não somente entre as raças, mas também dentro de uma mesma raça. A raça Saanen mostrou a menor variabilidade para prolificidade para grupos de filhas entre os reprodutores da raça e a Moxotó foi a que apresentou maior variabilidade. Essas informações serão de grande importância nos estudos de associação ampla do genoma com o objetivo de se identificar marcadores para a prolificidade e, quando validadas, inseridas em programa de seleção assistida por marcadores.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Seleção assistida; GDF9; Prolificidade; Marker-assisted selection; Genética animal; Marcador genético; Marcador molecular; Caprino; Animal genetics; Genetic markers; Goats; Molecular genetics.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084633
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Genomic prediction of growth traits in Pinus taeda using genome-wide sequence-based DArT-seq markers. Repositório Alice
AGUIAR, A. V. de; TEIXEIRA-FREITAS, D. M. A.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; SOUSA, V. A. de; RESENDE, M. D. V. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pinus taeda; Espécie exótica; Marcador molecular; Predição genômica; Melhoramento genético.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1021996
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Parametrizações em marcadores dominantes para seleção genômica ampla em eucalipto. Repositório Alice
ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; MARINHO, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalipto; Parametrização; Clone; Seleção; Valor genômico; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968463
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Método de estimação e validação na seleção genômica. Repositório Alice
ALMEIDA, I. F. de; CRUZ, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA, R. V. de.
A seleção genômica ampla (GWS) consiste na utilização simultânea de centenas ou milhares de marcadores, os quais cobrem o genoma de maneira densa, de forma que todos os genes de um caráter quantitativo estejam em desequilíbrio de ligação com pelo menos uma parte dos marcadores. Este trabalho teve por objetivo avaliar a acurácia ao se aplicar diferentes métodos estatísticos de seleção genômica (RR-BLUP e BLASSO) e diferentes formas de validação. Foram simulados genomas com dez grupos de ligação contendo 100 marcas bi-alélicas e co-dominantes por grupo, totalizando 1010 marcadores apresentando intervalos entre marcas adjacentes equidistantes. Esses genomas foram utilizados para a geração da população simulada de famílias de meios-irmãos com 1.000 indivíduos....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Análise genômica; Marcador molecular; Genética.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/945201
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Prospecção de marcadores moleculares sexo-específicos e análise de estrutura populacional de pirarucu (Arapaima gigas) na região de Santarém, Pará. Repositório Alice
ALMEIDA, I. G. de.
O pirarucu (Arapaima gigas) é considerado um dos maiores peixes de água doce, podendo atingir três metros e peso aproximado de 200 quilos. Este peixe possui grande importância econômica para populações ribeirinhas da Bacia Amazônica, por esse motivo vem sofrendo uma grande exploração comercial resultando na drástica redução de espécimes e consequentemente na variabilidade genética desta espécie. O presente trabalho visa associar duas metodologias, com o objetivo de gerar mais conhecimentos sobre a biologia da espécie que sejam úteis para o desenvolvimento de tecnologias para a criação do pirarucu em cativeiro e sua conservação nas bacias fluviais onde pode ser encontrado. O pirarucu possui o comportamento de formar casais para acasalamento, o que...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: BSA-RAPD; Estrutura populacional; DNA mitocondrial; Marcador molecular.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/993066
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Bulked segregant analysis of the pirarucu (Arapaima gigas) genome for identification of sex-specific molecular markers. Repositório Alice
ALMEIDA, I. G.; IANELLA, P.; FARIA, M. T.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
Arapaima gigas (Osteoglossidae) is one of the largest fish species in the Amazon Basin, attaining lengths of over 2.5 m and weights of over 100 kg. Its flesh is prized, and it has great potential for production in aquaculture systems. However, live pirarucu cannot be reliably sexed visually, even after sexual development, since this species does not have clear external sexual dimorphism. Simple and inexpensive methods for sexing immature pirarucu based on DNA markers would facilitate production of this species in commercial operations. We analyzed A. gigas male and female DNA pools with 566 RAPD primers, generating 2609 fragments, with an estimated 1341 segregating polymorphic markers, and an estimated average spacing of 714 kb, which corresponds to less...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Peixe neotropical; Arapaima gigas; Genoma; Peixe de água doce; Pirarucu; Marcador molecular; Genome; Genetic markers; Freshwater fish.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1007932
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Caracterização citogenética e aplicação de marcadores ISSR em diferentes acessos de Passiflora cincinnata Mast. Repositório Alice
ALMEIDA, L. E. da S.; MELO, N. F. de.
Neste contexto, o presente estudo objetivou caracterizar acessos de maracujá da caatinga (P. cincinnata ), pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Semiárido, por meio de estudos de cromossomos mitóticos, bandeamento com coloração diferencial, viabilidade polínica, além de estimar a diversidade genética através do uso de marcadores moleculares do tipo ISSR
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Viabilidade polínica; Cromossomo; ISSR; Recursos genéticos vegetais; Marcador molecular; Maracujá do mato; Biodiversidade; Passiflora cincinnata.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086346
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Diversidade genética molecular entre cultivares e híbridos de Brachiaria spp. e Panicum maximum. Repositório Alice
ALMEIDA, M. C. da C.; CHIARI, L.; JANK, L.; VALLE, C. B. do.
A utilização de marcadores moleculares pode servir para direcionar cruzamentos, confirmar novos híbridos e identificar genótipos para fins comerciais. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade genética entre cultivares e híbridos de Brachiaria spp. e Panicum maximum usando marcadores moleculares do tipo RAPD (Polimorfismos de DNA amplificados ao acaso). Foram 22 genótipos analisados com 10 primers, os quais amplificaram 178 fragmentos polimórficos de DNA, que foram usados para estimar a similaridade genética por meio do coeficiente de Jaccard. Os valores de similaridade obtidos variaram de 0,066 a 0,841. A estrutura genética entre todos os genótipos estudados foi estimada pelo método UPGMA (Método de agrupamento com médias...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Pastagem; Melhoramento genético; Brachiaria; Panicum maximum; Marcador molecular.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/920479
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ITS-2 sequences-based identification of Trichogramma species in South America. Repositório Alice
ALMEIDA, R. P. de; STOUTHAMER, R..
ITS2 (Internal transcribed spacer 2) sequences have been used in systematic studies and proved to be useful in providing a reliable identification of Trichogramma species. DNAr sequences ranged in size from 379 to 632 bp. In eleven T. pretiosum lines Wolbachia-induced parthenogenesis was found for the first time. These thelytokous lines were collected in Peru (9), Colombia (1) and USA (1). A dichotomous key for species identification was built based on the size of the ITS2 PCR product and restriction analysis using three endonucleases (EcoRI, MseI and MaeI). This molecular technique was successfully used to distinguish among seventeen native/introduced Trichogramma species collected in South America.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Molecular markers; Egg parasitoid; Marcador molecular; Himenoptero; Trichogramma sp; DNA.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041581
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Association between molecular markers linked to the Leptin gene and weight gain in postpartum beef cows UnB - FAB
Almeida, Sabrina Esteves Matos; Amazonas, Erik de Almeida; Terra, Gustavo Herter; Neves, Jairo Pereira; Gonçalves, Paulo Bayard Dias; Weimer, Tania de Azevedo.
ABSTRACT
Tipo: Article Palavras-chave: Marcador molecular; Pós-parto; Bovino de corte.
Ano: 2007 URL: http://hdl.handle.net/10482/7070
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Genetic polymorphisms at the leptin receptor gene in three beef cattle breeds UnB - FAB
Almeida, Sabrina Esteves Matos; Santos, Luciana B.S.; Passos, Daniel Thompsen; Corbellini, Ângela Oliveira; Kirst, Cláudia; Terra, Gustavo Herter; Neves, Jairo Pereira; Gonçalves, Paulo Bayard Dias; Moraes, José Carlos Ferrugem; Weimer, Tania de Azevedo; Lopes, Beatriz M. T..
The genetic diversity of a single nucleotide polymorphism (SNP) at the exon 20 (T945M) of the leptin receptor gene (LEPR) and of three short tandem repeats (STRs BM7225, BMS694, and BMS2145) linked to LEPR was investigated in three beef cattle herds (Brangus Ibagé, Charolais, and Aberdeen Angus). A cheap and effective new method to analyze the T945M polymorphism in cattle populations was developed and the possible role of these polymorphisms in reproduction and weight gain of postpartum cows was evaluated. High levels of genetic diversity were observed with the average heterozygosity of STRs ranging from 0.71 to 0.81. No significant association was detected between LEPR markers and reproductive parameters or daily weight gain. These negative results...
Tipo: Article Palavras-chave: Diversidade genética; Marcador molecular; Gado - produção.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/10482/7034
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Identificação de cromossomo artificial de bactéria contendo gene de resistência a doenças em cafeeiro. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; PINTO, G. B.; CAIXETA, E. T.; DIOLA, V.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O estudo e a caracterização de fatores genéticos de resistência são importantes para ampliar os conhecimentos da interação planta-patógeno. O marcador molecular CARF 005, identificado em trabalho anterior, é capaz de identificar um fragmento de gene de resistência a doenças presente em genótipos de cafeeiro resistentes a ferrugem, principal doença da cultura. Neste trabalho, o CARF 005 foi utilizado para fazer o screening de uma biblioteca BAC de Coffea arabica com 56.832 clones. Foram identificados dois clones contendo o fragmento do gene de resistência. Após o sequenciamento, esses poderão ser usados para estudo da estrutura do gene e, eventualmente, em obtenção de plantas transgênicas para auxiliar programas de melhoramento.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Genoma; Marcador molecular.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904212
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Genetic diversity of mango accessions (Mangifera indica) using new microsatellite markers and morphological descriptors. Repositório Alice
ALVES, E. O. dos S.; LIMA NETO, F. P.; SANTOS, C. A. F.; RIBEIRO, I. C. N. dos S.; MELO, C. A. F. de; HOLANDA, I. S. A.; SOUZA, A. P. de; CORRÊA, R. X..
Genetic diversity estimates based on morphological and molecular data can provide different information on the relationship between cultivars of a species. This study aimed to develop new microsatellite markers as additional tools in genetic studies on mangoes (Mangifera indica L.), and to analyze the genetic variability of 20 mango cultivars based on morphological descriptors and microsatellite markers. We aimed to better understand the cultivars enhanced breeding histories and to support crossbreeding planning. Positive clones were selected from a DNA library enriched for microsatellite regions for sequencing and primer design. Four plants of each of the 20 accessions were used for observations, based on 48 morphological descriptors. Twenty accessions...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Variabilidade genética; SSR; Ward-MLM; Mangifera indica; Manga; Melhoramento genético; Marcador molecular; Molecular marker; Mango; Genetic breeding.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1053435
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Use of RAPD molecular markers for genetic variability studies in common bean. Repositório Alice
ALZATE-MARIN, A. L.; COSTA, M. R.; SARTORATO, A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A..
2000
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade genética; Marcador molecular; Feijão; Phaseolus vulgaris.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885637
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Genetic variability and pedigree analysis of brazilian common bean elite genotypes. Repositório Alice
ALZATE-MARIN, A. L.; COSTA, M. R.; SARTORATO, A.; DEL PELOSO, M. J.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A..
Visando o estudo da variabilidade genética, 21 cultivares-elite dos Ensaios Regionais de Feijão coordenados pela Embrapa Arroz e Feijão, foram caracterizados com marcadores moleculares Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Feijao; Phaseolus vulgaris; Cultivares andinos; Cultivares Mesoamericanos; Marcador molecular; RAPD; Genetica; Melhoramento; Distancia.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/210999
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Caracterização agronômica e molecular de genótipos diplóides melhorados de bananeira. Repositório Alice
AMORIM, E. P.; LESSA, L. S.; LEDO, C. A. da S.; AMORIM, V. B. de O.; REIS, R. V. dos; SEREJO, J. A. dos S.; SILVA, S. de O. e.
Uma investigação sobre a diversidade genética entre 11 diplóides melhorados de bananeira, por meio de nove características agronômicas e 16 marcadores microssatélites, foi implementada na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, Cruz das Almas (BA), Brasil. A distância generalizada de Mahalanobis indicou alto grau de divergência genética. Os genótipos foram agrupados em três grupos. As características altura de planta, número de pencas, número de frutos e diâmetro do pseudocaule contribuíram com grande parte da divergência genética observada. O número de alelos obtidos foi 120, com média de 7,51 alelos por primer. A similaridade genética média foi de 0,44, variando de 0,29 a 0,60. Novas combinações parentais podem ser identificadas com base na divergência...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcador microssatélite; Melhoramento genético vegetal; Banana; Musa sp; Híbrido; Características agronômicas; Variação genética; Marcador molecular; Plant breeding; Agronomic traits; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats; Bananos; Fitomejoramiento; Características agronómicas; Variación genética; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/631702
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Análise de parentesco e estimativa de fluxo gênico em mamoeiro por meio de marcadores SSR. Repositório Alice
AMORIM, V. B. de O.; OLIVEIRA, E. J. de; DANTAS, J. L. L..
O mamoeiro é uma espécie que apresenta plantas femininas, masculinas e hermafroditas, sendo que nos plantios comerciais a preferência é por variedades ou híbridos hermafroditas. A quantidade de pólen produzida por plantas hermafroditas é bem menor que a produzida e dispersada por plantas masculinas e por esta razão a polinização cruzada natural em plantas hermafroditas ocorre em pequena escala, alcançando até 99% de autopolinização (Kee, 1970). De acordo com Badillo, (1971), a fecundação das flores de mamoeiro é feita pelo pólen disperso tanto por insetos quanto pelo vento, chegando a distâncias inferiores a 1 km. Nos estudos de fluxo gênico são consideradas duas abordagens: a ecológica e a genética, podendo esta última ser direta e indireta. Dentre a...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pólen; Mamão; Carica papaya; Marcador molecular; Reprodução vegetal.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/873175
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Estudo do polimorfismo do gene do hormônio de crescimento em rebanhos da raça Nelore do estado da Bahia. Repositório Alice
ANDREA, M. V.; GOMES, M. V. M.; MARCONDES, C. R.; AQUINO, E. L.; SACRAMENTO, A. C. C.; RAMOS, E. S.; SOUZA, E. A..
2007
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Marcador molecular; Genética animal; Genética molecular.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/409487
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Aferição dos métodos de avaliação da pureza genética através do peso de 500g e número de sementes em soja. Repositório Alice
ANDREOLI, C.; OLIVEIRA, A. C..
O uso de diferentes metodos para determinacao da pureza varietal em sementes de soja tem ocasionado conflitos entre laboratorios e na comercializacao interestadual de sementes de soja. O objetivo deste trabalho foi testar a afericao de dois metodos de analise de pureza, peso de 500 gramas e 1000 sementes, em dois lotes de soja. No experimento I, as amostras foram enviadas a 10 laboratorios, e no experimento II, o ensaio foi conduzido em 07 laboratorios. Oito amostras constituidas de 998 gramas de sementes puras e duas gramas de sementes de outra cultivar foram preparadas pelos laboratorio. O numero de sementes atipicas variou de 10 a 18 entre os laboratorios no Experimento I e de 11 a 13 sementes no Experimento II, sendo as amostras A1 e A2 de facil...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mistura varietal; Contaminante; Marcador molecular.
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/480578
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