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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056239
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Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; Systems biology.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075630
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Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tenderness is an important trait of meat quality and is known to be influenced by several factors including genetic composition.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; System biology.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080848
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Detection of Co-expressed pathway modules associated with mineral concentration and meat quality in nelore cattle. Repositório Alice
DINIZ, W. J. S.; MAZZONI, G.; COUTINHO; BANERJEE, P.; GEISTLINGER, L.; CESAR, A. S. M.; BERTOLINI. F.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; KADARMIDEEN, H. N.; REGITANO, L. C. de A..
Meat quality is a complex trait that is influenced by genetic and environmental factors, which includes mineral concentration. However, the association between mineral concentration and meat quality, and the specific molecular pathways underlying this association, are not well explored. We therefore analyzed gene expression as measured with RNA-seq in Longissimus thoracis muscle of 194 Nelore steers for association with three meat quality traits (intramuscular fat, meat pH, and tenderness) and the concentration of 13 minerals (Ca, Cr, Co, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, P, S, Se, and Zn). We identified seven sets of co-expressed genes (modules) associated with at least two traits, which indicates that common pathways influence these traits. From pathway analysis of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: AMPK pathway; Co-expression analysis; RNA sequencing; Tenderness; Gordura Animal; Gado de Corte; Intramuscular fat; Beef quality; Beef cattle.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107117
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Differentially expressed genes in genetically divergent Nellore steers for calcium content in the Longissimus dorsi muscle. Repositório Alice
AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O.; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURÃO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Calcium; RNA-Seq; Bos indicus; Bos indicus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056581
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Differentially expressed genes in Longissimus dorsi muscle of Nelore steers divergent for average daily gain. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; NEUBERN, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-seq; ADG; Gado Zebu; Zebu.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056895
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Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-seq; Bos indicus; Eficiência alimentar.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1054252
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Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
The difference between the allelic expression of a gene is known as allele-specific expression (ASE), and it is a common event in mammal?s transcriptome. ASE is named genomic imprinting when guided by epigenetics mechanisms regarding the allele parental origin.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: ASE; Allele-specific expression; Polimorfismo Genético; Melhoramento Genético Animal; Gene expression.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100405
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Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. Repositório Alice
BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Qualidade da carne; Gado nelore; Meat quality.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057159
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Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. Repositório Alice
BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Lipolysis; Feed efficiency; Pleiotropy; Genome?wide association.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075651
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Identification of genes associated with copper-deficient fatty acid increase in Nelore cattle. Repositório Alice
AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURAO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
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Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genome regulation; Meat production; Gene expression.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079227
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Identification of pleiotropic loci for daily weight gain and intramuscular fat in cattle using bivariate genome-wide association analysis. Repositório Alice
BUSS, C. E.; DINIZ, W. J. da S.; ANDRADE, B. G.; LIMA, A. O. de; GEISTLINGER, L.; AFONSO, J.; TULLIO, R. R.; TIZIOTO, P. C.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; WOLF, J. B.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/166437/1/Artigo1.jpg
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feed efficiency; Pleiotropy; Transcription factor.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079239
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LDHB gene has allele-specific expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cattle; Residual feed intake; Differential expression; MicroRNA.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075647
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Liver DNA methylation profile in Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. N. de; REGITANO, L. C. de A.; KOLTES, J. E.; NICIURA, S. C. M..
The production cost of cattle is high, especially the fraction related to animal nutrition. The increase in feed efficiency may provide increased efficiency in beef production, minimizing feed expenditures, methane gas emission and nitrogen excretion.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feed efficiency; RRBS; Differential methylation; Beef production; Gado de Corte; Bovino; Gene expression regulation; Animal nutrition.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110134
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Potential regulatory elements on PCDH7 gene affecting residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; GEISTLINGER, L.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Residual feed intake; Promoter; Transcription factor; SNPs.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075636
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PRUNE2 gene has a potential effect on residual feed intake in Nellore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. S.; SILVA, J. V. D.; ANDRADE, S. C. S.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; SOUZA, M. M.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Residual feed intake (RFI) can increase the profitability of producers, reduce methane emission and land allocation to livestock production. However, this trait has late and costly measurements. Identifying gene expression changes combined with polymorphisms that affect residual feed intake variation is important for identify target regulatory polymorphisms that can be used in animal breeding programs. Diverse studies performed by our research group in a Nellore population, such as genome-wide association (GWA), association weight matrix (AWM) and RNA-seq analysis of liver tissue have been pointed Prune homolog 2 (Drosophila) (PRUNE2) as a potential candidate gene influencing feed efficiency. For this reason, we select this gene for a more detailed...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Functional gene enrichment; Genética; Gado Nelore; Gado de corte; Genetics; Haplotypes; Feed conversion; Beef cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066412
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Putative genes involved in muscle functioning are differentially expressed in Nelore steers divergent for sodium and potassium concentration. Repositório Alice
AFONSO, J.; LINS, L. A.; CASSARO, E. G.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de O.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURAO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cattle; Gene regulation; Minerals; RNA-Seq.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075625
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Variantes da região promotora do gene KCNJ11 em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; MELO, A. L. de; REGITANO, L. C. de A..
A eficiência alimentar é uma característica moderadamente herdável, que por possuir uma mensuração onerosa e tardia, tem sua incorporação em programas de melhoramento animal dificultada. Estudos prévios de mapeamento identificaram o gene KCNJ7 7, que possui importante função sobre vias metabólicas relacionadas a eficiência alimentar, tais como a via de insulina, em uma região de QTL (quantitative trait loci) para maciez da carne.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sítios-alvo de fator de transcrição; Gado Nelore; Melhoramento Genético Animal; Bos Indicus; Animal breeding; Transcription factors.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1095987
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