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Implementação de 4 métodos de análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes. Repositório Alice
GUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H..
No contexto de estudos de associação genômica ampla (GWAS), métodos para a análise de enriquecimento de um conjunto de genes (GSEA) analisam conjuntos de SNPs associados a genes que compartilham mesma função biológica, localização cromossômica ou via regulatória e buscam identificar SNPs que estão relacionados com variações no fenótipo em estudo. Neste trabalho foram implementados quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura (fenótipos quantitativos)
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Polimorfismo de nucleotídeo único; Modelos lineares mistos; Random forests; Mixed models; Single nucleotide polymorphism; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031168
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In the search of the polled locus in a Bos taurus x Bos indicus population. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A..
The objective in this study was to identify regions and SNPs associated with the polled/horned phenotype in a composite Bos taurus x Bos indicus breed (Canchim).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genoma; Cattle; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969393
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In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Background: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diversity arrays technology; Diversity analysis; Loci under selection; Core collection; Feijão; Phaseolus vulgaris; Genética vegetal; Linkage disequilibrium; Genotyping; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076278
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Is a non-synonymous SNP in the HvAACT1 coding region associated with acidic soil tolerance in barley? Repositório Alice
FERREIRA, J. R.; FARIA, B. F.; JUNIOR, M. C.; DELATORRE, C. A.; MINELLA, E.; PEREIRA, J. F..
The barley HvAACT1 gene codes for a citrate transporter associated with tolerance to acidic soil. In this report, we describe a single nucleotide polymorphism (SNP) in the HvAACT1 coding region that was detected as T-1,198 (in genotypes with lower root growth on acidic soil) or G-1,198 (greater root growth) and resulted in a single amino acid change (L/V-172). Molecular dynamic analysis predicted that HvAACT1 proteins with L or V-172 were stable, although the substitution led to structural changes within the protein. To evaluate the effect of the SNP on tolerance to acidic soil, barley accessions were separated into haplotypes based on the presence of a 1 kb insertion in the HvAACT1 promoter and a 21 bp insertion/deletion. These markers and the SNP-1,198...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Aluminium tolerance; Citrate transporter; Haplotype; Hordeum vulgare; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072285
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Is a non-synonymous SNP in the HvAACT1 coding region associated with acidic soil tolerance in barley? Genet. Mol. Biol.
Ferreira,Jéssica Rosset; Faria,Bruna Franciele; Comar Junior,Moacyr; Delatorre,Carla Andréa; Minella,Euclydes; Pereira,Jorge Fernando.
Abstract The barley HvAACT1 gene codes for a citrate transporter associated with tolerance to acidic soil. In this report, we describe a single nucleotide polymorphism (SNP) in the HvAACT1 coding region that was detected as T-1,198 (in genotypes with lower root growth on acidic soil) or G-1,198 (greater root growth) and resulted in a single amino acid change (L/V-172). Molecular dynamic analysis predicted that HvAACT1 proteins with L or V-172 were stable, although the substitution led to structural changes within the protein. To evaluate the effect of the SNP on tolerance to acidic soil, barley accessions were separated into haplotypes based on the presence of a 1 kb insertion in the HvAACT1 promoter and a 21 bp insertion/deletion. These markers and the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Aluminium tolerance; Citrate transporter; Haplotype; Hordeum vulgare; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000300480
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Linkage and mapping of quantitative trait loci associated with angular leaf spot and powdery mildew resistance in common beans. Repositório Alice
BASSI, D.; BRIÑEZ, B.; ROSA, J. S.; OBLESSUC, P. R.; ALMEIDA, C. P. de; NUCCI, S. M.; SILVA, L. C. D. da; CHIORATO, A. F.; VIANELLO, R. P.; CAMARGO, L. E. A.; BLAIR, M. W.; BENCHIMOL-REIS, L. L..
Angular leaf spot (ALS) and powdery mildew (PWM) are two important fungi diseases causing significant yield losses in common beans. In this study, a new genetic linkage map was constructed using single sequence repeats (SSRs) and single nucleotide polymorphisms (SNPs), in a segregating population derived from the AND 277 x SEA 5 cross, with 105 recombinant inbred lines. Phenotypic evaluations were performed in the greenhouse to identify quantitative trait loci (QTLs) associated with resistance by means of the composite interval mapping analysis. Four QTLs were identified for ALS resistance. The QTL ALS11AS, linked on the SNP BAR 5054, mapped on chromosome Pv11, showed the greatest effect (R2 = 26.5%) on ALS phenotypic variance. ForPWMresistance, two QTLs...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Pseudocercospora griseola; Quantitative inheritance; Feijão; Phaseolus vulgaris; Mancha foliar; Erysiphe polygoni; Microsatellite repeats; Single nucleotide polymorphism; Leaf spot.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076287
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Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B. da; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genome wide association studies; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003463
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Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Beef cattle; Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único; Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006604
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Linkage disequilibrium and past effective population size in native Tunisian cattle Genet. Mol. Biol.
Jemaa,Slim Ben; Thamri,Nejia; Mnara,Sofiane; Rebours,Emmanuelle; Rocha,Dominique; Boussaha,Mekki.
Abstract To carry out effective genome-wide association studies, information about linkage disequilibrium (LD) is essential. Here, we used medium-density SNP chips to provide estimates of LD in native Tunisian cattle. The two measures of LD that were used, mean r2 and D’, decreased from 0.26 to 0.05 and from 0.73 to 0.40, respectively, when the distance between markers increased from less than 20 Kb to 200 Kb. The decay in LD over physical distance occurred at a faster rate than that reported for European and other indigenous breeds, and reached background levels at less than 500 Kb distance. This is consistent with the absence of strong selective pressure within the Tunisian population and suggests that, in order to be effective, any potential genome-wide...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Tunisian cattle; Conservation; Linkage disequilibrium; Effective population size; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572019000100052
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Lipoprotein lipase PvuII polymorphism is associated with variations in serum lipid levels in non-diabetic pregnant women BJMBR
Sepetiba,R.J.C.; Andrade,J.; Hirata,R.D.C.; Hirata,M.H.; Sepetiba,C.R.G.; Nakamura,Y.; Matsumoto,L.O.; Cavalli,S.A.; Bertolami,M.C..
The aim of the present study was to determine if there is an association between the single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the lipoprotein lipase (LPL) and apolipoprotein E (apo E) genes and the serum lipid profile in pregnancy and puerperium. Non-diabetic women of European descent in the third semester of pregnancy (N = 120) were selected. Those with diseases or other condition that could modify their lipid profile were excluded from the study (N = 32). Serum lipids were measured by routine laboratory procedures and genomic DNA was extracted by a salting out method. LPL (PvuII and HindIII) and apo E (HhaI) SNPs were detected by the polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism. Categorical and continuous variables were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Lipoprotein lipase; LPL PvuII polymorphism; Apolipoprotein E; Single nucleotide polymorphism; Serum lipids; Non-diabetic pregnancy.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2007000700005
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Marcador alelo-específico associado com níveis de expressão do gene ZmMATE1 em milho. Repositório Alice
BARROS, B. de A.; MITRE, L. K.; PINTO, M. de O.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARAES, C. T..
2016
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Single nucleotide polymorphism; Polimorfismo de nucleotídeo único; Seleção assistida; Tolerância ao Al; Solo ácido; Polimorfismo genético.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1055348
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Marker-assisted elimination of drought-susceptible accessions in upland rice breeding. Repositório Alice
VIEIRA, A. F.; PANTALIÃO, G. F.; ABREU, F. M.; SILVEIRA, R. D.; GARCIA, A. L. B.; NEVES, L. G.; VIANELLO, R. P.; CASTRO, A. P. de; BRONDANI, C..
Breeding for water-deficit tolerance is fundamental to guarantee the sustainability of upland rice production, mainly due to the possibility of an increased frequency of drought episodes due to climate change. This work aimed to identify single nucleotide polymorphism (SNP) markers, derived from RNA sequencing (RNA-Seq), genome-wide association study (GWAS) and candidate genes from Arabidopsis, with potential for use in marker-assisted selection (MAS) for drought tolerance. RNA-Seq and GWAS were efficient in identifying useful SNP markers from the data obtained from three years of field experiments for 175 upland rice accessions, which were sequenced using 32 genes by Capture-Seq. Three genes were equally able to generate SNP markers that discriminated 95%...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Melhoramento genético vegetal; Resistência a seca; Rice; Genotyping by sequencing; Plant breeding; Genetic techniques and protocols; Single nucleotide polymorphism; Nucleotide sequences; Sequence analysis; Drought tolerance.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088846
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Metodologia baseada em técnicas de mineração de dados para suporte à certificação de raças de ovinos. Repositório Alice
VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M.; PAIVA, S. R..
O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma metodologia baseada em técnicas de mineração de dados para selecionar os principais marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) para as raças de ovinos: Crioula, Morada Nova e Santa Inês. Os dados utilizados foram obtidos do Consórcio Internacional de Ovinos e são compostos por 72 animais das raças citadas, e cada animal possui 49.034 marcadores SNP. Considerando que o número de atributos (marcadores) é muito maior que o de observações (animais), foram aplicadas as técnicas de predição LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selection Operator), Random Forest e Boosting para a geração de modelos preditivos que incorporam métodos de seleção de atributos. Os resultados revelaram que os modelos preditivos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Seleção de atributos; Modelos preditivos; Regressão penalizada; Feature selection; Predictive modeling; Penalized regression; Single nucleotide polymorphism; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036157
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NCAPG is differentially expressed during longissimus muscle development and is associated with growth traits in Chinese Qinchuan beef cattle Genet. Mol. Biol.
Liu,Yu; Duan,Xiaoyan; Chen,Si; He,Hua; Liu,Xiaolin.
Abstract Based on RNA-seq analysis, we recently found that the bovine NCAPG (non-SMC condensin I complex, subunit G) gene is differentially expressed during development of the longissimus muscle. In the present study, we validated this result and, using quantitative real-time PCR analysis, identified two adjacent genes, LCORL and DCAF16, that are more abundant in fetal muscle tissue; further analysis of tissue-specific expression patterns indicated high abundance of NCAPG in muscle. Since no polymorphisms were detected in a previous study of Qinchuan cattle, we extended our investigation to examine the occurrence of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the NCAPG gene. Three SNPs, i.e., one located in the intron region (g47747: T > G), a synonymous...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Association analysis; Growth traits; Longissimus muscle; NCAPG expression; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572015000400450
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New single sucleotide polymorphisms in Guzerá breed revealed by whole-genome re-sequencing. Repositório Alice
CRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S. de; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBAR, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G..
The objective of our work was to sequence and assemble the Guzerá genome in order to identify race-­specific variations that might be used in breeding programs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Criação de animais; Análise de sequência de genomas; Single nucleotide polymorphism; Animal breeding; Sequence analysis; Genomics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/973157
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Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing. Repositório Alice
ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S..
In this context, the objective of this work was to sequence and assemble the genome of one Guzerá bull in order to identify breed-specific variations that might be included in the genotyping arrays and be useful in breeding programs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Cattle.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006143
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Polimorfismos (g.16024A>G e g.16039T>C) do gene FASN relacionados à composição lipídica da carne em raças bovinas. Repositório Alice
WALKER, C. C.; EGITO, A. A. do; FEIJO, G. L. D.; MORAIS, M. G..
Uma das etapas dentro da caracterização genética das raças bovinas localmente adaptadas do Brasil tem sido a avaliação de polimorfismos em genes candidatos relacionados a características de interesse econômico visando promover o seu uso potencial e diversificado. Neste trabalho objetivou-se verificar a variabilidade genética de polimorfismos do gene FASN relacionados com a composição lipídica da carne. Os animais foram genotipados para os polimorfismos g.16024A>G e g.16039T>C do gene FASN pela técnica de PCR-RFLP. O haplótipo TW, associado ao aumento da relação de C18:1 na carne, foi mais frequente nos animais da raça Wagyu do que nas outras raças avaliadas. Dentre as raças localmente adaptadas, a Crioula Lageana e a Caracu apresentaram as maiores...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Locally adapted breed; Composição lipídica; Ácido graxo sintase; Raça localmente adaptadas; SNP; Cattle; Lipid composition; Fatty-acid synthase; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1065969
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Population Genetics of the Eastern Oyster Crassostrea virginica (Gmelin, 1791) in the Gulf of Mexico ArchiMer
Varney, Robin L.; Galindo, Clara; Cruz, Pedro; Gaffney, Patrick M..
Genetic variation in eastern oysters (Crassostrea virginica) collected from 13 sites in the Gulf of Mexico was examined using a combination of mitochondrial DNA (mtDNA) sequencing, mtDNA restriction fragment length polymorphism analysis, and nuclear single nucleotide polymorphism analysis. Both mitochondrial and nuclear markers showed significant differentiation among samples. Combined with previous allozyme and microsatellite data, these results indicate considerable population subdivision throughout the Gulf of Mexico, despite the potentially homogenizing effect of larval dispersal.
Tipo: Text Palavras-chave: Gulf of Mexico; Mitochondrial DNA; Single nucleotide polymorphism; Genetics; Oyster; Crassostrea virginica.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/publication-7397.pdf
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Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
A genome wide-association study (GWAS) was performed with 400 animals with extreme phenotypes for REA, using the RandomForest methodology. From this analysis, 7 SNPs in the 3,4989,224 to 3,689,224 interval of chromosome 27 (UMD 3.1) were identified as associated.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genoma; Genome wide-association studies; Cattle; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969395
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Preliminary validation study for SNPs associated to rib eye area in Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Polimorfismo de nucleotídeo único; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/973831
Registros recuperados: 103
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